2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2002. 5. 31. OOO시 OO면 OO리 253-2 답 2,353㎡를 취득하였고, 위 토지는 2011. 12. 15. 같은 리 253-2 창고용지 577㎡, 같은 리 253-22 답 82㎡, 같은 리 253-23 답 1,694㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)로 분할되었으며, 원고는 2014. 10. 15. 주CC, 김DD에게 이 사건 토지를 대금 360,000,000원에 매도하고, 2014. 12. 3. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 원고는 2015. 1. 29. 피고에게 이 사건 토지의 양도에 관하여 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제69조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용한 양도소득세 신고를 하였다.

다. 피고는 2016. 6. 10. "원고의 이 사건 토지 보유기간 동안 과세기간 총 급여액이 3,700만 원 이상이어서 그 기간을 경작기간에서 제외하면 이 사건 토지를 자경하였다고 볼 수 없다"는 사유로 구 조세특례제한법 제69조의 양도소득세 감면을 배제하여 2014년도 귀속 양도소득세 111,697,630원(신고불성실가산세 2,849,910원, 납부불성실가산세 13,650,583원 포함)을 부과하는 경정결정을 고지하였다.

라. 그 후 피고는 2018. 11. 15. 이 사건 토지의 양도에 관하여 구 소득세법에 따른 장기보유 특별공제를 적용하여 2014년도 귀속 양도소득세 42,336,277원을 감액하는 경정결정을 하였다[이하 감액경정되고 남은 2014년도 귀속 양도소득세69,361,360원(납부불성실가산세 8,968,360원 포함)을 '이 사건 처분'이라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 10호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

1) 과세기간 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 경우 양도소득세 감면규정의적용을 배제하는 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제66조 제14항(이하 '이 사건규정'이라 한다)은 2014. 2. 21. 구 조세특례제한법 시행령이 개정되면서 신설된 조항으로서 2014. 7. 1.부터 시행되었는바, 그 시행 전의 경작기간을 '자경' 기간에서 배제하는 것은 소급입법에 해당하여 허용될 수 없다. 따라서 원고는 이 사건 토지를 8년 이상 자경한 경우에 해당하므로 양도세 감면규정의 적용을 배제한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고가 이 사건 토지를 양도할 당시에는 이 사건 규정이 시행된 지 3개월 정도에 불과하여 이 사건 규정이 소급과세금지위반인지에 대한 대법원 판단이 내려지기 전이었으므로, 원고가 납세의무를 알지 못한 것에 대한 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있어 원고에게 가산세를 부과할 수 없다. 따라서 원고에게 가산세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 1) 주장에 관한 판단

가) 이 사건 규정은 '제4항의 규정에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항에 따른 사업소득금액과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다'고 규정하고 있다. 이 사건 규정은 2014. 2. 21. 신설된 규정으로 이 사건 부칙 제1조, 제2조 제3항에서 양도소득세에 관한 그 개정 규정은 그 조항의 시행일인 2014. 7. 1. 이후 양도하는 분부터 적용되는 것으로 정하고 있다.

나) 이에 의하면, 조세특례제한법 제69조 제1항에 따라 양도소득세의 감면을 받기 위해서는 '8년 이상 자기가 경작'한 사실이 있는 농지를 양도한 경우여야 하고, 그양도가 이 사건 규정의 시행일인 2014. 7. 1. 이후에 이루어진 경우라면, 거주자의 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간은 비록 그 기간이 위 2014. 7. 1. 이전의 기간이라고 하더라도 거주자가 경작한 기간에서 제외된다고 해석하는 것이 타당하다.

다) 나아가 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아닌데(대법원 2009. 10. 29. 선고 2008두2736 판결, 대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두16531 판결 등 참조), 이 사건 농지의 양도로 인한 원고의 양도소득세 납세의무는 2014. 7. 1. 이후 원고가 이 사건 농지를 양도함으로써 그때 비로소 성립하였으므로 이 사건 처분이 소급과세금지의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

라) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고의 2) 주장에 관한 판단

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).

나) 세금의 부과는 납세의무의 성립 시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이며, 이 사건 토지의 양도소득세 납세의무의 성립시인 2014. 11. 28.에는 이 사건 규정이유효하게 시행 중이었으므로, 위 규정이 적용되지 않을 것이라는 원고의 생각은 단순한 법령의 부지 또는 오인에 해당하여 납세의무를 위반할 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.