2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고(상호가 주식회사 진희쥬얼리였다가 2005. 1. 15. 주식회사 핑크골드로 변경되었다)는 2001. 11.부터 악세사리 판매업 등을 영위하는 사업자인바, 2003. 6.경 주식회사 금빛코리아(이하 '소외회사'라 한다)로부터 공급가액 합계 118,322,760원(세액 포함 합계금액 130,155,036원)의 매입세금계산서 3매(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 수취한 후 해당 매입세액을 공제하여 2003. 7. 25. 2003. 1.기 부가가치세를 신고하고 위 금액을 손금에 산입하여 2004. 3. 31. 2003년 귀속 법인세를 신고하였다.

나. 고양세무서장은 2004. 5.경 소외회사를 자료상 혐의로 조사한 후 소외회사가 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행한 사실을 확인하여 자료상으로 확정·고발하고 해당 과세자료를 피고 등에게 통보하였다.

다. 이에 피고는 위 과세자료를 기초로 원고에 대한 확인조사를 거쳐 이 사건 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제하고 해당금액을 손금에 불산입하여 원고에게 부가가치세 및 법인세를 경정·고지하고 130,155,036원을 대표자에 대한 상여로 소득금액변동통지를 하였는데, 원고가 원천징수의무를 이행하지 않자 2007. 3. 1.자로 원고에게 2003년 귀속 원천근로소득세 35,688,290원을 경정·고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

라. 한편 소외회사의 실질적 운영자이던 소외 1은 서울고등법원 2005노469호 로 진행된 형사사건에서 허위의 매입세금계산서를 수취하고 허위의 매출세금계산서를 발행하였다는 등의 범죄사실로 유죄판결을 받았고 위 판결은 그에 대한 상고가 기각되어 확정되었다.

[인정근거 : 갑3호증의 1, 2, 3, 갑4, 5호증, 을1호증, 을3호증의 1, 2, 을4호증의 1, 2, 3, 을5, 6호증, 을10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 실제 소외회사로부터 지금을 매입하고 이 사건 세금계산서를 수취한 것이므로, 이 사건 세금계산서상의 거래가 허위임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 세금계산서에 의하면, 원고가 소외회사로부터 3영업일 연속하여 2003. 6. 26. 지금 3,000g, 2003. 6. 27. 지금 3,000g, 2003. 6. 30. 지금 3,000g을 각 매수한 것으로 기재되어 있다.

2) 원고는 피고의 현지조사 당시 원고의 직원이던 소외 2와 소외 3이 대리인 자격으로 소외회사에 위 매수대금을 무통장 입금하였다면서 2003. 6. 26. 43,197,000원, 2003. 6. 27. 43,279,500원, 2003. 6. 30. 43,678,900원을 각 입금한 것으로 나와 있는 송금증을 증거로 제시하였고, 원고의 전무이사라고 밝힌 소외 4는 소외 2와 소외 3이 2003. 6. 초순부터 2003. 7. 초순까지 원고의 직원으로 재직한 바 있다는 내용의 확인서를 작성하여 피고에 제출하였다.

3) 그런데 원고가 신고한 원천징수 관련 근로소득자료현황에 의하면, 소외 2 및 소외 3은 원고로부터 근로소득이 있었음이 확인되지 아니하고, 오히려 소외 3은 당시 소외회사와 거래관계가 있던 소외 5가 대표자인 ‘산돌연마’라는 업체에서 2002. 1. 1.부터 2003. 12. 31.까지 직원으로 근무하였던 사실이 확인된다.

4) 원고는 위 현지조사 당시부터 이 사건에 이르기까지 소외 2 및 소외 3에 대한 입사관련 서류, 근무기록, 원천징수자료 및 위 매입대금의 출처 등은 물론 위와 같이 매입한 지금과 관련한 수불대장, 작업일지, 매출내역자료 등을 제출하지 않고 있다.

[인정근거 : 갑1호증의 2, 갑3, 6호증의 각 1, 2, 3, 을10, 11호증, 을12호증의 1, 2, 을13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

라. 판단

1) 별지 관계법령상의 각 규정에 의하면, 납세지 관할세무서장 등이 법인세의 과세표준을 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액으로서 그것이 사외에 유출된 것이 분명하거나 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에 대한 상여로 그에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있고, 한편 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로, 법인소득확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용 등에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이나, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다( 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

2) 이러한 관계규정과 법리에 위 인정사실 및 위 1.항의 사실관계를 더하여 보건대, ① 소외회사는 이 사건 세금계산서 발행일자 무렵을 전후하여 허위의 매출세금계산서를 발행하였다는 자료상 혐의로 조사를 받고 그에 대한 형사사건에서 유죄판결을 선고받은 바 있는 점, ② 이 사건 세금계산서와 관련하여 원고가 직접 그 매수대금을 소외회사에 지급하였다고 볼 증거가 없고, 다만 소외 2와 소외 3이 원고의 대리인이라면서 위 매수대금 상당액을 무통장 입금한 송금증이 증거로 제출되어 있을 뿐인 점, ③ 원고는 소외 2와 소외 3이 당시 원고의 직원이었다고 주장하였으나 스스로 그들에 대한 입사서류와 근무기록 등의 자료를 전혀 제출하지 못하였고 원고가 신고한 원천징수 관련 자료에도 소외 2와 소외 3이 원고의 직원으로 나와 있지 않으며, 오히려 소외 3은 당시 산돌연마라는 동종업체에서 근무하고 있었던 사실이 밝혀져 원고의 위 주장이 허위로 판명된 점, ④ 원고가 현재까지 이 사건 세금계산서상의 거래와 관련한 매수대금의 출처, 매입한 지금과 관련한 수불대장, 작업일지, 매출내역자료 등을 전혀 제출하지 못하고 있는 점 등 이 사건에 나타난 여러 사정을 종합적으로 고려해 볼 때, 경험칙상 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성·교부되었다고 넉넉히 추정할 수 있다 할 것이고, 이를 번복할 만한 증거가 없으므로, 이러한 전제에서 이 사건 세금계산서상의 합계금액을 손금에 불산입하고 익금에 산입하여 법인세의 과세표준을 경정하고 위 금액이 사외에 유출된 것으로 보아 대표이사인 소외 6에 대한 상여로 소득처분한 후 피고에 대하여 원천근로소득세를 경정·고지한 이 사건 처분은 적법하다 할 것이다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

[별지 생략]

판사 김종필(재판장) 김정중 김희철

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