2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 원고들에게 한 별지 1 목록 기재 가산세부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고들은 어업인과 수산물가공업자의 협동조직으로서 SSS협동조합법에 의하여 설립된 지구별 SSS협동조합이다.

나. 한편 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의2에 따르면, 어민이 어업에 사용하기 위한 석유류에 대하여 부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세, 자동차세(이하 '부가가치세 등'이라고 한다)를 면제하고 있는데(이하 위 석유류를 '면세유'라고 한다), 원고들은 면세유 관리기관으로서 아래 그림과 같이 정유사로부터 면세유를 구입하여 SSS협동조합 급유소 및 공급대행 주유소를 통해 관리지역 내 어민들에게 이를 공급하여 왔다.

다. 한편 피고들은 2013. 9. 16.부터 2013. 12. 4.까지 어업용 면세유 부정유통혐의자료 처리계획에 따라 원고들의 어민들에 대한 면세유 공급ㆍ관리 점검(대상년도: 2008. 1. 1.부터 2012. 12. 31.까지)을 실시한 결과, 원고들이 ① 해외출국 중이거나 ②사망한 어민에게 면세유류 구입카드 또는 출고지시서(구 조세특례제한법 제106조의2 제4항, 이하 '면세유류 구입카드 등'이라고 한다)를 발급하고, ③ 폐선, ④ 계선, ⑤ 선박안전검사 미수검 선박에 대하여 면세유류 구입카드 등을 발급한 사실(이하 '제1 내지 5처분사유'라고 한다)을 확인하였다.

라. 이에 피고들은, 원고들이 관리 부실로 인하여 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하였다는 이유로, 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제2호(이하 '이 사건 규정'이라고 한다)에 따라 원고들에게 감면받은 부가가치세 등의 20%에 해당하는 별지 1 목록 기재 가산세를 부과하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)을 하였다.

마. 원고들은 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 조세심판을 청구하였으나, 2014. 7. 29. 기각결정을 받았다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증, 을 제1 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

3. 원고들의 주장

가. 주장의 요지

원고들의 주장은 대략 ① 이 사건 규정을 제한적으로 해석하여야 하고, ② 원고들의 내부규정인 '구 유류공급 사업요령'(2012. 10. 5. 개정되기 전의 것, 이하 '구 사업요령'이라고 한다)을 위반하여도 이를 관리 부실로 바로 보는 것은 부당하며, ③ 제1 내지 5처분사유에 독자적인 위법사유가 존재한다는 것이다.

나. 이 사건 규정의 제한적 해석 주장

다음과 같은 사정들을 고려하면, 피고들이 원고들에게 이 사건 규정에 따라 가산세를 부과하기 위해서는, 원고들의 관리 부실로 인하여 '해당 면세유가 부정유통되는결과'가 실제로 초래되어야 한다. 그런데 원고들이 공급받은 면세유는 모두 어업용으로만 사용되었고 부정유통되지 않았으므로, 이 사건 처분은 모두 위법하다.

가) 이 사건 규정은 면세유 부정유통을 방지하기 위하여 부정유통에 개입한 면세유류 관리기관인 조합들에 대한 제재를 강화하기 위해 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 신설되었다.

그런데 납세자의 납세협력의무 해태에 대한 제재로 부과되는 일반적인 가산세와 는 달리, 이 사건 규정에 따른 가산세는 면세유의 관리라는 공적인 관리책임을 농어민의 협동조합에 부여하고 관리부실에 대한 책임 내지 제재로서 부과되는 것이므로, 이 사건 규정의 요건은 위와 같은 입법취지를 고려하여 제한적으로 해석되어야 한다.

나) 어민의 경우 구 조세특례제한법 제106조의2 제9항에 따라 면세유를 어업용 외의 용도로 사용한 경우에만 가산세를 추징하도록 정하고 있으므로, 이 사건 규정 역시 면세유가 어업용 외의 용도로 사용된 경우에만 한정하여 적용되어야 한다.

다. '관리 부실'의 판단 기준에 관한 주장

이 사건 규정에 따르면 '관리 부실'을 가산세 부과의 요건으로 정하고 있는데, 피고들이 이 사건 처분의 주된 근거로 삼은 구 사업요령은 원고들의 내부 규정에 불과하고 법규성이 인정되지 않는다. 따라서 원고들이 구 사업요령에서 정하고 있는 내용대로 업무를 처리하지 않았다고 하여 이를 이 사건 규정에 정한 '관리 부실' 행위에 해당한다고 볼 수 없다.

라. 제1 내지 5처분사유에 대한 주장

1) 원고들 주장의 요지

이 사건 규정에 따르면 원고들의 '관리 부실'이 인정되어야 가산세를 부과할 수 있고 또한 원고들의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다.

그런데 제1 내지 5처분사유와 관련하여 다음과 같이 원고들의 관리 부실을 인정할 수 없거나 원고들의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되므로, 이 사건 처분은 위법하다.

2) 해외로 출국한 어민 명의의 출고지시서 발급

구 사업요령 제23조에 따르면, 선장, 기관장, 사무장, 선주의 배우자 또는 직계가족(이하 '선장 등'이라고 한다)이 선주로부터 위임받은 경우에는 선주를 대신하여 면세유를 공급받을 수 있도록 규정하고 있다.

이에 어민들은 해외로 출국한 경우 선장 등에게 면세유 신청권한을 위임하여 면세유 공급을 신청하였고, 원고들은 위임장, 수임인의 신분증 사본 등을 통해 위임여부를 확인한 다음 출고지시서를 발급하였다.

이러한 경우 원칙적으로는 실제로 면세유 공급을 신청한 수임인 명의로 출고지시서가 발급되어야 하는데, 원고들 소속 직원의 업무미숙이나 실수로 인하여 수임인이아닌 해외 출국한 어민 명의의 출고지시서가 발급되기는 하였으나, 원고들은 위임장 및 수임인의 신분증 사본 등을 충실히 확인하고 출고지시서를 발급하였으므로, 이를 위법하다고 볼 수는 없다.

3) 사망한 어민 명의의 출고지시서 발급

원고들이 사망한 어민 명의로 출고지시서를 발급하기는 하였으나, 어민이 사망했더라도 상속인들이 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항에 따라 이를 신고하지 않고 피상속인의 등록 선박으로 조업을 계속하는 경우 원고들은 어민의 사망사실을 알수 없으므로, 사망한 어민 명의의 위임장을 제출해 출고지시서 발급신청을 하면 이를 발급할 수밖에 없었다.

4) 폐선된 선박에 대한 출고지시서 발급

어민이 어선법 제19조 제1항에 따라 어선의 등록을 말소하더라도 그 변동사항을 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항에 따라 원고들에게 신고하지 않는 이상, 원고들은 이와 같은 사실을 확인할 수 없으므로, 어민이 위 신고 없이 폐선된 선박에 대한 출고지시서 발급신청을 하면 원고들로서는 이를 발급할 수밖에 없었다.

5) 계선된 선박에 대한 출고지시서 발급

어민이 선박안전법 시행령 제2조 제1항 제1호에 따라 계선을 하더라도 그 변동 사항을 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항에 따라 원고들에게 신고하지 않는 이상, 원고들은 이와 같은 사실을 확인할 수 없으므로, 어민이 위 신고 없이 계선된 선박에 대한 출고지시서 발급신청을 하면 원고들로서는 이를 발급할 수밖에 없었다.

6) 선박검사를 받지 않은 선박에 대한 출고지시서 발급

가) 구 조세특례제한법 제106조의2 제1항 제1호는 선박안전법에 따른 선박검사를 받지 않은 선박을 면세유 공급대상에서 제외하고 있지 않으므로, 원고들이 선박검사 미수검 선박을 대상으로 출고지시서를 발급하였다고 하여 이를 위법하다고 볼 수 없다.

나) 또한 원고들이 출고지시서를 발급할 때마다 발급신청을 한 어민의 선박이 선박안전법에 따른 선박검사를 모두 적법하게 마친 선박인지 확인하는 것은 현실적으로 불가능하다.

4. 판단

가. 법령의 체계

원고들의 주장에 대하여 판단하기에 앞서 농어업용 유류의 면세에 대한 법령을 먼저 살핀다.

구 조세특례제한법 제106조의2는 농어촌의 경제적 안정을 지원하기 위한 목적에 서 농어업용으로 사용되는 유류에 대한 부가가치세 등의 면제를 규정하고 있다.

위 규정의 위임에 따라 구 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(2013. 2. 15. 대통령령 제24369호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 특례규정'이라고 한다)이 제정되었다.

또한 구 특례규정 제26조에 따라 면세유 유통 감독기관으로 지정된 구 농림수산식품부(현 해양수산부)는 훈령으로 구 어업용 면세유류 공급 및 사후관리 요령(2013. 2. 25. 농림수산식품부훈령 제355호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 공급관리요령'이라고 한다)을 제정하였다. 마지막으로 구 공급관리요령 제4조에 따라 면세유 관리기관으로 지정된 SSS협동조합중앙회는 내규로 구 사업요령을 제정하였다.

이하에서는 위와 같은 법체계를 염두에 두고 원고들의 주장들을 검토한다.

나. 이 사건 규정의 제한적 해석 주장에 대한 판단

살피건대, 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하면, 원고들이 관리 부실로 출고지시서 발급요건을 갖추지 못한 자에게 출고지시서를 발급한 이상, 그로 인하여 공급된 면세유가 실제 부정유통 되었는지 여부와는 무관하게 이 사건 규정에 따라 가산세를 부과할 수 있다고 보아야 하므로, 이 부분 원고들의 주장은 받아들이지 않는다.

가. 이 사건 규정은 ① 관련 증거서류를 확인하지 아니하는 등 관리 부실로 인하여 ② 농어민 등에게 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하거나 농어민등 외의 자에게 면세유류 구입카드 등을 발급하는 경우 가산세를 부과할 수 있다고 규정하고 있다.

따라서 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다는 조세법률주의의 원칙상(대법원2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조), 원고들의 주장대로 해당 면세유류 구입카드 등에 의하여 공급된 면세유가 실제 부정유통될 것을 이 사건 규정의 요건으로 추가하여 해석할 수는 없다.

나. 또한 구 조세특례제한법 제106조의2에서 정하는 면세유 제도는 어업기계 또는 선박 및 시설에 사용할 목적으로 공급되는 석유류에 대해서 부가가치세 등을 감면 함으로써 관련 비용을 절감시켜 어민의 소득증대를 지원하는 한편, 어업기계 또는 선박 및 시설의 보급을 촉진하여 어업생산성을 제고함과 동시에 어촌 노동력 부족현상에 대비하는 데 그 입법취지가 있고(헌법재판소 2010. 12. 28.자 2009헌바171 결정 등 참조), 위와 같은 입법취지를 달성하기 위해서는 면세유의 공급 및 사용 등에 대한 적정한 관리가 이루어져야 한다.

이에 구 조세특례제한법은 어민들을 조합원으로 하여 구성된 원고들을 면세유류관리기관으로 지정하고, 원고들에게 출고지시서 발급 권한, 적정한 업무의 처리를 위해 행정기관 등에 어민의 사망자료 등을 요청할 수 있는 권한(구 조세특례제한법 제106조의2 제20항)뿐만 아니라, 가산세 등의 추징사유가 발생하였을 때 면세유류 구입카드 등의 발급 및 사용을 중지시킬 수 있는 권한(구 조세특례제한법 제106조의2 제18항)까지도 부여하고 있다.

면세유류 관리기관인 원고들은 투명한 면세유 유통ㆍ사용질서를 확립하기 위하여 구 조세특례제한법 등 관련 규정에 따른 권한을 충실히 행사하여, 면세유가 불법적으로 유통되거나 사용되는 것을 사전에 차단할 의무가 있고, 위 의무의 이행을 담보하기 위해서는 원고들이 조세특례제한법 등 관련 규정을 위반하여 이러한 권한을 적절히 행사하지 않거나 잘못 행사하였을 때 이를 제재할 수 있는 수단이 확보되어야 하므로, 여기에 이 사건 규정의 입법취지가 있는 것이다.

다. 만약 어민 등에게 공급된 면세유가 부정유통되었을 것을 이 사건 규정의 추가적인 요건으로 보게 되면, 이미 공급된 면세유의 부정유통 여부는 이를 확인하기가매우 어려운 점에 비추어 볼 때, 원고들과 같은 면세유 관리기관이 관련 법령에 정해져 있는 절차를 위반하여 출고지시서를 발급하더라도, 이를 제재하기가 사실상 어렵게 되고 그 결과 이 사건 규정의 입법취지를 충분히 달성할 수 없다.

다. 구 사업요령 위반을 '관리 부실'로 볼 수 있는지 여부

구 사업요령은 구 조세특례제한법 제106조의2 제21항, 구 특례규정, 구 공급관리요령의 순차적인 위임에 따라 제정되어, 면세유류 공급업무의 수행에 필요한 세부요령을 규정하고 있다.

따라서 구 사업요령이 SSS협동조합중앙회에서 마련한 내부적인 업무처리 기준으로서 행정규칙에 해당한다고 하더라도, 상위 법령을 구체화하여 면세유류 공급 및 사후관리의 방법, 절차 등에 대하여 합리적인 기준을 가지고 규정하고 있으므로, 원고들은 이를 준수하여 면세유를 공급ㆍ관리할 의무가 있고, 원고들이 이를 위반하여 출고지시서 등을 발급하였다는 사정은 이 사건 규정에 정한 '관리 부실'에 해당하는지 여부를 판단할 때 당연히 고려되어야 한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2008두21669 판결 등 참조). 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

라. 제1 내지 5처분사유에 대한 판단

1) 해외로 출국한 어민 및 사망한 어민 명의의 출고지시서 발급(제1, 2처분사유) 살피건대, 을 제4, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 고려하여 보면, 원고들은 해외로 출국하거나 사망한 어민 명의의 출고지시서를 발급할 때 본인확인 절차를 철저히 하여 위임관계 등을 확인한 후 출고지시서를 발급하였어야 함에도, 위임장이나 수임인의 신분증 등의 증거서류를 제대로 확인하지 않는 등 관리를 부실하게 하여 출고지시서를 잘못 발급하였다고 보이므로, 이 부분 원고들의 주장은 받아들이지 않는다.

(1) 구 조세특례제한법 및 구 특례규정에는 어민이 제3자에게 출고지시서 발급을 위임하여 면세유를 공급받을 수 있다는 규정은 없다. 다만 구 공급관리요령 제18조가 '조합은 반드시 법령에 따른 공급대상자(어민)에게 면세유를 공급하여야 한다. 다만, 낙도벽지 소재 어민 등 수협지도경제대표이사가 위임이 불가피한 것으로 정하는 경우에 한하여 타인에게 유류인수권한의 위임을 허용할 수 있다'고 규정하고 있고, 이에 따라 구 사업요령 제23조 제3호는 '선장, 기관장, 사무장, 선주의 배우자 또는 직계가족은 선주로부터 면세유 인수권한을 위임받을 수 있다'고 규정하고 있다.

(2) 면세유 수급에 있어 출고지시서는 면세유 인수권한을 부여한 증표에 해당하므로, 출고지시서를 발급할 때 본인임을 확인하는 절차는 부정유통을 막기 위한 핵심적인 사항이고, 따라서 원고들은 관련 규정에 따라 본인여부 확인 절차를 준수하여출고지시서를 발급하여야 한다.

(3) 구 사업요령 제35조 제2항에 따르면, 원고들은 수임인에게 출고지시서를 발급할 때는 위임장(위임기간 최장 3개월)이나 가족관계증명서를 확인하고, 위임받은 자의 신분증 사본을 출고지시서 뒷면에 첨부하여야 한다고 규정하고 있다.

(4) 그런데 원고들은 해외로 출국하거나 사망한 어민 명의의 출고지시서를 발급하면서 위임장이나 가족관계증명서를 제대로 확인하지 않고, 위임받은 자의 신분증 사본을 출고지시서 뒷면에 제대로 첨부하지 않는 등 구 사업요령 제35조 제2항을 위반하였다[원고들은 갑 제7, 8호증(가지번호 포함)을 근거로 위 의무를 충실히 이행하였다고 주장하나, 위 증거들은 위임기간이 기재되어 있지 않는 등(갑 제7호증의 2) 그 작성 시기나 경위가 불명확하여, 위 증거들만으로 원고들이 구 사업요령 제35조 제2항에 정한 절차를 충실히 준수하였다고 인정할 수 없다].

(5) 또한 원고들은 면세유 관리업무의 수행을 위하여 행정기관 등에 어민의 사망 등에 관한 자료를 요청할 수 있으므로(구 조세특례제한법 제106조의2 제20항), 정기적으로 자료를 제공받아 어민의 사망 등에 관한 정보를 파악할 수 있었음에도 불구하고, 이러한 조치를 전혀 취하지 않았다.

2) 폐선 및 계선된 선박에 대한 출고지시서 발급(제3, 4처분사유)

살피건대, 을 제4, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 고려하여 보면, 원고들은 관리 부실로 선박의 폐선 및 계선 여부에 대하여 제대로 확인하지 않고 출고지시서를 발급하였다고 보아야 하므로, 이 부분 원고들의 주장도 받아들이지 않는다.

(1) 어선의 소유자는 어선원부에 어선을 등록하여야 하고(어선법 제13조 제1항), 멸실ㆍ침몰ㆍ해체 또는 노후ㆍ파손 등의 사유로 어선을 사용할 수 없게 되면 30일 내에 그 등록의 말소를 신청하여야 하며(어선법 제19조 제1항), 등록이 말소된 어선의 소유자는 지체 없이 그 어선에 붙어 있는 어선번호판을 제거하고 그 어선번호판과 선박국적증서를 관할 행정청에 반납하여야 한다(어선법 제19조 제3항).

(2) 원고들은 어민들의 선박등록증, 영어사실 등을 확인하고 해당 선박을 명시하여 출고지시서를 발급하여야 함에도 불구하고(구 조세특례제한법 제106조의2 제6항, 구 특례규정 제20조 제2항, 구 공급관리요령 제15조, 구 사업요령 제35조 제3항), 이를 제대로 확인하지 않고 폐선ㆍ계선된 선박에 대하여 출고지시서를 발급하였다.

(3) 설령 어민들이 폐선ㆍ계선 사실을 신고하지 않아 원고들이 이를 알지 못하고 출고지시서를 발급하게 되었다고 하더라도, 원고들은 정기적으로 어민들로부터 위와 같은 서류를 제출받는 방법으로 해당 선박의 실제 운행 여부를 판단할 수 있었음에도 불구하고 이러한 조치를 전혀 취하지 않았고, 폐선ㆍ계선된 선박에 대하여 많게는 수십회에 걸쳐 출고지시서를 발급하였으므로, 원고의 관리 부실이 인정된다.

(4) 게다가 어민들은 원고들이 관리하는 급유소에서 면세유를 공급받았는데(구 사업요령 제3, 4조), 급유소 직원은 면세유를 공급할 때 출고지시서상에 명시된 어선과 실제 주유하는 어선이 동일한지 여부를 확인하여야 하므로(구 사업요령 제33조 제2호), 원고들은 급유소 직원을 통하여 폐선ㆍ계선된 선박에 출고지시서가 발급되었는지 여부를 확인할 수 있었다.

3) 선박검사를 받지 않은 선박에 대한 출고지시서 발급(제5처분사유)

살피건대, 을 제4, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 고려하여 보면, 선박안전법에 따른 검사를 받지 않은 선박은 항해에 사용될 수 없고 이에 대한 면세유의 공급도 금지되는데, 원고들은 선박검사증서에 대한 확인을 소홀히 하여 선박검사를 받지 않은 어선에 대하여 출고지시서를 잘못 발급하였다고 보아야 하므로, 이 부분 원고들의 주장도 받아들이지 않는다.

(1) 선박소유자는 선박을 최초로 항해에 사용하는 때 또는 선박검사증서의 유효기간이 만료된 때에는 해양수산부장관의 검사를 받아야 한다(선박안전법 제8조). 또한 선박소유자는 선박시설에 대하여 개조 또는 수리를 행하거나, 용도를 변경하는 등의 일정한 경우 임시검사를 받아야 한다(선박안전법 제10조).

이와 같은 선박검사내역은 선박검사증서에 모두 기재되고(선박안전법 제8조 제2항, 제10조 제2항), 선박검사증서가 없는 선박이나 선박검사증서의 효력이 정지된 선박은 항해에 사용될 수 없다(선박안전법 제17조 제1항).

(2) 어민은 면세유류 공급카드를 발급받을 때 원고들에게 선박검사증서 사본을 제출하여야 하고(구 사업요령 제21조 제1항 제1호 라목), 면세유류 공급카드의 유효기간은 어업면허증상 유효기간과 선박검사증서상 유효기간 중에 일찍 도래하는 기일이 만료일이 된다(구 사업요령 제22조 제5항 제1호).

(3) 원고들은 면세유류 공급카드를 제시받고 출고지시서를 발급할 때 면세유류 공급카드의 유효기간 경과 여부를 확인하여야 하는데(구 사업요령 제35조 제1항 제3호), 선박정기검사의 경우 그 기간이 주기적이어서 면세유류 공급카드를 통해 그 만료일을 쉽게 확인할 수 있으므로, 원고들이 정기검사 유효기간을 도과한 선박에 대하여 출고지시서를 발급하였다면 이는 확인의무를 소홀히 한 것으로서 관리 부실에 해당한다.

(4) 한편 임시검사의 경우, 법령에 규정된 사유가 발생하였을 때 선박소유주등이 선박검사를 신청하여 관할 행정청으로부터 검사를 받아야 하는 것이므로, 원고들로서는 해당 어민의 신고가 있기 전까지는 임시검사를 받았는지 여부를 즉각적으로 파악하기 어려울 수 있다.

그러나 원고들이 선박안전기술공단에 대한 조회 등을 통하여 임시검사 여부에 대하여 정기적으로 확인할 수 있었음에도 불구하고 이 사건 처분의 대상기간인 2009년도부터 2012년도까지 이러한 조치를 전혀 취하지 않은 점(구 사업요령 제50조 제2항에 따르면, 연 1회 이상 선박검사증서 등 제출 서류의 적정성을 점검하도록 규정하고 있다)에 비추어 보면, 임시검사 여부 확인에 대한 원고들의 관리 부실 역시 인정된다고 보아야 한다.

5. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.