2. 원고의 나머지 주위적 청구와 예비적 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로, 피고가 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다. 예비적으로, 피고가 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분은 모두 무효임을 확인한다.

가. 원고는 2000. 0. 0. 설립되어 원사ㆍ원단 제조업 등을 영위하고 있는 법인이다.

나. 피고는 원고의 무자료매출에 대한 수입금액 신고누락혐의에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 아래 표 기재와 같이 2009년 1기부터 2010년 1기까지의 기간 중 XXTEX에 공급가액 합계 0,000,000,000원의 원사 등을 무자료로 매출하고(①), 위 금액 중 0,000,000,000원 상당은 매출신고를 누락하고(②), 나머지 금액 중 0,000,000,000원 상당은 영세율을 적용받는 업체인 NNN리미티드 외 8개 업체에 가공매출세금계산서를 교부하고(③), 000,000,000원 상당은 일반업체인 CC산업 외 9개 업체에 가공매출세금계산서를 교부하였으며(④), 이와 별도로 위 기간 중 XXTEX에 공급한 공급가액 000,000,000원에 관하여 실체가 없는 XXFAMILY 앞으로 위장매출세금계산서를 교부하였고(⑤), 한편 무자료매입금액이 000,000,000원이라고 파악하였다.

<과세기간별 무자료거래 및 가공매출거래 금액(공급가액)>(단위: 천원)

구분

무자료매출

(①= ②+③+④)

신고누락매출(②)

영세율가공매출(③)

일반가공매출(④)

위장매출(⑤)

무자료매입

합 계

2009.1기

2009.2기

2010.1기

※ 사실과 다른 세금계산서 발급금액 = ③+④+⑤

다. 피고는 위 표의 신고누락매출(②) 및 영세율가공매출(③) 금액에 관하여는 원고가 사기 기타 부정한 행위로 부가가치세를 포탈하였다는 이유로 국세기본법 제26조의2 제1항에 따라 국세 부과제척기간 10년을 적용하여 해당금액만큼 매출세액을 증액하고, 부당과소신고에 관한 중가산세 및 세금계산서 미발급 및 허위발급으로 인한 가산세를 부과하고, 일반가공매출(④) 및 XXFAMILY 위장매출(⑤) 금액에 관하여는 세금계산서 미발급 및 허위발급으로 인한 가산세를 부과하여 2015. 8. 12. 2010년 제1기분 부가가치세 000,000,000원을 경정고지하고(이하 '2010년 처분'이라 한다), 2015. 9. 16. 2009년 제1기분 부가가치세 000,000,000원, 2009년 제2기분 부가가치세 000,000,000원(이하 '2009년 처분'이라 하고, 2010년 처분과 함께 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 각각 경정ㆍ고지하였다.

라. 원고는 2009년 처분에 불복하여 2015. 12. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2016. 2. 25. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제4호증, 을 제1호증 내지 제4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고의 본안전 항변

원고는 2010년 처분에 관하여는 전심절차를 거치지 않았는데, 이미 2010년 처분의 통지가 이루어진 2015. 8. 12.로부터 90일의 청구기간이 도과하였으므로, 이 사건 소 중 2010년 처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

나. 판단

국세기본법 제55조 제1항, 제56조 제2항에 따르면 세법 등에 의하여 위법한 처분을 받은 자가 행정소송을 제기하려면 국세청장에 대하여 심사청구를 하거나 조세심판원에 심판청구를 하는 두 가지 전심절차 중 어느 하나를 반드시 거치도록 되어 있는데, 앞서 본 바와 같이 원고는 2009년 처분에 대하여만 전심절차를 거쳤을 뿐 2010년 처분에 대하여는 전심절차를 거치지 아니하였다.

조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적・발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 과세관청과 국세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있기는 하지만(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두10170 판결 등 참조), 부가가치세와 같이 일정한 기간을 과세단위로 하는 세목에 있어서 과세기간을 달리하는 과세처분은 요건과 효과를 달리하는 독립적 처분으로서 비록 각 부과처분에 대하여 동일한 사유를 내세워 취소를 구하였다 하여도 특별한 사정이 없는 한 그 전심절차는 개별적으로 거쳐야 한다(대법원 1984. 5. 29. 선고 83누31 판결, 1996. 2. 23. 선고 95누12057 판결 등 참조).

2010년 처분은 2009년 처분과는 과세기간을 달리하는 독립된 별개의 처분으로서 2009년 처분의 단계적・발전적 과정에서 이루어진 처분이라 할 수 없는 이상, 원고로 하여금 2010년 처분에 대하여 별도로 전심절차를 거치도록 하는 것이 비용과 시간의 측면에서 무의미한 일이라고 단정할 수 없으므로, 2010년 처분에 대하여도 전심절차를 거쳐야 한다고 봄이 상당하다.

따라서 원고의 주위적 청구 가운데 2010년 처분의 취소를 구하는 부분은 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이OO의 주문에 따라 XXTEX와 XXFAMILY로 나누어 세금계산서를 발급하여주었고, 거래상대방인 XXTEX가 매출세금계산서의 수령을 거부함에 따라 어쩔 수 없이 매출세금계산서를 교부하지 못한 것뿐이다. 즉 원고는 소극적으로 거래처의 세금 탈루에 일조하였을 뿐 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정행위를 하지 않았으므로, 이는 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호의 사기 그 밖의 부정한 행위에 해당하지 않는다.

2) 원고가 2009년 1기부터 2010년 1기까지의 과세기간 중 사실과 다른 매출세금계산서를 발급하였더라도 실제 물품공급거래가 있었고, 매출 상대방을 사실과 다르게 기재한 위장거래를 하였을 뿐 공급가액 등은 정상거래를 한 경우와 동일하므로, '국세를 포탈하거나 환급・공제받은 경우'에 해당하지 않는다.

3) 따라서 구 국세기본법 제26조 제1항 제1호가 규정하는 10년의 부과제척기간이 적용되는 경우가 아니므로, 5년의 부과제척기간을 도과하여 이루어진 이 사건 각 처분은 그 하자가 중대・명백하여 무효이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고의 대표자 정OO는 지인으로부터 XXTEX의 운영자 이OO을 소개받아 거래를 시작하게 되었는데, XXTEX와 XXFAMILY 모두 이OO이 운영하는 업체이고, XXFAMILY는 XXTEX의 직원인 정CC 명의로 사업자등록된 것이라는 사실을 알고 있었다.

2) 원고는 2009년 1기에 1,180,975,000원, 2009년 2기에 1,086,320,000원, 2010년 1기에 1,029,048,000원 합계 3,296,343,000원 상당의 원사 등을 XXTEX에 공급하여 현금 또는 계좌이체로 대금을 지급받고도 매출세금계산서를 발급하지 않았고, 위 합계금액 중 2,112,481,000원에 관하여는 가공매출처에 미리 지급받을 매매대금 상당의 금원을 지급한 후 가공매출처로부터 그 상당의 금원을 계좌이체 받거나 물품대금채권을 양수하거나 신용장(L/C)을 발급받는 방식으로 판매대금을 지급받은 것 같은 외관을 창출한 후 가공매출처를 공급받는 자로 하여 허위의 매출세금계산서를 발급하였다. 위 2,112,481,000원 가운데 1,831,182,000원 상당은 영세율을 적용받는 업체인 NNN리미티드 외 8개 업체를 공급받는 자로 기재하여 발급되었고, 281,299,000원 상당은 일반업체인 CC산업 외 9개 업체를 공급받는 자로 기재하여 발급되었다.

3) 또한 원고는 2009년 1기 000,000,000원, 2009년 2기 000,000,000원, 2010년 1기 000,000,000원 합계 000,000,000원 상당의 원단을 XXTEX에 공급하면서 공급받는자를 XXFAMILY로 기재하여 매출세금계산서를 발급하였다.

4) 그리고 원고는 매입세금계산서를 발급하지 않고 2009년 1기 000,000,000원, 2009년 2기 000,000,000원, 2010년 1기 000,000,000원 합계 000,000,000원 상당의 원사 등을 매입하였다.

5) 원고는 위와 같은 무자료 매입・매출과 사실 및 다른 세금계산서 발급을 숨기기 위하여 정상적인 거래에 관한 매입・매출내역만 물류관리를 위한 원고의 전산시스템에 입력하였고, 무자료 매입・매출분에 관하여는 별도의 다이어리에 기재하여 매월 또는 분기별로 정산을 하였으며, 거래가 끝난 후 다이어리의 기록을 폐기하였다.

6) 원고의 대표이사 정OO는 2015. 4. 27. 및 2015. 5. 29. 세무조사를 받으면서 다음과 같은 내용을 진술하였다.

○ XXTEX와 XXFAMILY는 모두 XX의 이OO 사장이 실질적으로 운영하는 업체이며 XXFAMILY는 XXTEX의 직원 정CC 부장명의로 사업자 등록이 되어 있었으나, 실질은 1개 사업체이다. 이OO 사장이 요청하는 금액에 대해 XXTEX와 XXFAMILY로 나누어 세금계산서를 발급하였다.

○ 처음에는 정상거래로 시작하였으나 XXTEX측에서 일부만 세금계산서를 받고 나머지는 받지 않겠다고 하여 매입세금계산서가 남게 되었고, 시장에 물건을 팔면 현금으로 바로 결제가 되어 자금사정이 호전되고 회사의 외형도 크게 되어 시작하게 되었다. 자금압박이 심하여 회사의 자금회전율을 높일 필요가 있었고, 외형을 키워 회사 신용도를 높일 필요가 있었다.

○ XXTEX에 무자료매출을 함에 따라 매입금액이 과다하게 되었기 때문에, 이 부분에 대한 가짜 세금계산서를 발급하거나 무자료매입을 하게 되었다. 매입이 정상적으로 이루어지고 출고시 세금계산서를 끊을 수 있는 항목은 회사의 전산시스템에 입력이 가능하지만 시장을 통해 무자료 매입한 물품은 별도의 다이어리에 기재한 후 매월 또는 분기별 결산 시에 그 기록을 보고 출고명세를 거래상대방인 XXTEX에 보냈다. 무자료매입은 출고 한달 후 XXTEX 이OO사장에게 받은 현금으로 결제를 했는데, 당시에는 현금으로 결제한 내용을 다이어리에 기록하고 보관하였으나, 2년 전쯤에 필요없는 물건이라 생각해서 전부 폐기처분하여 남아있지 않다.

○ 가공 매출세금계산서를 발급한 금액을 정상적으로 법인통장에 들어온 것처럼 하기 위하여 XXTEX로부터 무자료매출로 지급받은 물품대금을 가공매출처에 먼저 가져다주고, 가공매출처에서 L/C나 구매승인서 방식, 거래처 물품대금 회수방식 등으로 물품대금을 회수하였고, 그 과정에서 가공매출처로부터 거래명세서, 대금입금증빙, 내국신용장, 세금계산서 등을 발급받았다.

○ 회사 비보이 계정은 일종의 가매출 계정으로 편직처로 선 출고 후에 판매처가 정해지면 거래처 정정으로 정상매출 처리한 것으로 일부는 무자료 매출이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제2호증 내지 제15호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고의 사기 기타 부정한 행위가 성립하는지 여부

가) 부가가치세 본세 포탈 부분에 관하여

(1) 부가가치세 본세 포탈여부

전단계세액공제제도의 특성상 부가가치세에 있어서는 공급받는 자를 사실과 다르게 기재한 세금계산서를 발급한다고 하더라도 그 세금계산서에 기재된 부가가치세를 납부하는 경우 결국 국가의 조세수입에는 감소가 없게 된다.

을 제4호증의 1 내지 3의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 위와 같은 사정을 반영하여, 이 사건 각 처분을 함에 있어 원고가 XXTEX에 물품을 공급하고도 일반업체와 XXFAMILY에 허위의 매출세금계산서를 발급한 행위에 관하여는 결과적으로 부가가치세의 포탈이 없다고 보아 부가가치세 과세표준의 경정 없이 세금계산서 미발급 및 부실기재발급으로 인한 가산세만을 부과하였고, 원고가 매출세금계산서를 발급하지 아니하여 신고를 누락한 매출금액 및 영세율업체에 부실기재 매출세금계산서를 발급한 금액에 관하여만 부가가치세를 포탈한 것으로 보아 각 매출금액 만큼 증액된 과세표준을 기준으로 부가가치세를 부과하고 이에 더하여 부당과소신고가산세와 세금계산서미발급, 부실기재발급으로 인한 가산세를 부과한 사실이 인정된다.

원고가 매출금액에 대한 부가가치세 신고를 누락한 경우와 실제로는 일반 세율이 적용되는 업체에 공급하고도 영세율이 적용되는 업체에 공급한 것처럼 허위의 세금계산서를 발급한 경우에는 해당 매출세액에 상응하는 부가가치세의 납부의무를 면탈하게 되므로, 피고가 이 부분에 한하여 부가가치세 본세를 포탈한 경우에 해당한다고 본 것은 적법하고, 원고는 위와 같이 부가가치세 납부의무를 면탈하는 것이 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식도 있었다고 할 것이다.

한편 원고는 영세율 적용 업체에 발급한 세금계산서 상의 매출액에 100/110을 곱하지 아니하고 과세표준에 가산하였으므로 해당 포탈세액의 산정에 잘못이 있다는 취지로도 주장하는 듯하나, 을 제12, 14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 원고가 영세율 가공거래처에 발급한 허위의 매출세금계산에 기재된 바에 따라 부가가치세가 제외된 공급가액을 기준으로 하여 과세표준을 산정한 것으로 보이므로, 해당 부분의 과세표준 산정에 잘못이 없고, 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 사기 기타 부정한 행위의 존재 여부

앞서 인정한 사실에 의하면, 원고는 XXTEX에 원사 등을 공급하면서 매출세금계산서를 전혀 발급하지 않은 부분에 관하여는 고의로 원고의 전산시스템에 입력을 누락하고 수기로 별도의 장부에 기재하여 관리하는 적극적 은닉행위를 하였고, 영세율이 적용되는 업체를 공급받는 자로 하여 매출세금계산서를 발급한 부분에 관하여는 이에 더하여 허위의 구매승인서와 신용장을 발급받는 등으로 증빙을 조작하는 행위를 하였으므로, 원고의 위와 같은 행위들은 모두 부가가치세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위에 해당한다.

(3) 소결

따라서 원고가 위와 같이 부가가치세 본세를 포탈한 행위는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당한다.

나) 가산세 포탈 부분에 관하여

앞서 살핀 것과 같이 원고는 XXTEX에 원사 등을 공급하면서 XXTEX를 공급받는자로 하는 매출세금계산서를 발급하지 않았고, 그 중 일부에 관하여는 다른 업체 앞으로 사실과 다른 세금계산서를 발급하였으며, 이를 은닉하기 위하여 고의로 원고의 전산시스템에 입력을 누락하고 별도의 장부를 만들어 관리하였을 뿐 아니라, 가공매출처로부터 실제로 대금을 지급받은 것과 같은 외관을 창출하기 위하여 허위의 구매승인서나 대금입금증빙, 거래명세서, 신용장 등을 발급받았다. 원고의 이러한 행위는 거래의 증빙을 조작하여 매출세금계산서의 미발급이나 사실과 다른 매출세금계산서의 발급에 대한 가산세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위에 해당하고, 그로 인한 국가의 가산세 조세수입이 감소하였음이 분명하다.

따라서 원고의 행위는 가산세 부분에 관하여도 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당한다.

2) 소결론

원고는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세 및 가산세를 포탈하였으므로, 이 사건 각 처분은 10년의 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하고, 원고의 주장은 모두 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구 가운데 2010년 1기 부가가치세(가산세 포함) 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 주위적 청구와 예비적 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.