2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 3, 4, 갑 제4호증, 을 제3, 4호증의 각 1 내지 12의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. 원고는 2001. 7. 13. 구조조정대상기업에 대한 투자, 구조조정대상기업의 인수 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2001. 7. 28. 산업자원부장관에게 구 산업발전법(2002. 1. 19. 법률 제6613호로 개정되기 전의 것) 제14조 제3항 의 규정에 따른 기업구조조정전문회사로 등록하였다.

나. 원고는 2002. 9. 2. 13,000,000,000원 규모의 ‘코레트 기업구조조정조합 2호(이하 ’이 사건 조합‘이라 한다)’에 3,000,000,000원을 출자하였는데, 이 사건 조합이 2005. 4. 8. 해산함에 따라 그 무렵 위 조합으로부터 구조조정대상기업 주식[당초 구조조정대상기업인 국제종합건설 주식회사가 해산되면서 주식회사 IC코퍼레이션(신설회사)과 주식회사 HS홀딩스(존속회사)로 분리]인 주식회사 IC코퍼레이션 주식 747,884주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)와 주식회사 HS홀딩스 전환사채 220,000주(이하 ‘이 사건 전환사채’라 하고, 이 사건 주식과 이 사건 전환사채를 통틀어 ‘이 사건 주식 등’이라 한다)를 현물로 배분받았다.

다. 한편 원고는 2005. 8. 23. 위 기업구조조정전문회사의 등록증을 반납하여 일반법인이 되었다.

라. 원고는 2005. 7. 12.부터 같은 해 11. 25.까지 14회에 걸쳐 이 사건 주식 중 일부를, 2005. 9. 27. 이 사건 전환사채 전부를 각 양도하였고, 이에 따른 양도차익 6,661,798,000원 중 최저한세적용 비과세 배제금액을 차감한 나머지 3,428,295,000원을 비과세소득으로 신고하였다.

마. 원고는 또, 2007. 1. 19.부터 2007. 8. 23.까지 7회에 걸쳐 이 사건 주식 중 나머지를 양도하고, 이에 따른 양도차익 3,220,375,000원 중 최저한세적용 비과세 배제금액을 차감한 나머지 1,256,679,000원을 비과세소득으로 신고하였다.

바. 그런데 감사원은 피고에 대한 업무감사시 기업구조조정전문회사가 주식을 취득한 후 면허를 반납하여 일반법인으로 변경된 상태에서 주식을 처분하는 경우에는 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것 또는 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 괄호 속의 구법 표시 없이 ‘구 조세특례제한법’이라 함은 이들 둘 또는 그 중 하나를 가르킨다) 제55조 제1항 의 비과세규정이 적용되지 않는 것으로 보아 위와 같이 신고된 각 비과세소득 중 2005. 8. 23. 이후 발생한 양도차익 합계액 3,860,505,000원(2005 사업연도 2,603,826,000원 + 2007 사업연도 1,256,679,000원, 이하 이를 ‘이 사건 양도차익’이라 한다)에 대해 과세하라는 취지의 감사지적을 하였고, 이에 따라 피고는 2010. 1. 12. 원고에게 2005 사업연도 법인세 749,354,950원의, 2007 사업연도 법인세 606,638,850원의 각 부과처분을 하였다(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

기업구조조정 전문회사가 구조조정대상기업에 출자를 하여 주식을 취득한 이상 기업구조조정대상기업에 대한 신속한 자금지원을 통해 산업경쟁력을 확보하고자 한 구 조세특례제한법 제55조 제1항 의 입법목적은 충족된 점, 기업구조조정조합에 투자한 개인의 경우 구조조정대상기업의 주식을 처분하여 발생한 양도차익에 대하여 과세하지 않는 점에 비추어 법인의 경우 기업구조조정전문회사의 지위에서 주식을 취득한 이상 처분 당시 이와 같은 지위를 유지할 필요는 없는 점, 구 조세특례제한법 제55조 제1항 은 과세특례의 적용요건으로 주식 등의 취득 주체를 기업구조조정전문회사로 한정하였을 뿐, 그 양도의 주체는 특별히 제한하지 않고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 기업구조조정전문회사로서 이 사건 주식 등을 취득한 이상 이 사건 양도차익에 대하여는 구 조세특례제한법 제55조 제1항 에 따른 과세특례가 적용되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 기업구조조정전문회사의 도입배경

외환위기 이후 금융기관의 부실채권 해소와 부실기업의 구조조정 촉진을 위해 도입된 다양한 제도 중 하나가 1999. 2. 「산업발전법」의 제정을 통해 도입된 기업구조조정전문회사 제도이다. 기업구조조정전문회사는 회생 불가능한 화의·법정관리·워크아웃기업의 퇴출절차 지연에 따른 문제를 해결하기 위하여 구조조정대상기업의 경영권을 확보한 다음 적극적인 사업구조조정을 추진함으로써 부실기업의 조속한 정상화 및 기업가치 제고 기능을 수행하는 데에 그 주된 목적이 있다.

(2) 기업구조조정전문회사가 구조조정대상기업의 주식을 취득한 후 일반법인으로 변경된 상태에서 그 주식을 양도한 경우 구 조세특례제한법 제55조 제1항 의 과세특례규정의 적용 여부

(가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 조세법규를 해석함에 있어서 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만, 법률 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 가능하다.

(나) 앞서 살펴본 기업구조조정전문회사의 도입배경 및 관계 법령의 내용 등 에 비추어 드러나는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 기업구조조정전문회사의 지위에서 구조조정대상기업에 출자하여 주식 또는 출자지분을 취득한 이상 당해 주식 또는 출자지분을 양도할 당시 기업구조조정전문회사의 지위에 있지 아니하더라도 구 조세특례제한법 제55조 제1항 에 따른 비과세 요건은 충족되었다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

1) 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 은 “산업발전법에 따른 기업구조조정전문회사가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 구조조정대상기업에게 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우에는 당해 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익 … … 에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다.”라고 규정하고, 개정된 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 역시 종전 조항의 ‘취득하는’ 앞에 ‘2007년 12월 31일 이전에’라는 문구를 부가하여 그 취득시기를 제한하였을 뿐 양도차익의 법인세 비과세 요건에 관한 다른 법문 표현은 변함이 없는바, 위 문언을 있는 그대로 읽을 경우 복문으로 된 문장구조상(문장 뼈대만 간추려 보면 ‘기업구조조정전문회사가 주식을 취득한다’라는 조건절이 ‘과세관청은 법인세를 과세하지 아니한다’라는 주절을 수식하는 가운데 주절의 주어인 과세관청이 생략된 구조) ‘기업구조조정전문회사’는 ‘취득’만을 수식할 뿐 ‘양도’마저 수식하는 것은 아니라고 보는 것이 자연스럽다. 이와 같이 새길 경우 취득시에는 기업구조조정전문회사의 지위에 있어야 하지만 양도시까지 그 지위가 유지될 필요는 없다.

2) 이는 종전의 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 이 ‘산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사가 구조조정대상기업에게 출자한 주식 또는 지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익 … … 에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다“고 규정하고 있다가 위와 같이 개정된 점이나, 거주자의 기업구조조정전문회사 등에의 출자에 대한 과세특례를 정한 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제55조 제4항 이 ”거주자가 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사법에 의한 기업구조조정투자회사에 …… 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니한다“고 규정함으로써 같은 조에서 상이한 문장구조로 과세특례의 요건을 규정하고 있는 점과 비교하여 보더라도 그러하다.

3) 기업구조조정전문회사는 1998. 2. 8. 법률 제5825호로 산업발전법이 제정됨에 따라 도입된 제도인데, 산업발전법이 2009. 4. 1. 법률 제9854호로 전부개정됨에 따라 기업구조조정전문회사에 관한 산업발전법 관련 조항이 모두 삭제되어 그 제도 자체가 폐지되었다. 그런데 위 전부개정된 산업발전법 부칙 제2조에서는 여신전문금융업법 제3조 제2항 에 따라 금융위원회에 등록한 신기술사업금융업자가 종전의 규정에 따라 지식경제부장관에게 등록한 기업구조조정전문회사에 대한 경과조치규정만을 두고 있을 뿐, 그 이외의 기업구조조정전문회사와 관련된 경과조치규정을 두고 있지 않아 종전의 규정에 따라 기업구조조정전문회사로 등록된 법인이라고 하더라도 경과조치규정에 해당되지 않는 법인은 위 산업발전법이 시행된 2009. 5. 8.부터는 기업구조조정전문회사로 볼 수 없게 되었다. 만약 주식 양도 당시 기업구조조정전문회사의 지위에 있어야 구 조세특례제한법 제55조 제1항 에 따른 비과세 혜택을 누릴 수 있다고 한다면, 산업발전법의 개정에 따라 기업구조조정전문회사의 지위를 상실한 법인이 2009. 5. 8. 이후 주식 등을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 과세해야 한다는 결론에 이르게 되는데, 이는 납세자에게 예상할 수 없는 조세부담을 지우는 가혹한 결과라고 아니할 수 없다. 이와 관련하여 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 조세특례제한법은 제55조 를 삭제하면서, 같은 법 부칙 제40조에서 기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치로 “이 법 시행 전에 종전의 제55조 제1항 에 따라 구조조정대상기업에게 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도에 관하여는 제55조 의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 정하고 있는바, 주식 양도 당시까지 기업구조조정전문회사의 지위를 유지하지 않더라도 구 조세특례법 제55조 제1항 의 과세특례가 적용된다고 해석함으로써, 위와 같은 경과조치규정에 의하여 2009. 5. 8. 이후 발생한 주식의 양도차익 또한 비과세된다는 보다 합리적인 결론에 이를 수 있다. 기업구조조정전문회사 제도를 폐지한 입법자 역시 같은 맥락에서 회사가 제도 폐지 후 주식을 양도함에 따른 법인세 부과 문제에 대하여 별도의 경과조치규정을 두지 않았을 것으로 생각된다.

4) 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제5호 는 기업구조조정조합이 구조조정대상기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도에 대하여는 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니한다고 규정함으로써 개인이 기업구조조정조합을 통하여 구조조정대상기업에 출자한 경우에는 아무런 제한 없이 소득세를 과세하지 않고 있는바, 그와의 균형을 고려하더라도 법인인 기업구조조정전문회사에 대한 과세특례의 요건을 정한 구 조세특례제한법 제55조 제1항 을 엄격하게 해석할 필요는 없다.

5) 기업구조조정전문회사는 외환위기 이후 부실기업의 구조조정 촉진을 위해 도입된 제도로서, 그 주된 목적은 자금의 신속한 투입을 통한 부실기업의 정상화 및 기업가치 제고에 있고, 이와 같은 역할을 유인하기 위하여 구 조세특례제한법 제55조 제1항 은 기업구조조정전문회사가 취득한 주식 등의 양도차익을 비과세 대상으로 규정한 것으로 보인다. 따라서 구조조정대상기업에 출자하는 등의 방법으로 자금이 투입된 이상 구조조정대상기업에 대한 신속한 자금지원의 장려라는 구 조세특례제한법 제55조 제1항 의 입법목적은 이미 달성되었다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]

판사 김홍도(재판장) 한원교 성원제

심급 사건

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