2.원고의 각 나머지 청구를 기각한다.

3.소송비용 중 60%는 원고가 부담하고, 40%는 피고가 부담한다.

가. 원고는 1988. 10. 26. 설립되어 공공사업과 관련한 타당성 조사 ・ 기본설계 ・ 실시설계 ・ 종합감리 및 사업관리 등 건축엔지니어링 및 기술서비스업을 영위하고 있는 법인으로서 1993. 10. 20. □□엔지니어링 건설기술연구소(1996. 4. 15. □□건설교통연구원으로 개칭함, 이하 '이 사건 연구소'라고 한다)를 설립하여 한국산업기술진흥협회장에게 원고의 기업부설연구소로 신고하였고, 한국산업기술진흥협회장은 1993. 10. 27. 위 연구소를 기술개발촉진법(2005. 12. 30. 법률 제7809호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따른 원고의 기업부설연구소로 인정하였다,

나, 원고는 2001 사업연도부터 2005 사업연도까지의 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 이 사건 연구소에서 근무하는 연구원의 인건비 및 위탁연구용역비 합계 8,088,863,955원(인건비 6,255,386,904원 + 위탁연구용역비 1,833,477,051원)을 조세 특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항(이하 '이 사건 과세특례규정'이라 한다)에 정한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 신고하였다.

다. 피고는 당초 신고 된 2001 사업연도 법인세를 2004. 1. 5. 808,081,620원으로, 2006. 2. 1. 819,442,830원으로 각 증액 ・ 경정하였고, 2002 사업연도 법인세를 2003. 12. 1. 248,588,830원으로 감액 ・ 경정하였다가 2006. 2. 1. 258,246,370원으로 증액 ・ 경정하였으며, 2003 사업연도 법인세를 2006. 2. 1. 411,929,140원으로 증액 ・ 경정하였다 10원 미만은 버림, 세액에 대하여는 이하 같다).

라. ○○지방국세청장은 2006. 12.경 완고에 대한 법인세 조사를 실시한 다음, 피고에게 '이 사건 연구소가 별도의 독립된 연구공간을 갖추지 아니하였고, 연구원이 연구 활동에만 전념하는 것이 아니라 일반사원과 혼재된 채 일반매출활동에도 참여하고 있어 원고가 세액공제대상으로 신고한 2001 사업연도부터 2005 사업연도까지 연구원 인건비 등 중 7,766,224,315원(인건비 6,091,099,410원 + 위탁연구용역비 1,675,124,905 원)이 이 사건 과세특례규정이 정한 세액공제 요건을 갖추지 못하였다는 이유로 이에 대한 세액공제 적용을 배제하라는 취지의 통지를 하였다.

마. 이에 피고는 위 라.항 기재와 같은 이유로 2007. 2. 13. 원고에 대하여 2001 사 업 연도 법인세를 1,059,285,820원으로, 2002 사업 연도 법인세를 610,151,260원으로, 2003 사업연도 법인세를 1,351,451,110원으로 각 증액 ・ 경정하였고, 당초 신고 된 2004 사업연도 법인세를 1,762,392,660원으로, 2005 사업연도 법인세를 1,571,650,710원으로 각 증액・경정하였다.

바. 원고가 위 각 처분에 불복하여 2007. 5. 21. 조세심판원에 심판청구를 제기하자,

조세심판원은 2009. 3. 20. 원고의 위 심판청구 중 연구원 인건비에 대한 부분은 기각 하면서 위탁연구용역비에 대하여는 재조사하여 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였다.

사. 피고는 2009. 5. 15. 위 결정의 취지에 따라 위탁연구용역비 734,808,947원(2001

년 108,261,149원 + 2002년 92,910,000원 + 2003년 330,500,000원 + 2004년 31,187,798원 + 2005년 171,950,000원)을 추가로 세액공제대상으로 인정하여, 2001 사업연도 법인세를 1,028,601,910원으로, 2002 사업연도 법인세를 590,298,720원으로, 2003사업연도 법인세를 1,286,274,860원으로, 2004사업연도 법인세를 1,756,754,530원으로, 2005 사업연도 법인세를 1,554,538,470원으로 각 감액 ・ 경정하였다(이하 2007. 2. 13.자 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호종의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 원고가 이 사건 과세특례규정상 세액공제대상이라고 피고에게 신고한 연구원 인건비 6,255,386,904원 중 6,102,586,024원(피고가 세액공제대상으로 인정한 연구원 인건비 164,747,930원 + 전문연구요원 인건비 1,751,175,750원 + 원고가 체결한 용역계약서에 참여기술자로 등재된 연구원의 인건비 3,299,363,350원 + 나머지 연구원 인건비 614,260,670원 + 퇴직급여충당금 273,038,324원 - 원고 스스로 세액공제대상이 아니라고 인정하는 연구원 인건비 152,800,880원)은 이 사건 과세특례규정상 세액공제대상이다. 그런데 피고는 이와 달리 위 6,102,586,024원 중 164,747,930원만을 세액공제대상으로 보고 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 청구취지 기재와 같이 일부 취소되어야 한다.

1) 원고는 이 사건 연구소를 설립하여 위 연구소 소속 연구원들이 일반매출활동부서와 독립된 연구공간에서 연구활동을 하게 하였으므로 이 사건 연구소에 소속된 연구원들이 연구활동을 전담하지 않았다 하더라도 그 인건비는 이 사건 과세특례규정상 세액공제대상이다. 특히, 원고가 이 사건 과세특례규정상 세액공제대상이라고 신고한 별지 세액공제인정 인건비 '성명'란 기재 연구원 중 원고가 체결한 용역계약서에 기재되지 않은 연구원, 병역법상 전문연구요원 등 35명의 경우 위 연구소 재직기간 동안 위 연구소에서 연구활동을 전담하였다.

2) 이 사건 과세특례규정상 세액공제대상으로 인정되는 인건비와 관련한 퇴직급여 충당금도 연구원의 인건비에 포함되므로 연구원들의 퇴직급여충당금 273,038,324원도 위 과세특례규정상 세액공제대상이다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫번째주장에대하여

가) 이사건과세특례규정의적용요건

이 사건 과세특례규정은 내국인이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도 까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에는 법인세 세액공제를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 조세특혜제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항은 이 사건 과세특례규정에서 대통령령이 정하는 비용이란 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 자체기술개발을 위하여 전담부서에 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비 등을 말한다고 규정하고 있다. 따라서 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항에서 정한 전담부서에 근무하는 직원의 인건비 중 재정경제부령이 정 하는 자의 인건비만 이 사건 과세특례규정상 세액공제대상이 되므로, 아래에서는 이 사건 연구소가 전담부서인지 여부 및 별지 세액공제인정 인건비 '성명'란 기재 연구원 틀이 위 재정경제부령이 정하는 자인지 여부에 대하여 살펴본다.

나) 이 사건 연구소가 이 사건 과세특례규정상 전담부서인지 여부

(1) 전담부서의 의미

조세특례제한법 제9조 제2항 제1호는 제1항의 규정에 따라 손금에 산입한 연구 및 인력개발준비금 중 대통령령이 정하는 비용은 익금에 산입한다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제8조 제3항은 대통령령이 정하는 비용이란 재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서에서 자체기술개발을 위하여 근무하는 직원 중 재정경제부령이 정하는 자의 인건비 등을 말한다고 규정하고 있으며, 동법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제548호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항은 연구개발 전담 부서란 기술개발촉진법 시행규칙(2006. 7. 5. 과학기술부령 제88호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 기술개발촉진법 시행규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발 전담부서를 말한다고 규정하고 있으므로, 조세특례제한법상 연구 및 인력개발준비금의 익금 산업과 관련하여 연구개발 전담부서란 위 기술개발촉진법상 기업부설연구소 또는 연구 개발 전담부서로서의 요건을 갖춘 것을 말하고, 이는 이 사건 과세특례규정상 자체기술개발을 위한 전담부서도 마찬가지라고 할 것이다(2007. 3. 30 개정된 조세특례제한법 시행규칙은 제7조 제1항에서 이 사건 과세특례규정상 전담부서의 의미에 대하여도 동법 시행규칙 제6조 제1항과 마찬가지의 규정을 신설하였다).

그런데 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호는 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업에 관한 계획을 수립하고 연도별로 연구과제를 선정하여 연구인력 ・ 시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발 전담부서와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다고 규정하고 있고, 동법 시행령(2006. 6. 29. 대통령령 제19553호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조는 대통령령이 정하는 기업부설연구소란 원칙적으로 자연계분야의 학사 이상의 학위 등을 가진 10인 이상의 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 안정을 받은 기관을 말한다고 규정하고 있으므로, 기술개발촉진법 시행규칙 제7조상의 기업부설 연구소란 결국 자연계분야의 학사 이상의 학위 등을 가진 10인 이상의 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖출 기업부설연구기관을 말한다고 할 것이고, 이러한 연구기관이어야 이 사건 과세특례규정상의 적용대상인 자체기술개발을 위한 전담부서라 할 것이다.

(2) 이 사건 연구소가 전담부서인지 여부

(가) 갑 제10호증의 1 내지 15, 갑 제11, 58호증, 갑 제20호증의 1 내지 3, 갑 제24호중의 1 내지 7, 갑 제25호증의 1 내지 10, 갑 제31, 32, 57, 70 내지 72호증의 각 1, 2의 각 기재, 증인 김AA의 증언에 변론 천체의 취지를 종합하면, 이 사건 연구소는 별지 연구소현황 기재와 같이 위 기술개발촉진법상 기업부설연구소로서의 요건을 갖추어 1993. 10. 27. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정받은 다음 2005. 12. 말까지 그 요건을 계속 유지하였으므로 이 사건 과세특례규정상 자체기술개발을 위한 전담부서라 할 것이다.

(나) 이에 대하여 피고는, 이 사건 연구소가 한국산업기술진흥협회장으로부터 위 기술개발촉진법상 기업부설연구소로 인정받기는 하였으나 실제로는 독립된 출입문을 갖추지 못하는 등 위 기술개발촉진법상 기업부설연구소의 요건을 갖추지 못하였다고 주장하므로 살피건대, 갑 제10호증의 1 내지 15, 갑 제11호증의 각 기재, 증인 김AA의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 처분과 관련하여 ○○지방국세청장이 2006. 12.경 원고에 대한 법인세 조사를 실시하기 전인 2006. 8. 28.경 ○○ ○○동 320-7 건물 3층과 같은 동 318 건물 지하 1층을 사용하다가 같은 동 327-7 건물 2, 3, 4층을 사용하는 것으로 그 소재지를 변경하는 등 이 사건 연구소는 별지 연구소 현황 기재와 같이 수차례 연구소 소재지를 변경하였으므로, 이 사건 연구소의 2001.부 터 2005.까지의 사무실 배치현황 등과 2006. 12.경 사무실 배치현황 등이 같다고 볼 수 없는 사실, 피고 스스로 이 사건 연구소 소속 연구원 김BB, 오CC, 이DD의 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하고 있는 사실 등을 인정할 수 있고, 이러한 사실에 비추어 보면, 을 제1, 3, 4, 16호증, 을 제2호증의 1 내지 3의 각 기재만으로는 피고의 위 주장사실을 인정하기에는 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

다) 별지 세액공제인정 인건비 '성명'란 기재 연구원의 인건비가 세액공제 대상인지 여부

(1) 이사건과세특례규정의적용대상인인건비

조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항, 제6조 제2항은 이 사건 과세특례규정이 적용되는 전담부서에 근무하는 직원으로서 '재정경제부령이 정하는 자'라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다고 규정하고 있고, 동법상 전담부서는 앞에서 본 바와 같이 기술개발촉진법상 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서로서의 요건을 갖춘 것을 말하며, 기술개발촉진법 제2조 제1호는 '기술개발'이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료・제품・장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 사법제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다고 규정하고 있으므로, 위 '과학기술분야의 연구업무'란 순수한 학술적 연구활동 뿐만 아니라 산업기술의 연구 및 그 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 것을 포함한다고 봄이 상당하다 할 것이나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로 이 사건 과세특례 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점, 기업의 기술개발을 장려하려는 목적에서 이 사건 과세특례규정을 둔 점, 따라서 위 과세특례규정은 앞에서 본 바와 같이 연구전담부서에 근무하는 연구원 등의 인건비에 대하여만 세액공제를 인정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 연구전담부서 소속 연구원 등이 기술개발업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용된다고 해석 하여야 할 것이다.

(2) 세액공제대상인 인건비

(가) 위에서 본 기준에 따라 별지 세액공제인정 인건비 '성명'란 기재 연구원들(이하 '이 사건 연구원'이라 한다)의 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용 되는지 여부에 대하여 보면, 갑 제2, 5, 6, 27 내지 30, 42, 43, 47, 48, 50, 55, 63, 67 내지 69호증, 갑 제3호증의 1 내지 23, 갑 제4, 61호증의 각 1 내지 8, 갑 제8, 9, 64 호증의 각 1 내지 5, 갑 제10호종의 1 내지 15, 갑 제14호증의 1 내지 7, 갑 제20, 40, 46, 49, 51, 52, 66호증의 각 1 내지 3, 갑 제31, 32, 38, 39, 44, 45, 53, 54, 56, 57, 62, 70 내지 72호증의 각 1, 2, 갑 제37호증의 1 내지 57, 갑 제41호증의 1 내지 9, 갑 제60호증의 1 내지 23, 갑 제65호증의 1 내지 16의 각 기재, 증인 김AA의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 연구원은 별지 세액공제인정 인건비 '재직기간'란 기재와 같이 이 사건 연구소에서 연구원 또는 연구보조요원으로 근무하면서 별지 연구 과제 목록 및 참여 기술개발 등 목록 각 기재와 같이 이 사건 연구소가 2001.부터 2005.까지 수행한 특허 및 실용신안 출원, 신기술 개발 등 '기술개발'에 관여한 사실을 인정할 수 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 연구원에 대한 2001.부터 2005.까지의 인건비에 대하여는 이 사건 과세특례규정이 적용된다 할 것이다.

그러나, 갑 제12, 13호증, 을 제5, 9 내지 11, 13호증의 각 1, 2, 을 제6 내지 8, 12호증의 각 1 내지 3, 을 제14, 15호증, 을 제17호증의 1 내지 86의 각 기재, 증인 김AA의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 연구원 중 일부는 별지 출장연구원 목록 및 참여 기술개발 등 목록 각 기재와 같이 용역계약 참여연구원 명단 기재 용역계약서에 참여연구원으로 기재되었거나 그 용역계약 현장 등에 현업부서 직원과 함께 출장을 간 사실, 이 사건 연구소 직원이 원고가 체결한 용역계약에는 관여 하지 않고 연구소에서 기술개발업무만을 담당할 경우에는 출장을 가는 경우가 거의 없었던 사실, 별지 용역계약 참여연구원 명단 기재 용역계약의 계약기간은 2002.경부터 2004.경까지인데 반하여 별지 출장연구원 명단 기재 출장연구원들의 출장시기는 대부분 2005.으로서 그 시기가 다를 뿐만 아니라 참여횟수가 적지 않은 사실, 출장 목적도 별지 출장연구원 목록 기재와 같이 실시설계, 현장답사, 시공사 방문 등 기술개발과 무관한 사실 등을 인정할 수 있고, 이러한 사실과 위에서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, 원고가 용역계약을 수주하기 위해서는 이 사건 연구원과 같이 일정한 자격을 갖춘 기술자의 참여가 요구되므로 용역계약서에 참여기술자로 기재되어 있으면 특별한 사정이 없는 한 그 용역계약의 이행 등 기술개발 외의 목적으로 용역계약에 관여하였다고 보이는 점 등을 종합하면, 이 사건 연구원 중 별지 용역계약 참여연구원 명단에 기재되어 있는 연구원 및 비록 위 명단에 기재되어 있지 않았다고 하더라도 위 용역계약 현장 등에 출장을 간 연구원들은 그 용역계약에 기술개발 외의 목적으로 관여하였다고 봄이 상당하다 할 것이다.

따라서이사건연구원중별지용역계약참여연구원명단에기재되어있는연구원과별지출장연구원목록기재연구원들에대한인건비중위각용역계약기간중에발생한부분은이사건과세특례규정의적용대상이아니라고할것이다.

(나) 원고는, 병역법상 전문연구요원의 경우 편입 당시 지정된 연구개발활동 이외의 용역활동에 종사하는 것이 금지되어 있으므로 이 사건 연구원 중 전문연구요원인 강EE, 김FF, 김GG, 김HH, 김II, 김JJ, 노KK, 서LL., 석MM, 신NN, 유PP, 이QQ, 이RR, 임SS, 임TT, 전UU, 지VV, 홍XX, 황YY, 황ZZ 등 20명에 대한 인건비 1,751,175,750원은 전액 이 사건 과세특례규정의 적용대상이라고 주장한다.

살피건대, 위 (가)항에서 든 증거에 의하면, 별지 출장연구원 목록, 참여 기술 개발 등 목록, 용역계약 참여연구원 명단의 각 기재와 갈이 병역법상 전문연구요원인 위 20명도 원고가 체결한 용역계약서에 참여기술자로 등재되어 있거나 이 사건 연구소의 연구활동과 무관하게 원고가 체결한 용역계약 현장 등에 현업부서 직원과 함께 출장을 간 사실을 인정할 수 있고, 이러한 사실에 비추어 보면, 위에서 든 증거만으로는 원고의 위 주장사실을 인정하기에는 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

라) 세액공제대상인인건비액수

따라서 이 사건 연구원에 대한 인건비 중 이 사건 과세특례규정이 적용되는 인건비는 별지 세액공제인정 인건비 기재와 같이 2,931,874,580원(3,060,009,233원 - 128,134,653원)이다.

2) 두 번째 주장에 대하여

내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 기업 회계상 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 일정한 범위 내에서 손금에 산입하므로(법인세법 제33조), 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 점, 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 근로의 제공 및 그와 관련하여 지급되는 일체의 비용을 말한다 할 것인데, 퇴직급여충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것이고 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로 퇴직급여충당금에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법 취지에 반하지 않는 점 등에 비추어 보면 (조세특례제한법 기본통칙 9-8 .. ・1은 시행령 별표 5의 '인건비'에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다는 취지로 규정하고 있으나, 이는 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니다), 퇴직급여충당금에 대하여도 이 사건 과세특례규정을 적용함이 상당하다 할 것이다,

이 사건에 돌아와 보건대, 앞에서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 273,038,324원(2004년 131,406,186원 + 2005년 141,632,138원)의 퇴직급여충당금을 기업회계상 손금으로 계상한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 273,038,324원 중 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 되는 연구원의 인건비 1,446,071,490원(2004년 797,837,430원 + 2005년 648,234,060원)과 관련된 부분에 대하여는 위 과세특례규정이 적용된다 할 것이고, 그 금액은 별지 세액공제인정 인건비 기재와 같이 128,134,653원[2004년 68,452,123원(원고 주장 퇴직급여충당금 131,406,186원/원고 주장 인건비 1,531,592,720 원 x 세액공제가 인정된 인건비 797,837,430원) + 2005년 59,682,530원(원고 주장 퇴직급여충당금 141,632,138원/원고 주장 인건비 1,538,319,080원 ・ 세액공제가 인정된 인건비 648,234,060원), 단, 원 미만은 버림]이다.

3) 소결론(세액의계산)

이 사건 연구원의 인건비 중 위 3,060,009,233원(2,931,874,580원 + 128,134,653원) 에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하여 원고의 2001.부터 2005 법인세액을 계산하면 별지 계산세액 '총결정세액'란 기재(2001년 853,131,350원, 2002년 464,036,620원, 2003년 1,231,888,030원, 2004년 1,608,731,150원, 2005년 1,476,131,360원)와 같다. 따라서 이 사건 처분 중 2001 사업연도 법인세 1,028,601,910원 부과처분 중 853,131,350원을 초과하는 부분, 2002 사업연도 법인세 590,298,720원 부과처분 중 464,036,620원을 초과하는 부분, 2003 사업연도 법인세 1,286,274,860원 부과처분 중 1,231,888,030원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 1,756,754,530원 부과처분 중 1,608,731,150원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 1,554,538,470원 부과처분 중 1,476,131,360원을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 각 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.