2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1999. 8. 30.부터 2000. 12. 23.까지 인천 중구 ◆◆동 1-443에서 도소매 업과 백화점업 등을 운영하는 ☆☆☆역사주식회사(이하 1☆☆☆역사'라 한다)의 대표이사로 재직하였다.

나. ☆☆☆역사는 2000. 1. 15.부터 2000. 11. 18.까지 사이에 아래 표 기재와 같이 최규엽 운영의 서울 □□구 ◎◎동 956-6 소재 ○○물산(1999. 8. 14. '●●산엽건설에서 '●●산엽'으로 상호를 변경하였고, 2000. 2. 9. '○○물산'으로 상호를 변경하며 법인으로 전환하였으나, ☆☆☆역사에 대해서는 계속하여 ●●산업건설의 상호와 사업자 번호를 기재한 세금계산서를 발급하여 주었다)으로부터 공급가액 합계 275,586,000원 상당의 매입세금계산서 14매(이하 '이 사건 각 세금계산서'라고 한다)를 교부받아 그 공급가액을 2000년 제I, 2기 부가가치세에 관한 매입세액 및 2000. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 사업연도 법인세에 관한 필요경비로 각 산입하여 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.

다 한편, ○○물산에 대한 반포세무서장의 조사 결과 1999년 1기분 매출액 중 364,454,000원(76.9%), 1999년 2기분 매출 중 550,350,000원(77.4%)이 가공매출로 적출 되었고, 1999년 1기분 매입액 중 389,055,000원(99.8%)과 1999년 2기분 매입액 중 590,011,000원(99.8%), 2000년 1기분 매입액 중 50,271,000원(99.6%)이 가공매입으로 적출되었다.

라 ○○물산이 자료상으로 적발됨에 따라 인천세무서는 그 거래처인 ☆☆☆역사에 대하여 조사하였고, ☆☆☆역사가 제출한 세금계산서, 거래 내역서 등 소명자료를 검토한 후, ○○물산이 1999년 귀속 거래에 관해서는 실제로 ☆☆☆역사의 쇼핑센터 개보 수 공사를 하였고, 그 내역이 ☆☆☆역사가 제출한 세금계산서와 일치하는 것으로 확 인하고 이에 관한 매입세액을 인정하였으나, 2000년 귀속 거래에 관해서는 ☆☆☆역사가 구체적인 장부를 제시하지 못하고 있고, ○○물산이 2000. 1. 31. 폐업하였음을 이유로 이 사건 각 세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 매입세액을 불공제하 여 ☆☆☆역사의 2000년 귀속 부가가치세와 법인세를 경정하고, 당시 대표자였던 원고 에게 이 사건 각 세금계산서상 매입금액과 부가가치세를 포함한 303,144,600원을 상여로 소득처분하여 피고에게 세무자료로 통보하였다.

마. 이에 피고는 2008. 9. 1. 원고에게 2000년 귀속 종합소득세 154,832,840원을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2008. 11. 4. 국세청에 심사청구를 제기하였으나 2008. 12. 8. 기각되어 같은 달 19. 그 결정문을 송달받았다

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제2호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제 4호증의 1, 을 제5 내지 9호증, 을 제11호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의주장

이 사건 세금계산서는 통인천역사가 ○○물산과 사이에 실제로 존재한 거래에 기하여 수취한 것이므로, 이 사건 세금계산서가 가공거래에 기한 것임을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

또한, 이 사건 처분은 피고가 ☆☆☆역사에 고지한 원천징수세 115,380,214원을 기 납부세액으로 공제하여야 함에도 하지 않고 이루어진 것이므로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

○○물산이 자료상으로 적발되었고, 2000. 1. 31자로 폐업하였으며, ☆☆☆역사에 대한 조사 당시 ☆☆☆역사가 구체적인 소명자료를 제시하지 못하였음은 앞서 본 바와 같으나, 갑 제2호증, 갑 제4 내지 9호증, 을 제2, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① ○○물산은 실제 거래가 전혀 없는 상태에서 허위 세금계산서만을 교부한 자료상은 아니고 1999년에 ☆☆☆쇼핑센터 개보수 공사와 관련하여 ☆☆☆역사에 교부한 세금계산서와 같이 실제로 이루어진 거래내역에 따라 세금계산서를 작성하여 교부하기도 하였던 점, ② 이 사건 세금계산서상 거래내역은 ☆☆☆역사가 작성한 당좌발행대장, 회계전표 등 회계장부 및 주식회사 ★★은행 발행의 ☆☆☆역사의 당좌 거래장에 의하여 뒷받침되며, 위 각 문서는 그 기재의 형식 및 내용에 비추어 위조되거나 사후에 작성된 것으로 보이지 않는 점,③ ☆☆☆역사는 당초 조사 당시 구체적 소명자료를 제출하지는 않았으나, 이는 이 사건 세금계산서 발행 시점(2000년경)과 ☆☆☆역사에 대한 조사 시점(2006년경)의 시간적 간격이 상법상 전표 또는 이와 유사한 서류의 보존기간인 5년(상법 제33조 제1항) 이상이고, ☆☆☆역사의 과세자료를 소명하였던 실무담당자인 김◇◇가 2000년 이후 입사한 직원이어서 당시 세금계산서에 대한 회계장부가 보존되어 있지 않다고 잘못 판단하였기 때문일 가능성이 있는 점,④ ☆☆☆역사는 ○○물산으로부터 세금계산서를 교부받은 다른 대부분의 업체들과 달리 자료상으로 고발된 전력이 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 세금계산서상 매입내역에 상응하는 금액은 ☆☆☆역사와 ○○물산 사이의 실제 거래내역에 기한 것으로 봄이 상당하다.

그렇다면, 이 사건 각 세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 이루어진 이 사건 처분은 기납부세액에 대한 공제 여부에 관한 주장에 대하여 살펴볼 필요 없이 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 인용한다.