2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 사업연도로 하는 법인인데, 2009 사업연도에 매출액 및 자기자본이 최초로 1천억 원을 초과하여, 구조세특례제한법(2010.1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항의 위임에 따라 중소기업의 범위를 정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되어 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 위 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 2009사업연도와 그 다음 3개 과세연도인 2010, 2011, 2012 사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받게 되었다.

나. 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령은 중소기업의 범위를 정하는 제3조 제2호에서 중소기업의 실질적인 독립성의 요건으로 (다)목을 추가하여 '관계회사')에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 '상시근로자수등'이라 한다)이 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것'을 규정하였고, 그 부칙 제1조 제1호는 제3조 제2호 (다)목의 개정규정은 2011. 1. 1.부터 시행한다고 규정하였다.

다. 이후 조세특례제한법 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서, 제2조 제1항 제3호 전단에서 '실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 (가)목부터 (다)목까지의 규정에 적합할 것'을 규정하면서, 후단에서 "이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 (다)목을 적용할 때 '중소기업기본법 시행령 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는'은 '조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는'으로 본다고 규정하여, 결국 '관계회사에 속하는 기업의 경우에는 중소기업기본법 시행령 제7조의 2에 따라 산정한 상시근로자수등이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업이 아닐 것'(이하 '관계회사 기준'이라 한다)을 중소기업의 요건으로 규정하였다. 한편, 위 시행령 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단[중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 (다)목의 부분만 해당한다] 및 후단의 개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행한다고 규정하였다.

라. 외부감사대상기업인 원고는 2006년경 나노바이오 주식회사(이하 '나노바이오'라한다) 주식 62.74%를 취득한 바 있는데, 위 개정 규정에 따라서 원고와 나노바이오는 '관계회사'에 해당하게 되었고, 2012 사업연도에는 위 시행령 제7조의2에 따라 산정한 매출액과 자기자본이 1천억 원을 초과하여 관계회사 기준을 초과하게 되었다.

마. 원고는 2012 사업연도 법인세를 신고하면서, '중소기업으로 보는 유예기간 중에 있다'다고 보아 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되어 2013. 1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조의 연구・인력개발비에 대한 세액공제 및 제26조의 임시투자세액공제 및 고용창출투자세액공제를 적용한 세액을 신고하였다.

바. 피고는, 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제2조 제1항 제3호에 따라 원고는 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않아 위 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 유예기간의 적용도 받을 수 없다고 판단하고, 이에 따라서 피고는 원고가 '중소기업'이 아니라 '일반기업'임을 이유로 원고가 신고한 세액공제액을 경정하여 2013. 9. 30. 원고에게 법인세 341,545,460원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 12. 19. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2014. 12. 24. 기각되자(2014. 12. 29. 송달), 여기에 불복하여 2015. 3. 25. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

1) 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조 제2항 단서 제3호를 포함한 단서조항은 중소기업이 중소기업에 해당하지 아니하게된 경우에만 적용될 뿐, 이미 '중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업'에는 적용되지 않는다. 그런데, 원고는 2009 사업연도에 이미 중소기업에 해당하지 아니하게 되어 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정된 것부터 2012.12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제2조 제2항 본문에 따라 2009 사업연도와 2010 내지 2012 사업연도까지 유예기간 중에 있는 기업에 해당하게 되었으므로, 원고에게 이미 적용된 유예기간이 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것부터 2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 실효된다고 볼 수 없다.

2) 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조 제2항 단서의 후단은 '제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업'에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있으므로, 그 문언의 표현대로 유예기간의 적용배제는 동항 제2호에 대해서만 적용되어야 하고, 제3호에 대해서까지 확장하여 적용할 수는 없다.

3) 중소기업과 중소기업이 관계기업이 되어 중소기업 판단기준을 초과하게 되는경우에는 양 중소기업이 모두 중소기업 합산기준을 적용받아 중소기업에 해당하게 되는 것이나, 이미 중소기업 판단기준을 초과하여 유예기간 중에 있는 기업과 중소기업이 관계기업이 된 경우에는 중소기업은 관계회사 규정의 적용으로 중소기업에 해당하지 않게 되나, 이미 중소기업 판단기준을 초과하였던 기업은 여전이유예기간 중에 있는 것으로 중소기업으로서 취급되어야 한다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

1) '중소기업'의 해석

구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 및 같은 법 제26조 제1항에서 정하고 있는 '중소기업'에 관하여 특별한 규정이 없는 이상, 위 법률 제5조 제1항의 위임에 따라 중소기업의 범위를 구체화하고 있는 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제2조에 따라 중소기업의 범위를 판단하는 것이 타당하므로, 위 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 '중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업' 역시 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 및 같은 법 제26조 제1항에서 정하고 있는 '중소기업'에 포함된다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이하에서는 원고가 2012 사업연도에 위 규정에서 정하고 있는 '중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업'에 해당하는지 여부를 살펴보기로 한다.

2) '중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업'에 해당하는지 (유예기간 실효 여부)

다음과 같은 사정들을 고려하면, 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 '시행령'이라고 한다)제2조 제2항 단서 전단의 기본적 성격을 '제2조 제2항 본문에 따라 이미 중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업에게 부여된 유예기간을 실효시키는 규정'으로 해석하기 보다는 '제2조 제2항 본문이 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업 중 제2조 제2항 단서 각 호의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업에게는 유예기간을 적용하지 아니함으로써, 유예기간을 부여하는 대상 기업의 범위를 제한하여 이를 축소하는 규정'으로 해석하는 것이 타당하고, 제2조 제2항 단서에서 말하는 중소기업에는 '중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업'이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다. 따라서 원고가 이미 2009사업연도부터 2012 사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받게 된 이상, 그 이후 관계회사 기준을 초과하게 되었다고 하더라도, 기존에 이미 원고에게 부여된 중소기업 유예기간은 실효되지 아니하여, 원고는 2012 사업연도에도 여전히 중소기업 유예기간의 적용을 받아 '중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업'(이하 '유예기간 중에 있는 기업'이라 한다)에 해당한다.

가) 규정의 체계와 문언

시행령 제2조 제1항 본문과 각 호 규정은 조세특례제한법 제5조의 위임에 따라 조세특례제한법에서 말하는 중소기업의 범위와 요건을 정하고 있고, 시행령 제2조 제1항 단서는 종업원수, 자기자본, 매출액, 자산총액을 기준으로 중소기업의 소극적 요건을 정하고 있다.

그리고, 시행령 제2조 제2항 본문은, 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 제1항 제1호 소정의 중소기업기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에 한하여, 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 유예기간을 인정하고 있다. 나아가, 시행령 제2조 제2항 단서 전단 및 각 호의 규정은, ① 중소기업이 '중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우, ② 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우, ③ 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우, ④ 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우' 중 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하도록 규정하고, 위 시행령 제2조 제2항 단서 후단은, 중소기업이 '유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우'에는 그 유예기간 중에 있는 기업에 대해서도 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다.

위와 같은 법령의 내용을 종합하면, 시행령 제2조 제1항은 조세특례제한법 제5조의 위임에 따라 '중소기업'의 범위와 요건을 정하는 규정이고, 위 시행령 제2조 제2항 본문은 제1항이 정한 '중소기업'에는 해당하지 않게 되었지만 '일정한 유예기간 동안 중소기업으로 보는 기업'의 범위와 요건 등을 정하는 규정인 것이 명백하므로, 위 본문 규정에서 말하는 '중소기업'은 제1항에서 말하는 '중소기업'을 의미하는 것 역시 분명하다. 나아가 위 시행령 제2조 제2항 단서 전단 규정은 같은 항 본문에서 정하는 '일정한 유예기간 동안 중소기업으로 보는 기업'의 범위를 예외적으로 제한하면서 그 소극적 요건을 규정한 것으로 해석하는 것이 규정 체계나 문언에 비추어 자연스럽다. 따라서 위 단서 규정에서 말하는 '중소기업' 역시 제1항에서 말하는 '중소기업'을 의미하는 것으로서, '유예기간 중에 있는 기업'은 포함하지 않는 것으로 해석하는 것이 규정 체계상 합리적이다.

나) 시행령 제2조 제2항 단서가 정한 요건 충족의 문제

시행령 제2조 제2항 단서에서는 중소기업이 '다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우'를 그 적용 요건으로 규정하고 있는데, '유예기간 중에 있는 기업'은 위 각 호의 사유가 발생하기 전에 이미 제1항 단서에 해당되거나 제1항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업이므로, 그 이후 제2항 단서 각 호의 사유가 발생한다고 하더라도 ��각 호의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우��에 해당하지 않아 제2항 단서가 정한 위 요건을 충족시킬 수가 없게 된다. 따라서 '중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업'이 제2항 단서의 '중소기업'에 포함되는 것으로 해석하는 것은 제2항 단서의 문언에 배치된다.

다) 시행령 제2조 단서 제1, 2, 4호 사유의 해석

먼저 시행령 제2조 제2항 단서 제1, 2호는, 시행령 제2조 제2항 본문에서 정한 유예기간 인정 사유에 대한 예외사유로 '중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업 또는 유예기간 중에 있는 기업과 합병하여 이러한 합병으로 인해 위 유예기간 인정사유가 발생한 경우'를 규정하고 있고, 제4호는 시행령 제2조 제2항 본문에서 정한 유예기간 인정 사유 중 시행령 제2조 제1항 제1호에 대한 예외사유로 '창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우'를 각 규정하고 있다고 해석하는 것이 자연스럽다.

라) 시행령 제2조 제2항 단서 후단의 해석

시행령 제2조 제2항 단서 후단은 '중소기업이유예기간 중에 있는 기업과 합병하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다'고 규정하고 있는데, 위 후단 규정은 '유예기간 중에 있는 기업'의 유예기간을 실효시키는 규정으로 봄이 옳다. 그런데 이 규정의 취지는, 중소기업이유예기간 중에 있는 기업과 합병한 경우에는 중소기업이 그 합병으로 인하여 제2항 본문에 정하는 유예기간 인정사유를 충족하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에도 시행령 제2조 제2항 단서 전단 제2호의 규정에 따라 합병한 '중소기업'에게 유예기간을 부여하지 않는 데에서 더 나아가, 시행령 제2조 제2항 단서 후단에 따라 합병한 '유예기간 중에 있는 기업'에게도 이미 부여되었던 유예기간을 실효시켜 더 이상 중소기업으로 보지 않겠다는 규정으로 해석된다. 이와 같이 시행령 제2조 제2항 단서 후단의 규정은 전단의 규정과 취지가 명백히 구분되고, 그 문언을 보더라도 후단은 '중소기업'을 주어로 하면서도 전단의 규정과 달리 유예기간을 실효시키는 대상 기업을 표현할 때 '유예기간 중에 있는 기업'이라는 표현을 사용하여 '중소기업'과 명백히 구별하여 표현하고 있다.

마) 유예기간 실효를 위한 구체적이고 명확한 근거규정의 필요성

이미 유예기간 중에 있는 기업에 대하여는 이미 3년간이라는 유예기간의 혜택이 주어졌으므로, 이러한 유예기간을 중도에 실효시키기 위해서는 그 요건과 효과에 관하여 구체적이고도 명확한 근거규정을 두어야 할 것임에도 이러한 규정을 찾아볼 수 없다. 시행령 제2조 제2항 단서 전단은 단지 '…경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고'라고 규정하고 있는데, 이러한 문언 그 자체를 보더라도 이미 부여된 유예기간을 실효시키는 의미로 해석하기는 어렵다. 설사 이와 달리 생각하더라도, 시행령 제2조 제2항 본문 전단은 유예기간이 언제부터 실효되는지에 관하여 아무런 규정을 하고 있지 아니하므로, 언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지에 관한 명문의 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시[이 사건의 경우라면 2010. 12. 30. 대통령령 제22538호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 (다)목의 부분) 및 후단의 개정 규정이 시행되기 전에 이미 사유가 발생하였으므로 위 개정 규정이 시행되는 2012. 1. 1. 즉시] 그 효과가 배제된다고 하는 것은 무리인 것으로 보여, 이러한 점에

서도 시행령 제2조 제2항 단서 전단을 유예기간 실효규정으로 해석하기는 어렵다. 실제로 유예기간 실효 규정인 제2조 제2항 단서 후단은 '합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다'라고 규정하여 이미 부여된 유예기간이 실효되는 시점을 분명히 하고 있다.

바) 형평의 문제에 대한 판단

피고가 주장하는 바와 같이, 중소기업이 관계회사 기준을 초과하여 중소기업

에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간이 주어지지 아니함에도, 이 사건에서와 같이유예기간 중에 있는 기업이 관계회사 기준을 초과하는 경우에는 그대로 유예기간이 존속한다고 하는 것은 형평에 반한다고 볼 여지가 없지는 않다. 하지만, 이는 중소기업이 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 유예기간을 부여하지 않겠다는 입장을 관철하기 위한 입법이 미비하기 때문일 뿐이므로, 이를 이유로 유예기간 중에 있는 기업에게 이미 부여된 유예기간을 충분한 법령상 근거 없이 실효시키는 것은 허용될 수 없다. 실제로 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문 및 단서 제3호에 따르면, 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 중소기업 유예기간이 적용되며, 관계회사 기준의 초과는 유예기간 적용 제한사유에 해당하지 않게 되었는데, 이러한 점을 보더라도 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 유예기간을 부여할 것인지 여부는 단순히 입법 정책의 문제인 것으로 보인다.

사) 시행령 제2조 제2항 단서 제3호 사유의 실질적 의미와 관련한 판단

시행령 제2조 제2항 단서 제3호의 사유를 보면, '제2조 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우'를 들고 있는데, 이는 제2조 제2항 본문에서 정한 유예기간 인정 사유와 별다른 관련이 없으며, 이는 단지 '중소기업의 요건 중 하나인 제2조 제1항 제3호의 요건을 흠결한 기업에 해당하는 경우'에는 유예기간을 적용하지 않겠다는 의미만을 가지고 있음을 알 수 있다. 이는 결국 실질적인 독립성의 요건을 흠결하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 인정하지 않겠다는 시행령 제2조 제2항 본문의 내용을 확인하는 의미의 규정이라고 보아야 한다.

이러한 점과 관련하여, "제2조 제2항 단서 제3호에 실질적인 의미를 부여하기 위해서는 적어도 제2조 제2항 단서 제3호가 적용되는 경우에는 제2조 제2항 단서 중 주어 부분의 '중소기업'에 '중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업'이 포함된다고 해석하면서, 제2조 제2항 단서 제3호는 이미 '중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업'이 제2조 제1항 제3호의 실질적 독립성의 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 이미 부여된 유예기간의 효과를 실효시키는 규정의 성격을 가진 것으로 해석하여야 한다"는 문제제기도 예상할 수 있겠지만, 이러한 해석방법은 앞서 살펴본 여러 문제점 외에도 시행령 제2조 제2항 단서에서 함께 규정하고 있는 제1, 2, 4호의 성격과 제3호의 성격을 달리 보아야 하는 법령 체계상의 문제가 있다.

3) 소결

원고는 2012 사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받아 중소기업으로 간주되고, 그 유예기간은 실효되지 아니하였으므로, 원고의 2012 사업연도 일반연구・인력개발비 세액공제 및 고용창출투자세액공제는 원고가 중소기업이라는 점을 전제로 적용되어야 함에도 불구하고, 이 사건 처분은 원고가 중소기업이 아니라는 전제하에 이루어졌으므로, 결국 원고의 다른 주장에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 업이 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.