2.\u3000\u3000 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가.\u3000\u3000원고는 1997. 8. 21. 서울 송파구 ◆◆동 267-12 답 347㎡ 및 같은 동 268-4 답 1,117㎡(합계 면적 1,464㎡로, 이하 '이 사건 각 토지'라 한다)를 취득하여 소유하다가 이 사건 각 토지가 서울 ◇◇국민임대주택단지 조성사업에 편입, 수용됨에 따라 2006. 10. 23. ●●공사에 양도하였는데, 원고는 2006. 12. 26. 아래 표와 같이 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 각 토지가 8년 이상 자경한 농지로서 조세특례제한법 제69조에 따른 양도소득세 감면적용대상이라는 이유로 산출된 세액 중 84,424,651원(조세특례제한법 제69조 단서에 따라 이 사건 각 토지가 주거 지역에 편입된 2005. 12. 29.까지 발생한 소득에 대한 감면세액)데 대한 감면신청을 하였다.

나.\u3000\u3000피고는 2008. 1. 2. 원고가 이 사건 각 토지를 8년 이상 자경하였다고 볼 수 없다고 판단하여 원고의 감면신청을 부인하고 2006년 귀속 양도소득세로 89,895,360원을 추가로 결정고지하였는데, 원고가 이에 불복하여 2008. 3. 5. 이의신청을 한 결과 서울 지방국세청장이 2008. 4. 16. 이 사건 각 토지 1,464㎡ 중 수목이 식재되고 농막이 설치된 694㎡는 8년 이상 자경한 농지로 인정하여 양도소득세감면규정을 적용하여 감액경정하면서 수목이 식재되지 않은 나머지 770㎡(이하 '이 사건 토지부분'이라 한다)는 양도소득세가 감면되는 자경농지로 볼 수 없다고 결정하여 피고에게 통지하자, 피고는 그에 따라2008. 5. 9. 당초 고지한 세액 중 41,570,980원을 감액경정하였다(이하 위 감액경정으로 남은 2008. 1. 2.자 양도소득세 48,324,380원의 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.\u3000\u3000 이 사건 처분의 적법 여부

가.\u3000\u3000원고의 주장

원고는 이 사건 각 토지 중 수목 식재되고 남은 이 사건 토지부분에서 8년 이상 자가소비를 위한 고추, 감자, 고구마, 상추, 열무 등을 직접 재배, 경작하여 옴으로써 이 사건 각 토지부분도 조세특례제한법상의 양도소득세감면대상에 해당함에도 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 부적합하다.

나.\u3000\u3000관련 법령

조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

다.\u3000\u3000판단

(1)\u3000\u3000앞에서 든 증거들과 갑 제6, 7, 9 내지 20호증(가지번호 포함, 이와 같다), 을 제4호증의 각 기재, 증인 김♤♤, 최■■의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 각 토지를 취득하기 전인 1981. 경부터 현재까지 이 사건 각 토지 소재지와 연접한 서울 강동구 ☆☆동 및 ★★동 등에 거주하면서 철근기능공 자격증을 가지고 건설관련 회사에서 감사로 등재되거나 대표이사로서 철근콘크리트 관련 공사업을 하여 왔는데, 1997. 7. 16. 오◎◎으로부터 이 사건 각 토지를 매수하면서 그 지상에 있는 농작물을 잔금일로부터 6개월간 매도인이 사용하고, 이후 이를 정리하여 매수인에게 이전하여 이를 취득한 후 그 중 674㎡에는 수목을 식재하는 한편, 20㎡에는 농막을 설치하고, 나머지 이 사건 토지부분 770㎡에는 매년 자가소비용으로 고추, 감자, 고구마, 상추, 열무 등을 심어 직접 또는 친인척 등의 도움을 받아 재배, 경작하여 온 사실, 원고는 이 사건 각 토지가 ●●공사에 수용될 당시 이 사건 각 토지 중 674㎡에 식재된 수목 430주에 대하여 8,456,666원의 손실보상을 받는 한편, 이 사건 토지부분 770㎡에 심어져 있던 열무 등 농작물에 대하여 손실보상금으로 2,034,170원을 지급받은 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다.

(2)\u3000\u3000위 인정사실에 의하면, 비록 원고가 이 사건 각 토지를 취득한 후 건설회사의 감사 또는 대표이사로 건설공사업을 운영하여 왔다고 하더라도 (피고는 이 사건 각 토지 중 수목이 식재된 674㎡에 대하여는 원고가 건설공사업을 하고 있었음에도 위 감면 규정을 적용하였다), 이 사건 각 토지의 연접 구에 거주하면서 취득일로부터 양도일까지 8년 이상 매년 이 사건 각 토지부분에서 매년 고추, 감자, 상추 등의 농작물을 경작하여 온 이상 이 사건 각 토지부분도 조세특례제한법 제69조 제1항에서 정한 양도소득세의 감면대상인 8년 이상 자경한 농지에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 토지부분의 양도에 대하여도 위 양도소득세 감면규정이 적용되어야 할 것이다.

(3)\u3000\u3000따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

3.\u3000\u3000 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.