[현황]

당 연구원은 건설기술을 전문적, 체계적, 종합적으로 연구개발하고 선진기술의 도입, 연구, 보급과 건설공사 및 공사용 기자재의 조사ㆍ시험을 수행함으로서 건설기술의 향상발전에 기여함을 목적으로 '건설기술관리법'에 의해 1998년 1월에 설립되었다가 법개정으로 인하여 '정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률'에 의해 1999년 1월에 승계설립되었으며, 금번 2000년 12월 31일자로 정부출연연구기관 경영혁신 계획에 부응하여 직원들의 많은 손실감수와 함께 단체교섭에 의한 노사합의로 퇴직금 누진제를 폐지하였습니다.

일반적으로 퇴직금 누진제 폐지시에는 근로기준법 제34조 3항에 의한 퇴직금 중간정산금액을 지급하여야 하는 바, 우리 연구원은 퇴직충당금 현금보유액이 35%에 불과하여 노사합의하에 종전의 퇴직금중(2000.12.31까지) 누진분만 지급키로하고 미지급분은 무이자로하여 실제퇴직시에 지급하는 것을 조건으로 2000.12.31에 누진분만 중간정산금으로 지급한 바 있습니다.

[질의]

◉직원들의 많은 손실을 감수하면서까지 정부의 경영혁신 계획에 따르려고 노사합의하에 퇴직금 누진제를 폐지하였으며, 또한 자금부족등 어려운 현실여건을 감안 궁여지책으로 그 차액분만을 중간정산하여 지급하였는데, 동 차액분만을 중간정산 할 경우 법인세법 제52조의 규정에 의한 가지급금 인정이자를 계산하여야 하는지와 관련하여 아래와 같이 질의합니다.

질의 1) 정부 경영혁신계획에 의거 단체협약에 의한 퇴직금 누진제 폐지시 누진분과 비누진분과의 차액만을 지급하고 원천징수를 하지아니한 경우 동 지급금에 대하여 법인세법상의 가지급금 인정이자를 계산하여야 하는지요?

질의 2) 법인세법상 인정이자를 계산할 경우 미지급한 퇴직금은 무이자인데도 기 지급한 중간정산퇴직금(누진분)까지 인정이자를 계산하여 소득세를 매년 퇴직시까지 원천징수하게되는 것은 실제퇴직시 중간정산퇴직금과 퇴직당시의 퇴직금을 합산한 전체퇴직금에 대하여 과세하는 시점에서 기 지급한 중간정산퇴직금에 대하여는 과세가 중복되는 결과가 초래되는 바, 이 경우 기 지급한 중간퇴직금(누진분)에 대하여 퇴직소득세를 원천징수하면 인정이자에 대한 과세를 하지 아니하여도 가할 것으로 사료되는 바 어떠하올지?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 유사사례

○ 재소득46073-169, 2000.10.20

법인이 근로자에 대하여 근로기준법 제34조 제3항의 규정에 의해 퇴직금을 중간정산하면서 회사의 자금사정 등을 이유로 퇴직금 전액을 일시에 지급하지 못하고 퇴직금의 50%만 우선 지급하고 나머지 금액에 대하여 지급시기를 확정하지 못한 경우에는 50% 우선 지급하는 금액에 대한 소득세는 지급시 원천징수하고 나머지 금액에 대한 소득세는 소득세법 제147조의 지급시기의제 규정을 적용하는 것임.