2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2012. 4. 12.부터 2013. 7. 5.까지 서울 00구 00동 48-5에서 의사인 000 명의로 0000의원(이하 '이 사건 의원'이라 한다)을 개설하여 운영하였다.

나. 원고는 의사가 아니어서 의료기관을 개설할 수 없음에도 불구하고 의사 면허가 있는 000 명의로 이 사건 의원을 개설하여 환자들을 상대로 의료행위를 하였다는 내용의 의료법위반죄로 징역 1년의 형사처벌을 받았고, 국민건강보험공단에게 요양급여비 환수결정(이하 '이 사건 환수결정'이라 한다)에 따른 요양급여비용 총 XXX원을 반환하였다.

다. 피고는 2016. 2. 15. 원고에 대하여, 원고가 이 사건 의원에서 제공한 의료보건용역이 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제29조에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당하지 않는다고 보아 2012년 1기분 부가가치세 가산세 XXX원, 2012년 2기분 부가가치세 XXX원 및 가산세 XXX원, 2013년 1기분 부가가치세 XXX원 및 가산세 XXX원, 2013년 2기분 부가가치세 XXX원 및 가산세 XXX원을 부과하였다 (이하 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2016. 4. 7. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나 2016. 6. 16. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계법령

별지 기재와 같다.

나. 판단

이 사건 각 처분은 국민건강보험공단이 이 사건 환수결정에 따라 원고로부터 반환받은 요양급여비용 XXX원을 부가가치세의 부과대상으로 삼았는바, 이 사건 각 처분의 적법 여부는 국민건강보험공단이 환수한 요양급여비용이 구 부가가치세법 제13조 제1항에서 부가가치세의 과세표준으로 정하고 있는 공급가액에 해당하는지 여부에 달려 있다.

2) 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 국민건강보험법 제57조 제1항 및 의료급여법 제23조 제1항에 의한 급여비용의 징수처분(이하 통칭하여 '부당이득 징수처분'이라 한다)은 관련 법령상 급여비용으로 지급할 수 없는 비용임에도 지급한 급여비용을 원상회복하는 처분(대법원 2010. 6.24. 선고 2010두5271 판결 등 참조)이므로, 환수당한 급여비용까지 공급가액에 포함한다면 이는 의료용역의 제공으로 얻은 소득이나 창출한 부가가치가 없는 부분에 대해서도 세금을 부과하는 셈이 되는 점, ②보건복지부장관은 부당이득 징수처분과 별개로사기 기타 부당한 방법으로 급여비용을 부담하게 한 요양ㆍ의료급여기관에 대하여 업무정지 또는 과징금 부과 처분을 할 수 있고, 국민건강보험공단도 급여비용을 부당하게 지급받은 사람들을 상대로 민사상 손해배상 또는 부당이득 반환청구를 할 수 있는것에 비추어 부당이득 징수처분은 그 성격상 징벌이 아니라 법문 그대로 부당이득의회수라고 새기는 것이 법규의 체계에도 부합하는 점, ③ 일선 조세 행정 실무에서도납세의무자가 환수당한 급여비용을 공급가액에서 공제하여 부가가치세를 감액ㆍ경정한 실례가 존재하는 점(광주지방법원 2012. 6. 21. 선고 2012구합522 판결 참조), ④ 의료법 제45조는 요양급여나 의료급여에서 제외하는 비급여 진료비용을 환자에게 고지하여야 하고 그 고지한 금액을 초과하여 징수할 수 없다고 규정하고 있어 원고가 기지급받은 요양급여비용을 국민건강보험공단에게 반환하여도 이를 환자로부터는 지급받을 수없게 되어 결국 이 부분만큼 용역대가를 지급받지 못하는 결과가 생기는 점 등을 종합해 보면, 원고가 이 사건 환수결정에 따라 국민건강보험공단에게 반환한 요양급여비용은 결국 재화나 용역의 공급대가로 지급받은 것이 아니므로 부가가치세의 부과대상이 된다고 할 수 없다.

따라서 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

다. 소결론

이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.