국세환급금에 대하여 그 납부일부터 기산하는 환급가산금까지 지급하라고 청구하

는 것은 민법상 신의성실의 원칙에 반한다고 주장하나, 원고가 주장하는 사정만으로는

원고가 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금을 청구하는 것이 민법상 신의성실의 원

칙에 반한다고 단정하기 어렵고, 달리 그러한 사정을 인정할 증거가 없다. 피고의 이

부분 주장 역시 이유 없다.

라) 따라서 피고는 원고에게 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금을 지급할

의무가 있다.

3) 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금의 금액

가) 나아가 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금의 금액에 관하여 살피건대,

이 사건 국세환급금이 1,215,288,370원인 사실은 기초사실에서 본 바와 같고, 앞서 든

증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 국세환급금 중 755,942,590원에 대한

국세기본법 제52조, 구 국세기본법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26066호로 개정되기

전의 것, 이하 같다) 제43조의3 제1항 제1호에 따른 환급가산금 기산일이 되는 국세

납부일의 다음 날은 2010. 4. 1.이고, 나머지 459,345,780원에 대한 위 규정에 따른 환

급가산금 기산일이 되는 국세 납부일의 다음 날은 2014. 1. 30.인 사실, 서광주세무서

장은 2014. 11. 11. 이 사건 국세환금급으로 1,215,288,370원을 결정한 사실을 인정할

수 있다. 이에 따라 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금의 금액을 계산하면 별지

환급가산금 계산 내역 기재와 같이 합계 140,454,970원이 된다.

한편, 서광주세무서장이 이 사건 환급가산금 140,454,970원을 원고가 납부

하여야 하는 2013사업연도분 법인세에 충당하였으나, 그 후 광주지방국세청장이 이 사

건 환급가산금 140,454,970원에 관하여 원고가 초과납부하여 원고에게 반환하여야 할

2013사업연도분 법인세액 11,902,960원에 충당하고, 원고로부터 나머지 128,552,010원

을 납부받은 사실은 기초사실에서 본 바와 같다.

나) 이에 대하여 피고는 이 사건 국세환급금에 대하여 환급가산금을 지급하여야

한다고 하더라도, 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금은 부당이득에 대한 법정이자

라고 할 것이고 부당이득반환의무는 이행기한의 정함이 없는 채무이므로 반환의무자는

이행청구를 받은 때에 비로소 지체책임을 지므로, 이 사건 국세환급금에 대한 환급가

산금의 기산일은 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호에 따른 국세 납부일의

다음 날이 아닌 이 사건 국세환급금 지급청구일의 다음 날이라는 취지의 주장을 하나,

국세기본법 제52조, 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항은 부당이득반환의무에 관

한 민법 규정의 특칙이라고 할 것이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

또한, 피고는 국세환급금에 대한 환급가산금의 기산일에 관한 국세기본법 시

행령 제43조의3 제1항 제1호, 제5호가 2015. 2. 3. 개정되어 국세기본법 제45조의2에

따른 경정청구에 따라 납부한 세액 또는 환급한 세액을 경정함으로 인하여 환급하는

경우 환급가산금의 기산일을 경정청구일(경정청구일이 국세 납부일보다 빠른 경우에는

국세 납부일)의 다음 날로 정하였으므로, 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금의 기

산일을 국세 납부일의 다음 날로 하여서는 아니 된다는 취지의 주장도 하나, 국세기본

법 시행령 부칙(2015. 2. 3. 대통령령 제26066호) 제1조, 제5조는 국세기본법 시행령

제43조의3 제1항의 개정규정은 위 시행령의 시행일인 2015. 2. 3. 이후 경정 청구를

하는 분부터 적용한다고 정하고 있으므로, 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금의

기산일 판정에 있어서 위 개정규정이 적용된다고는 할 수 없다. 피고의 위 주장 또한

가. 피고는 원고에게 140,454,970원 및 이에 대한 2016. 10. 6.부터 2016. 11. 30.까지는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 15%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 9/10는 원고가, 나머지 1/10은 피고가 각 부담한다.

3. 제1의 가.항은 가집행할 수 있다.

게 1,905,940,123원 및 그중 1,765,485,153원에 대하여는 2009. 4. 1.부터 2014. 4. 9.까

지는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을,

128,552,010원에 대하여는 2015. 1. 6.부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율로 계산한

돈을, 11,902,960원에 대하여는 이 사건 2016. 10. 5.자 청구취지 및 청구원인 변경신

청서 부본1) 송달 다음 날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율로 계산한 돈을 각 지급

하라(원고는 당심에서 128,552,010원에 대한 지연손해금 청구, 11,902,960원 및 그에

대한 지연손해금 청구를 추가하는 것으로 청구를 확장하였다).

가. 원고는 지방공기업법 제49조에 따라 00시가 전액 출자하여 설립한 지방공사로서 2007년부터 '00공동혁신도시 조성사업'(이하 '이 사건 혁신도시 조성사업'이라 한다)을 시행하고 있다.

나. 원고는 이 사건 혁신도시 조성사업을 시행하면서 소요되는 공사비, 보상비 등의 비용에 충당하기 위하여 2007. 6. 19.경부터 00은행 등 금융기관으로부터 자금을 차입하거나 사채를 발행하여 매년 그 차입금이나 발행한 사채(이하 '이 사건 차입금 등'이라 한다)에 대한 이자를 지급하여 왔다.

다. 원고는 2007사업연도분부터 2012사업연도분까지의 사업연도별 법인세 과세표준과 세액을 00세무서에 신고ㆍ납부함에 있어 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 향후 이 사건 혁신도시 조성사업 대상 토지가 매각되어 매출이 발생하는 시점에야 비로소 매출원가에 포함되는 비용으로 처리할 수 있다고 판단하여, 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 손금에 산입하지 않고 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항에서 정한 사업용 고정자산의 건설 등에 소요되는 차입금(이하 '특정차입금'이라 한다)에 대한 지급이자로 이 사건 혁신도시 조성사업의 건설원가 중 자본적 지출에 가산하였다.

라. 원고는 2007사업연도분부터 2012사업연도분까지의 법인세 과세표준과 세액을 00세무서장에게 신고한 후 각 사업연도의 다음 해 3. 31. 해당 사업연도분 법인세액을 납부하여 왔는데, 원고가 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 위 다.항 기재와 같이 회계처리함으로써 초과납부한 법인세액은 아래 <표> 기재와 같다.

<표> (단위: 원) 사업연도

지급이자

매출원가

손금불산입액

초과납부

법인세액

2007년

4,870,269,220 4,870,269,220 1,217,542,304 2008년

7,746,668,810 7,746,668,810 1,765,485,153 2009년

11,454,099,960 553,267,990 10,900,831,970 1,1215,288,379 2010년

12,925,042,207 1,116,132,030 11,808,910,177 960,796,040 2011년

12,073,158,419 4,602,185,050 7,470,973,768 112,430,212 2012년

8,047,123,419 12,454,036,060 -4,406,912,641 1,792,193,738 합계

57,116,362,434 18,725,621,130 38,390,741,304 7,063,735,826

마. 원고는 2013. 11. 5.부터 2013. 12. 3.까지 00지방국세청으로부터 정기세무조사를 받는 과정에서 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자가 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조 제1항에서 정한 특정차입금에 대한 지급이자가 아니라 재고자산의 취득원가에 포함되어 손금에 산입할 수 있음을 알게 되었다.

바. 원고는 정기세무조사에 따라 위 <표> 기재와 같이 초과납부한 법인세액에 관하여 경정결정이 있을 것으로 기대하였으나, 00지방국세청은 2013. 12. 10.경 원고에게 '원고는 법인세 367,399,985원을 추가로 납부하여야 한다'는 취지의 세무조사 결과를 통보하였다.

사. 원고는 2014. 3. 11. 00세무서장에게 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 손금에 산입하는 내용으로 2008사업연도분부터 2012사업연도분까지의 법인세 과세표준과 세액의 경정을 청구하였다.

아. 00세무서장은 2014. 3. 25. 원고에게 위 경정청구에 관하여 '2008사업연도분과 2009사업연도분 법인세 과세표준과 세액의 경정청구는 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구 기간 3년을 경과하여 경정할 이유가 없다'는 취지로 통보하였다.

자. 원고는 2013사업연도분 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서, 2008사업연도분과 2009사업연도분 법인세 과세표준과 세액 신고 당시 손금에 산입하였어야 할 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자로서 2008년분 7,746,668,810원, 2009년분 11,454,099,960원 중 2010사업연도분부터 2012사업연도분까지 법인세 과세표준과 세액의 경정을 청구하면서 이월결손금으로 포함시켰던 2008년분 1,647,566,053원, 2009년분 6,044,773,998원을 제외한 나머지 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자 2008년분 6,099,102,757원(= 7,746,668,810원 1,647,566,053원), 2009년분 5,409,325,962원(= 11,454,099,960원 6,044,773,998원)의 합계 11,508,428,719원을 전기오류수정손실로 손금에 산입하였다. 차. 00세무서장은 원고로부터 위 자.항과 같이 전기오류수정손실로 손금에 산입한 이유에 관한 소명자료를 제출받은 다음, 2009사업연도분 초과납부 법인세액의 환급금(이하 '이 사건 국세환급금'이라 한다)으로 1,215,288,370원을, 환급가산금으로 140,454,970원(이하 '이 사건 환급가산금'이라 한다)을 결정하였고, 이를 원고가 납부하여야 하는 2013사업연도분 법인세에 충당하였다.

카. 그런데 00지방국세청장은 2014. 12. 19.경 원고에게 경정청구기간이 경과하여 과세표준과 세액이 확정된 후에 직권경정을 통하여 환급하는 경우 환급가산금 지급대상이 아니므로 원고가 위 차.항 기재와 같이 충당된 환급가산금 140,454,970원을 반환하여야 한다는 전제에서, 원고가 초과납부한 2013사업연도분 법인세액으로 원고에게 환급하여야 할 11,902,960원을 공제한 나머지 128,552,010원(2014. 11. 4. 기준) 상당액을 즉시 자진납부할 것을 요청하였고, 이에 원고는 위 128,552,010원을 납부하였다. 타. 이 사건 관련 법령은 별지 관련 법령 기재와 같다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9 내지 13호증, 을 제2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 제1심 법원의 00지방국세청장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 2008사업연도분 초과납부 법인세액 관련 청구

1) 주위적 청구원인(부당이득 반환청구) 원고가 2008사업연도분 법인세 과세표준과 세액에 관하여 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 손금에 산입되는 재고자산의 취득원가에 포함시키지 않고 손금에 산입되지 아니하는 특정차입금에 대한 지급이자로 처리하여 신고한 행위(이하 '이 사건 신고행위'라 한다)는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 그 신고행위에 중대ㆍ명백한 하자가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 신고행위는 당연무효이다. 따라서 피고는 원고에게, 원고가 당연무효인 이 사건 신고행위에 따라 초과납부한 2008사업연도분 법인세 1,765,485,153원 상당을 부당이득으로 반환하여야 한다.

① 원고가 2007사업연도분부터 2012사업연도분까지 법인세 과세표준과 세액에 관하여 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 손금에 산입하지 아니하고 특정차입금에 대한 지급이자로 처리하여 신고함으로써 원고가 초과납부한 법인세액의 합계가 7,063,735,826원2)이고, 2008사업연도분 초과납부 법인세액만도 1,765,486,153원에 이르2) 다만, 2009사업연도분부터 2012사업연도분까지 초과납부한 법인세액은 원고에게 환급되었다.므로, 이 사건 신고행위에 중대한 하자가 있다.

② 차입금의 이자는 원칙적으로 손금에 산입하고(법인세법 제19조 제1항, 법인세법 시행령 제19조 제7호), 특정차입금에 대한 지급이자는 예외적으로 손금에 산입하지 아니하는바(법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조 제1항), 원고가 시행하는 이 사건 혁신도시 조성사업의 내용과 목적에 비추어 볼 때 이 사건 차입 금 등은 특정차입금이 아니라 재고자산의 취득을 위한 차입금임이 명백하므로, 이 사건 신고행위에 명백한 하자가 있다.

③ 또한, ㉠ 이 사건 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 문제되지 아니하여 이 사건 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저하되지 않고, ㉡ 이 사건 신고행위에 중대한 하자가 있으며, ㉢ 경정청구제도 외에는 특별한 법적 구제수단이 없었고, ㉣ 피고에게 이 사건 신고행위로 인한 1,765,485,153원 상당의 부당이득을 얻게 하고 원고에게 이 사건 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것은 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하더라도, 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있으며, ㉤ 원고의 설립 목적이나 출자 관계 등을 종합하여 볼 때 원고에게 이 사건 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것은 더욱 현저하게 부당하고, ㉥ 2013. 11. 5.부터 2013. 12. 3.까지 원고에 대하여 이루어진 00지방국세청의 정기세무조사는 국세 부과제척기간이 경과하지 아니한 2008사업연도분부터 2012사업연도분까지의 법인세 과세표준과 세액 등에 관한 세무조사이었으므로 2008사업연도분 법인세 과세표준과 세액에 관하여 탈루한 세액이 있다면 과세를 하여야 하고, 초과납부한 세액이 있다면 반환하여야 실질과세주의, 과세평등주의에 부합하며, ㉦ 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 3년이 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에서 정한 부과제척기간 5년보다 짧아 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 직권경정할 수는 있으나 납세의무자가 경정청구를 할 수 없는 기간이 존재하는 불합리한 측면이 있었으나, 국세기본법 제45조의2 제1항이 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되어 경정청구기간이 3년에서 5년으로 연장되어 부과제척기간과 같게 되었는바, 경정청구기간이 5년이었다면 2008사업연도분 법인세도 경정청구의 대상이 될 수 있었을 것이므로, 이 사건 신고행위는 당연무효라고 보아야 한다.

2) 예비적 청구원인(불법행위에 기한 손해배상청구) 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 3년이 경과하였더라도 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에서 정하는 법인세의 일반적인 부과제척기간 5년이 경과하기 전에 법인세 과세표준과 세액에 관한 신고내용에 오류 또는 누락이 있음을 알게 된 경우에는 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항에 따라 직권으로 과세표준과 세액을 경정하여야 하고, 위와 같은 직권경정은 기속행위 또는 기속재량행위이다. 2013. 11. 5.부터 2013. 12. 3.까지의 원고에 대하여 이루어진 00지방국세청의 정기세무조사 당시 00지방국세청장은 법인세의 일반적인 부과제척기간 5년이 경과하지 아니한 2008사업연도분에 관한 이 사건 신고행위에 오류가 있음을 확인하였음에도 이를 직권경정하지 않아 원고에게 2008사업연도분 초과납부 법인세액 1,765,485,153원 상당의 손해를 입혔으므로, 피고는 원고에게 그 손해를 배상하여야 한다.

나. 이 사건 환급가산금 관련 청구2009사업연도분 법인세 과세표준과 세액에 관한 직권경정은, 납세자의 고충민원 해결을 위하여 시혜적으로 이루어진 것이 아니라 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항 에 따른 기속행위로서 이루어진 것이므로, 위와 같은 직권경정에 따른 이 사건 국세환급금에는 국세기본법 제52조에서 정한 환급가산금을 더하여 지급하여야 한다. 그럼에도 00지방국세청장이 원고에게 이미 충당된 이 사건 환급가산금 140,454,970원에 관하여 법률상 원인 없이 원고가 초과납부하여 원고에게 반환하여야 할 2013사업연도분 법인세액 11,902,960원에 충당하고, 원고로부터 나머지 128,552,010원을 납부받았으므로, 피고는 원고에게 위 140,454,970원을 부당이득으로 반환하여야 한다.

3. 판단

가. 2008사업연도분 초과납부 법인세액 관련 청구에 관하여

1) 이 사건 신고행위가 당연무효에 해당한다는 주장에 관하여

가) 신고납세 방식의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며, 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득이 된다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당되는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 1995. 12. 5. 선고 94다60363 판결 등 참조). 나) 먼저 이 사건 신고행위에 명백한 하자가 있는지에 관하여 살피건대, 원고가 이 사건 신고행위 당시 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 재고자산의 취득원가에 포함시켜 손금에 산입할 수 있었음에도 손금에 산입되지 아니하는 특정차입금에 대한 지급이자로 처리한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제4, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 2013. 11. 5.부터 2013. 12. 3.까지 원고에 대하여 이루어진 00지방 국세청의 정기세무조사 과정에서 담당 공무원이 원고의 세무대리 업무를 맡은 회계사무소 직원에게 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자가 특정차입금에 대한 지급이자가 아니라 재고자산의 취득원가에 포함되어 손금에 산입할 수 있으므로, 2008사업연도분부터 2012사업연도분까지 이를 수정한 법인세 과세표준 및 세액조정계산서를 작성하여 제출하여 달라고 한 사실은 인정된다.

그러나 기초사실과 관련 법령에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 구 법인세법 시행령 제52조 제1항에서 정하는 '명목 여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입ㆍ제작 또는 건설에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금'에 해당하여 법인세법 제28조 제1항 제3호에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하는지의 여부는 이 사건 차입금 등이 '사업용 고정자산의 매입ㆍ제작 또는 건설에 소요되는 자금'인지에 따라 결정되는데, 이 사건 혁신도시 조성사업을 시행하면서 소요되는 공사비, 보상비 등으로 사용된 이 사건 차입금 등이 '사업용 고정자산의 매입ㆍ제작 또는 건설에 소요되는 자금'인지 '재고자산의 취득에 사용된 자금'인지는 이 사건 차입금 등의 구체적인 용도 등 구체적인 사실관계를 확인하지 않고는 쉽게 판단할 수 없는 점, ② 이에 원고가 지방자치단체가 전액 출자하여 설립한 지방공기업으로서 회계사무소를 통하여 관련 세무업무를 처리하여 온 것으로 보임에도 원고는 2007사업연도분부터 2012사업연도분까지 6년 동안의 법인세 과세표준과 세액을 신고함에 있어 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 특정차입금에 대한 지급이자로 판단하여 신고하여 온 점, ③ 관할 00세무서장 또한 00지 방국세청의 원고에 대한 2013년도 정기세무조사 이전까지 이 사건 신고행위를 포함하여 위 6년 동안의 법인세 과세표준과 세액의 신고행위의 하자를 확인하지 못한 점 등을 종합하여 보면, 비록 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 손금에 산입되는 재고자산의 취득원가에 포함시키지 않고 손금에 산입되지 아니하는 특정차입금에 대한 지급이자로 처리하여 신고한 것이 중대한 하자에 해당한다고 하더라도 그것이 명백한 하

자에 해당한다고는 보기 어렵다고 할 것이다.

다) 또한, 원고 주장과 같은, 이 사건 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 문제되지 아니하는 사정, 이 사건 신고행위에 있는 하자의 중대성, 원고의 설립 목적이나 출자 관계, 2013. 11. 5.부터 2013. 12. 3.까지 원고에 대하여 이루어진 광주지방국 세청의 정기세무조사 경과, 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 3년이 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에서 정한 부과제척기간 5년보다 짧아 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 직권경정할 수는 있으나 납세의무자가 경정청구를 할 수 없는 기간이 존재하였고, 국세기본법 제45조의2 제1항이 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되어 경정청구기간이 3년에서 5년으로 연장된 사정 등을 종합하여 보더라도, 원고에게 이 사건 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 현저하게 부당하여 이 사건 신고행위가 당연무효에 해당한다고는 보기 어렵고, 달리 그러한 사정을 인정할 증거가 없다.

라) 따라서 이 사건 신고행위가 당연무효에 해당한다고는 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

2) 피고가 직권경정 의무를 이행하지 아니함에 따른 불법행위책임이 있다는 주장에 관하여

우선 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간이 경과하였더라도 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 국세기본법 제26조의2 제1항에 정하는 부과제척기간이 경과하기 전에는 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장에게 직권경정할 의무가 있다는 취지의 원고의 주장에 관하여 본다. 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항은 '납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하고, 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다'라고 정하고 있다. 또한, 2013. 11. 5.부터 2013. 12. 3.까지 원고에 대하여 이루어진 00지방국세청의 정기세무조사 과정에서 담당 공무원이 원고의 세무대리 업무를 맡은 회계사무소 직원에게 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자가 특정차입금에 대한 지급이자가 아니라 재고자산의 취득원가에 포함되어 손금에 산입할 수 있으므로, 2008사업연도분부터 2012사업연도분까지 이를 수정한 법인세 과세표준 및 세액조정계산서를 작성하여 제출하여 달라고 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 00지방국세청의 담당 공무원도 위 정기세무조사 과정에서 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자가 특정차입금에 대한 지급이자가 아니라 재고자산의 취득원가에 포함되어 손금에 산입할 수 있다는 것을 알게 되었다고 할 것이다.

그러나 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항이 과세관청으로 하여금 과세표준과 세액의 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 때에 이를 경정하도록 규정하고 있다고 하더라도 이는 과세관청의 내부적 사무처리절차를 규정한 것에 지나지 않을 뿐만 아니라, 구 국세기본법 제45조의2에서 납세의무자의 경정청구권을 명시적으로 규정하면서 그 행사기간과 방법ㆍ절차 등을 정하고 있는 이상 납세의무자에게 구 국세기본법에서 정하는 경정청구권 외에 법인세법의 규정에 기초한 법규상 또는 조리상 경정청구권이 있다고는 보기 어렵다(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두12469 판결 등 참조). 또한, 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 3년이 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에서 정한 부과제척기간 5년보다 짧아 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 직권경정할 수는 있으나 납세의무자가 경정청구를 할 수는 없는 기간이 존재하고, 국세기본법 제45조의2 제1항이 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되어 경정청구기간이 3년에서 5년으로 연장되어 부과제척기간과 같게 되었다고 하더라도, 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간이 경과한 후 법인세 과세표준과 세액의 신고내용에 오류 또는 누락이 있다는 것을 알게 된 경우 과세관청으로서는 부과제척기간이 경과되기 전이라면 이를 직권으로 경정할 수는 있지만, 그렇다고 과세관청이 직권으로 경정할 법적 의무까지 있다거나, 직권으로 경정하지 아니한 것이 해당 납세의무자에 대한 불법행위를 구성한다고 할 것은 아니라고 할 것이다(이와 달리경정청구기간이 경과한 후에도 과세관청에 직권경정 의무가 있다고 해석한다면, 납세의무자는 부과제척기간이 경과되기 전에는 경정청구기간 경과 여부와 관계없이 언제나 경정청구를 할 수 있게 되어 경정청구기간을 따로 정한 의미가 없게 된다).

따라서 과세관청이 원고의 2008사업연도분 법인세 과세표준과 세액 신고내용에 오류가 있는 것을 경정청구기간이 경과한 후 부과제척기간이 경과되기 전에 알게 된 경우, 직권으로 경정하여야 할 의무가 있음을 전제로, 그와 같은 직권경정을 하지 아니한 것이 불법행위에 해당함을 이유로 하는 원고의 이 부분 주장 또한 그 이유 없다. 나. 이 사건 환급가산금 관련 청구에 관하여

1) 이 부분에 관한 2015. 1. 5.자 청구취지 및 청구원인 변경신청의 적법 여부에 관하여

원고는 제1심에서 주위적 청구원인으로 2008사업연도분 초과납부 법인세액 상당의 부당이득반환청구를 하다가 2015. 1. 5.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 통하여 이 사건 국세환급금(2009사업연도분 초과납부 법인세액의 환급금)에 대한 환급가산금 128,552,010원의 지급청구를 추가하는 신청을 하였는데, 이에 대하여 피고는 위와 같은 청구취지 및 청구원인의 변경신청은 2008사업연도분 초과납부 법인세액과는 별도의 사안이므로 청구취지 및 청구원인의 변경 대상이 아니어서 부적법하다는 취지의 주장을 한다(한편, 원고는 당심에서 2016. 10. 5.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 통하여 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금 128,552,010원에 대한 지연손해금 청구, 11,902,960원 및 그에 대한 지연손해금 청구를 추가하는 내용의 청구취지 및 청구원인의 변경신청을 하였는바, 피고는 이에 대하여는 이의를 제기하지 아니하였다). 민사소송법 제262조 제1항은 청구의 변경에 관하여 원고는 청구의 기초가 바뀌지 아니하는 한도 안에서 변론을 종결할 때까지 청구의 취지 또는 원인을 바꿀 수 있고, 다만 소송절차를 현저히 지연시키는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.이 사건에 관하여 보건대, 원고가 부당이득으로 반환되어야 한다고 주장하는 2008사업 연도분 초과납부 법인세액과 이 사건 국세환급금 모두 법인세 과세표준과 세액에 관하여 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 손금에 산입되는 재고자산의 취득원가에 포함시키지 않고 손금에 산입되지 아니하는 특정차입금에 대한 지급이자로 처리하여 신고한 것을 발생원인으로 하므로, 당초의 2008사업연도분 초과납부 법인세액 상당의 부당이득반환청구와 추가된 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금 128,552,010원의 지급청구는 동일한 생활사실 또는 동일한 경제적 이익에 관한 분쟁으로서 피고가 환급결정을 하였는지 여부에 따라 환급결정을 하지 아니한 부분에 대한 환급의무의 존재 여부에 관한 분쟁(2008사업연도분 초과납부 법인세액 상당의 부당이득반환청구)과 환급결정을 한 부분에 대한 환급 범위에 관한 분쟁(이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금 지급청구)으로 구분될 뿐이어서 청구의 기초가 바뀌었다고는 보기 어려운 데다가, 그 소송자료도 상당 부분 공통되며, 따라서 그와 같은 청구의 변경으로 소송절차를 현저히 지연시키게 되었다고 보기도 어렵다.

사정이 이와 같다면, 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금 128,552,010원의 지급청구를 추가하는 취지의 2015. 1. 5.자 청구취지 및 청구원인 변경신청은 민사소송법 제262조 제1항에서 정하는 청구의 변경 요건을 갖추어 적법하다고 할 것이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 국세환급금에 국세기본법 제52조에서 정한 환급가산금을 더하여야 하는지에 관하여

가) 우선 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항이 과세관청으로 하여금 과세표준과 세액의 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 때에 이를 경정하도록 규정하고 있다고 하더라도 납세의무자에게 구 국세기본법에서 정하는 경정청구권 외에 법인세법의 규정에 기초한 법규상 또는 조리상 경정청구권이 있다고 볼 수 없어 과세관청이 법인세 과세표준과 세액 신고내용에 오류가 있는 것을 부과제척기간이 경과되기 전에 알게 되었다고 하더라도 이를 직권으로 경정할 의무가 있다고는 할 수 없음은 앞서 살핀 바와 같다.

나) 원고가 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간의 경과 후 2013사업연도분 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서, 2009사업연도분 법인세 과세표준과 세액 신고 당시 손금에 산입하였어야 할 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자로서 이미 이월결손금으로 포함시켜서 반영되었던 부분을 제외한 나머지 부분을 전기오류수 정손실로 손금에 산입한 사실은 기초사실에서 본 바와 같고, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 00세무서장이 위와 같이 전기오류수정손실로 손금에 산입한 이유에 관한 소명자료를 제출받은 다음, 이 사건 국세환급금(2009사업연도분 초과납부 법인세액의 환급금)으로 1,215,288,370원을 결정하면서 이를 원고가 납부하여야 하는 2013사업연도분 법인세에 충당하고, 2014. 11. 12. 원고에게 그 취지가 기재된 국세환급금 충당통지서를 발송하여 그 무렵 원고에게 국세환급금 충당통지서가 도달한 사실을 인정할 수 있다. 위와 같은 사실관계에 비추어 보면, 00세무서장은 법인세법 제66조 제4항에 따라 2009사업연도분 법인세액에 대하여 직권으로 감액경정을 하고, 이 사건 국세환금급으로 1,215,288,370원을 결정하였다고 봄이 상당하다. 한편 국세기본법 제52조는 세무서장은 국세환급금을 국세기본법 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 환급가산금을 국세환급금에 가산하여야 한다고 정하고 있고, 위 규정에서 환급가산금을 가산하지 않아도 되는 경우를 별도로 정하고 있지 아니하므로, 00세무서장이 이 사건 국세환급금으로 1,215,288,370원을 결정한 이상 위 규정에 따라 환급가산금을 가산하여 지급하여야 한다고 할 것이고, 비록 이 사건 국세환급금의 결정이 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간의 경과 후에 이루어진 것이고, 과세관청이 직권으로 경정할 의무가 없음에도 납세자의 고충민원 해결을 위하여 이루어진 것이라고 하더라도 이를 달리 볼 것은 아니라고 할 것이다.

다) 이에 대하여 피고는 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간의 경과 후에 이루어진 감액경정을 경정청구기간 내의 경정청구에 따른 감액경정과 동일하게 보아 감액된 세액 상당의 국세환급금에 더하여 환급가산금까지 지급하여야 한다면 신고납세방식 조세에 관한 납세의무자의 세법상 구제 범위 확대를 위하여 도입한 경정청구제도가 형해화될 수 있고, 조세법 체계의 일관성 및 안정성을 저해하는 결과를 초래할 수 있으며, 경정청구기간 내에 경정청구를 한 납세의무자와 비교할 때 형평에도 맞지 않으므로 환급가산금을 가산하여 지급하여서는 아니 된다고 주장하나, 피고의 위 주장은 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있는 경우에 환급가산금을 가산하도록 정하고 있는 국세기본법 제52조의 문언에 반하는 것일 뿐만 아니라, 국세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하는 것이고 환급가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성격을 갖는다는 점이나 이 사건 환급가산금은 관할 세무서장의 직권경정에 따라 발생한 것이라는 점에 비추어 보더라도, 환급가산금을 가산하는 것이 조세법 체계의 일관성 및 안정성을 저해하는 등 피고에게 환급가산금 부분의 지급의무를 지우는 것이 위법하거나 부당하다고는 보기 어려우므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

또한, 피고는 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간이 경과하였고, 직권으로 경정할 의무도 없음에도 납세자의 고충민원 해결을 위하여 직권으로 감액경정을 하여 이 사건 국세환급금으로 1,215,288,370원을 결정하였는데, 원고가 이 없다.

다) 따라서 피고는 원고에게 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금으로 140,454,970원을 지급할 의무가 있다.

다. 소결론

결국 피고는 원고에게 이 사건 국세환급금에 대한 환급가산금으로 140,454,970원 및 이에 대한 이 사건 2016. 10. 5.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서 부본 송달 다음 날인 2016. 10. 6.부터 피고가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당한 당심 판결 선고일인 2016. 11. 30.까지는 민법이 정하는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 15%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다[원고는 이 사건 국세환급금에 대한 환금가산금 중 128,552,010원에 대하여는 제1 심에서 이 사건 2015. 1. 5.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 통하여 청구를 추가하였으나, 위 128,552,010원에 대한 지연손해금에 대하여는 당심에서의 2016. 10. 5.자

128,552,010원에 대한 지연손해금에 대하여는 소송촉진 등에 관한 특례법 제3조 제1항

본문, 구 소송촉진 등에 관한 특례법 제3조 제1항 본문의 법정이율에 관한 규정(2015.

9. 25. 대통령령 제26553호로 전부 개정되기 전의 것)에 따른 연 20%가 아닌 소송촉진

등에 관한 특례법 제3조 제1항 본문, 소송촉진 등에 관한 특례법 제3조 제1항 본문의

법정이율에 관한 규정에 따른 연 15%의 법정이율을 적용함이 타당하다].

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구

는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므

로, 제1심 판결을 주문 제1항과 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.