1. 구 종합부동산세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항은 주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지(이하 '주택 등'이라 한다)의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택분 종합부동산세액, 토지분 종합합산세액 및 토지분 별도합산세액(이하 '주택 등 종합부동산세액'이라 한다)에서 각각 이를 공제하도록 규정하고 있다. 그리고 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 '주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 주택 등의 재산세로 부과된 세액'을 '주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'의 산식(이하 '시행령 산식'이라 한다)에 따라 각각 계산한 금액으로 하도록 정하고 있다.

2. 원심은 제1심 판결 이유를 인용하여, 원고는 2009. 12. 15. 피고에게 서울 ○○구 ○○동 ○○ 외 ○○필지 토지 ○○㎡, 건물 ○○㎡ 및 서울 ○○구 ○○동 ○○ 외 ○○필지 ○○㎡에 대한 2009년도 종합부동산세 ○○원 및 농어촌특별세 ○○원을 자진 신고・납부한 사실, 원고는 위와 같이 종합부동산세를 자진 신고・납부할 때 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표 (2) 중 작성요령에서 정한 산식(이하 '시행규칙 산식'이라 한다)에 따라 '과세기준금액 초과분 공시지가 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율'의 방법으로 계산한 재산세액을 공제한 사실, 그 후 원고는 2010. 2. 26. 피고에 대하여 위와 같은 재산세 공제방식이 잘못되었다고 주장하면서 감액경정청구를 하였으나 피고는 2010. 4. 14. 원고에 대하여 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 그 판시와 같은 이유를 들어 공제되는 재산세액을 이 사건 시행규칙 산식에 따라 산정하여야 하므로 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.

3. 그러나 공시가격과 공정시장가액비율 제도에 의한 재산세와 종합부동산세의 과세표준 산정에 관한 지방세법과 종합부동산세법 및 그 시행령 관련 규정의 개정 경위와 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율'이 되어야 하므로, 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 한다.

그리고 구 종합부동산세법 제16조 제3항과 구 종합부동산세법 시행령 제8조 제2항은 종합부동산세 신고를 위한 절차적인 사항을 정하도록 시행규칙에 위임하였을 뿐 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 산정과 관련한 실체적인 내용을 정하도록 위임한 것이 아니므로, 시행규칙 제5조 제2항이 종합부동산세 신고를 위한 서식을 마련하면서 그 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령에서 잘못된 산식인 이 사건 시행규칙 산식을 기재하고 있다 하더라도, 이는 일반국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다고 보아야 한다(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 참조).

그런데도 원심은 이와 달리, 피고가 이 사건 시행규칙 산식에 따라 공제되는 재산세액을 산정한 것이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 산정방법에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리・판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.