"가. 원고는 축전지 및 건전지와 기타 전지 제조 . 판매업, 전기기계기구의 제조 . 판매업, 자동차부품 제조 . 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 1995. 12. 20. 소외 ㅇㅇ시로부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 1,014 공장용지 37,222.6㎡ 등 4필지의 공장용지 총면적 89,774.3㎡(이하이 사건 토지'라고 한다)를 ㅇㅇ공업단지 입주계약에 의하여 취득한 뒤 공장건설에 착공하지 않고 있다가 1998. 8. 12. 소외 한국토지공사(이하소외 공사'라고 한다)에게 이 사건 토지를 양도하였다.", "나. 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하였으므로 이를 당시 시행되던 법인세법령에 규정된 비업무용 부동산에 해당하는 것으로 보고, 원고의 1996 사업연도, 1997 사업연도, 1998 사업연도의 각 소득금액 계산에 있어서 차입금의 이자 중 일정 금액(1996년 금 803,501,074원, 1997년 금 789,390,540원, 1998년 금 618,377,728원)을 손금에 불산입하는 것이 타당한데도 원고가 이를 손금에 산입함으로써 기 납부한 법인세가 과소 납부되었다고 판단하여 손금에 불산입하는 것으로 경정 계산한 결과, 추가납부할 세액을 1996 사업연도 귀속 법인세 금 327,984,080원, 1997 사업연도 귀속 법인세 금 240,004,040원, 1998 사업연도 귀속 법인세 금 170,116,800원으로 결정하여 1999. 11. 15. 원고에게 이를 부과 . 고지하였다(이하이 사건 과세처분'이라고 한다).",[증거] : 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증의 1 내지 4, 갑 제3호증, 갑 제7호증, 변론의 전취지

2. 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 1997년 말경 소위 IMF 경제위기 사태로 인하여 자금사정이 악화되어 기존의 자산인 이 사건 토지를 매각하여야 하는 상황에 처하게 되었는데, 재정경제원 장관은 1998. 6. 9. 기업들을 지원하기 위한 조치로서 구조조정을 촉진하기 위하여 법인 또는 개인이 1999. 12. 31. 이전에 비업무용 부동산을 매각하거나 해당 부동산을 취득하면 모두 업무용으로 인정해 주기로 하고 법인세법시행규칙을 개정하여 이러한 내용의 시행규칙을 같은 해 6. 말경 공포 . 시행하기로 하였다 라고 공표하여, 원고는 위와 같은 정부의 공표 내지 확약을 믿고 새로운 공장부지로 사용할 목적으로 매입하였던 이 사건 토지를 1998. 7. 15. 소외 공사에게 공시지가의 60% 내지 70%에 불과한 금 4,822,030,000원에 매도하고 그 매매대금 전액을 소외 공사로 하여금 1998. 8. 12. 원고의 채권은행인 ㅇㅇㅇㅇ은행에게 직접 지급하도록 함으로써 금융기관 부채 상환용으로 사용하였는바, 재정경제부장관은 위 공표와 동일한 내용으로 법인세법시행규칙을 개정하면서 다만 그 시행시기를 위 공표와 달리 1998. 8. 22.로 정하여 원고는 단 10일의 차이로 인하여 개정된 시행규칙의 적용을 받을 수 없게 되었고, 그 결과 이 사건 토지가 비업무용 부동산에 해당됨으로 인하여 이 사건 과세처분을 받는 불이익을 당하게 되었으므로 이 사건 과세처분은 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다.

나. 인정사실

(1) 재정경제원의 발표 내용 및 원고의 이 사건 부동산 처분 경위

다음 사실은 갑 제5호증의 1 내지 4, 갑 제6호증, 갑 제7, 8호증의 각 기재와 제1심증인 김석동의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있다.

"(가) 1997년 말경 소위 IMF 경제위기 사태로 인하여 국내기업의 재무구조가 악화되자, 재정경제원은 1998. 6. 9. 기업의 구조조정을 위한 부동산 매각을 지원하기 위하여 법인이 구조조정을 위하여 1999. 12. 31. 이전에 부동산을 매각하는 경우와 다른 법인 또는 개인이 구조조정을 위하여 1999. 12. 31. 이전에 매각하는 부동산을 매입하는 경우, 그 부동산을 비업무용 부동산에서 제외하는 것으로 법인세법시행규칙을 개정하기로 하였고, 그 개정안은 법제처 심사를 거쳐 6월 말경 공포 . 시행될 예정 이라는 내용을 보도자료를 통하여 발표하였고(이하이 사건 발표'라고 한다), 그 무렵 그러한 내용이 신문 등 언론매체를 통하여 일반 국민에게 보도되었다.", "(나) 원고는 당초 기존 공장의 협소함을 해결하고 생산을 증대하기 위한 새로운 공장부지를 확보할 목적으로 이 사건 토지를 취득하였으나, IMF 경제위기 사태로 인한 고금리와 금융기관의 차임금 조기상환 요구 등 금융시장의 경색으로 자금 조달에 큰 애로를 겪고 있던 중 이 사건 발표를 접하게 되자 이를 믿고 신규 투자를 포기하고 보유 부동산 매각을 통한 부채 상환 및 자금 조달을 하기 위하여 1998. 7. 15. 소외 공사(소외 공사는 1998. 4. 14.자 경제대책조정회의에서 결정된금융 . 기업 구조개혁 촉진방안'에 따라 그 동안 기업이 금융기관 부채 상환을 목적으로 매각하는 토지를 취득하여 왔다)에게 이 사건 토지를 매매대금 4,822,030,000원에 매도하였다.",(다) 위 매도 당시 원고와 소외 공사는 소외 공사가 원고에게 지급할 모든 매매대금을 원고가 지급을 동의한 금융기관에 직접 지급함으로써 매매대금 전액을 금융기관 부채상환용으로 사용하기로 약정하였는데, 이에 따라 소외 공사는 1998. 8. 12. 매매대금 전액을 원고가 지정한 소외 ㅇㅇㅇㅇ은행에게 차입금의 상환자금으로 지급하였다.

(라) 한편, 원고는 재정경제원의 이 사건 발표를 신문보도 내용을 통하여 접하였을 뿐이고, 위 매도 당시에 국세청 또는 관할세무서 등에게 법인세법시행규칙이 이 사건 발표에서 예정한 대로 1998. 6.말경 개정되어 공포 . 시행되고 있는지 여부를 확인하지는 않았다.

(2) 법인세법시행규칙의 개정 내용

(가) 재정경제원이 이 사건 발표를 하기 전에 시행되던 구 법인세법시행규칙(1998. 8. 22. 재정경제부령 제41호로 개정되기 전의 것) 제18조 제2항 제2호의 규정에 의하면, 공업배치및공장설립에관한법률 제2조 제1호에 규정된 공장용 부지를 취득한 후 5년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 비업무용 부동산에 해당되었다.

"(나) 그런데, 이 사건 발표에 뒤이어 1998. 8. 22. 재정경제부령 제41호로 개정 ・ 공포된 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것) 제18조 제5항 제21호, 부칙 제1조, 제4조 및 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 조세특례제한법으로 변경되기 전의 것, 이하구 조감법'이라고 한다) 제40조의 3 제1항의 각 규정에 의하면, 위 (2)의 (가)항에 기재된 요건을 충족하는 부동산이라고 하더라도, 1997. 6. 30. 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용 부동산으로서 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구에 재무구조 개선계획을 제출하여 승인을 얻고 부동산 양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환 적립금으로 적립한다는 요건을 갖추어 1998. 8. 22. 이후 1999. 12. 31. 이전에 양도하는 경우에만 비업무용 부동산에서 제외되게 되었다.",다. 판단

"(1) 국세기본법 제15조는납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다'고 규정하고 있는바, 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는, 첫째로 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하고, 둘째로 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없으며, 셋째로 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하고, 넷째로 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 이러한 요건을 모두 충족한 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 볼 것이다(대법원 2000. 8. 18. 선고 98두2713 판결 참조). 그리고, 여기서 요구되는 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하나, 신의성실의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰 보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것이므로, 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한 분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰 가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1996. 1. 23. 선고 95누13746 판결 참조).",(2) 이에 이 사건 처분에 신의성실의 원칙이 적용될 수 있는지 여부를 판단하기 위하여 ① 먼저 첫 번째 요건에 대하여 보건대, 이 사건 발표는 위에서 인정한 바와 같이 재정경제원의 보도자료에 따라 신문등 언론매체를 통하여 일반 국민에 보도된 것으로서 그 내용이 법인이 구조조정을 위하여 1999. 12. 31. 이전에 부동산을 매각하는 경우 그 부동산을 비업무용 부동산에서 제외하는 것으로 법인세법시행규칙을 개정하여 법제처의 심의를 거쳐 6월 말경 공포 . 시행할 예정 이라는 것이어서 실제로 개정된 법인세법시행규칙에서 규정하고 있는 비업무용부동산에서 제외되기 위하여 필요한 모든 요건이 구체적으로 적시되어 있지는 아니하나, 이 사건 발표의 주체인 재정경제원은 피고의 상급 행정관청으로 법인세법개정규칙을 개정 및 시행할 수 있는 권한을 가진 곳인 점, 비업무용 부동산에서 제외되는 부동산의 매각시한(1999. 12. 31.)과 개정될 법인세법시행규칙의 시행시기(1998. 6. 말경) 등을 포함한 이 사건 발표의 내용, 재정경제원이 이 사건 발표를 하기에 이른 당시의 경제상황 등에 비추어 볼 때, 이는 재정경제정책을 담당하는 행정부서가 법인세법시행규칙의 개정 방향 및 그 추진 일정을 밝힌 것에 그치는 것이 아니라 이에서 더 나아가 일반적으로 납세자로 하여금 고도의 신뢰를 가지게 할 수 있을 정도의 구체적인 내용을 담고 있어 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 한 것에 해당한다 할 것이다.

② 두 번째 요건에 대하여 보건대, 위에서 본 이 사건 발표의 주체, 내용 및 배경에 비추어 보면 납세자인 원고가 이 사건 발표에 의한 재정경제원의 견해 표명을 정당한 것으로 신뢰한 데에 아무런 귀책사유가 없다고 할 것이다. 한편, 위 인정사실에 의하면 이 사건 발표에 따른 법인세법시행규칙 개정의 효과를 누릴 의도가 있었던 원고로서는 이 사건 토지를 매각함에 있어 이 사건 발표에서 예정한 바와 같이 법인세법시행규칙이 개정되어 공포 . 시행되었는지 여부를 관보를 열람하거나 국세청 또는 관할세무서 등에 문의하는 방법으로 손쉽게 확인할 수 있었음에도 이 사건 발표에 따라 법인세법시행규칙이 개정 ・ 시행되었을 것으로 가볍게 신뢰하고 성급하게 이 사건 토지를 양도한 잘못이 있다 할 것이나, 이는 재정경제원의 위 견해 표명을 신뢰한 데에 대한 귀책사유라기 보다는 그 견해 표명 이후에 과세관청이 표명한 대로 조치를 취하고 있는지 여부를 확인하지 못한 잘못에 불과하다고 할 것이다.

③ 세 번째 요건에 대하여 보건대, 이 사건 발표 내용을 믿은 원고가 신규 투자를 포기하고 보유 부동산 매각을 통한 부채 상환 및 자금 조달을 위하여 법인세법시행규칙 개정의 효과를 받고자 이 사건 발표상 법인세법시행규칙의 개정・시행시기 (1998. 6. 말경) 이후인 1998. 7. 15. 이 사건 토지를 소외 공사에 매각한 사실은 앞서 인정한 바와 같으므로 이 사건은 세 번째 요건도 갖추었다 할 것이다.

④ 네 번째 요건에 대하여 보건대, 재정경제원이 이 사건 발표와 같은 내용으로 법인세법개정규칙을 개정하면서 그 시행시기를 위 견해 표명과는 달리 이 사건 발표상 시행시기인 위 1998. 6. 말경 보다 2개월 가량 뒤인 1998. 8. 22.로 정함으로써 원고가 단 10일의 차이로 법인세법시행규칙 개정의 효과를 받지 못하는 불이익이 초래된 것은 위에서 인정한 바와 같으므로 이 사건은 네 번째 요건도 갖추었다 할 것이다.

(3) 따라서 이 사건에서는 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 요건이 모두 충족되었다고 볼 것이므로 결국 이 사건 과세처분은 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 이를 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.