가. 청구인은 1992.12.15. OOO아파트 311동 901호(이하 ‘종전주택’이라 한다)을 취득하여 보유하다가, 종전주택에 대한 재건축사업에 따라 2005.1.28.(사용승인) 같은 곳 OOO 제102동 2301호(이하 ‘신축주택’이라 한다)를 취득하였으며, 2009년 9월 신축주택을 OOO백만원에 양도하고, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세(산출세액 OOO천원)를 전액 감면신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 2012.7.10. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.11. 이의신청을 거쳐 2012.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인의 양도부동산(신축주택)은 사용승인 후 5년 이내 양도하는 등, 조특법 제99조의3 및 동법 시행령 제99조의3과 제40조 제1항의 준용규정에 의해 양도소득세 전액이 감면됨에도 청구인에게 양도소득세를 고지한 당해 처분은 부당하다.

동법 시행령 제40조 제1항의 계산식을 살펴보면,

산식의 분자 및 분모에 ‘취득당시의 기준시가’라는 동일한 표현이 들어 있고, 조특법 제99조의3 등은 외환위기 후 불투명한 시장 현실에서 건설경기 활성화를 위하여 정책적으로 신설한 것인데, 납세 후 이미 몇 년이 경과한 시점에서 과세관청이 자의적으로 법령에 명시된 국가의 약속 및 해석을 바꾼다면 법적 안정성, 정책의 일관성 및 국세행정의 신뢰성을 유지하기 어려울 것이며, 세금을 납부하고 몇 년이 지난 지금에 와서 전혀 예측할 수 없었던 세금을 불시에 고지받은 후 청구인의 가계경제 역시 파탄에 이를 지경이라는 점이 감안되어야 한다.

(2) 가산세 부분에 있어서도 청구인이 2009년 양도부동산 매도 당시 세무전문가 및 담당 공무원과의 상담을 거쳐 적법하게 납부하였던 세금에 대해 납부불성실가산세 OOO원(1일당 3/10,000)까지 붙여 부과하는 것은 세법규정 및 해석을 신뢰하였던 납세자에게 부당한 처분인바, 청구인이 탈세 등 의무위반의 의도 없이 2009년 당시의 관련 규정 및 해석에 따라 적법하게 관련 세금을 신고납부하였음에도 불구하고 처분청이 자의적으로 해석 변경에 따른 소급과세를 하면서 가산세까지 물리는 현 납세관행은 청구인과 같은 선의의 납세자에게 이해할 수 없는 부분이다.

나. 처분청 의견

(1) 신축주택 취득자에 대한 감면은 그 취지가 신축주택에 대한 것이므로 재건축 이전 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 될 수 없고, 신축주택의 양도소득금액에 대하여 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 비율을 기준시가를 기준으로 하여 감면소득금액을 계산하도록 규정한 점을 종합하여 볼 때, 산식에서 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 것을 적용한 처분은 정당하고, 국세청 종전 해석은 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고 있고, 법문의 내용을 엄격히 해석하면 신축주택의 취득으로 인해서 발생되는 소득에 대해서만 감면을 한다는 것이지 종전주택의 보유로 인하여 발생된 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 부동산거래관리과-127(2011.2.10.)의 해석에 따라 취득 후 5년간 발생한 감면대상 양도소득 계산산식을 이용하여 이 건 처분은 정당하게 고지되었다.

(2)납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우 ‘납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기간의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율’로 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①처분청이 청구인의 신축주택 양도에 대해 조특법 제99조의3 규정을 적용함에 있어종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면을 배제하고 과세한 처분의 당부

② 가산세(납부불성실가산세) 부과처분이 정당한지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 조특법시행령 제99조의 3 제2항에서 ‘법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제40조 제1항의 계산식은 ‘{양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}’로 되어 있다.

(나) 국세청 질의회신(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 의하면 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는다는 내용 등이 나타나고, 종전 회신내용인 서면4팀-2109(2005.11.8)에 의하면 조특법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 되어 있으며, 위와 같은 종전 회신내용이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정(회신)하고 있는 것으로 보이지 아니한다.

(다) 살피건대, 청구인은청구인의 양도부동산(신축주택)은 사용승인 후 5년 이내 양도하는 등, 조특법 제99조의3 및 동법 시행령 제99조의3과 제40조 제1항의 준용규정에 의해 양도소득세 전액이 감면됨에도 청구인에게 양도소득세를 고지한 당해 처분은 부당하다고 주장하고 있으나,

조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모하는데 그 입법취지가 있었고, 조특법 제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다(조심 2012서83, 2012.3.13. 등 참조).

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

청구인은 2009년 양도부동산 매도 당시 세무전문가 및 담당 공무원과의 상담을 거쳐 적법하게 납부하였던 세금에 대해 납부불성실가산세까지 붙여 부과하는 것은 부당하다고 주장하나,세법상의 가산세는 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 납부불성실가산세는 지연이자의 성격도 포함되어 있는 점 등을 고려할 때 위 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.