가. 청구인은 1996.10.12. 아버지 OOO으로부터 증여받은 OOO OOO OOO OO OO 임야 27,174㎡ 및 같은 곳 산8-1 임야 1,983㎡, 합계 29,157㎡(이하 “증여받은 토지”라 한다)에 대해 2005.6.23. OOOOO OOOO(OO OOO OOOOOOOOOO이고 이하 “청구외법인”이라 한다)와 52억 9천만원에 매매계약(양도)을 체결하였다.

나. 청구인은 양도계약에 따라 2005.6.23. 계약금 3억원을 수령한 후 2005.7.1. 토지사용을 승낙하고, 2005.10.5. 1차중도금 7억원, 2006.7.19. 2차중도금 3억원을 수령하였으나, 청구인의 형제들인 OOO 외 5인이 제기한 유류분반환소송에 대한 서울중앙지방법원의 판결(2005가합90525)에 따라 2007.8.22. 증여받은 토지의 지분 1/3을 형제들에게 소유권이전하였으며, 2007.9.28. 증여받은 토지의 나머지 지분 2/3(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외법인에게 33억원(기수령한 13억원은 별도로 함)에 양도하기로 매매계약을 체결하고 소유권을 이전하였다.

다.청구인은 2007.11.30. 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 양도가액을33억원, 납부세액을 1,549,833,490원으로 하여 2007년 귀속으로 양도소득세를 신고·납부하였다가, 2009.9.2. 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하지 아니한다 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2009.9.22. 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.10. 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였고, 서울지방국세청장은 2010.2.12 경정청구거분처분을 취소하도록 결정하면서 쟁점토지 양도거래를 장기할부조건부로 보아 쟁점토지의 양도일을 당초 청구인이 신고한 2007.9.28.이 아닌 청구외법인에게 토지사용을 승낙한 2005.7.1.로 결정하였다.

마. 처분청은 양도시기가 2005.7.1.이라는 이의신청 결정에 따라 2010.3.11. 쟁점토지 양도에 대하여 비사업용토지의 경우에 적용되는 중과세율을 배제하여 양도소득세를 경정하면서, 청구인이 자진신고한 2007년 귀속 양도소득세는 2005년 귀속분의 기한후신고로 보아 신고불성실가산세 93,007,404원(10%) 및 납부불성실가산세 154,445,876원(0.03%, 548일), 합계 247,453,280원을 환급세액에서 차감하여 509,698,540원을 환급하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.19. 이의신청을 거쳐 2010.8.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하는 것으로 잘못 알고 소유권이전등기일인 2007.9.28.을 양도일로 보아 2007년 세법에 의하여 양도소득세를 자진신고·납부하였으나, 2009년 5월경 세무전문가와의 상담을 통해 비사업용토지가 아님을 알게 되어 서울지방국세청장에게 이의신청하여 장기할부판매에 해당하여 2005.7.1.이 양도시기라는 결정을 받았고, 쟁점토지 양도가 장기할부판매에 해당하는지 여부는 고도의 전문지식이 필요한 사항이며 고의로 조세부담을 경감할 목적도 없이 청구인은 양도소득세 신고의무를 성실히 이행하고 세액을 납부하였는 바,

이처럼 조사공무원도 장기할부조건의 매매거래에 해당함을 알지 못하다가 과세관청의 이의신청 결정에 따라 귀속시기만 변경되는 경우에는 청구인의 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당(대법원 2003두13632, 2005.1.27. 국심 2007중2508, 2007.10.29., 국심 2007중2847, 2007.12.27.)하고,

더욱이 청구인이 장기할부판매에 해당함을 알았어도 쟁점토지의 소유권 분쟁으로 형제들의 유류분 반환소송이 제기되어 매매계약이 해제될 수 있는 등 계약자체가 불확정한 상태에 있어 청구인이 쟁점토지의 양도소득세를 2005년 귀속으로 신고함을 기대하는 것은 무리임에도 신고 및 납부불성실가산세를 차감하여 양도소득세를 환급함은 부당하다.

(2) 청구인은 2005.8.29. 경기도 OOO장으로부터 공장설립을 위한 토목공사 허가승인을 받고 2005.9.29.에는 공장신설 승인을 득하여 공사를 진행하던 중, 청구인의 형제들이 2005.10.21. 유류분 반환소송을 제기하여 서울고등법원에 항소하는 등으로 2007.8.1. 소송이 종결되어 2007.8.22. 증여받은 토지의 소유권 일부를 형제들에게 이전하고 나머지 쟁점토지를 2007.9.28. 청구외법인에게 양도하였으며,

또한, 쟁점토지가 OOOOO 예정지구에 포함되어 건설교통부 고시 제2007-294호로 2007.9.19. 건축허가 불가 통보되어 공사가 중단된 상태로 양도하게 되었는바, 청구인이 쟁점토지 양도이전에 공사에 착공하였고 이후 소유권에 관한 소송이 있었으며 또한 OOOOO 예정지구 고시로 건축이 제한되었으므로 쟁점토지는 이와 같은 부득이한 사유가 있어 이 기간을 제외하면 비사업용토지에 해당하지 아니한다.

청구인은 이의신청시 쟁점토지가 위와 같은 비사업용이 아니라는 주장을 하였으나 서울지방국세청장은 이를 간과하고 쟁점토지 양도를 장기할부조건으로 판단하여 청구인이 가산세만큼 환급받지 못하였으므로 당초 경정청구대로 비사업용으로 보지 아니하여야 하고 미환급한 세액을 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 2009.9.2. 제기한 경정청구는 쟁점토지가 비사업용이 아니라는 취지로써 장기할부조건부 매매에 해당한다는 내용은 없었으며, 청구인이 서울지방국세청 이의신청시 2005.6.23. 작성된 매매대금 52억9천만원의 매매계약서를 제시하면서 처음으로 장기할부조건부임을 주장하여 양도시기가 토지사용승낙일로 변경되었는 바, 청구인이 2007.11.30. 및 2009.9.2. 양도소득세 예정신고 및 경정청구시 2007.3.28작성된 매매대금 33억원의 매매계약서(대금을 2007.9.28. 일시불로 정산)를 제출하여 당해 계약서로는 장기할부조건부 매매거래 해당여부를 검토할 수 없었으므로 청구인의 주장은 이유없다.

(2) 청구인은 「소득세법 시행령」제168조의14 및 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호의 규정에 따라 쟁점토지를 비사업용토지로 볼 수 없다고 주장하나, 위 규정은 임야를 취득하여 산지전용허가(협의)를 받아 건설에 착공한 경우에는 적용되지 아니하는 것이고, 청구인의 경우 공장설립승인(건축허가로 의제됨)을 받은 상태에서 건축물 착공신고를 하지 못하였으므로 청구주장은 이유없고,

청구인은 쟁점토지의 양도시기가 2007년이라고 주장하나, 쟁점토지 매매계약서 약정내용을 보면 2005.6.23. 매매계약을 체결하면서 계약금 3억원, 1차 중도금 7억원, 2차 중도금 25억원, 잔금 17억5천만원을 지급받기로 하고 이에 따라 계약당일 3억원, 2005.10.5. 1차 중도금 7억원 2006.7.19. 2차 중도금 일부 3억원을 수령하였고, 이후 제기된 유류분 반환소송에 의해 소유권이 변동되면서 양도가액 등에 대한 변경사항을 매수자와 합의하고 2007.9.28. 쟁점토지 소유권을 이전하였으므로, 이와 같은 사정에 비추어 쟁점토지 매매계약은 「소득세법」제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제3호, 같은 법 시행규칙 제78조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건부 매매에 해당하므로 양도시기는 사용승낙일인 2005.7.1.이므로 양도시기가 2007년이라는 주장은 받아들일 수 없으며,

청구인의 이러한 주장은 동일한 자료와 사실관계를 바탕으로 서울지방국세청 이의신청시 심리된 결과 장기할부조건부 매매거래로 그 양도시기가 2005.7.1.로 결정된 사항으로, 청구인은 쟁점토지가 비사업용토지가 아니라는 청구주장을 이의신청시 받아들였다고 주장하나, 이의신청시 비사업용토지 여부에 대하여는 판단한 사실이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 매매계약을 장기할부조건부 매매거래로 보아 그 양도시기를 사용승낙일(2005.7.1.)로 하여 신고 및 납부불성실가산세를 환급하지 아니한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제104조의3 【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

제110조【양도소득과세표준 확정신고】① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(괄호 생략) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. (단서 생략)

⑤ 확정신고에 있어서는 그 신고서에 양도소득금액의 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 대통령령이 정하는 것을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제115조【양도소득세에 대한 가산세】① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

② 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 “납부불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

(2) 소득세법 시행령

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 재정경제부령이 정하는 기간

(3) 소득세법 시행규칙

제78조【장기할부조건의 범위】③ 영 제162조 제1항 제3호에서 “재정경제부령이 정하는 장기할부조건”이라 함은 법 제94조 제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 당해 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 당해 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입할 것

2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것

제83조의5 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제168조의14 제1항 제3호의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (단서 생략)

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제12조의 규정 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속 중인 토지 : 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간

12. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

(4) 국세기본법

제45조의3【기한후 신고】① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야 할 세액(세법에 의한 가산세를 제외한다)이 있는 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 자산재평가법 제15조의 규정에 의한 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1996.10.12. 아버지 OOO으로부터 증여받은 토지를 수증받아 2005.6.23. 청구외법인과 다음 <표1>과 같은 내용으로 매매계약을 체결한 사실이 심리자료에 나타난다.

OOOOOOOOOO OOOO OO OOOO OO(OOOOOOOOOO)

(2) 청구외법인은 증여받은 토지의 매매계약을 체결 후 계약금을 지불하고 공장허가를 추진하였으나 허가가 어렵게 되자 2005.7.1. 청구외법인 대표이사 OOO 외 6인에게 원 매매계약과 동일한 조건으로 매수인의 권리를 승계(포괄 양수도)하는 내용의 부동산 양수도계약을 체결하였으며, 청구인도 이에 동의한 사실이 OOO의 사실확인서 및 관련 부동산양수도계약서에 의하여 확인되고,

이에 따라 청구인은 2005.7.1. OOO 외 6인에게 증여받은 토지를 공장부지 조성을 시행함에 있어 사용을 승낙한다는 토지사용승낙서를 교부하였다(처분청은 이 토지사용승낙일인 2005.7.1.이 쟁점토지의 양도시기라는 의견이다).

(3) 위와 같이 증여받은 토지에 대하여 사용승낙을 받은 OOO 외 6인은 2005.7.4. 경기도 OOO장에게 공장설립 승인 및 산지전용 허가를 신청하였고, 2005.8.20. OOOOO(주)와 증여받은 토지에 대해 2005.8.26. ～ 2005.11.30. 기간 동안 토목공사를 실시하기로 하여 공사도급계약을 체결(공사대금 156백만원)하고 2005.8.29. 경기도 OOO장에게 특정공사 사전신고를 마쳤으며, 2005.9.29. 다음 <표2>와 같이 공장설립 승인을 받은 사실이 심리자료에 나타난다.

OOOOOOOOOO OOOO OO OO OOOO OO OO

(4) 위와 같이 증여받은 토지에 공장설립이 추진되고 있던 중인 2005.10.21. 청구인의 형제들인 OOO 외 5인이 서울중앙지방법원에 유류분 반환소송을 제기(2005가합90525)하였고, 증여받은 토지에 대한 가처분 신청이 법원에 받아들여져 2005.10.27. 등기되었으며,

청구인은 2006.12.13. 패소판결을 받고 2007.1.17. 서울고등법원에 항소(2007나8275)하였다가, 2007.8.1. 항소를 취하하고 증여받은 토지 중 유류분 1/3을 OOO 외 5인에게 반환(2007.8.22. 소유권 이전등기)한 사실이 법원 판결문, 부동산 등기부등본에 의하여 확인된다.

(5) 건설교통부는 2007.7.25. 쟁점토지 일대를 OOOOO 예정지구로 고시(건설교통부 고시 제2007-294호)하였으며, 이에 근거하여 경기도 OOO장은 2007.9.19. OOO 외 6인에게 동탄면 일원에 대하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제63조의 규정에 의거 개발행위허가 제한지역으로 고시되어 건축(착공신고)불가함을 통보한 사실이 심리자료에 나타난다.

(6) 청구인과 청구외법인은 기존의 매매계약에 관하여 2007.9.28. 합의약정서를 작성하였는 바 그 주요내용은 다음 <표3>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO OOOO(OOOOOOOOOO)

(7) 위 합의약정이 있었음에도 청구외법인은 2008.1.7. 및 2008.4.10. 청구인에게 최초 매매계약시 청구인에게 기지급한 13억원의 반환을 요구하는 내용증명우편을 보냈고, 이에 대해 청구인은 2008.4.15. 청구외법인에게 “청구외법인이 13억원을 지급한 후 잔여 매매대금을 지급하지 아니한 상태에서 2007.7.25. 합의약정서를 새로 작성하면서 쟁점토지 매매대금으로 33억원을 지급하기로 하고 13억원은 별도로 하여 반환을 청구하지 아니하기로 하였음에도 반환요청함은 계약위반이다”라는 내용의 내용증명우편을 보냈으며,

이와 관련하여 청구인과 청구외법인 그리고 증여받은 토지에 공장설립허가를 득하여 공사를 진행한 OOO 외 6인의 대표자 OOO은 2009.7.13. 청구인이 기수령한 13억원과 관련하여 합의서를 작성하였는 바 그 주요내용은 다음 <표4>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOO OOOO OO OOO OOOO (OOOOOOOOOO)

(8) 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 2007.9.28. 위 (6)의 합의약정서 내용에 따라 양도시기를 2007.9.28., 양도가액을 33억으로 하여 비사업용토지 양도의 경우 적용되는 100분의 60의 세율을 적용하여2007년 귀속으로 양도소득세 1,549,833,490원을 자진신고·납부하였으며,이 신고서에 위 (6)의 합의약정이 반영된 부동산매매계약서(매매대금33억원 2007.9.28. 일시불 지급)를 첨부한 사실이 심리자료에 나타난다.

(9) 청구인은 처분청에 2009.9.2. 쟁점토지의 양도가 비사업용토지의 양도에 해당하지 아니한다는 경정청구서를 제출하였는 바, 그 사유는다음 <표5>와 같이 쟁점토지의 경우 양도시기로 신고한 2007.9.28.까지토목공사 착공, 유류분 반환소송 피소, OOOOO 예정지구 고시 등으로 비사업용토지로 보지 아니하는 예외적인 사정이 있다고 되어 있다.

OOOOOOOOOO OOOO OO

(10) 청구인은 처분청이 경정청구를 거부하자 서울지방국세청장에게 이의신청(2009.12.10.)을 제기하였으며, 이에 대하여 서울지방국세청장은 2010.2.12. 쟁점토지에 대한 매매계약은 그 계약일은 2005.6.23.로부터 잔금지급약정일인 2007.4.30.까지의 기간이 1년 이상이며, 그 매매대금을 2회 이상 분할지급하는 조건으로 체결된 후, 유류분 소송에 따라 청구인 소유지분이 변경됨으로써 당초 계약이 변경된 것으로 보이는 바, 장기할부조건 해당여부는 당초 약정에 따라 판정하는 것이므로 쟁점토지의 양도는 장기할부조건의 양도로 봄이 타당하고,

이에 따라 쟁점토지 양도시기는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항제3호의 규정에 의하여 그 토지사용승낙일인 2005.7.1.로 보아야 하므로, 처분청이 쟁점토지에 대한 양도소득세를 2005년 귀속분으로 과세함은 별론으로 하더라도, 쟁점토지의 양도시기를 2007년으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다면서 경정청구 거부처분 취소결정을 하였다.

(11) 처분청은 양도시기가 2005.7.1.이라는 이의신청 결정에 따라 2010.3.11. 쟁점토지 양도에 대하여 비사업용토지의 경우에 적용되는 중과세율을 배제하여 양도소득세를 경정하면서, 청구인이 자진신고한 2007년 귀속 양도소득세는 2005년 귀속분의 기한후신고로 보아 신고불성실가산세 93,007,404원(10%) 및 납부불성실가산세 154,445,876원(0.03%, 548일), 합계 247,453,280원을 환급세액에서 차감하고 나머지 509,698,540원을 환급한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(12)위와 같은 사실관계를 바탕으로 먼저 쟁점토지 매매거래가 장기할부조건부 매매거래에 해당하지 아니한다는 청구인의 주장에 대하여 살펴 보면,

청구인과 청구외법인이 2005.6.23. 증여받은 토지 전체에 대하여 매매계약을 체결하였다가 유류분 반환소송 등으로 인하여 2007.9.28. 합의약정을 통해 매매목적물을 쟁점토지로 한정하고 그 대금도 기수령한 13억원은 별도로 하고 총 33억원으로 변경하였으며, 청구인이 기수령한 13억원과 관련하여 청구외법인과의 분쟁을 거쳐2009.7.30. 이 중 계약금으로 받은 3억원은 계약해제에 따른 위약금으로정산하고 나머지 10억원은 OOO 외 6인에게 반환된 사실에 비추어 2005.6.23. 증여받은 토지에 관한 매매계약은 해제되고 2007.9.28. 쟁점토지에 관한 새로운 매매계약이 체결되어 쟁점토지 매매거래를 장기할부조건부 매매거래로 보기에는 다소 무리인 측면이 있기는 하나,

2007.9.28. 청구인과 청구외법인이 당초 매매계약에 관하여 작성한 합의약정서에는 “양자간의 원래의 매매계약은 위에서 합의약정한 범위내에서는 이를 변경하기로 한다”는 뜻이 기재되어 있고, 서울지방국세청장이 이의신청 결정을 통해 장기할부조건부 매매거래임임을 확정한 점을 고려할 때 쟁점토지 매매거래는 당초의 계약이 연속되어 그 일부조건만 변경되었다 할 것이므로 장기할부조건부 매매거래로 볼 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 쟁점토지 양도시기는 서울지방국세청장의 이의신청 결정과 같이 그 사용승낙일인 2005.7.1.로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(13) 다음으로 청구인이 쟁점토지 양도시기가 2005.7.1.임에도 양도소득세 확정신고 기한인 2006.5.31.까지 신고·납부의무를 이행하지 못한데 정당한 사유가 있는지 여부에 대하여 살펴보면,

양도소득세 확정신고 기한까지 당초 매매계약의 목적물인 증여받은 토지에 대한 유류분 반환소송이 진행 중이었고(2005.10.21. 피소되어 2007.8.22. 유류분 반환), 당해 소송의 내용상 매매목적물의 변경 및 그에 따른 추가적인 계약조건 변경 또는 합의해제후 재계약 가능성이 높았다고 볼 수 있으며, 당초 매매계약에 따라 2005.9.29. 공장설립이 승인되었으므로 2005년 10월까지 당초 매매대금 52억9천만원 중 계약금 및 1·2차 중도금 합계 35억원을 지급받기로 되어 있었으나, 청구인은 그 때까지 13억원만 지급받아 계약의 정상적인 이행이 되지 아니하고 있었던 점 등을 종합하여 보면 청구인이 양도소득세 신고·납부의무를 이행하지 못한데 이와 같은 정당한 사유가 있다고 보인다.

따라서, 처분청이 신고불성실가산세 93,007,404원 및 납부불성실가산세 154,445,876원, 합계 247,453,280원을 환급세액에서 차감하고 나머지 세액만 환급한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

(14) 청구인의 나머지 주장은 심리실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.