결정 내용은 붙임과 같습니다.

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 1 내지 3, 갑제2,8호증, 을제1호증의 1내지 9의 각 기재를 종합하여 인정할 수 있고 반증이 없다.

가. 원고는 시설대여를 주업으로 하는 영리법인으로서 1991. 2. 27. 자본금 100억원을 증자하였고 1992. 4. 1.부터 1993. 3. 31.까지의 사업년도(이하 1992 사업년도 라 함) 법인세를 신고,납부함에 있어서 사업년도 소득금액 4,217,180,149원에서 증자소득 공제액 840,000,000원 및 이월결손금 642,674,182원을 각 공제한 2,734,505,967원을 과세표준으로 하여 915,732,028원을 법인세액으로 산정하고 원천납부세액 68,425,020원을 공제한 금 847,307,008원을 신고 납부하였다.

"나. 피고는, 원고법인이 1991.2.27.증자한 자본금 100억원중 소외 ㅇㅇ은행이 출자한 30억원을 제외한 금 70억원만이 구조세감면규제법(1991. 12. 27. 법률 제4451호로 개정되어 1993.12.31. 법률 제4666호로 개정하기 전의 것, 이하법'이라고만 한다) 제55조 제1항에서 규정하는 증자소득공제의 대상이 되는데, 원고가 위 증자 이후 위 사업연도말인 1993.3.31.까지 금 789,139,210원상당의 주식을 취득하였으므로 법 제55조 제2항 제2호 소정의 원고가 자본을 증가한 후 주식을 취득하기 위하여 지출한 금액이 증가된 자본금액의 100분의 10 인 금 7억원을 초과하였다는 이유로 1994.12.16. 원고에 대하여 당초처분시에 인정한 금 8억 4000만원의 증자소득공제를 배제하고 이 금액에 그외의 소득금액조정분{ 종업원에 대여한 주거안정자금에 대한 인정이자상당액의 과소계산분 금 3,016,052원을 익금산입하고, 접대비중 신용카드 사용비율미달액 금 17,392,011원, 종업원가지급금(주거안정자금)관련지급이자 금 7,834,009원, 기밀비한도초과분 금 8,898,646원, 접대비한도초과분 금 1,822,173원등 을 손금부인하고 과대계상된 이월결손금 7,847,770원을 감소하였다 }을 합한 금 886,810,661원을 과소신고한 것으로 인정하여 이를 원고가 신고한 과세표준에 가산한 금 3,621,316,628원을 과세표준으로 하여 금 1,217,247,653원의 세액을 산출한 다음 이에 대한 과소신고 및 미납부가산세 금 94,996,885원을 합한 금 1,312,244,538원을 결정세액으로하여 그중에서 원고가 기납부한 세액 금 915,732,028원을 공제한 금 396,512,510원을 추가로 부과고지하는 경정처분( 이하 이 사건 처분이라 한다.)을 하였다.",2. 처분의 적법 여부

가. 관계법령

(1) 법 제55조 제1항은 내국법인(영리법인에 한한다)이 법인 이외의 자, 외국법인 또는 대통령령이 정하는 기관투자자로부터 대통령령이 정하는 기간내에 금전출자를 받아 자본을 증가하고 자본에 관한 변경등기를 한 경우에는 그 변경등기를 한 날이 속하는 달의 다음달부터 36개월간 다음산식[ 증가된 자본금액 x (당해 사업연도중 자본변경등기후의 월수 / 12) x 대통령령이 정하는 공제율 ]에 의하여 계산한 금액을 각 사업연도의 소득금액에서 공제한다고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제45조 제1항에서는 위 법조에서 대통령령이 정하는 기관투자자라함은 법인세법 시행령 제23조의 3 제1항에 규정된 기관투자자를 말하고, 다만 기관투자자가 출자하여 자본을 증가한 법인이 증자소득공제를 받는 경우 그 사업연도의 종료일 현재 당해 기관투자자가 소유하는 당해 법인의 주식 또는 출자지분의 합계가 그 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하는 경우에는 당해 기관투자자를 제외한다라고 규정하고 있고, 같은조 제2항은 법제55조 제1항에서 대통령령이 정하는 기간 이라 함은 1991.1.1.부터 1991.12.31.까지를 말한다라고 규정하고 같은조 제3항은 법제55조 제1항 산식에 규정된 공제율은 100분의 10으로하되, 당해 사업연도종료일 현재 상장법인 또는 중소기업에 해당하는 법인인 경우에는 100분의 12로 한다고 규정하고 있다.

"(2) 법제55조 제2항은 같은조 제1항의 규정은 자본을 증가한 후에 지출한 다음각호의 금액을 합산한 매월말일 현재의 잔액이 증가된 자본금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고, 제1호에 출자자 또는 사용인에게 업무와 직접 관련없이 지출한 가지급금등의 합계액을, 제2호에 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분을 취득하기 위하여 지출한 금액의 합계액을 각 규정하고 있고 시행령 제45조제 5항은 위 법조에서대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분'이라 함은 내국법인의 주식을 말하고 다만 각호에서 제외되는 주식의 범위를 정하고 있다.",나. 당사자의 주장에 대한 판단

"(1) 먼저 원고는, 법제55조 제2항이 증자소득공제를 적용함에 있어서 출자자등에게 업무와 직접 관련이 없이 지급한 가지급금과 주식 또는 출자지분을 취득하기 위하여 지출한 금액을 합산한 매월말잔액이증가된 자본금액'의 100분의 10을 초과하는 경우에는 제1항의 소득공제를 배제하고 있는데, 위 규정에서의증가된 자본금액'은 증가된 총 자본금( 이 사건의 경우 100억원 )으로 보아야 함에도, 피고는 조세감면규제법 및 동법 시행령등 상위법에서의 아무런 위임없이 통칙 2-15-4..(55) 제3항의 규정에 의거 같은조 제1항에 의하여 이를 같은조 제1항의 증자소득공제의 대상이 되는 증자금액인 70억원으로 해석하고 원고가 증자후 주식의 취득을 위하여 지출한금액이 그 100분의 10인 7억 이상의 주식을 취득하였다는 이유로 증자소득공제를 배제하였으므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.", "살피건대, 법제55조 제2항은 같은조 제1항에서 규정한 증자소득공제의 적용을 배제 또는 한정하는 조항이라 할 것이므로 위 규정에서증가된 자본금액'이라 함은 같은조 1항에서의증가된 자본금액'과 같은 취지로 보아야 할 것이고, 자본증가시 기관투자자로부터 출자받은 경우에는 증자소득공제의 대상이 되나 다만 그 기관투자자가 당해법인 주식의 100분의 10 이상을 소유하는 경우에는 기관투자자로부터 금전출자를 받더라도 법제55조제1항의 증자소득공제의 적용 대상에서 배제되므로(영 제45조 제1항 단서) 법제55조 제1항, 제2항에서의증가된 자본금액'이란 모두 내국법인이 증자하는 경우 증가된 총자본금액이 아니라 증자소득공제의 대상이 되는 증가된 자본금액만을 뜻한다고 봄이 상당하다.", "이 사건에서 보건대, 원고가 1991.2.27.총 금 100억원을 증자하였고 이중 금 30억원은 ㅇㅇ은행이 금전출자한 사실, 원고의 1992사업년도종료일인 1993.3.31.현재 소외 ㅇㅇ은행주식회사(이하 ㅇㅇ은행이라 한다)가 원고의 총발행주식의 30/100에 해당하는 120만주를 소유하고 있었던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 변론의 전취지에 의하여 이를 인정할 수 있고, 위 ㅇㅇ은행은 은행법에 의한 인가를 받아 설립된 금융기관임은 당원에 현저한 사실이므로 위 ㅇㅇ은행은 법인세법시행령 제23조의 3 제1항의 규정에 의한 기관투자자에 해당하나, 앞서 본바와 같이 위 ㅇㅇ은행은 위 사업년도 종료일 현재 원고 주식의 100분의 10을 초과하여 소유하고 있었으므로 위 시행령 제45조 제1항 단서규정에 의하여 원고가 증자한 금 100억원중 ㅇㅇ은행이 금전출자한 30억원의 증자금액에 대하여는 법제 55조 제1항 소정의 증자소득공제의 대상인 증가된 자본금액에서는 제외되고 따라서 같은조 제2항에서의 증가된 자본금액' 역시 위 증자소득공제 대상자본금액인 70억원으로 보아야 하므로 원고의 주장은 이유없다.", "(2) (가) 원고는 다음으로 법제55조 제2항 제2호 소정의자본을 증가한 후에 지출한 금액'은 이를 증자당시에 보유하던 총주식보유잔액을 초과한 금액만을 산정하여야 하고 원고의 경우 위 증자 당시인 1991. 2월말의 주식보유 잔액은 869,487,910원이었고 증자후 주식보유 잔액이 최다액이었던 1992. 7월말 당시 주식보유잔액이 901,323,758원이어서 위 두 시점만을 비교하더라도 원고가 증자당시에 비해 주식취득을 위해 추가로 지출한 금액은 금 3천여만원에 불과하여 이는 증가된 자본금액의 10/100을 초과하지 아니하므로 위 법 소정의 증자소득공제 대상이 됨에도 피고가 이를 배제하고 한 이 사건 처분은 위법하다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 구조세감면규제법 제55조 제2항 제2호의 규정에 의한 자본증가 후 원고가 새로이 주식취득을 위해 지출한 금액은 789,139,210원[ 원고법인이 1992 사업년도 종료일 현재 보유하고 있는 타법인주식 58,019주 869,917,039원상당액에서 위 주식중 자본증자일인 1991. 2. 27. 이전에 취득한 주식 3,460주 80,777,829원상당액을 공제한 나머지 금액( 789,139,210원= 869,917,039원 - 80,777,829원)을 산정한 것이다 ]으로서 원고의 증자소득공제대상금액의 10/100인 금 7억원을 초과하여 결국 증자소득공제가 배제되는 경우에 해당하므로 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.",(나) 증자소득공제제도를 인정하고 있는 취지는 영리법인이 금전출자에 의하여 자본을 증가한 경우에 증가된 자본금액의 일정비율에 상당하는 금액을 일정한 사업년도의 소득금액에서 공제하여주는 것을 내용으로하는바, 법인세법상 타인자본에 대한 비용인 지급이자는 손금으로 인정되는 반면에 자기자본에 대한 비용의 성격을 가지는 배당금은 손금으로 인정되지 아니하기 때문에 기업이 자기자본보다는 타인자본에 의존하게 됨으로써 재무구조가 악화되는 폐단을 방지하기 위하여 증자의 경우에도 증자금액을 차용하는 경우에 소요될 비용정도의 금액을 소득에서 공제하여 줌으로써 증자를 유도하여 재무구조를 개선하고 국제경쟁력을 제고시키려는 데에 그 제도의 취지가 있다할 것이고(대법원1993.1.15.선고 92누3472판결 참조), 법이 같은조 제2항에서 다시 법인이 증자된 자본금액의 100분의 10 이상을 출자자등에게 업무와 직접관련없이 지급하거나, 주식 또는 출자지분을 취득하기 위하여 지출한 경우에는 제1항의 적용을 배제하도록 규정한 취지는 증가된 자본금이 법인의 업무와 직접 관련이 없는 용도나 주식투기등에 사용되는 것을 방지하여 기업본래의 용도에 증자금을 사용하게 하여 기업의 충실을 기하려고 함에 있다 할 것이다.

"살피건대, 법제55조 제2항은 법인이 증자전에 주식을 보유하고 있었던 경우 법55조 제2항의자본증가 후 주식취득에 지출한 금액'의 산정에 있어서, 기존주식의 보유여부에 관계없이 주식을 새로이 취득하는 경우에는 이를 모두 주식취득에 지출한 금액으로 볼 것인가, 아니면 기존의 주식보유액과 비교하여 그 보다 증가한 주식보유액만을 주식취득에 지출한 금액으로 볼 것인지에 대하여는 명확한 기준을 제시하고 있지는 아니하나, 위 법조의 취지가 증가된 자본금이 법인의 업무와 직접 관련이 없는 용도나 주식투기등에 사용되는 것을 방지하기 위한 것이므로 종전에 주식을 보유하고 있다가 이를 매각하여 다시 주식을 취득한 경우에는 이를 증가한 자본금으로 매수하였다고 보기 어렵고, 또 법인이 자본증가 후 타법인 주식을 취득하는 것을 전면 금지하고 있지 않고 있으며, 증자소득공제 여부를 자본증가 후 주식취득 등을 위하여 지출한 금액(신규주식매수금액) 전체를 합산한 금액이 아니라 매월말일의 잔액을 기준으로 증자된 자본금액의 100분의 10 초과 여부로서 판정하고 있는 점등에 비추어 보면, 법인이 증자전에 이미 주식을 보유하고 있었던 경우에는증자후 지출한 주식등의 취득을 위하여 지출한 금액'은 증자직전의 기존의 주식보유액을 공제한 나머지 주식보유액증가분만을 뜻한다고 봄이 상당하다고 할 것이다.",이 사건에서 보건대, 앞서 채택한 증거와 갑제4,6,7호증, 을제2호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 위 사업년도 종료일 현재 상시 100명 이하의 근로자를 고용하고 있었던 사실, 원고는 위 증자전에 금 869,487,910원의 주식을 보유하고 있었고, 그 후로 1992 사업년도 말인 1993.3.31.까지 보유주식을 매도하고 새로 주식을 취득하는 등 주식거래를 하였으나 위 사업년도중 원고가 최다의 주식을 보유한 때는 1992.7.이고 당시주식보유잔액은 금 901,323,758원 상당으로서 원고는 위 사업년도 말까지 어떤 월도 위 증자전의 주식보유금액보다 위 증가된 자본금액(증자소득공제대상인)의 100분의 10인 7억원 이상의 주식을 보유한 월이 없었던 사실을 인정할 수 있고 반증 없으므로 원고는 위 1992사업년도소득금액에서 금 8억4천만원( 70억 x 12/100 ; 원고는 중소기업기본법상의 중소기업에 해당한다)에 대하여는 증자소득공제를 받을 수 있다고 할 것이므로 이를 배제하고 한 이 사건 처분은 위법하다 할 것이다.

(3) 따라서 이 사건 처분시를 기준으로 금 8억4천만원의 증자소득공제를 하여 정당한 세액을 산정하면, 별지 기재와 같이 금 21,288,669원(가산세 포함)이 된다..

3. 결 론

그렇다면 이 사건 처분중 위 금 21,288,669원을 초과하는 부분은 위법하므로 이를 취소하여야 할 것인바, 따라서 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지청구는 이유없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례