1. 상고이유 제2점에 대하여

가. 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다 ( 대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항 의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호 의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 할 것이다 ( 대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 참조).

나. 원심은 그 채택 증거를 종합하여, ① 원고가 산업기술혁신촉진법 제42조 에 따라 설립된 전문생산기술연구소로서, 생산기술의 개발, 섬유정보화 지원, 섬유기술의 지도, 보급 및 훈련 등을 통해 국가시책 관련 연구개발과제를 수행하는 고유목적사업과 섬유제조업체에서 의뢰하는 품질성능분석 및 인증업무 등의 수익사업을 함께 수행하고 있는 사실, ② 원고의 운영재원은 국고보조금, 시·도 기타보조금, 수익사업에서 발생한 수입금 등으로 구성되어 있는데, 국고보조금은 산업기술혁신촉진법 제42조 , 시·도 보조금은 대구광역시 사무의 민간위탁 촉진 및 관리 조례와 경상북도 보조금 관리 조례 등에 근거한 것인 사실, ③ 위 국고보조금과 시·도 기타보조금은 일반운영보조금과 특정과제보조금으로 구분되는데, 일반운영보조금은 원고의 운영비로 사용되는 보조금이고, 특정과제보조금은 원고가 연구개발계획서를 지원기관에 제출하면 지원기관에서 심사한 다음 지급하는 보조금으로서 연구개발의 성패에 따라 지원금이 환수되거나 차회 보조금이 지급되지 않는 것은 아닌 사실 등을 인정하였다.

이러한 사실관계를 토대로 하여 원심은, 원고가 과세사업인 수익사업과 비과세사업인 고유목적사업을 겸영하고 있고, 원고가 지급받은 보조금은 고유목적사업 수행에 대한 대가로 볼 수 없으므로 원고의 고유목적사업 수행은 무상의 용역 제공에 불과하여 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다고 판단하였다. 그런 다음 원심은, 원고가 수령한 보조금을 비과세공급가액이라고 볼 수 없는 이상 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 비과세사업과 과세사업에 공통되는 공통매입세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 을 유추 적용할 수 없다고 보아, 피고가 원고에게 이 사건 2007년 제1기분 내지 2011년 제2기분 각 부가가치세 부과처분을 하면서 원고의 수익사업과 고유목적사업에 공통되는 매입세액을 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 따라 안분한 것은 위법하다고 판단하였다.

다. 앞서 본 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분방법에 관한 법리를 오해하거나 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 위법이 없다.

2. 상고이유 제1점에 대하여

원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 구축한 슈퍼섬유 융합소재센터(이하 ‘이 사건 센터’라 한다)에서 슈퍼섬유 시제품 제작, 제품생산·신기술 제공 및 교육, 시험분석 및 테스트베드 평가 인증 획득 등의 고유목적사업을 수행하는 한편 섬유업체 등으로부터 수수료를 받고 수익사업도 수행하였으므로 이 사건 센터는 비과세사업인 고유목적사업뿐만 아니라 과세사업인 수익사업에도 사용되는 것인데, 각각에 사용되는 부분이 명확히 구분되지 아니한다는 이유로, 이와 달리 피고가 이 사건 각 부가가치세 부과처분 중 2011년 제1기 내지 제2기 부분에 관하여 이 사건 센터의 구축 비용 전액을 비과세사업 관련 매입금액으로 보아 그에 대한 매입세액을 모두 공제하지 아니한 것은 위법하다고 판단하였다.

관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 과세사업과 비과세사업의 구별에 관한 법리를 오해하거나 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 위법이 없다.

3. 결론

상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.