가. 원고는 농림식품과학기술 육성을 위한 연구개발사업의 기획관리 및 평가를 효율적으로 지원하기 위하여 농림식품과학기술 육성법 제8조에 근거하여 설립된 법인이다.

나. 원고의 장은 2012. 12. 21. 피고와 연구개발기간을 2012. 12. 21.부터 2015. 12. 20.까지로, 연구개발비를 총 1,480,200,000원(그 중 정부출연 연구개발비는 1,110,000,000원, 기업부담금은 370,200,000원)으로 하는 ‘B’에 관한 연구(이하 ‘이 사건 연구’라 한다) 개발과제 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 하였다.

이 사건 협약에는 아래와 같은 내용이 포함되어 있다.

제17조의2[연구개발비 정산절차] ① 원고의 장은 연구개발비 사용실적보고서 제출일부터 3개월 이내에 집행의 적정성 여부 등을 정산하여 연구개발비 정산금액을 피고에게 통보하여야 한다.

⑤ 정산과 관련된 그 밖의 사항은 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다) 제19조를 준용한다.

다. 피고는 2016. 1. 20. 농림축산식품부장관에게 이 사건 연구개발 최종보고서로서 ‘B에 관한 연구’의 보고서를 제출하였다. 라.

원고의 장은 피고의 연구개발결과를 최종평가하여 그 결과가 불량한 것으로 판단하고, 2016. 3. 3. 피고에게 그 최종평가 결과를 통보하였다.

마. 한편 피고의 대표이사는 2016. 3. 3. 원고의 장에게 연구개발기간 중 3차년도에 해당하는 2014. 12. 21.부터 2015. 12. 20.까지 사용한 연구개발비 493,400,000원(정부출연금 370,000,000원, 기업부담금 현물 111,060,000원 상당을 포함하여 123,400,000원)과 관련하여 사업계획과 집행실적과의 대비표 등 사용실적 보고서를 제출하였다.

원고의 장은 이를 검토한 결과 피고가 2015. 8. 24. ‘임상연구’에 관하여 연구활동비 용도로...

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