부가가치세법 시행령 제61조

2. 피고가 원고에 대하여 한 2012. 2. 6.자 2007년 제1기분 101,032,820원, 2007년 제2기분 160,808,160원, 2008년 제1기분 76,552,370원, 2008년 제2기분 33,355,940원, 2009년 제1기분 83,916,290원, 2009년 제2기분 21,295,740원, 2010년 제1기분 29,570,060원, 2010년 제2기분 25,585,490원, 2011년 제1기분 57,526,210원의 각 부가가치세 부과처분 및 2012. 2. 3.자 2011년 제2기분(예정) 13,996,280원의 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 섬유수출경쟁국 및 해외 섬유시장에 관한 조사・연구와 DD・CC 섬유산지의 생산・수출구조 고도화 사업을 추진하여 섬유산업을 진흥하는 것을 목적으로 1996. 8. 1. 민법 제32조와 '지식경제부장관 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리법인의설립 및 감독에 관한 규칙'에 따라 설립된 법인이다.

"나. 원고는 부가가치세법상 비과세영역인 고유목적사업을 수행하다가 2002. 9. 18. 수익사업 개시신고를 하고 2002. 9. 25. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록(업태 : 서비스, 종목 : 수출주선・전시)을 마친 다음, DD 국제섬유박람회 사업(이하 'PID 사업'이라 한다)과 DD 섬유산업 국내판로 개척 사업(이하DMC 사업'이라 하고 PID 사업과 통틀어 '이 사건 사업'이라 한다)을 시행하여 왔다.",다. 원고는 이 사건 사업의 참여기업으로부터 받은 참가비, 부스임대료 등 수입금(이하 '이 사건 과세수입금액'이라 한다)에 대하여 매출세금계산서를 발행・교부하고, 이 사건 사업과 관련하여 DD시, CC도 등으로부터 지급받은 보조금 등(이하 '이 사건 보조금'이라 한다)은 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항 제4호에 따라 과세표준에 포함시키지 않는 한편, 이를 재원으로 이 사건 사업에 관하여 비용을 지출하면서 수취한 세금계산서의 매입세액(이하 '이 사건 매입세액'이라 한다)은 관련 매입세액으로 공제하여 아래 표 기재와 같이 2007년 제1기부터 2011년 제2기(예정)까지 부가가치세 신고를 하였으며, 피고는 이에 따라 2007년 제1기부터 2011년 제1기까지 부가가치세 환급결정을 하였다.

라. 2007년 제1기부터 2011년 제2기(예정)까지 원고의 사업수입은 이 사건 과세수입금액과 이 사건 보조금으로 이루어져 있는데, 그 내역은 아래 [표 1] 기재와 같고, 위 과세기간 동안 원고는 이 사건 매입세액 외 나머지 매입세액은 공제받지 못할 매입세액으로 하여 아래 [표 2] 기재와 같이 매입세액을 신고하였다.

마. 피고는 2011. 11. 18.부터 2011. 12. 16.까지 원고의 위 부가가치세 신고에 대하여 세무조사를 실시한 후, 이 사건 사업은 고유목적사업으로서 보조금으로 대부분 운영되어 부가가치세가 과세되지 않는 비과세사업에 해당하나, 매출세금계산서를 발행한 수익사업이 포함되어 있고, 이 사건 매입세액은 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이므로, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항을 유추적용하여 그 중 이 사건 보조금에 상당한 부분을 공제받지 못할 매입세액으로 재계산하여야 한다고 보았다.

바. 피고는 위 조사결과에 따라 아래 [표 1] 기재와 같이 불공제할 매입세액을 계산한 다음, 이 사건 과세수입금액에 대한 매출세액에서 이 사건 매입세액 중 위 불공제할 매입세액을 제외한 나머지 매입세액을 공제하여, 2012. 2. 3. 및 2012. 2. 6. 원고에게 아래 [표 2] 기재와 같이 2007년 제1기부터 2011년 제2기(예정)까지의 부가가치세를 경정·고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 4. 30. DD지방국세청에 이의신청을 하였으나 2012. 5. 16. 기각되었고, 2012. 5. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나,2014. 10. 2. 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1 내지 7호증, 갑 제14, 15호증의 각 기재, 을 제1 내지 3, 7호증(각

가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 사업은 고유목적사업과 달리 원고가 지역 섬유업체를 해외바이어나 동대문시장의 상인 등과 연결시켜주는 중간상인 역할을 담당함으로써 수익을 창출하기 위한 것이고, 그 대상이 이 사건 사업에 참가신청을 한 기업에 국한되어 있으며, 일부 국고보조금으로 운영되었으나 점차 그 비율을 줄여가고 있고 원칙적으로 참가자가 부담한 돈을 사업의 재원으로 하는 하나의 부가가치세 과세사업에 해당한다. 단일한 사업을 과세사업과 비과세사업으로 나누어서 매입세액을 공제할 수는 없다.

이 사건 보조금은 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 의하여 과세표준에서 제외될 뿐이고, 원고가 이 사건 보조금을 지원받는다고 하여 과세사업이 비과세사업으로 될 수 없으며, 이 사건 사업이 비과세사업이 아닌 이상 이 사건 매입세액은 모두 매출세액에서 공제되어야 한다. 이 사건 보조금이 부가가치세 과세표준에서 제외된다는 이유만으로 관련 매입세액을 불공제할 수는 없다.

2) 원고가 이 사건 사업을 통하여 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있다고 보더라도, 이 사건 보조금은 재화나 용역의 공급에 대한 대가가 아니어서 비과세사업의 공급가액으로 볼 수 없음에도, 피고가 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용하여 공통매입세액 안분계산을 함에 있어 이 사건 보조금을 비과세사업의 공급가액에 포함시킨 것은 위법하다.

3) 이 사건 보조금에는 '디자인 패션산업육성', '뉴욕 한국섬유전 개최지원 보조금' 등 이 사건 사업과 관련이 없는 보조금이 다수 포함되어 있는바, 그럼에도 피고가 이 사건 보조금 전액을 기초로 공통매입세액을 안분계산한 것은 위법하다.

4) 원고가 부당한 의도를 가지고 세법을 자의적으로 해석하여 매입세액을 공제받은 것이 아닌 점, 피고가 원고의 매입세액신고에 대하여 별다른 이의 없이 수년 동안부가가치세를 환급하여 온 점, 과세관청이 이 사건과 관련된 세법 해석에 대하여 확실한 견해를 가지지 못하였고, 관련 행정소송에서 수차례 패소한 점 등에 비추어 보면, 원고에게는 부가가치세 신고・납부의무를 불이행한 것에 대한 정당한 사유가 있었다고 할 것이므로, 이 사건 처분 중 적어도 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 든 각 증거와 갑 제16 내지 18호증, 을 제4, 5호증, 을 제8 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

1) 원고가 2002. 9. 25. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 마친 이래 원고의 정관 중 수행사업 및 재원 등에 관한 주요 내용은 아래와 같다.

2) PID사업은 DD시, CC도, 한국섬유산업연합회가 주최하고, 원고가 주관하며, 산업통상자원부, 관세청, DD상공회의소 등의 후원으로 시행되었다. PID사업은 지역 섬유산업의 활성화를 목적으로 지역의 섬유업체로부터 참가신청을 받아 위 업체들에게 국내외 바이어・기타 참관객 등을 대상으로 한 마케팅 기회를 제공하고, 설명회, 패션쇼 등을 통해 상호간에 최신 섬유소재, 섬유 트렌드에 대한 정보공유를 가능하게 하는 박람회 사업이고, DMC사업은 DD에 소재하는 섬유생산업체들로부터 참가신청을 받아 위 업체들에게 신제품 개발 및 기획, 내수시장 등에 대한 정보를 제공하고, 서울에 소재하는 브랜드 업체 및 동대문시장상인 등과 연결해줌으로써 지역 섬유생산업체들의 거래선 개척 및 경쟁력 강화를 꾀하는 사업이다.

3) 원고는 PID사업과 관련하여 보조금의 사용내역을 전시장 사용료, 전시장 조성비, 전시장 운영비, 행사 진행비, 홍보비, 전시업체 유지 및 지도 지원비, 바이어 유치 및 지원비, 일반 운영비(도서 인쇄비, 인건비, 여비 등) 등으로 나누어 소요되는 경비를 계산한 다음 DD시 및 CC도에 보조금의 지급을 신청하였고, DMC 사업과 관련하여 보조금의 사용내역을 인건비, 직접비(전시활동비, 홈페이지 운영, 판촉지원, 정보지원, 인적네크워크 구축지원, 홍보비), 간접비(교통비, 위원회 운영, 잡비)로 나누어 소요되는 경비를 산정한 다음 DD시 및 CC도에 보조금의 지급을 신청하였으며, DD시와 CC도는 구 무역거래기반 조성에 관한 법률(2008. 3. 21. 법률 제8935호로 개정되기 전의 것) 제4조 제2항, 제5조 제2항, 구 지방재정법(2011. 3. 8. 법률 제10439호로 개정되기 전의 것) 제17조, 같은 법 시행령(2011. 9. 6. 대통령령 제23121호로 개정되기 전의 것) 제29조, 구 DD시 보조금관리 조례(2014. 12. 22. 조례 제4643호로 개정되기 전의 것) 제4조, 제6조, 구 CC도 보조금관리 조례(2014. 12. 29. 조례 제3588호로 개정되기 전의 것) 제4조, 제6조에 의하여 원고에게 각 보조금을 지급하였다.

라. 판단

1) 이 사건 사업이 단일한 과세사업에 해당한다는 주장에 대하여

위 인정사실과 앞서 든 각 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 사업은 단일한 부가가치세 과세사업에 해당한다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

가) 원고는 기본적으로 공익적 목적에서 섬유수출경쟁국 및 해외 섬유시장에 관한 조사・연구와 DD・CC도 섬유산지의 생산・수출구조 고도화 사업을 추진하여 섬유산업을 진흥하는 등 비과세사업을 영위하기 위하여 설립된 비영리법인이다.

나) 앞서 본 바와 같이 이 사건 사업은 ① 지역 섬유산업의 활성화를 위하여 지역의 섬유업체로부터 참가신청을 받아 위 업체들에게 국내외 바이어・기타 참관객 등을 대상으로 한 마케팅 기회를 제공하고, 설명회, 패션쇼 등을 통해 상호간에 최신 섬유소재, 섬유 트렌드에 대한 정보공유를 가능하게 하거나, ② DD에 소재하는 섬유생산업체들로부터 참가신청을 받아 위 업체들에게 신제품 개발 및 기획, 내수시장 등에 대한 정보를 제공하고, 서울에 소재하는 브랜드 업체 및 동대문시장상인 등과 연결해줌으로써 지역 섬유생산업체들의 거래선 개척 및 경쟁력 강화를 꾀하는 사업인바, 이는 원고의 정관 제4조에서 정한 고유목적사업인 '해외시장개척과 수요창출에 관한 사업', 'DD섬유의 국내외 홍보・선전에 관한 사업', '기타 섬유산업진흥을 위하여 필요한 사업'에 해당한다.

다) 이 사건 사업의 사업비 중 대부분이 DD시, CC도로부터 지급받는 보조금으로 조달되고 있고, 원고는 이 사건 사업의 참여기업을 제외한 일반관람객, 박람회에 참관한 다른 섬유업체, 국내외 바이어들로부터는 별도로 입장료를 받지 않고 있으며, 특히 국내외 바이어 등에게는 박람회에 참석할 수 있도록 숙박과 교통 용역을 무상으로 제공하기도 한다.

라) 원고와 같이 기본적으로 비과세사업을 영위하는 사업자가 그 사업의 수행과정에서 참여기업으로부터 참가비, 부스임대료와 같은 수입금을 지급받는 등으로 일부 과세사업을 영위하였다고 하여[더욱이 위 과세사업은 원고가 이 사건 사업을 시행함에 있어 자체 수익사업 없이 사업비 전액을 국고보조금으로 충당하겠다고 예산을 신청하는 경우 DD시 등이 예산을 삭감하는 조치를 취함에 따라 실시하게 된 것으로 보인다(을 제3호증의 1 제4쪽)] 사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아 매입세액 전부를 공제하는 것은 원칙적으로 과세사업에 관련된 매입세액만을 공제하는 부가가치세제의 기본원리에 반하는 것으로 허용될 수 없다.

마) 위와 같은 원고의 설립 목적과 정관 규정, 이 사건 사업의 성격과 내용, 사업비의 조달 방식 등에 비추어 보면, 원고는 오히려 이 사건 사업을 통하여 과세사업과 비과세사업을 겸영하였다고 봄이 타당하다.

2) 피고의 공통매입세액 안분계산 방법이 위법하다는 주장에 대하여

가) 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 공통매입세액의 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다. 다만 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방에게서 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체에서 국고보조금・단체보조금・환경개선특별회계 출연금을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등 참조).

나) 원고가 이 사건 사업을 통하여 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있음은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 매입세액은 과세사업뿐만 아니라 비과세사업인 원고의 고유목적사업에도 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없다. 그리고 ① 앞서 본 바와 같이 이 사건 보조금은 구 무역거래기반 조성에 관한 법률 등 관련 법령과 DD시 및 CC도의 각 보조금관리 조례에 따라 교부되는 점, ② 이 사건 사업은 DD시 세출예산사업명세서(갑 제17호증)상 민간이 행하는 사업에 대하여 지방자치단체가 이를 권장하기 위하여 교부하는 경비인 민간경상사업보조 항목으로 편성되어 있는 점, ③ 이 사건 보조금은 원고가 이 사건 사업을 수행함에 따라 사후적으로 발생하는 매출액이 아니라 사업 수행에 앞서 미리 지급되는 돈인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 보조금을 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수는 없다[이에 대하여 피고는 이 사건 보조금은 이 사건 사업 외의 다른 용도로 사용할 수 없으며, 이 사건 사업을 종료한 후 원고가 사업에 관한 실적보고서와 보조금 사용내역에 관한 사업비 정산서 등을 제출하고 집행 잔액을 반납하도록 되어 있으므로, 이 사건 보조금은 이 사건 사업에 대한 직접적인 대가에 해당한다는 취지로 주장하나, 위와 같이 보조금의 용도를 제한하고 사업 종료 후 실적보고서 제출 등을 요구하는 것은 보조사업에 수반되는 통상의 관리 또는 감독의 일환에 불과하므로, 피고의 위 주장사유만으로는 이 사건 보조금이 이 사건 사업의 대가에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 피고로서는 공통매입세액인 이 사건 매입세액의 안분계산에 관하여 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 없고, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 계산한 다음 원고에 대하여 부가가치세를 부과하였어야 한다. 그럼에도 피고는 만연히 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용하여 이 사건 매입세액 중 불공제 대상인 매입세액을 산정하였는바, 이 사건 처분 중 위와 같이 적합한 합리적 계산방법에 따라 공제받지 못할 매입세액으로 산정되어야 할 액수를 초과하여 불공제된 부분은 위법하다.

이에 대하여 피고는 이 사건 사업에 사용된 재원을 기준으로 과세사업과 비과세사업의 비율을 정하여 이 사건 매입세액을 안분계산[과세사업 매입세액 = 이 사건 매입세액 × 이 사건 과세수입금액 / (이 사건 과세수입금액 ＋ 이 사건 보조금)]하는 것이 가장 현실적이고 합리적인 방법이라고 주장한다. 그러나 이러한 계산방법은 앞서본 바와 같이 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 국고보조금을 지급받는 경우 공통매입세액을 안분계산함에 있어 허용되지 아니하는 '구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용하는 방법'을 형식적으로만 변형하였을 뿐 그 내용이나 결과는 실질적으로 동일(구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용한 계산식에 따르면 과세사업 매입세액은 '공통매입세액 × 과세공급가액 / 총공급가액'으로 산정될 수 있는데, 피고가 주장한 위 안분계산식 중 '이 사건 매입세액'은 위 '공통매입세액'과, '이 사건 과세수입금액'은 위 '과세공급가액'과, '이 사건 과세수입금액 ＋ 이 사건 보조금'은 위 '총공급가액'과 각 일치하여 결국 두 계산방법에 따른 과세사업 매입세액의 산정금액은 서로 같게 나온다)하여 이를 그대로 채택하기는 어렵다.

다) 한편 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있고(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조), 과세처분 취소소송에서 처분의 적법여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있으며, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).

라) 이 사건 경우 당심의 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 이 사건 매입세액의 안분계산에 적합한 합리적인 방법을 찾을 수 없어 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출하는 것이 불가능하므로, 결국 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 전부 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.