가. 청구법인은 1990.3.16. 주택신축판매업을 주업으로 하여 설립된 법인으로, 2005∼2008사업연도에 OOO신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)의 사업시행사로서 OOO(이하 “시공사”라 한다)와 쟁점공사 도급계약을 체결하여 공사를 수행하면서 시공사로부터 교부받은 세금계산서상 공사대금을 총공사비누적발생액에 포함시키는 방법으로 청구법인의 작업진행률을 산정하고, 이를 적용하여 각 사업연도 예약매출에 따른 손익을 계산하여 2005～2008사업연도 법인세 신고를 하였다.

나. 처분청은 중부지방국세청장의 청구법인에 대한 법인통합조사 결과에 따라 통보받은 과세자료에 의하여, 시공사의 공사비 발생액을 기준으로 한 작업진행률(이하 “쟁점작업진행률”이라 한다)을 적용하는 방법으로 청구법인의 분양손익을 재계산하여 2010.10.13. 청구법인에게 법인세 2006사업연도분 OOO을 환급하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.13. 이의신청을 거쳐 2011.5.16.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

서울지방국세청장의 시공사에 대한 조사과정에서 확인된 쟁점작업진행률이 「법인세법 시행령」제69조 제2항에서 규정하고 있는 “그 목적물의 건설 등을 완료한 정도”에 가장 부합하는 것으로 보아 시공사의 외주공사비를 계산하고, 청구법인에게 별도로 발생한 공사비를 합하여 청구법인의 2005∼2008사업연도 작업진행률을 확정하였으나, 쟁점공사는 OOO(이하 “공사감리자”라 한다)를 공사감리자로 하여 주택을 신축하였고, 공사감리자는 매 분기별로 사업계획승인권자인 화성시장 및 사업주체인 청구법인에게 감리보고를 하여 왔던바, 공사감리자의 감리보고서상 공정률이 쟁점공사 작업진행률의 가장 객관적인 근거자료라고 할 수 있으므로 감리보고서에 의하여 확인되는 공정률을 적용하여 청구법인의 2005∼2008사업연도 분양수입 및 분양원가를 재산정함이 타당하다.

나. 처분청 의견

감리보고서에 의하여 확인되는 공정률은 토목, 건축, 전기, 설비 등 각 공정별로 보할을 배정하여 계산하도록 되어 있으므로 공정별 보할배정(가중치)에 따라 임의성이 개입될 여지가 있어 동일한 건설현장에 대하여 서로 다른 공정률이 계산될 개연성이 있는 반면, 공사원가투입액 기준으로 진행률을 계산하면 보할배정 등의 임의성을 배제하여 기간손익을 가장 객관적으로 반영한다고 볼 수 있고, 「법인세법」에서 작업진행률 계산방식을 공사현장별 총공사비누적액을 총공사예정비로 나누어 계산하도록 규정하고 있는바, 「주택법」에 의한 감리목적으로 계산한 공정률과 「법인세법」상 기간손익 계산을 위한 작업진행률이 차이가 있을 때에는 「법인세법」에서 정한 방법으로 작업진행률을 계산하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점공사에 대한 작업진행률 산정이 적법한지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

(3) 법인세법 시행규칙 제34조【작업진행률의 계산 등】① 영 제69조 제2항 본문에서 “건설 등을 완료한 정도”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 작업시간등 이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간 등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

작업진행률 = 해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 / 총공사예정비

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 익금 : 계약금액×작업진행률-직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금 : 당해사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조 제2항 단서에서 “기획재정부령이 정하는 경우”라 함은 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간 등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2005년 1월경 시공사와 체결한 쟁점공사 도급계약서의 주요내용은 아래와 같이 나타난다.

(2) 청구법인은 위 공사도급계약서상의 공사비 지급조건에 따라 시공사가 청구한 도급공사비와 청구법인에게 별도로 발생한 공사비를 합한 금액을 총공사비누적발생액으로 보고, 이를 총공사예정비로 나누어 아래 <표1>과 같이 작업진행률을 계산하여 법인세 신고를 한 것으로 나타난다.

<표1> 청구법인이 계산한 공사비 누적발생액 및 작업진행률

(OO : OOO, O)

(3) 중부지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사에서 시공사의 작업진행률에 의하여 계산한 외주공사비를 적용하고, 청구법인이 쟁점공사 공사비로 신고한 금액 중 가공노무비 계상액과 상가분양률 오류 신고분 등을 반영하여 총공사비누적발생액을 조정한 후 청구법인의 작업진행률을 아래 <표2>와 같이 재계산하였다.

<표2> 처분청이 재계산한 공사비 누적발생액및 작업진행률

(OO : OOO, O)

(4) 청구법인과 중부지방국세청장의 작업진행률 적용차이 및 분양수입과 분양원가 산정 차이는 아래 <표3>과 같이 나타난다.

<표3> 작업진행률 및 분양수입·원가차이

(OO : OOO, O)

(5) 서울지방국세청장의 시공사 조사결과에 따른 쟁점작업진행률과 청구법인이 제출한 감리보고서상 공정률은 아래 <표4>와 같으며, 쟁점작업진행률은 발코니확장공사와 옵션공사 금액을 도급금액에 포함하고 가공노무비를 제외하여 산정한 것으로 나타난다.

<표4> 쟁점작업진행률 및 감리보고서상 공정율

(OO : OOO, O)

(6) 청구법인은 2010년 주택경기의 침체로 인하여 시공사의 당좌거래가 정지되었고, 이에 따라 청구법인이 진행중이던 주택신축공사가 전면 중단되었을 뿐만 아니라 연체된 금융이자를 감당하지 못하고 2010.7.16. 법정관리 개시결정이 되어 현재에 이르고 있는 상황에서, 청구법인에 대한 조사기간 중에도 법정관리 신청서류에 대한 회계감사로 경황이 없어 공사감리자의 감리보고서를 찾지 못하여 제출하지 못하였으나, 감리보고서상 공정률이 가장 객관적인 공사투입정도를 나타내고 있으므로 이를 적용하여야 한다고 주장하며 쟁점공사의 감리보고서를 제출하고 있다.

(7) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 「법인세법 시행령」제69조 제2항에서 계약기간이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(작업진행률)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제34조 제1항에서 ‘작업진행률’을 당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액을 총공사예정비로 나누어 산정하도록 규정하고 있는바, 시행사인 청구법인의 작업진행률은 시공사의 작업진행률을 기초로 산정하는 것이 합리적이고, 쟁점작업진행률은 시공사의 공사비 발생액을 기준으로 산정한 것으로 감리보고서의 공정률보다 「법인세법」상 작업진행률에 부합한다 할 것이므로, 이를 기초로 청구법인의 각 사업연도 손익을 계산하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.