2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 의료용구의 연구개발, 생산 및 판매업, 의약품 판매업, 의약부외품 판매업 등을 주된 목적으로 하는 비상장법인으로, 두유 제조 및 판매업을 주된 목적으로 하던 비상장법인인 AA에프티 주식회사(이하 'AA에프티'라고 약칭한다)를 흡수합병하기 위하여, 2008. 9. 30. 합병계약을 체결하고, 2008. 12. 1. 합병등기를 마쳤다.

나. 원고와 AA에프티 사이에 체결된 합병계약의 주요 내용은 다음과 같다.

제3조(합병기일)

합병기일은 2008. 11. 30.로 예정한다. 다만, 위 기일까지 합병을 실행할 수 없는 경우에는 양 당사자의 합의에 의해 합병기일을 변경할 수 있다.

제4조(합병비율)

원고는 합병기일 현재 AA에프티의 주주명부에 등재된 주주들에 대하여 AA에프티의 보통주식 14주당 원고의 보통주식 1주의 비율로 신주를 배정하며, 단주가 발생하는 경우에는 이를 버린다.

제5조(자본금 및 준비금)

1) 원고는 본 건 합병에 의하여 기명식 보통주식(1주의 액면금액 500원) 52,855주를 발행한다.

2) 원고는 합병에 의하여 그 자본금을 6,796,427,500원으로 증액시키기로 한다.

다. 이 사건 합병으로 원고가 AA에프티의 주주들에게 합병대가로 교부한 합병신주의 액면금액은 26,427,500원(＝1주당 액면금액 500원×52,855주)이었고, AA에프티로부터 승계한 자산의 공정가액은 33,780,188,465원, 부채는 59,267,178,365원이었다. 원고는 AA에프티의 순자산의 공정가액인 -25,486,989,900원(＝33,780,188,465원－59,267,178,365원)과 관련하여 '매수원가 중 매수일 현재 피합병법인으로부터 취득한 식별가능한 순자산의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분을 영업권으로 인식한다'라고 규정한 구 기업인수・합병 등에 관한 회계처리준칙(2009. 8. 28.자로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 회계장부에 동일한 금액을 영업권(이하 '이 사건 영업권'이라 한다)으로 계상하였다.

라. 원고는 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제4항이 정한 감가상각자산인 영업권에는 해당하지 않는다고 보아 다음과 같이 이 사건 영업권 가액을 익금에 산입하지 아니하고 세무상 감가상각비로 손금처리하지도 않았다.

사업연도

익금산입 및 손금불산입

손금산입 및 익금불산입

과목

금액(원)

처분

과목

금액(원)

처분

2008

영업권

25,486,989,900

기타

영업권

25,486,989,900

유보

영업권상각

106,000,000

유보

마. 그러나 피고는 이 사건 영업권이 세법상 영업권으로서 감가상각자산에 해당하므로 그 가액을 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호에 의한 합병평가차익으로서 2008 사업연도 익금에 산입하여야 한다고 판단하였다. 이에 따라 피고는 2008 사업연도에 관하여 이 사건 영업권 가액 25,486,989,900원을 익금에 산입하고 영업권 상각유보액 106,195,761원을 손금에 산입하여, 2014. 3. 14. 원고에 대하여 2008 사업연도 법인세 9,408,187,760원(가산세 3,845,386,357원 포함), 농어촌특별세 140,788,670원(가산세 55,035,976원 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 2014. 8. 29. 조세심판원에 이 사건 처분에 대하여 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2015. 5. 20. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자 주장의 요지

가. 원고의 주장

1) 구 법인세법 시행령 제12조 제1항의 해석상 합병평가차익은 합병차익을 그 한도로 하므로 합병차손이 발생한 경우에는 과세대상이 되는 합병평가차익이 존재하지 않는다. 원고에게는 AA에프티와의 합병 결과 합병차손이 발생하였을 뿐이어서 익금에 산입할 합병평가차익이 없다고 보아야 하므로 과세 대상이 되는 합병평가차익이 존재함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고는 구 기업인수・합병에 관한 회계처리준칙에 따라 피합병법인의 순자산의 공정가액인 -25,486,989,900원을 단순한 차액개념에 의해 회계상 영업권으로 계상한 것일 뿐 무형자산으로서 AA에프티의 사업상 가치를 별도로 평가하여 승계한 것으로 볼 수 없으므로 이 사건 영업권을 법인세법상 감가상각 대상자산인 영업권으로 볼 수 없다.

나. 피고의 주장

1) 합병차익과 합병평가차익은 논리상 전자가 후자의 상한으로 기능할 수 있는 개념이 아니므로 합병차익이 없거나 합병차손이 발생한 경우에도 얼마든지 합병평가차익이 존재할 수 있다. 따라서 합병평가차익은 합병차익을 한도로 하는 것으로 볼 수 없고, 그렇지 않더라도 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 본문의 "상법 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액에 달할 때까지", 즉 합병차익에 달할 때까지라는 제한은 합병차익이 존재하는 경우를 전제로 한 것으로서 합병차손이 발생하여 합병차익이 아예 존재하지 않는 경우에는 위 제한이 적용되지 않는다고 보아야 한다.

2) 이 사건 영업권은 피합병법인인 AA에프티의 장부에는 계상된 바 없었다가 합병을 계기로 평가증된 자산으로서 법인세법상 감가상각자산인 영업권에 해당하므로 그 가액을 합병평가차익으로 익금에 산입한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 합병평가차익이 합병차익을 한도로 과세되는지 여부

1) 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제 15조 제1항은 "익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다."고 규정하면서, 합병차익은 자본거래로 인한 수익으로 보아 원칙적으로 익금 산입 대상에서 제외하고 있다. 즉, 구 법인세법 제17조 제1항 제3호는 '합병차익은 합병법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다'는 원칙을 규정하고, 구 법인세법 시행령 제15조 제1항, 구 상법 제459조 제1항 제3호는 합병차익을 '소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과한 때에는 그 초과금액'으로 한다고 규정하고 있다.

그런데 구 법인세법 제17조 제1항 제3호 단서는 '대통령령이 정하는 합병평가차익'을 익금에 산입하지 아니하는 합병차익에서 제외하도록 규정하고, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항은 "법 제17조 제1항 제3호 단서에서 '대통령령이 정하는 합병평가차익'이라 함은 제12조 제1항 제1호 및 동조 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다."고 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 본문은 "법 제16조 제1항 제2호 가목에서 '대통령령이 정하는 합병평가차익 등'이라 함은 상법 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 '합병차익'이라 한다)에 달할 때까지 다음 각 호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호・제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금을 말한다) 및 제4호의 금액(주식회사 외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다."고 규정하면서 그 제1호에서 '피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액 (제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액'을 규정하고 있다.

2) 위 각 규정의 문언과 취지, 체계 등에 의하여 보건대, 다음과 같은 사정을 고려하면 구 법인세법 제17조 제1항 제3호에 따라 익금에 산입되는 합병평가차익은 합병차익을 한도로 하고, 합병차익이 발생하지 아니한 경우에는 익금에 산입되는 합병평가차익도 존재할 수 없다고 보아야 한다.

가) 구 법인세법 시행령 제15조 제2항은 구 법인세법 제17조 제1항 제3호 단서가 정한 '대통령령이 정하는 합병평가차익'을 '구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호가 정한 가액'으로 규정하지 아니하고 '구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액'으로 규정하고 있으므로, '대통령령이 정하는 합병평가차익'은 '합병차익에 달할 때까지 계산하여 산출한 제1호의 금액', 즉 피합병법인으로부터 자산을 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액으로서 합병차익을 한도로 계산한 금액을 말한다고 보는 것이 위 각 규정의 문언에 부합하는 해석이다.

나) 익금은 '법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액'이므로, 합병으로 인하여 합병법인의 순자산이 증가하지 않는다면 이는 법인의 순자산을 증가시키는 거래에 해당하지 않고 익금에 산입할 수익의 금액이 인정될 수도 없다고 보아야 한다. 피합병법인의 자산을 평가증하여 승계함에 따라 합병평가차익이 존재하는 경우라고 하더라도 이를 포함하여 피합병법인으로부터 승계한 재산의 가액이 피합병법인으로부터 승계한 채무액, 피합병법인의 주주에게 지급한 금액과 합병법인의 자본증가액보다 적어 합병차손이 발생하였다면, 합병의 결과 합병법인의 순자산이 증가하였다고 할 수 없고 합병법인의 순자산 증가에 기여하지 못한 합병평가차익을 익금에 산입되는 수익의 금액에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서 구 법인세법 제17조 제1항 제3호 단서가 정한 '대통령령이 정하는 합병평가차익'은 합병차익을 한도로 하여 익금에 산입된다고 해석하는 것이 타당하다.

다) 피합병법인에게 청산소득이 발생한 경우에는 구 법인세법 시행령 제14조 제1항 제1호 다목, 제12조 제1항 제1호에 따라 합병평가차익에서 청산소득이 공제되지 않는 한 합병평가차익을 전부 과세대상으로 삼는다면 피합병법인의 청산소득으로 과세된 부분에 대해 합병법인의 소득으로 이중과세가 이루어지는 문제점이 있다. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 계산되는 청산소득(구 법인세법 제80조 제1항)은 합병차익에 계산상 포함되지 아니하므로, 합병차익을 한도로 하여 합병평가차익을 익금에 산입하게 되면 합병차익에서 제외된 청산소득이 합병평가차익에서도 공제될 수 있어 위와 같은 문제점을 해소할 수 있다.

라) 법인세법 기본통칙 17-15…2도 구 법인세법 제17조 제3호 규정에 의한 "합병평가차익"은 상법 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 "합병차익"을 초과할 수 없다고 규정하고 있다.

나. 이 사건에 대한 판단

원고가 합병대가로 AA에프티의 주주에게 지급한 합병신주의 액면가액이 원고가 AA에프티로부터 승계한 순자산의 공정가액을 초과하여 합병차익이 존재하지 않음은 앞서 인정한 바와 같다.

이와 같이 원고에게는 합병차익이 발생하지 아니하였으므로 익금산입의 대상이 되는, 합병차익을 한도로 하는 합병평가차익도 존재한다고 볼 수 없어, 이 사건 영업권을 법인세법상 감가상각자산인 영업권으로 볼 수 있는지에 상관없이 그 가액을 합병평가차익으로 보고 익금에 산입한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.