2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. BB산업 주식회사(이하 'BB산업'이라고 한다)는 1998. 12. 22.경 조흥은행 등 14개 금융기관으로 구성된 채권금융기관협의회(이하 '채권단'이라고 한다)와의 기업개 선약정에 따라，원고와 BB산업의 합병을 추진하고 채권단의 BB산업에 대한 대출금 채권 000원을 출자전환하기로 하였다.

나. 원고는 1999. 11. 2. BB산업과 합병계약을 체결하변서 원고가 BB산업을 흡수 합병하되 BB산업은 채권단에 대한 대출금채무 중 000원을 위 기업개선약정에 따라 출자전환하기로 약정하였다.

다. 원고는 2000. 1. 7. BB산업， 채권단과 사이에 위와 같은 내용을 확인하는 합병 기본약정을 체결하였다.

라. 채권단은 2000. 1. 12. BB산업에 대한 대출금채권 중 000원을 BB산업 주식 1주당 000원에 출자전환하였고，원고가 2000. 3. 15. BB산업을 홉수 합병함에 따라 채권단은 원고의 주식 35，510，948주를 보유하게 되었다.

마. 원고는 2000. 7. 31. 채권단과 사이에 다음과 같은 내용의 추가약정을 체결하였 다.

바. 채권단이 2003. 5. 29. 원고에게 풋옵션을 행사하여 기준가액인 1주당 000원으 로 이 사건 주식을 매수할 것을 요청하자，원고는 2003. 5. 30.경 채권단에게 이 사건 주식에 대하여 위 기준가액인 1주당 0,000원으로 계산한 금액을 지급하면서 채권단과 사이에，'이 사건 주식을 2003. 5. 29. 기준 원고 주식의 증권거래소 종가인 1주당 000원에 매수하고 위 기준가액으로 계산한 금액과의 차액 000원 [ =00，000，000주X(000，원-000원)， 이하 '쟁점금액'이라고 한다]은 손해배상금 명목으로 지급한다는 내용의 합의를 하였다.

사. 원고는 2003 사업연도 법인세를 신고 • 납부하면서 이 사건 주식의 취득대금 명목으로 지급한 1주당 000원으로 계산한 금액은 자기주식의 취득원가로 계상하고，손해배상금으로 지급한 쟁점금액은 비용인 잡손실로 회계처리하여 이를 손금산입하였다.

아. 피고는 세무조사결과 이 사건 주식과 관련한 일련의 거래를 자기주식 취득에 따 룬 지분환급으로서 '자본거래'에 해당한다고 보아 쟁점금액을 손금불산입하고，2009. 3. 11. 원고에 대하여 2003 사업연도 귀속분 법인세(가산세 포함) 000원을 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

자. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 5. 11. 조세심판원에 심판을 청구하였으 나， 위 청구는 2011. 6. 13. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제 1 내지 9호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 상장회사의 자기주식 취득 금지 규정과 주주평등의 원칙으로 인하여 기준가액으로 이 사건 주식을 매수하기로 한 풋옵션 약정을 이행하지 못하게 됨에 따라，채권단으로부터 이 사건 주식을 사가로 매수하고 기준가액과 시가의 차액인 쟁점금액 을 손해배상금으로 지급한 것이므로，쟁점금액은 주식의 취득가액과 구별되는 비용으로서 손금으로 인정되어야 한다.

"(2) 설령 쟁점금액 전부를 손금산입할 수는 없다고 하더라도，위 기준가액이 실질적 으로 출자전환원금에 그 이자 상당액을 합산하는 방식으로 산정된 점에 비추어 대출이 자에 해당하는 금액인 0000원[12，265，252주X0000원(=기준가액 0000원 - 출자전환원금 000원)]은 이자비용으로서 손금으로 산입되어야 한다.",나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 주위적 주장에 대한 판단

구 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제4조 제2항은 "법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득・수익등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다 라고 규정하여 실질과세의 원칙을 천명하고 있는바， 이는 법인세의 과세표준을 계산함에 있어 과세물건 자체를 실질적으로 파악 안식함으로써 당사자에 의하여 선택된 소득， 수익， 재산， 행위 또는 거래 등의 명칭이나 형식에 구애받음이 없이 그 실질내용을 기준으로 하여 세법을 적용 해석하여야 한다는 것을 뜻하는 것이므로 법인세의 과세소득을 계산함에 있어서 구체 적인 세법적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장내용，계정과목， 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 하여야 할 것이다(대법원 1993. 7. 27. 선고 90누10384 판결 참조). 구 법인세법 제19조 제1항은 '손금은 자본 또는 출자의 환급， 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.'고 규정하고，같은 조 제2항에서 손비는 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출될 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상작인 것이거나 수익과 직접 관련되는 것으로 한다고 규정하고 있다. 따라서 쟁점금액이 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 언하여 발생한 비용으로서 손금에 해당하는가 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는가는 단순히 당해 계약서의 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라， 당사자의 의사와 계약 체결의 경위， 대금의 결정방법，거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다. 이 사건을 보건대，위 인정사실과 을 제1，2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉，① 채권단이 풋옵션을 행사한 결과 원고는 채권단으로부터 이 사건 주식을 매수하고 채권단에게 기준가액으로 산정한 금액 상당 의 금원을 지급하되，다만，쟁점금액에 대하여는 그 지급 명목을 손해배상금으로 하기로 합의하였는데，원고가 주주평등의 원칙 등 법률상의 제한으로 인하여 기준가액으로 이 사건 주식을 매수하지 못하는 경우 쟁점금액은 손해배상금 명목으로 지급한다는 것은 채권단의 출자전환 및 풋옵션 약정 당시부터 예정된 것이었으므로 쟁점금액 역시 이 사건 주식 취득의 대가로서 지급되었다고 봄이 상당한 점，② 원고가 채권단으로부터 이 사건 주식을 매수하기에 앞서 정기주주총회에서 자본소각에 의한 감자결의를 하고， 채권단으로부터 이 사건 주식을 취득한 후 그 액변금상당의 자본금을 감소시킨 점과 거래의 전체적인 과정 및 회사가 자기주식을 취득할 수 았는 경우로 주식을 소각하기 위한 때 등 일정한 사유로 한정하고 있는 구 상볍(2011. 4. 14.법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제341조의 내용을 종합하여 볼때，원고가 채권단에게 쟁점금액을 지급한 것은 주식소각방법에 의한 자본감소절차의 일환으로 이루어진 것으로서 주주인 채권단에 대한 주식의 유상소각에 의한 자본의 환급에 해당하고， 비록 소각대상 주식이 채권단의 보유주식에 한정되어 주주평등의 원칙에 어긋나는 등 통상의 주식소각이나 자본감소의 경우와 다른 점이 있다고 하여 그 성질이 달라지는 것은 아니라고 할 것이므로， 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 예비적 주장에 대한 판단

원고가 채권단과 사이에 추가약정을 체결하면서 풋옵션과 콜옵션 약정을 함께 하여 채권단이 원고와 사이에 위 옵션 약정에 따라 이 사건 주식을 거래하는 경우 기준가액으로 거래하는 것이 확정되어 있었고，가준가액을 출자전환원금에 대하여 출자전환일부터 주식매수대금 지급일까지 일정한 비율로 계산한 금액을 가산하는 방법으로 산정한 사실은 앞서 제1항에서 본 바와 같으나，위 (1)항에서 본 바와 같이 원고와 채권단 사이의 이 사건 주식거래가 주식소각방법에 의한 자본감소절차의 일환으로 이루어진 것으로서 자본의 환급에 해당하는 이상，그 기준가액 산정방법만을 이유로 위와 같이 출자전환원금에 가산된 부분을 이자비용에 해당한다고 볼 수는 없고，더욱이 을 제3，4호증의 각 기재에 의하면，채권단도 2003 사업연도 법인세를 신고 ・ 납부하면서 이 사건 주식에 대한 풋옵션 행사로 얻은 이익을 이자소득이 아닌 배당소득으로 보아 익금불산입한 사실을 인정할 수 있으므로，원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여，주문과 같이 판결한다.