가. 청구인은 2011.7.15. 취득한 OOO 대지 372㎡ 지상에 2012.3.27. 연면적 1,040.06㎡인 10층의 고시원 건물(이하 “쟁점신축건물”이라 하고, 위 대지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 OOO이라는 상호로 부동산임대업을 영위(2011. 11.14. 사업자등록)하다가 2016.1.12. 쟁점부동산을 양도한 후, 2016.3.31. 양도가액을 실지거래가액 OOO으로 각 산정하여 2016년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.9.1.～2017.9.30. 기간 동안 청구인에 대한 2016년 귀속 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 청구인이 신고한 쟁점신축건물의 환산취득가액을 부인하고 지방자치단체장에게 제출한 취득세 신고서상 과세표준액 OOO원(이하 “쟁점신축가액”이라 한다)을 실지취득가액으로 보아 관련 내용을 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2017.12.19. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점신축건물의 건축과 관련하여 소규모 건물을 신축하던 지인들로부터 건설회사에 맡길 경우 부실공사, 공사대금 유용 등에 의한 자금 분쟁이 발생할 수 있으므로 직영으로 건축하는 것이 좋다는 조언을 듣고 쟁점신축건물을 직접 건축하게 되었다.

(2) 주식회사 OOO와 OOO에 건축허가 및 감리 등을 맡겨 공사를 진행하였고 건축허가와 관련 종합건설회사와 체결한 민간건설공사 표준도급계약서(이하 “도급계약서”라 한다)를 반드시 첨부하여야 하여 지인으로부터 면허를 빌려주는 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)을 소개받아 면허대여료를 지급하고 형식상 도급계약서를 작성하였다.

(3) 쟁점신축건물의 건축과 관련 설계비, 감리비, 엘리베이터 설치비 등은 실제 공사업체로부터 세금계산서를 수취하고 대금을 지급한 것으로 기억하고 있으나 나머지 공사는 영세한 수십 개의 자재공급업체, 설비 인테리어업체, 전기공사업체 등에 나누어 맡겨 공사하였고 이에 대하여는 세금계산서를 수취하지 못하였으며, 공사비의 일부는 본인의 자금으로 충당하고 나머지는 지인들로부터 차용하여 현금으로 지급하여 관련 금융증빙을 보관하고 있지 않아 구체적인 공사비를 제시할 수 없다.

(4) 청구인과 OOO 사이에 공사비를 지급한 금융거래증빙이 전혀 없고 위 (2)와 같이 OOO로부터 면허를 빌려 공사한 것에 대하여「건설산업기본법」위반으로 처벌을 받아 면허대여라는 사실이 확정되었으며, 국토해양부가 고시한 표준건축비는 최저수준으로 결정·고시한 것으로 실제 공사비는 동 표준건축비의 OOO 이상 소요되어 쟁점신축건물에 적용할 경우 OOO원 정도로 추정됨에도 불구하고 도급계약서 등의 금액을 근거로 한 쟁점신축가액을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점신축건물의 도급계약서는 청구인이 소유권 보존등기와 관련하여 취득세 등 고지서를 발급받기 위하여 청구인 스스로 인허가권자인 지방자치단체장에게 제출한 것으로 동 도급계약서 등에 기재된 금액을 근거로 한 쟁점신축가액 OOO원은 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 장부가액 OOO원과 유사하며, 쟁점신축가액과 취득세 등을 합한 금액인 OOO원을 건물 연면적으로 나누면 ㎡당 OOO원으로 국토해양부가 고시한 공공건설임대주택 표준건축비인 ㎡당 OOO원과 유사한 점 등에 비추어 쟁점신축가액은 적정한 것으로 판단되고, 이와 같이 처분청이 경험칙상 쟁점신축건물의 실지취득가액을 추정할 수 있는 수준까지 입증하였다면 이의 진정성을 부정하기는 어렵다(대법원 2002.11.13. 선고 2002두6392 판결, 참조).

또한, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결, 같은 뜻임).

(2) 쟁점신축건물의 소유권 보존등기일로부터 3년 10개월이 경과한 시점에 쟁점신축건물을 양도하였고 청구인이 부동산임대업을 영위하면서 재무상태표에 쟁점신축가액과 유사한 금액을 장부가액으로 계상하였으며, 쟁점신축건물 이외에 다수의 주택 등 신축판매업을 영위한 이력이 있음에도 쟁점신축건물의 실지취득가액을 확인할 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 쟁점신축건물의 실지취득가액의 기초가 되는 사실관계는 앞선 내용과 같이 전적으로 청구인의 지배영역 안에 있는 상황임을 감안할 때, 쟁점신축건물의 실지취득가액의 입증책임은 청구인에게 있는 것이다.

(4) 청구인이 실지취득가액을 입증하지 아니한다면 최소한 입증할 수 없는 부득이한 사유 등의 소명이 있어야 할 것이고 청구인은 수십개의 업체에 공사를 나누어 맡겨 실지거래가액을 확인할 수 없다는 주장만을 할 뿐 이를 뒷받침할 만한 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 아니한바, 도급계약서 등의 금액을 근거로 한 쟁점신축가액을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점신축건물의 환산취득가액을 부인하고, 지방자치단체장에게 신고한 취득세 과세표준액(도급계약서상 쟁점신축가액을 근거로 함)을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 2016년 귀속 양도소득세 과세표준신고서를 보면, 청구인이 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원(실지거래가액)으로, 취득가액을 OOO으로 각 산정하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부한 것으로 나타나고, 실지양도가액인 OOO원, 토지 실지취득가액 OOO원에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(나) 처분청의 이 건 관련 부동산투기조사 종결보고서(2017년 10월) 상 사실관계 및 확인내용 등을 보면, 청구인은 OOO의 건설업 등록증을 대여받아 쟁점신축건물을 직접 건축하게 되어 인허가 등을 위하여 도급계약서를 임의로 작성한 것일 뿐이라고 주장하며 그 증빙으로 법원 판결서[OOO 2013.2.21. 선고 2012고단2723·3012·3185(병합) 판결]를 제시한 반면, 처분청은 ① 청구인이 쟁점신축건물의 소유권 보존등기와 관련하여 취득세 등 고지서를 발급받기 위하여 인허가권자인 지방자치단체장에게 도급계약서 외에 아래 <표1>과 같이 설계·감리·엘리베이터 설치공사계약서 등을 제출하여 이들 증빙을 통해 쟁점신축가액을 확인할 수 있고, ② 취득세 신고서상 취득가액을 쟁점신축가액으로, 재무상태표상 장부가액을 OOO원으로 각각 기재(아래 <표2> 참조)하고 있으며, ③ 쟁점신축가액과 취득세 등 필요경비를 합한 OOO원을 건물 연면적으로 나누면 ㎡당 OOO원으로 국토해양부에서 고시(제2008-707호, 2008.12.9.)한 공공건설임대주택 표준건축비인 ㎡당 OOO원과 유사한 것으로 나타난다는 이유로 쟁점신축건물에 대한 환산취득가액을 부인하고 쟁점신축가액을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하는 것으로 하여 조사를 종결한 것으로 나타난다.

<표1> 설계·감리·엘리베이터 설치공사 계약서 주요내용

<표2> 처분청이 확인한 쟁점신축가액

(다) 청구인 및 OOO 실제 대표이사 OOO 외 13명의 건설업 면허대여, 횡령 및 범인도피교사 등 혐의에 대한 법원 판결서[OOO 2013.2.21. 선고 2012고단2723·3012·3185(병합) 판결] 상 판결이유 등을 보면, 청구인이 쟁점신축건물의 건축을 위하여 2011년 4월경 OOO의 건설업등록증 등을 대여받은 사실 등에 따라 OOO·청구인은 각 징역 1년 4월, 6월에 집행유예 1년을 선고받은 것으로 나타나고 판결이유의 주요내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3>OOO[2012고단2723·3012·3185(병합), 2013.2.21.] 판결서상 범죄사실의 주요내용

(라) 쟁점신축건물의 도급계약서(2011.8.2.)를 보면, 청구인과 OOO(명의상 대표이사 OOO)이 착공일 2011.8.16., 준공예정일 2012.4.30., 계약금액 OOO원(부가가치세를 제외한 금액은 781,818,181원)으로 하여 공사계약을 체결한 것으로 나타난다.

(마) 청구인이 2012.3.28. 및 2012.4.30.(증축) 경OOO에게 제출한 쟁점신축건물 관련 취득세 신고서에 취득가액(과세표준액)을 OOO으로 기재한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 설계·감리·엘리베이터 공사 등은 실제 공사업체로부터 세금계산서를 수취하고 그 대금을 지급하였고 나머지 공사는 영세한 수십 개의 업체에게 맡겨 직접 신축하였으며, 대금은 현금으로 지급하여 금융증빙을 보관하고 있지 않아 구체적인 공사비를 확인할 수 없다고 주장하고 있으나, 이를 입증할 수 있는 구체적이고 객관적인 자료는 제시하지 아니하였다.

(3)「소득세법」상 2006년 부동산 실거래가 신고제도가 도입되고,「지방세법」이 취득세 등의 과세표준을 실거래가로 적용하고 있는 것으로 확인된다(조심 2014서3212, 2014.9.30. 외 다수 건, 참조)

(4) 국세청 전산자료에 따르면, 청구인이 아래 <표4>와 같이 다수의 신축판매업 등을 영위한 것으로 나타난다.

<표4> 청구인의 사업이력

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점신축건물을 직접 건축하였으나 관련 증빙을 보관하고 있지 아니하는 등 구체적인 공사비를 확인할 수 없어 취득가액을 환산가액으로 산정하여야 한다고 주장하나,

청구인이 제출한 쟁점신축건물의 취득세 신고서 및 첨부한 도급계약서 등에 기재된 금액·재무상태표상 장부가액·국토해양부가 고시한 표준건축비 등을 볼 때, 쟁점신축가액이 경제적 합리성을 결여한 가액으로 실지거래가액이 아니라고 단정하기 어려운 점, 청구인은 도급계약서 등이 인·허가 등을 위하여 임의로 작성된 것이고 쟁점신축가액이 실지거래가액이 아니라고 주장하고 있을 뿐, 수십 개의 업체에게 맡겨 직접 공사한 내용 및 대금지급 금융증빙 등 청구주장을 인정할 만한 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하고 있지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 환산취득가액을 부인하고 쟁점신축가액을 실지거래가액으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.