청구법인은 제조·도매업을 영위하는 영리법인으로 1995.1.1～1997.12.31 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액의 신고시 조세감면규제법 제46조의 규정에 의하여 지방이전중소기업 세액감면규정을 적용하였으나, 경인지방국세청장의 정기감사시 청구법인의 도매업관련소득은 “공장에서 발생한 소득”에서 제외하여 감면세액을 계산하여야 함에도 이를 포함하여 계산하였다는 감사지적에 따라 처분청은 도매업관련소득을 제외하여 감면세액을 재계산하여, 1998.8.16 청구법인에게 1995.1.1～12.31 사업연도 법인세 66,502,170원, 1996.1.1～12.31 사업연도 법인세 65,043,810원, 1997.1.1～12.31 사업연도 법인세 41,544,890원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1998.10.1 심사청구를 거쳐 1991.1.8 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 조세감면규제법 제46조 제1항에 규정된 “이전 후의 공장에서 발생하는 소득”은 이전을 한 공장내에서 발생하는 정상적인 사업활동과 관련된 소득을 의미하는 것이므로 공장에서 발생한 소득과 공장외의 지역에서 발생한 소득과의 비교개념으로 구분되어야 하는 것이지 이를 공장에서 제조공정을 거쳐 발생되는 소득에 한정하여 해석하는 것은 부당하다.

(2) “공장에서 발생하는 소득”을 제조업에서 발생하는 소득으로 해석하더라도 청구법인이 구매한 동일한 상품품목이 발주 구매자의 요구에 의하여 제품매출의 부품으로 제조공정 투입후 제조판매되기도 하고 제품매출판매시 부품개체용, A/S용, 수선용 등으로 출고될 때는 상품(부품)매출이 되기도 하는등 그 매출은 제품매출에 반드시 수반되는 부수적인 것이므로, 별도의 판매부대시설이 없고 상품관리도 공장현장에서 원재료로 투입될지 아니면 상품(부품)으로 관리할지 고객의 주문에 의하여 결정되는 매출시스템을 가지고 있는 청구법인의 경우 상품(부품)매출도 “공장에서 발생하는 소득”에 해당된다.

나. 국세청장 의견

(1) 공장이라 함은 일반적으로 제조시설을 갖추어 제품을 생산하는 곳을 의미하는 것으로 상품의 판매가 별도의 판매장소가 아닌 공장내지역에서 이루어진다 하여 공장에서 발생한 소득이라 볼 수 없는 것이고, 조세감면규제법 제46조 규정은 수도권안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 수도권이외의 지역으로 이전하고 공장이전 전후 사업의 동일성이 유지되는 경우에 적용되는 것으로 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 기업이라 함은 제조업을 영위하는 기업이라고 보아야 할 것이므로 “공장에서 발생한 소득”이라 함은 제조업에서 발생한 소득만을 의미한다고 해석하는 것이 타당하다.

(2) 청구법인은 부품(모터등)을 수입하여 제품생산에 사용하거나 구매자의 요구에 의하여 수입한 부품을 판매하고 있으며 상품부품매출은 제품매출을 원활하게 하기 위하여 반드시 수반되는 부수적인 것이라는 청구주장은, 제품생산에 필요한 부품을 구매자의 요구에 의하여 부품만을 판매한다고 하여 도매업이 제조업에 부수되는 것으로는 볼 수 없고 상품부품매출이 총매출액에 차지하는 비율이 1995사업연도 46%, 1996사업연도 47.3%, 1997사업연도 46.7%인 점으로 보아도 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 조세감면규제법 제46조에 규정된 “공장에서 발생하는 소득”에 제조업에서 발생하는 소득만 포함하는 것으로 해석하여 지방이전중소기업 세액감면규정을 적용시 도매업소득을 제외하고 이 건 법인세를 부과한 처분의 당부

(2) 공장에서 발생한 소득을 제조업소득으로 한정하여 해석하더라도 제품매출(제조업)소득에 상품매출(도매업)소득이 수반되는 연관성을 감안하여 상품매출소득도 “공장에서 발생하는 소득”으로 보아 세액감면규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세감면규제법 (1993.12.31 법률 제4666호로 전문개정된 것) 제46조【지방이전중소기업에 대한 세액감면】제1항 내지 제2항에 “수도권 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 사업을 개시한 때에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다.”, “제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.”라고 각각 규정하고 있고, 같은법 제116조【구분경리】에 “내국인은 제6조·제7조·(중략)·제46조·(중략)의 규정의 적용을 받는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.”고 규정되어 있다.

(2) 조세감면규제법시행령 (1993.12.31 대통령령 제14084호로 전문개정된 것) 제46조【지방이전중소기업에 대한 세액감면】제1항에 “법 제46조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 1년 이상 계속 조업(내용생략)한 실적이 있는 공장을 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.”고 규정하면서, 그 제1호 내지 제2호에 “당해 공장을 수도권외의 지역으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것”, “수도권안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(내용생략)부터 1년 이내에 수도권외의 지역에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것”이라고 각각 규정되어 있고, 같은조 제2항에 “법 제46조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 총리령이 정하는 세액감면신청서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다. (1994.12.31 대통령령 제14475호로 개정)”라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구주장 1에 대하여

(가) 청구법인은 수도권안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 중소기업으로 1992년 12월 수도권외의 지역인 인천광역시 남동구 OO동 OOOOO 남동공단으로 신축이전하여 이전전과 동일한 사업을 개시하고 과세표준확정신고와 함께 세액감면신청서를 소관세무서장에게 제출하여 조세감면규제법시행령 제46조 제2항에 규정된 지방이전중소기업 세액감면규정의 적용대상에 해당되는 점에 대하여 당사자간에 다툼이 없다.

(나) 조세감면규제법 제46조에 규정된 “공장(시설)”의 범위에 대하여 조세법상 구체적으로 규정하고 있지 아니하나 공업배치 및 공장설립에 관한 법률(1996.12.31 법률 제5240호로 개정된 것) 제2조【정의】제1호 및 같은법시행령(1996.7.19 대통령령 제15123호로 개정된 것) 제2조【공장의 범위】제1항에 의하면, 제조업(물품의 가공·조립·수리업을 포함한다)의 물품제조공정(가공·조립·수리공정을 포함한다)을 형성하는 기계 또는 장치를 설치하기 위한 건축물이나 사업장으로서 제조업을 영위함에 필요한 제조시설 및 시험생산시설, 제조업을 영위함에 있어서 그 제조시설의 관리·지원과 종업원의 복지후생을 위하여 공장용지안에 설치하는 부대시설과 위 시설이 설치된 공장용지를 포함하는 것으로 규정되어 있는 점을 감안하여 볼 때, 조세감면규제법 제46조에 규정된 “공장”도 그와 같은 취지에서 영업을 목적으로 물품의 제조·가공·수선 및 인쇄 등의 목적에 사용할 수 있도록 생산설비를 갖춘 건축물 또는 사업장과 그 부속토지(1994.12.31 구 내무부령 제633호로 개정된 구 지방세법시행규칙 제47조 제1호 같은뜻임)를 말하는 것으로 해석하는 것이 타당한바,

(다) 그렇다면 이 건의 경우 문제가 되고 있는 “이전 후의 공장에서 발생하는 소득”도 생산설비를 갖춘 건축물 또는 사업장에서 제조업의 물품제조공정을 거쳐 생산되는 제품에서 발생하는 소득인 제조업소득으로 한정하여 해석하는 것이 타당하다고 할 것이므로 “이전 후의 공장에서 발생하는 소득”의 범위에 도매업소득을 포함하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

(2) 청구주장 2에 대하여

(가) 청구법인은 제품제조와 밀접하게 관련된 상품매출소득은 제품매출소득에 부수적인 것이므로 도매업관련소득도 감면대상에 해당된다고 주장하고 있으나, 청구법인 스스로 인정하고 있듯이 일단 당해 상품(부품)이 제조된 것이 아니라 구매된 것인 이상, 이를 원재료로 제조공정에 투입되는 부분은 위에서 살펴본 바와 같이 공장에서 생산하는 제품에서 발생하는 제조업소득으로 지방이전중소기업 세액감면규정을 적용받는 것이지만, 제조제품판매시 부품개체용, A/S용, 수선용 등으로 판매하여 발생하는 소득은 비록 그것이 제조업소득과 밀접하게 연관된 것이고 고객의 주문에 따라 상품매출의 형태로 판매되는 것이라 하더라도 그 소득은 이전한 공장의 제조공정을 거쳐 생산된 것이 아니어서 제조업소득과는 구별되는 도매업소득에 해당되는 것이므로 지방이전중소기업 세액감면규정의 적용대상에 포함되지 아니한다고 할 것이다.

(3) 그렇다면, 청구법인이 1995.1.1～1997.12.31 사업연도의 소득에 대한 법인세신고시 지방이전중소기업 세액감면규정의 적용대상에 포함시킨 도매업소득을 법소정의 공장에서 발생하는 소득의 범위에서 제외하여 동 감면세액을 재계산하고 과다하게 공제받은 감면세액을 배제하여 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.