2. 이 사건 소를 각하한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2007. 10. 15 OO시 OO면 OO리 1262 공장용지 3,042마 및 그 지상 공장건물 1,111.6㎡(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)와 기계장치를 이BB으로부터 매매대금 OOOO원(= 이 사건 부동산 OOOO원 + 기계장치 OOOO원)에 매수하고(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다), 2007. 11. 19 창원지방법원 김해등기소 2007. 11. 19. 접수 제99740호로 2007. 10. 15 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 후, 이 사건 부동산에 대한 부동산임대사업을 영위하였다.

나. 이 사건 부동산에 대한 근저당권자인 주식회사 CC은행이 ○○지방법원 2008타 경18518호로 임의경매 신청을 함에 따라 2008. 7. 4. 임의경매개시결정이 내려졌다. 위 임의경매절차에서 이DD이 2008. 11. 28. 이 사건 부동산 및 기계장치를 OOOO원(= 이 사건 부동산 OOOO원 + 기계장치 OOOO원)에 경락 받았고, 배당기일인 2008. 12. 19. 소유자인 원고에게 잉여금으로 OOOO원을 배당하는 내용의 배당표가 작성되었다.

다. 원고는 2009. 2. 2. 이 사건 부동산의 취득가액을 OOOO원, 양도가액을 OOOO원으로 하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였다. 이에 피고는 원고에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 다음, 원고가 신고한 취득가액 OOOO원에서 기계장치에 대한 대금 OOOO원 및 원고가 2008년 귀속 종합소득세 신고 시 부동산임대사업의 필요경비로 공제받은 건물에 대한 감가상각비 OOOO원을 공제하여 취득가액을 산정한 후 2011. 1. 4. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 OOOO원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다). 원고는 이에 불복하여 2011. 4. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2011. 9. 8 기각되었다.

라. 피고는 이 사건 소송 계속 중인 2012. 6. 11. 원고가 주장하는 취득세 등 필요경비 합계 OOOO원을 반영하여 2008년 귀속 양도소득세 금액 OOOO원을 OOOO원으로 감액경정 하였고, 2012. 11. 9.에는 2008년 귀속 양도소득세 가산세 OOOO원 부분을 직권으로 취소하였다가, 2012. 12. 3. 가산세 종류 및 산출근거를 명시하여 이를 다시 고지하였다.

마. 한편 원고는 2012. 5. 31 피고에게 이 사건 부동산 양도가액에서 사해행위 취소 판결에 따른 배당금 반환액인 OOOO원을 공제하여 과세표준과 세액을 결정하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2012. 7. 11. 이를 거부하였다. 원고는 이에 불복하여 2012. 9. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 심판청구일로부터 60일이 경과한 후인 2013. 9. 6 에 이르러 심판청구 기간의 도과하였다는 이유 등으로 각하 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 갑 제16, 21호증, 을 제4 내지 7호증, 을 제9, 10호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2 이 사건 소의 적법 여부

가. 주위적 청구부분의 소에 관한 판단

직권으로 살피건대, 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 것이고, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두16879 판결 참조)

을 제11호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 이 사건 항소심 계속 중이던 2013. 9. 5. 주위적 청구취지 기재 각 처분(본세 및 가산세)을 모두 직권 취소하는 내용의 양도소득세 경정결의를 하고 그 무렵 원고에게 이를 통보한 사실을 인정 할 수 있으므로, 원고의 주위적 청구부분의 소는 이미 소멸하여 더 이상 존재하지 않는 처분을 대상으로 한 것이어서 소의 이익이 없어 부적법하다.

나. 예비적 청구부분의 소에 관한 판단

국세기본법 제22조의2의 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 하므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 퉁에 관계없이 증액경정 처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하며(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390판결 참조), 납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액 경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 통일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다(대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972판결 참조)

위 법리에 비추어 살피건대 앞서 본 사실에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 예비적 청구부분의 소는 주위적 청구와 동일한 사유로 피고의 2008년 귀속 양도소득세(본세 및 가산세) 부과처분에 대하여 다투고 있음이 명백하고, 피고가 이 사건 항소심 계속 중이던 2013. 9. 5. 주위적 청구취지 기재 각 처분(본세 및 가산세)을 모두 직권 취소하는 내용의 양도소득세 경정결의를 하고 그 무렵 원고에게 이를 통보하였음은 위에서 본 바와 같으므로, 원고의 예비적 청구부분의 소 역시 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 소는 모두 부적법하여 각하하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고 원고의 주위적 청구 부분의 소를 각하하고, 당심에서 추가된 양도소득세 가산세 취소청구와 원고의 예비적 청구 부분의 소 역시 각하하되(이 사건 소를 전부 각하하되), 소송총비용은 행정소송법 제32조를 적용하여 피고가 부담하기로 하여 주문과 같이 판결한다.