서울행정법원 2007. 10. 25. 선고 2007구합21488 판결

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민자역사 역무시설의 공급이 영세율적용대상인지 여부[국승]

제목

용산역사 역무시설이 영세율적용대상이 되는지 여부

요지

영세율적용은 민간투자법에 의한 사업시행자가 아닌 원고가 고속철도법에 근거하여 한 용산역사 역무시설의 공급이 관련법의 영세율의 적용대상에 해당하지 않는다고 보고 한 경정거부처분은 정당함.

관련법령

조세특례제한법 제105조 제3의 2호(부가가치세의 영세율의 적용)

주문

1.원고의 청구를 기각한다.

2.소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2005. 3. 28. 원고에 대하여 한 2003년 제2기 부가가치세 4,678,080,801원에 관한 경정청구거부처분을 취소한다.

이유

1. 처분 경위

가. 원고는 2003년 제2기 부가가치세를 신고함에 있어 공급가액이 46,780,808,006원인 ○○역사 역무시설 매출액을 과세표준에 산입하여 매출과세표준 46,804,208,006원에 대한 매출세액을 4,680,420,801원으로 신고하고, 매입세액은 5,579,969,216원으로 신고하여, 899,548,415원을 환급받았다.

나. 원고는 ○○역사 역무시설이 위 부가가치세 과세기간 중에 시행되던 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제○○○호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제3호의2 소정의 부가가치세 영세율 적용대상이라는 이유로, 2005. 2. 21. 피고에게 당초 신고한 2003년 제2기 매출과세표준 46,804,208,006원 중 ○○역사 역무시설의 공급가액 46,780,808,006원에 대하여 영세율을 적용하여 그 부분의 부가가치세 4,678,080,801원을 환급해 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2005. 3. 28. 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다)을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5호증, 제6호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 각 기재

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

○○역사 역무시설은 원고가 사회간접자본시설에 대한 민간투자법(이하 '민간투자법'이라 한다) 제4조 제1호의 규정에 의한 방식으로 국가에 공급하였고, 민간투자법 제2조 제1호 오목에서 정한 철도시설에 해당하므로, 구 조세특례제한법 제105조 제3호의 2의 규정에 의한 영세율 적용요건을 충족한다고 할 것이고, ○○역사 역무시설을 포함한 '○○역세권개발 1단계(민자역사)사업'(이하 '이 사건 민자역사사업'이라 한다)이 민간투자법에 근거하여 시행된 것이 아니라 고속철도건설촉진법(이하 '고속철도법'이라 한다)에 의하여 시행된 것이라는 사정은 양법에 의한 사업시행방식의 유사성에 비추어 영세율 적용을 받는 데 아무런 장애가 되지 않는다.

(2) 피고

원고는 민간투자법 제13조의 규정에 의한 사업시행자로 지정받은 자가 아니고 단순히 사회간접자본시설을 기부채납한 사업자일 뿐이므로, ○○역사 역무시설의 공급은 구 조세특례제한법 제105조 제3호의 2의 규정에 의한 영세율 적용대상에 해당하지 아니한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) ○○○○주식회사, ○○○○주식회사는 1998. 11 .18. 철도청장과 사이에 국유철도의 운영에 관한 특례법(이하 '국유철도법'이라 한다)에 따라, 서울 ○○구 ○○동 약 280,000㎡ 지상에 역무시설과 이에 부대되는 시설을 구비한 종합역사시설을 건설하고, 이를 관리·운영하는 사업인 이 사건 민자역사사업을 추진하기로 하되, 그 사업시행 방법으로 먼저 출자회사를 설립하여 민자역사의 건설 및 운영을 담당하게 하고, 역무시설은 준공과 동시에 철도청에 무상으로 귀속시키기로 하는 내용의 사업추진협약(이하 '이 사건 사업협약'이라 한다)을 체결하였다.

(2) 이 사건 사업협약 제12조, 제13조에는 출자회사가 설치하는 시설물 중 역무시설과 기타 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설은 준공과 동시에 철도청 소유로 무상귀속시키고, 본 사업의 시설 중 상업시설의 업종내용 및 그 배치와 운영은 출자회사로 하여금 하게 한다고 규정되어 있다.

(3) 이 사건 사업협약에 따라 1999. 1. 16. 출자회사로 설립된 원고는 2000. 1. 24. 건설교통부장관으로부터 고속철도법 제4조 제2항의 규정에 의하여 이 사건 민자역사사업의 사업시행자로 지정되었고, 2000. 12. 30. 이 사건 민자역사사업의 실시계획에 대하여 같은 법 제7조 제1항에 의한 승인을 받았으며, 2001. 12. 15. 및 2002. 12. 17. 같은 법 제7조 제5항에 의한 실시계획의 변경승인을 받았다.

(4) 이 사건 민자역사사업 실시계획의 내용은 다음과 같다.

건물명

건축면적(㎡)

연면적(㎡)

층수

고속철도역사 및 상업시설

54,936.68

262,143.41

지하3, 지상9

종합건설사업소

841.24

7,812.65

지하1, 지상10

군사시설

507.90

2,198.83

지하1, 지상5

합계

56,285.82

272,154.89

사업시행기간 : 2001. 1. ~ 2005. 9. (단, 역무시설은 2003. 10.)

(5) 원고는 이 사건 민자역사사업 실시계획에 따라 지하3층과 지상5층의 ○○역

사 역무시설 부분을 우선 완공하여 고속철도법 제14조 제4항에 따라 2003. 12. 24. 건설교통부장관으로부터 준공전 사용허가를 받고, 그 무렵 철도청에 ○○역사 역무시설에 관하여 공급가액 46,780,808,006원의 세금계산서를 발행하였으며, 철도청은 2003. 12. 28.부터 ○○역사 역무시설을 관리·운영하고 있다.

[인정 근거] 갑 제1호증, 제2호증의 1, 2, 제3호증의 1~8, 제4호증의 1, 2의 각 기재,

변론 전체의 취지

라. 법령의 변천

(1) 1999. 12. 31.까지의 조세특례제한법은 제106조 제1항 제5호에서 민간투자법의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 "사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역"의 공급에 대하여 부가가치세를 면제함으로써, 기부채남 단계에서는 부가가치세를 과세하고 사용수익단계에서는 면제하여 오다가, 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정되면서 사업시행자의 초기부담을 최대한 경감하되 수익이 발생하는 운용단계에서 과세할 수 있도록 하기 위하여 제106조 제1항 제5호를 삭제하고 제105조 제3호의2를 신설하여 "민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역"을 영세율 적용대상으로 하였다.

조세특례제한법 제105조 제3호의2는 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 "민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역"이라고 개정되었다가, 다시 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 "민간투자법 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4호 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역"이라고 개정되었다.

(2) 1994. 8. 3제정된 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치 촉진법이 1998. 12. 31. 전문개정되면서 법령명을 "사회간접자본시설에대한민간투자법"으로 바꾸어 시행되었고, 민간투자법 제2조 제1호 각목에 정한 사회간접자본시설 중에 역무시설은 포함되어 있지 않다가 2003. 7. 29. 법률 제6955호로 철도산업발전기본법이 제정(2003. 10. 30. 시행)됨과 동시에 민간투자법 제2조 제1호 오목에 "철도산업발전기본법 제3조 제2호의 규정에 의한 청도시설"이 신설되었다.

(3) 국유철도법은 역세권 개발, 역사건물 및 관련시설의 건설·관리 등 국유철도사업의 시행에 관하여 출자회사의 설립, 철도재산에 대한 점용허가, 시설물의 국가귀속 등을 내용으로 한 법으로 1995년부터 시행되다가 2003. 12. 31. 한국철도공사법이 제정 되면서 2005. 1. 1.자로 폐지되었다.

(4) 고속철도법은 고속철도건설사업을 효율적으로 추진하는데 필요한 사항을 정하여 고속철도의 건설을 신속하게 이루어지도록 할 목적으로 1996년부터 시행되다가 2004. 12. 31. 철도건설법이 제정되면서 2005. 7. 1.자로 폐지되었다.

마. 판단

(1) 구 조세특례제한법은 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설을 영세율 적용대상으로 하고 있다(제105조 제3호의2).

민간투자법은 사회간접자본시설에 대한 민간의 투자를 촉진하여 창의적이고 효율적인 사회간접자본시설의 확충·운영을 도모함으로써 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 하며(제1조), 국가 또는 지방자치단체는 민간투자를 촉진하기 위하여 조세특례제한법 또는 지방세법이 정하는 바에 의하여 조세를 감면할 수 있는데(제57조), 구 조세특례제한법의 취지는 민간투자법에 의한 사업시행자가 시행하는 사회간접자본시설의 공급에 대하여 부가가치세 부담을 완화함으로써 민간투자사업을 활성화하려는 것인지 사회간접자본시설에 해당하는 시설을 공급하는 모든 경우에 영세율을 적용하려는 취지는 아닌 것으로 보인다.

(2) 구 조세특례제한법에 의한 영세율 적용대상이 되기 위해서는 "민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 " 국가나 지방자치단체에 공급하는 사회 간접자본시설이어야 하는데, 민간투자법 제4조 제1호는 "사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정 기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식"이라고 규정하고 있다.

이 사건 사업협약 제12조, 제13조, 고속철도법 제15조, 국유철도법 제26조의 규정에 의하면, 원고가 ○○역사 역무시설을 기부채납한 것은 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가에 귀속되고 원고에게 일정 기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식에 의한 것으로 일응 그 방식만으로 보면 위 규정에 해당하는 것으로 보이나, 민간투자법 제4조 제1호의 규정은 민간투자법이 정한 "사업시행자"(제2조 제7호)의 개념을 전제로 하고 있으므로, 이와 같은 법문의 해석상 기부채납방식으로 공급하는 모든 경우가 이에 해당하는 것이 아니라 민간투자법이 정한 "사업시행자"가 공급하는 경우에 한하여 영세율이 적용되어야 할 것이다.

(3) 원고는 이 사건 민자역사사업 시행자로 지정될 당시의 민간투자법에서는 철도시설을 사회간접자본시설로 규정하고 있지 않았기 때문에 민간투자법이 아닌 고속철도법에 의하여 사업시행을 하였을 뿐, 민간투자법과 고속철도법에 정한 사업시행방식은 완전히 동일하므로 고속철도법에 의하여 건설한 ○○역사 역무시설은 민간투자법에 정한 철도시설과 같이 보아 영세율 적용대상이 된다고 주장한다.

그러나, 고속철도법 제4조 제1항, 제2항은, 고속철도건설사업은 국가 또는 한국고속철도건설공단이 시행하는 것을 원칙으로 하되 민간투자법에 의하여 고속철도를 건설하는 경우에는 그 법에서 정하는 자가 시행하고, 건설교통부장관은 고속철도건설사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요한 경우 그 사업의 일부를 그밖의 행정기관 · 정부투자기관 등으로 하여금 시행하게 할 수 있다고 규정하고, 제15조 제3항은 사업시행자가 민간투자법에 의한 민간투자사업의 시행자인 경우 고속철도건설사업으로 설치되는 시설의 귀속에 관하여는 민간투자법이 정하는 바에 의한다고 규정하여, 고속철도법에 의한 건설과 민간투자법에 의한 건설을 구분하여 놓고 있는 점, 고속철도법이 폐지된 계기는 철도, 고속철도 등 철도시설의 건설에 관한 개별법들을 통합하여 철도건설법을 제정함으로 인한 것인데, 철도건설법 제8조 제1항, 제2항, 제17조 제3항은 여전히 고속 철도법에서와 같이 철도건설법에 의한 건설과 민간투자법에 의한 건설을 구분하여 놓고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 민자역사사업은 고속철도법이라는 별개의 법률에 근거하여 행해진 것이어서, 그 일부인 ○○역사 역무시설은 민간투자법에 의하여 건설된 사회간접자본시설이라고 할 수 없다.

(4) 위에서 본 여러 가지 점을 종합하여 볼 때, 구 조세특례제한법 제105조 제3호의2가 정한 영세율은 '민간투자법에 의한 사업시행자가 동법에 의한 방식으로 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설'에 대하여서만 적용된다고 할 것이므로, 민간투자법에 의한 사업시행자가 아닌 원고가 고속철도법에 근거하여 한 ○○역사 역무시설의 공급이 위 조항이 정한 영세율의 적용대상에 해당하지 않는다고 보고 한 이 사건 거부처분은 적법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.