가. 청구인은 1989.3.29. 취득한 OOO 1682 OOO아파트 5동 205호(이하 “구주택”이라 한다)를 재건축함에 따라 2003.5.10. OOO 1682 OOO아파트 110동 504호(이하 “신축주택”이라 한다)을 취득하였으며, 이를 2006.3.15. 양도한 후 2006년 3월 「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 감면하는 것으로 양도소득세를 예정신고하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3 규정을 적용함에 있어, 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하고 「조세특례제한법 시행령」제40조제1항에 따라 계산한 결과 신축주택에 대한 감면세액은 없는 것(0원)으로 보아 감면신고한 세액OOO,OOO,OOO원을 부인하여 2012.5.17.청구인에게2006년 귀속 양도소득세OOO,OOO,OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 종전에는 신축주택 양도에 따른 양도소득금액 전액을 감면으로 보았다가 새로운 행정해석(재산-227, 2009.1.20.)에 따라 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세하였으나, 2006년도에 양도한 이 건 주택에 대하여 2009년의 새로운 행정해석을 적용하여 과세한 처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙을 위배하였으므로 가산세를 포함한 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면소득 계산시 같은 법 시행령 제40조 제1항을 적용하여 계산하는 경우는 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과하여 양도함으로써 5년간 발생한 양도소득금액이 불분명할 때 예외적으로 안분계산의 방법으로 계산하라는 것이지 이 건 주택과 같이 신축으로부터 5년 이내에 양도하여 신축주택의 양도소득금액이 분명한 경우에도 동 규정을 적용하여 과세한 처분은 실지귀속 우선적용의 원칙에 위배되어 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면은 주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택의 취득 이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면해 주는 것으로 해석하는 것이 타당하므로 구주택을 취득하여 멸실하고 재건축에 의한 신축주택을 취득한 경우 신축한 주택의 5년내 양도소득금액에 대하여만 감면하고, 구주택 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과후의 양도소득금액은 감면배제하는 것이 타당하므로 양도소득금액 전액에 대하여 감면하지 않았다 하여 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙을 위배하였다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의3에 신축주택의 감면대상 소득금액 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세 감면)의 계산규정을 준용하도록 규정되어 있으므로 구주택과 신축주택의 양도소득금액을 기준시가에 의하여 안분계산하는 방법으로 신축주택의 양도소득금액을 계산하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면소득 계산시 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 처분(가산세 포함)이 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙을 위배하였는지 여부

② 신축하여 5년 이내에 양도하는 주택은 신축주택의 양도소득이 분명하여 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에 따라 안분계산하는 것이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2001.8.14. 법률 제6501호로 개정된 것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도소득금액 ×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의기준시가) / (양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

청구인은신축주택 양도에 따른 양도소득금액 전액을 감면하지 않은 이 건 처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙을 위배하였다고 주장하나, 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면은 주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택의 취득 이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면해 주는 것으로 해석하는 것이타당해 보이므로 구주택 취득일로부터양도소득금액 전액에 대하여 감면하지 않았다 하여 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙을 위배하였다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(대법원 2007두9884, 2007.10.26. 같은 뜻임).

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

청구인은 5년 이내에 양도한 신축주택의 양도소득금액은 분명하므로 안분계산하여 과세한 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 쟁점①에서 보는 바와 같이 신축주택에 대한 감면소득금액은 주택의 전체 보유기간의 양도소득금액 중에서 구주택에 대한 양도소득금액을 차감한 금액으로 하여야 할 것인 바, 재건축에 의하여 취득한 신축주택은 매매 등에 의하여 취득가액이 확인된 것으로 보기 어려우므로 신축주택의 양도소득금액이 분명하다는 전제하에서 안분계산에 의한 이 건 처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.