가. 원고는 이동통신용역의 가입자(이하 ‘가입자’라 한다)에게 이동통신용역을 제공하고 이동통신 단말장치(이하 ‘단말기’라 한다)를 판매하는 이동통신사업자로서, 2009년 2기의 과세기간 동안에 이동통신용역과 관련된 업무를 대행하는 대리점 사업자(이하 ‘대리점’이라 한다)에게 단말기를 판매하면서 그 출고가격 전액을 공급가액으로 하여 별지 1 목록 ‘신고세액’란 각 기재와 같이 부가가치세를 신고납부하였다.

나. 그런데 2006. 3. 24. 법률 제7916호로 개정된 전기통신사업법 제36조의4 제1항에 의하여 이동통신용역의 이용기간이 연속하여 18개월 이상인 이용자에 대한 단말기의 할인 판매, 현금지급, 가입비의 보조 등의 방법에 의한 단말기 구입비용의 지원이 허용되자, 원고는 2009년 2기의 과세기간 동안에 아래와 같은 방식에 의하여 일정한 기간 동안 이동통신용역을 이용하기로 약정한 가입자에게 단말기 구입 보조금(이하 ‘이 사건 보조금’이라 한다)을 지원하고, 이러한 가입자에게 공급된 단말기에 대해서는 대리점으로부터 그 단말기의 출고가격에서 이 사건 보조금을 제외한 나머지 금액만을 대금으로 받았다.

1) 원고와 대리점은 원고가 대리점에 공급하는 단말기를 포함한 물품의 공급가격에 대하여 원고가 정한 출고가격을 기준으로 하되, 시장여건 등에 따라 공급가격을 상호 협의하여 변경할 수 있도록 약정하였다(위탁대리점계약서 제21조) 2) 원고는 가입자가 일정 기간 이동통신용역을 이용하는 것을 조건으로 개통이력이 없는 새로운 단말기를 대상으로 하여 보조금을 지원하되, 그 보조금은 약관보조금 지급표, 쇼킹스폰서 신청서 등을 통하여 단말기 가격을 할인하는 방식으로...

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