가. 피고가 2012. 3. 5. 원고에 대하여 한 2009년 1기분 부가가치세 550,028,350원의 부과처분，2009년 2기분 부가가치세 475,114,640원의 부과처분 중 269,633,815원 을 초과하는 부분 및 2010년 2기분 부가가치세 257,243,290원의 부과처분 중 248,126,518원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

2. 소송총비용 중 50%는 원고가，나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2012. 3. 5. 원고에 대하여 한 2008년 2기분 부가가치세 58,868,790원，2009년 1기분 부가가치세 550,028,350원， 2009년 2기분 부가가치세 475,114,640^, 2010년 1기 분 부가가치세 17,618,950원，2010년 2기분 부가가치세 257,243,290원의 각 부과처분을 모두 취소한다(그 중 2010년 1기분 부가가치세 17,618,950원의 부과처분의 취소를 구하는 부분의 소는 제1심에서 각하되었는데，이에 대하여는 아래에서 보듯이 원고가 항소를 하 지 아니하여 이 법원의 심판범위에서 제외되었다).

2. 항소취지 가. 원고

제1심 판결 중 2010년 1기분 부가가치세 17,618,950원 부과처분에 대한 부분을 제 외한 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2012. 3. 5. 원고에 대하여 한 2008년 2기분 부가가치세 58,868,790원，2009년 2기분 부가가치세 475,114,640원 중 269,633,815원 부분, 2010년 2기분 부가가치세 257,243,290원 중 10,059,8이원 부분의 각 부과처분을 모두 취소한다.

나. 피고

제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고，그 부분에 해당하는 원고의 청구를 모 두 기각한다.

이 법원의 판결 이유 중 nl. 처분의 경위，2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 가. 당사 자들의 주장，나. 관계법령，다. 판단 (1)，(2) (가)，(나) 부분은 아래와 같이 고치거나 추가하는 부분을 제외하고는 제1심 판결 해당 부분(2쪽 10째 줄부터 14쪽 마지막 줄까 지，앞서 보았듯이 소 각하 부분은 심판범위에서 제외되었다)과 같다. 행정소송법 제8 조 제2항，민사소송법 제420조 본문에 따라 해당 부분을 인용한다.

O 2쪽 11째 줄 및 14째 줄의 ''최상골드메탈은'|을 원고는 으로 각 고친다.

O 3쪽 13째 줄 ''[표 1]'' 다음에 (단위: 원，이하 표에서 같다)''를 추가한다.

O 4쪽 1. 마항을 아래와 같이 고친다.

원고는 이 사건 소송계속 중인 2013. 1. 23. 수원지방법원으로부터 회생절차개시 결정을 받았고，원고의 대표자 구GG가 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제74조 제4 항에 의하여 관리인으로 간주되어 이 사건 소송절차를 수계하였다. 이후 원고는 2013.

II. 7. 위 법원으로부터 회생절차 폐지결정을 받은 다음 이 사건 소송절차를 수계하였 다.

O 4쪽 (인정근거)에 갑 제80호증''을 추가한다.

O 9쪽 아래에서 7째 줄 다음에 아래 내용을 추가한다.

나아가 원고는 이 사건 각 처분 중 2008년 2기 세금계산서(BB자원 거래분)， 2009년 2기 세금계산서 중 2009. 9. 29.자 AA자원 거래분，2009. 8. 28.부터 2009. 9. 30.까지 CC자원 거래분에 대한 부분도 중복 세무조사에 기초하여 이루어진 것으로 위법하다고 주장한다. 그러나 2차 세무조사대상에 포함되었던 AA자원，CC자원 거래 분은 종전 세무조사에서 조사대상이 아니었던 점(을 제6, 16호증)，종전 세무조사 당시 조사 대상이었던 2008년 2기 BB자원 거래분이 실질적으로 2차 세무조사 대상에 포 함되었다고 볼 자료가 없는 점 등에 비추어 보면，이 부분 원고 주장은 받아들일 수 없다.

2. 이 법원의 추가 판단 부분

제1심 판결 15쪽 첫째 줄부터 20쪽 [표2]까지[다. 판단 (2) (다)，(3)，⑷]를 아래와 같이 수정하여 추가로 판단한다.

(다) 다음으로 원고가 이 사건 거래처 중 DD코리아로부터 교부받은 세금계산서 에 관하여 본다.

살피건대，을 제15, 48 내지 88호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면，원고가 DD코리아로부터 교부받 은 세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다고 봄이 옳다. 원고가 제출한 증거(갑 제71 내지 75, 78호증 등)만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

① DD코리아는 2002. 8. 23 화장품，골프용품 등의 수입 후 실적 부진으로 사실상 휴업상태에 있던 중，2010. 3. 23. 비철，고철 도매업으로 법 인 목적이 추가변경되었고, 사업장 및 대표자도 변경되었다.

② 서울지방국세청장은 DD코리아의 매출액이 2010년 1기분 19억 7,000만 원에서 2기분에 344억 5,000만 원으로 급증하여 자료상의 전형적인 거래형태를 보이자 세무조사에 착수하였고，그 결과 DD코리아의 매입처는 대부분 매입액 없이 매출세금계 산서만 신고하였거나，실제 사업을 영위하지 않았거나，전단계 매입처가 자료상으로 고 발되었거나，업체대표가 비철금속도매업을 영위할 능력이 없는 것을 확안한 다음 DD 코리아의 2010년 2기분 매입분을 가공거래로 확정하고 DD코리아를 자료상으로 고발 하였다.

③ DD코리아의 금융거래내역을 보면，다른 자료상처럼 특정금융거쾌 보고를 회피하기 위하여 거래대금을 2,000만 원 미만 단위로 이체，출금하는 형태를 보이지는 않으나，매출처로부터 구매자금을 먼저 입금받은 후 당일 대부분의 금액을 매입처로 이체하였고(이는 폐동을 먼저 확보한 뒤 매출처를 물색하는 일반적인 거래흐름과 맞지 않는 것으로 보인다)，나아가 세금계산서상 청구금액과 입출금 금액이 대부분 일치하지 않을 뿐만 아니라 수천만 원 내지 1억 원씩 정액으로 전액 현금으로 입출금되는 경 우가 많아 정상적인 업체의 금융거래형태로 보기 어렵다.

④ DD코리아의 대표자 김EE은 비철금속 관련 경력이 전혀 없는 국외이주자로，소득과 신용상태로 보아 상당한 사업자금이 필요한 폐동 도매업을 운영할 만한 자금능력은 없는 상태였다. 김EE은 세무조사 당시 DD코리아 영업과 관련하여 영업이사 최FF이 거래처 확보，매입•매출 거래를 실제 담당하였으며 자신은 세금계산서 발 행 및 수취，대금지급과 수금 등의 업무만 맡았다고 진술한 반면，원고의 대표자 구GG는 DD코리아와 매입거래를 할 때 김EE으로부터 물건을 직접 받았다고 진술하였 다. 이와 같이 두 사람의 진술이 모순될 뿐 아니라 여기서 말하는 최FF은 주식회사 HH산업을 설립하여 폐동 도매업을 직접 운영하고 있는 자이기도 하다.

⑤ DD코리아가 2010. 3. 사업장，대표자가 변경되고 업종이 추가된 이후 얼마 지나지 않는 기간 동안 고액의 매출세금계산서를 발급한 반면(2010년 제2기분 부가가 치세 신고를 함에 있어서 매출액으로 34,451，000,000원을 신고)，매입처토 신고된 곳 대부분이 자료상으로 판명되었다.

⑥ 위와 같이 DD코리아의 설립 경위와 운영 실태，매입처의 현황，금융거래내 역，그 밖에 세무조사 결과 밝혀진 사실관계 등 여러 사정에 비추어 보멱，DD코리아가 인터넷에 폐동 매입，판매 등을 광고한 바 있고 사업장을 보유하였다는 등의 사정 이 있다고 하더라도，DD코리아는 실제 폐동 거래 없이 가공 세금계산서를 발행해 준 이른바 자료상으로서，원고가 DD 코리아로부터 교부받은 세금계산서는 공급자가 사실 과 다른 세금계산서로 보는 것이 타당하다.

(라) 나아가 원고가 이 사건 거래처 중 III철강으로부터 교부받은 세금계산서 에 관하여 본다. 갑 제58 내지 64호증，을 제14호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면，위 증거후만으로는 원고가 III철강으로부터 교부 받은 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 이 부분 원고 주장은 이유 있다.

① 대구지방국세청장은 III철강이 이른바 ' 폭탄업체'로부터 매입세금계산서를 수취하여 탈세 등을 하였다는 혐의가 있음을 이유로 조사에 착수하였고，조사 결과 원고가 III철강으로부터 교부받은 2010년 2기분 세금계산서 177，103,000원 중 52,986,000원 상당을 허위세금계산서로 확정하였다. III철강의 2010년 2기분 매입 세금계산서 합계는 7,043,000,000원 상당이고 그 중 가공거래로 확정한 금액은 6,521，000,000원이어서 실제 거래로 인정된 세금계산서만 해도 약 5억원에 달하는데， 원고에 대하여 허위세금계산서로 확정한 금액은 5,300만 원 정도에 불과하므로，원고 가 III철강으로부터 교부 받은 세금계산서가 허위 세금계산서라고 단정하기 어렵다.

② 앞서 본 다른 자료상의 경우와 달리，III철강은 2006. 6. 개업하여 소규모 고동 도매업을 영위하는 법인으로 집게차(5톤，1대)，용광로(3점)，탈피기(1 대)，분쇄기 (1 대)，소각기(1 대)，계근대(2대)를 갖추고 종업원 3명을 고용하여 매입한 고동을 제련 업체 및 대규모 도매상에 납품하고 있다.

③ III철강의 날짜별 매입량과 매출량이 일치하지 않고，원고측 차량으로 III철강으로부터 매입한 폐동을 운반하였다는 이유만으로 III철강이원고에게 폐 동을 실제 공급하지 않았다고 단정할 수 없다.

(3) 원고가 선의 •무과실인지 여부

(가) 사업자가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서를 교부 받은 경우에는 원칙적으로 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으나，사업자가 그 러한 세금계산서를 교부받았다고 하더라도 그 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알 지 못한 데에 과실이 없는 등의 특별한 사정이 있다면 그 매입세액을 매출세액에서 공제 내지 환급받을 수 있으며, 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다 는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 증명하여야 한다(대p원 2013. 7. 25. 선고 2013두6527 판결 등 참조).

(나) 원고가 BB자원，JJ상사，CC자원，AA자원，KK비철，DD코리아로부터 교부받은 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없는지 여부에 관하여 살피건대，갑 제5 내지 12, 21，22, 25 내지 52, 65 내지 70, 72, 73호 증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면，원고가 위 각 거,처로부터 사 업자등록증 신분증 사본과 대표자의 명함 등을 교부받았고，매입 거래시 계량표 및 세금계산서를 교부받은 후 거래대금을 위 각 거래처 대표자 명의의 통창으로 송금한 사실을 인정할 수 있으나，위 인정사실만으로는 원고가 위 각 거래처로부터 폐동을 매 입하면서 위 각 거래처가 발행한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서래는 사실을 알 지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없음을 인정하기에 부족하고，이 법원의 한국동스크랩유통업협동조합에 대한 사실조회 결과는 믿기 어려우며，달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 앞서 본 인정사실과 증거，을 제66, 67, 71, 76호증의 각 기재에 변론 전체 의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면，원고는 위 각 거래처 가 세금계산서상의 공급자가 아님을 알고 있었거나 또는 명의상 공급자에 불과한지에 대하여 의심을 할 만한 충분한 사정이 있었음에도 이를 조사하지 않은 과실이 있다고 봄이 옳다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

① KK비철을 제외한 위 각 거래처는 원고와 거래를 개시하기 얼마] 전에야 사업 자등록을 하였거나 비철금속 도매업을 사업목적에 추가한 신생업체들이 사업장을 제대로 갖추지 않아 원고가 위 각 거래처의 사업장을 직접 방문하여 계근대，야적장， 운송차량 등 기본설비를 갖추고 있는지를 확인하였다면 위 거래처들이 교부한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 쉽게 알 수 있었을 것이다. 또한 원고가 BB자원 및 JJ상사로부터 교부받은 명함에는 모두 같은 전화번호와 팩스번호가 기재되어 있 는 점(갑 제5호증의 4, 갑 제40호증의 3)，원고가 CC자원으로부터 교부받은 사업자등록증과 명함에 기재된 사업장소재지가 다른 점(갑 제32호증의 1，3) 등에 비추어 보면， 위장 및 가공거래 가능성이 큰 고철 폐자원 업계에 종사하는 원고로서는 위 각 거래처 가 실제 공급자가 아닐지도 모른다고 의심할 만한 충분한 사정이 있었다.

② 원고의 대표자 구GG는 2006. 5. 11. 원고의 개업 이후 BB자]원，JJ상사， CC자원，AA자원，KK비철，DD코리아와 거래하기 전까지 약 2년 이| 폐동 등 고 철 도소매업을 영위하면서 얻은 경험 등을 통해 폐동의 공급구조，유통구로，거래형태 및 자료상의 실태와 그 위험성에 대하여 잘 알고 있었을 것으로 보인다.

③ 구GG는 주식회사 LL메탈(이하 'LL메탈'이라고 한다)을 실칠적으로 운영하면서 폭탄업체를 낀 폐동 거래를 주도한 혐의로 기소되어 제1심인 수원지방법원 평택지원[2013고합150, 2014고합41(병합)]에서 2014. 10. 24. 유죄판결을 선고받은 후 항 소심 재판을 받고 있다. 그리고 원고의 직원이었던 박MM은 LL메탈에 무자료 폐동 을 판매하였고，폭탄업체 사장 박NN이 LL메탈의 허위 거래처에 입금된 돈을 현금으로 인출하는 데 동행하였다.

④ 구GG는 세무조사 과정에서 외삼촌 안OO가 DD코리아 직원으로 근무하던 중 소개를 받아 DD코리아와 거래를 시작하였다고 진술하였는데，안PP는 LL메탈의 위 폭탄업체를 낀 폐동 거래에 조직적으로 가담하였다.

(다) 따라서 원고가 BB자원，JJ상사，CC자원，AA자원，KK비철，DD코리아 로부터 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당함을 이유로 한 피고의 이 사건 각 처분 중 해당 부가가치세 부과처분은 적법하다.

(4) 소결론

그렇다면 이 사건 각 처분 중 ① 중복세무조사에 기초한 2009년 1기분 부가가치 세 부과처분은 위법하고，② 중복세무조사에 기초한 2009년 2기분 부가가치세 부과처 분 중 중복세무조사에 해당하는 2009. 7. 1.부터 2009. 9. 30.까지의 기객 동안 JJ상 사로부터 교부받은 세금계산서 공급가액 합계 474,607,650원 및 RR상사로부터 교부 받은 세금계산서 공급가액 합계 647,627,000원 부분과 ③ 2010년 2기분 |•가가치세 부 과처분 중 사실과 다른 세금계산서라고 보기 어려운 III철강으로부터 교부받은 세 금계산서 부분은 위법하다고 판단된다. 이에 따라 앞서 본 [표 1]의 세금치산서 합계액 중 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 적법하게 경정처분의 대상이 되는] 부분은 아래[표 2]와 같고，그에 대한 정당한 세액은 별지 부과내역표 기재와 같다.

[표 2]

매입처

2008. 2기

2009. 1기

2009. 2기

2010. 1기

2010. 2기

BB자원

303,510,000

CC상사

72,721,350

RR상사

CC자원

882,810,000

AA자원

518,348,000

VV메탈

소 각하

KK비철

59,218,000

III철강

DD코리아

1,382,875,000

합계

303,510,000

0

1,473,879,350

1,442,093,000