원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고 회사가 1986.4.1.-1987.3.31. 사업연도의 법인세과세표준 및 세액신고를 앞두고 조세감면규제법 제13조 제1항 , 제2항 , 제5항 에 따라 중소기업투자준비금을 설정하여 손금산입할 수 있는지 여부가 불명하여 1987.5.22. 세무사를 통하여 국세청장에게 질의를 하였으나 검토중이라는 회신이 있을 뿐이어서 신고기한이 임박하여 그해 6.29 중소기업에 해당하는 것으로 보아 조세감면규제법에 의한 중소기업투자준비금 5억원을 설정하여 손금에 산입한 법인세과세표준 및 세액신고를 하였는데, 그후 8.3. 국세청장으로부터 원고가 위 사업연도에 있어서는 중소기업에 해당하지 아니한다는 내용의 회신을 받고 그해 12.28 앞서 손금산입하였던 위 투자준비금 5억원을 손금불산입, 익금가산하는 수정신고를 한 사실을 인정한다음, 위 사실에 비추어 보면 원고가 조세포탈을 위하여 고의로 사실을 은폐하거나 허위로 계상하여 과소신고 하였다고 보여지지 아니하고, 중가산세가 지니는 행정벌적인 성질에 비추어 보아도 이와 같은 경우에는 법인세법시행령 제113조 제1항 제9호 에 의한 일반과소신고가산세 대상이 되는데 불과하고 중가산세 대상은 될 수 없다고 봄이 상당하며, 나아가 일반과소신고가산세의 대상이라면 원고가 그에 관한 과세표준수정신고서를 제출하였으므로 국세기본법 제49조 에 의하여 위 과소신고로 인하여 부과할 일반과소신고가산세는 면제된다 할 것이어서 이사건 중과소신고가산세의 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 판시하고 있다.

그러나 법인세법 제41조 제1항 제2호 와 같은법시행령 제113조 에 의하면 법인의 과소신고 소득이 같은법시행령 제113조 제1항 각호 에 해당하는 경우에는 신고하여야 할 과세표준금액에 미달한 금액에 해당하는 산출세액의 10/100에 해당하는 일반과소신고 가산세를 위 각호의 사유에 해당하지 아니하거나 해당한다 하더라도 그것이 허위로 계상된 때에는 30/100에 해당하는 중과소신고가산세를 부과하도록 하고 있는 바, 원심이 확정한 바와 같이 원고 회사가 중소기업기본법이나 조세감면규제법에 정한 중소기업에 해당하지 아니하여 중소기업투자 준비금을 설정할 수 없는데도 중소기업투자준비금 명목으로 5억원을 설정하여 손금에 산입하여 법인세과세표준 및 세액신고를 한 것이라면 위 과소신고소득금액은 위 시행령 제113조 제1항 각호 에 게기하는 금액에 해당하지 아니함이 명백하므로 이는 중과소신고가산세의 과세대상이 된다고 할 것이다.

원심이 원고의 원판시 과소신고소득금액이 일반과소신고가산세의 과세대상이라고 인정한 것은 과소신고가산세의 과세대상에 대한 법리오해의 위법이 있다 할 것이므로 논지는 이유있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.