2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2006. 1. 9.부터 경기 양평군 XX면 XX리에서 'XX주유소'라는 상호로 유류 도 ・ 소매업을 영위하다가 2007. 1. 17. 사업장을 화성시 OO면 OO리 220-3으로 이전하고 상호를 'OO주유소'로 변경하였고, 2008. 10. 21. 다시 사업장을 인천 서구 AA동 602-77로 이전하고 상호를 '□□주유소'로 상호로 변경하여 유류 도 ・ 소매업을 영위하여 왔다.

나. 원고는 ① 2008년 제1기 부가가치세 과세기간에 ◇◇에너지 주식회사(이하 '◇◇에너지'라 한다)로부터 공급가액 합계 95,545,455원 상당의 세금계산서 3장을, 주식회사 △△에너지(이하 '△△에너지'라 한다)로부터 공급가액 합계 65,072,728원 상당의 세금계산서 3장을 각 교부받아, 위 공급가액을 매입세액에 포함하여 부가가치세를 신고 하고, ② 2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 ◇◇에너지로부터 공급가액 합계 290,090,909원 상당의 세금계산서 7장을, ③ 2009년 제1기 부가가치세 과세기간에 ▽▽오일 주식회사(이하 '▽▽오일'이라 한다)로부터 공급가액 합계 103,081,819원인 세금계산서 5장을 각 교부받아 위 각 공급가액을 매입세액에 포함하여 부가가치세를 신고하였다.

다. 피고는 원고가 유류 실물 매입은 하였으나 위 각 세금계산서(이하 '이 사건 세금 계산서'라 한다)상의 공급하는 자와 실제 유류를 공급한 자가 상이한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로, 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여, 2010. 1. 1. 2008년 제1기분 부가가치세 16,792,020원, 2008년 제2기분 부가가치세 11,077,190원을, 2010. 5. 3. 2008년 제2기분 부가가치세 50,165,260원, 2009년 제1기분 부가가치세 17,266,060원을 각 경정 ・ 고지하고(이하 '이 사건 부가가치세 부과처분' 이라 한다), 소득세법상 증빙불비 가산세를 적용하여 2008년 귀속 종합소득세 8,702,700원을 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 소득세 부과처분'이라 한다).

라. 원고는 2010. 2. 2. 이의신청을 거쳐 2010. 5. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2010. 12. 24. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 을 제9호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ◇◇에너지, △△에너지, ▽▽오일(이하 '이 사건 매입처들'이라 한다)로부터 실제로 유류를 공급받고 매입대금을 송금하여 정상적으로 거래를 하였으므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니고, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 원고는 이 사건 매입처들과 거래를 하면서 △△에너지의 법인인감증명서, 영업부장의 명함, ▽▽오일의 법인인감증명서, 사업자등록증, 석유판매업등록증 등을 교부받아 확인하였으며, 거래 당시 이 사건 매입처들의 법인 계좌로 직접 유류대금을 송금하고 이 사건 매입처들로부터 거래명세표, 출하전표, 거래사실확인서, 이 사건 세금계산서를 수취하는 등 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금 계산서라는 것을 알지 못한 데 아무런 과실이 없었으므로, 이 사건 부가가치세 및 소득세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 관하여

(가) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

부가가치세법상 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다.

이 사건을 보건대, 을 제2 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합 하면, ① 이 사건 매입처들은 전체 매입 ・ 매출의 약 99.5 내지 99.9%를 가공으로 매입 ・ 매출하는 등 실제 유류 거래 없이 가공 세금계산서만을 발행하는 소위 '자료상'으로 확인된 사실, ② ◇◇에너지, △△에너지는 임차한 유류 저장 시설과 수송 장비 등을 한 번도 사용한 사실이 없고, ▽▽오일의 석유판매업등록증에는 저유소를 19개 보유하고 있는 것으로 나타나 있으나, 실제로 ▽▽오일은 저유소 등 유류저장시설을 보유하고 있지 않은 사실, ③ 무자료 유통업자들이 주유소에 유류를 공급하면 세금계산서와 출하전표 등의 명의만을 이 사건 매입처들로 하여 주유소에 발행하여 주고, 이 사건 매입처들 명의의 법인계좌로 유류대금이 입금되면 세금계산서 발행 수수료 명목의 금액을 뺀 나머지가 이 사건 매입처들보다 상위 '자료상'에게 송금되거나 현금으로 인출된 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 이 사건 매입처들이 매입한 유류가 거의 없는 상황에서 원고에게 실제로 유류를 공급하였다고 보기는 어려운 점 등을 종합하면, 이 사건 매입처들은 원고에게 실제 유류 거래 없이 가공 세금계산서만을 발행한 것이고 원고의 이 사건 세금계산서상 유류의 실제 매입처는 이 사건 매입처가 아닌 제3자라고 봄이 타당하므로, 이 사건 세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 기재되어 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

(나) 원고가 선의・무과실인지 여부

실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금 계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277판결 등 참조).

원고가 이 사건 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없는지 여부에 관하여 살피건대, 갑 제2 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 앞서 본 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고는 2006. 1. 9.경부터 석유류 도 ・ 소매업을 영위하여 왔으므로, 그동안의 경험을 통해 유류 공급의 정상적인 구조와 유통 경로, 업계의 일반적 거래 형태나 방식 및 유류업계에 널리 퍼진 자료상 거래의 실태와 위험성에 관하여 알고 있었던 점, ② 저유소는 유류 출하시 '출하일시', '출하지', '도착지' 등이 기재된 저유소 발행 출하전표 4장을 발행 하여 2장은 보관하고 나머지 2장을 유류를 운송하는 기사에게 주어 도착지 회사의 확인을 받아 제출하도록 하고 이에 따라 운송비를 지급하므로, 유류를 수령한 주유소 등은 운송 기사가 건네주는 출하전표에 기재된 '출하일시'와 '출하장소'에 근거하여 출하장소부터 도착지까지 예상 운송소요시간과 실제 운송소요시간을 비교하는 등의 방법으로 유류의 정품 여부를 확인하게 되는 점에서 저유소 발행 출하전표는 유류 거래에서 없어서는 안 될 중요한 증빙 서류인데, 원고는 저유소 발행 출하전표를 확인하지 아니한 채 이 사건 매입처가 교부한 거래명세표(출하전표)만을 수령한 점, ③ 원고가 이 사건 세금계산서와 관련하여 가지고 있는 거래명세표(출하전표)는 통상의 정유사 발행의 출하전표와 그 형식이 다르고, 유류의 온도 ・ 밀도가 모두 동일하게 기재되어 있거나 기재되어 있지 않으며, 인수자 서명 등이 누락되어 있는 점(정상적인 출하전표에는 석유제품의 온도에 따라 이후 부피에 증감이 있기 때문에 출하일시, 출하당시의 온도 등이 반드시 기재되어 있다) 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 매입처들이 실제로 이 사건 유류를 공급하는 자가 아니라는 사실을 알았거나 알지 못한 데에 과실이 있다고 봄이 타당하다.

(다) 소결

따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 원고가 그와 같이 교부받은 세금계산서가 제대로 기재된 것이라고 믿은 데에 선의・무과실이라는 사정을 인정하기에 부족하므로, 피고의 원고에 대한 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

(2) 이 사건 소득세 부과처분에 관하여

구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제4항은 사업자가 사업과 관련하여 다른 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 같은 법 제160조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액(증빙불비가산세)을 결정세액에 가산하여 징수하도록 규정하고 있는데, 그 취지는 사업자의 경비지출내용의 투명성을 제고함과 아울러 거래상대방 사업자의 과세표준 양성화를 유도하기 위한 것으로서, 과세표준 양성화 대상이 되는 거래상대방 사업자에게 성실신고의무를 부과하는 것만으로는 이러한 입법목적 달성에 어려움이 있으므로, 재화나 용역을 공급받는 사업자에게 경비 등의 지출증빙서류를 수취하도록 하고 그 의무위반에 대하여 그 수취하지 아니한 금액의 일정비율에 상당한 금액을 추가하여 납부하도록 제재하는 것에 있다.

이 사건을 보건대, 앞에서 인정한 바와 같이, 원고가 이 사건 세금계산서상 유류를 이 사건 매입처들이 아닌 제3의 거래처로부터 공급받았음에도 불구하고, 이 사건 매입처들로부터 공급받은 것처럼 사실과 다른 세금계산서를 받았을 뿐, 실제 공급처로부터는 각 세금계산서 등 증빙서류를 전혀 받지 아니하였으므로, 피고가 이를 이유로 구 소득세법 제81조 제4항의 가산세 규정을 적용하여 종합소득세를 경정 ・ 고지한 것은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.