가. 처분청은 OOOOO OOO OOOO OOO OOOOO OOO OOOO와 서울특별시 OOO OOO OOOOOO 다가구주택(12호, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 보유하고 있는 청구인에게 2008.11.20. 종합부동산세 10,166,700원을 결정·고지하였다가 2009.1.20. 과세표준 적용비율을 100분의 90에서 100분의 80으로 하향조정하여 종합부동산세 1,374,000원을 감액경정하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.6. 이의신청을 거쳐 2009.3.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 면세사업자로 등록하였고 쟁점주택에 대하여 임대주택 합산배제신고 혜택을 받아 묵시적으로 1세대 1주택자로 인정받았으며 처분청은 이에 대하여 종합부동산세를 부과하였다가 환급결정시 쟁점주택을 다시 청구인의 주택수에 포함시켜 1세대 1주택자에 대한 세액공제를 배제하였는 바, 이는 종합부동산세의 부과기준과 환급기준을 이중적으로 적용한 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

임대주택에 대한 합산배제는 「종합부동산세법」제8조의 규정에 근거한 것이고, 1세대 1주택자에 대한 2008년 귀속 종합부동산세 환급은 같은 법 제9조의 규정에 의한 것이며, 「종합부동산세법 시행령」 제2조의3에서는 세대원중 1명만이 주택분 재산세 과세대상인 1주택만을 소유한 경우에 그 주택소유자를 1주택자라고 규정하고 있는 바, 청구인은 주택분 재산세 과세대상 주택을 2개 이상 소유하고 있는 사실이 확인되므로 1세대 1주택자에 대한 세액공제를 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인을 1세대 1주택자로 보지 아니하고 종합부동산세 세액공제를 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 종합부동산세법

제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액〔과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액〕에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「임대주택법」제2조 제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

제9조【세율 및 세액】⑤ 주택분 종합부동산세 납세의무자가 1세대 1주택자에 해당하는 경우의 주택분 종합부동산세액은 제1항ㆍ제3항 및제4항에 따라 산출된 세액에서 제6항 또는 제7항에 따른 1세대 1주택자에대한 공제액을 공제한 금액으로 한다. 이 경우 제6항과 제7항은 중복하여 적용할 수 있다.

⑥ 과세기준일 현재 만 60세 이상인 1세대 1주택자의 공제액은 제1항ㆍ제3항 및 제4항에 따라 산출된 세액[제8조 제4항에 해당하는 경우에는 제1항ㆍ제3항 및 제4항에 따라 산출된 세액에서 주택의 부속토지(주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우의 그 부속토지를 말한다)분에 해당하는 산출세액(공시가격합계액으로 안분하여 계산한 금액을 말한다)을 제외한 금액]에 다음 <표>에 따른 연령별 공제율을 곱한 금액으로 한다.

<연령별 공제율>

만 60세 이상 65세 미만 : 100분의 10

만 65세 이상 70세 미만 : 100분의 20

만 70세 이상 : 100분의 30

⑦ 1세대 1주택자로서 해당 주택을 과세기준일 현재 5년 이상 보유한자의 공제액은 제1항ㆍ제3항 및 제4항에 따라 산출된 세액[제8조 제4항에해당하는 경우에는 제1항ㆍ제3항 및 제4항에 따라 산출된 세액에서 주택의부속토지(주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우의 그 부속토지를 말한다)분에 해당하는 산출세액(공시가격합계액으로 안분하여 계산한 금액을 말한다)을 제외한 금액]에 다음 <표>에 따른 보유기간별 공제율을 곱한 금액으로 한다.

<보유기간별 공제율>

5년 이상 10년 미만 : 100분의 20

10년 이상 : 100분의 40

(2) 종합부동산세법 시행령

제2조의3【1세대 1주택의 범위】① 법 제8조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택자”란 세대원 중 1명만이 주택분 재산세 과세대상인 1주택만을 소유한 경우로서 그 주택을 소유한 「소득세법」제1조 제1항 제1호에 따른 거주자를 말한다. 이 경우「건축법시행령」별표1 제1호 다목에 따른 다가구주택은 1주택으로 보되, 제3조에 따른 합산배제 임대주택으로 같은 조 제8항에 따라 신고한 경우에는 1세대가 독립하여 구분사용할 수 있도록 구획된 부분을 각각 1주택으로 본다.

제3조【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 「임대주택법」 제2조 제4호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」제168조 또는 「법인세법」제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지 및 제5호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다.

1. 「임대주택법」제2조 제2호에 따른 건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

2. 「임대주택법」제2조 제3호에 따른 매입임대주택(이하 이 조에서 “매입임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우의 그 주택

가. 「주택법」제2조 제3호에 따른 국민주택(이하 “국민주택”이라 한다) 규모 이하로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항에 따른합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것

나. 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

가.국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

② 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 다가구 임대주택”이라 함은 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 「건축법 시행령」별표 1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택(이하이 조에서 “다가구주택”이라 한다) 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 말한다.

③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자로서 「임대주택법 시행령」제6조 제1항의 규정에 따른 등록기준호수에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.

④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다.

⑤ 제1항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택의 수는같은 특별시ㆍ광역시 또는 도에 소재하는 주택별로 각각 합산하여 계산한다.

⑥ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 다가구주택은 「지방세법 시행령」제140조의 규정에 의한 1구를 1호의 주택으로 본다.

(3) 임대주택법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

1. “임대주택”이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입 임대주택을 말한다.

4. “임대사업자”라 함은 국가, 지방자치단체, 대한주택공사, 「지방공기업법」제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사, 제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다.

제6조【임대사업자의 등록】① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을임대하고자 하는 자는 시장, 군수, 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

(4) 임대주택법 시행령

제6조【임대사업자의 범위 및 등록기준】① 법 제6조 제1항에서 “대통령령이정하는 호수”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 호수 또는 세대를 말한다.

1. 건설임대주택의 경우 : 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

2. 매입임대주택의 경우 : 단독주택은 5호, 공동주택은 5세대

(5) 소득세법

제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장 소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOOOO OOO OOOO OOO OOOOO OOO OOOO에 거주하고 있으며, 2008.6.1. 종합부동산세 과세기준일 현재 쟁점주택을 보유하고 있는 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 2008.11.20. 청구인에 대한 2008년 귀속 주택분 종합부동산세 과세표준 산정시 임대주택 합산배제 규정에 의하여 쟁점주택을 과세표준 합산대상에서 제외하여 종합부동산세 10,166,700원을 결정·고지하였다가 개정된「종합부동산세법」및 같은 법 시행령에 의하여 2009.1.20. 과세표준 적용비율을 100분의 90에서 100분의 80으로 하향조정하고 1세대 1주택자에 대한 세액공제를 배제하여 종합부동산세 1,374,000원을 감액경정한 사실이 ‘종합부동산세 개별결정결의 일람표(을)’ 등 처분청의 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 기납부한 종합부동산세는 현재 거주하고 있는 아파트에 대한 보유를 전제로 부과한 것으로, 비록 청구인이 쟁점주택(다가구주택)을 보유하고 있다 하더라도 쟁점주택은 합산대상이 되지 아니하는 임대주택에 해당되므로 1세대 1주택자에게 적용되는 세액공제 규정을 배제한 처분은 부당하다고 주장한다.

(4) 살피건대, 종합부동산세 부과시 임대주택 합산배제는 「종합부동산세법」제8조에 의한 것이고, 1세대 1주택자에 대한 2008년 귀속 종합부동산세 환급은 「종합부동산세법」제9조 및 「종합부동산세법 시행령」제2조의3에 의한 것인 바, 위 규정에 의하면 세대원 중 1명만이 주택분 재산세 과세대상인 1주택만을 소유한 경우에 그 주택 소유자를 1세대 1주택자로 규정하고 있고, 임대주택에 대한 합산배제를 신고한 경우에는 1세대가 독립하여 구분사용할 수 있도록 구획된 부분을 각각 1주택으로 보도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 주택분 재산세 과세대상인 주택을 2개 이상 소유한 경우에 해당되므로 청구인을 1세대 1주택자로 보아 세액공제를 적용하여야 한다는 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.