가. 피고 서초세무서장이 원고에게 한 2011. 4. 6.자 2006 사업연도 법인세 3,021,505,260원의 부과처분 중 2,957,744,812원을 초과하는 부분과 2012. 11. 19.자 법인세 가산세 부과처분 가운데 2006 사업연도 2,484,583,779원의 부과처분 중 2,432,153,559원을 초과하는 부분, 2008 사업연도 22,347, 250,404원의 부과처분 중 15,989,568,925원을 초과하는 부분 및 2009 사업연도 2,265,912,890원의 부과처분 중 1,502,336,516원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 피고 서초구청장이 원고에게 한 2011. 7. 13.자 2006 사업연도 법인세할 주민세 366,297,080원의 부과처분 중 358,567,380원을 초과하는 부분과 2013. 4. 10.자 법인세할 주민세 부과처분 가운데 2006 사업연도 305,082,020원의 부과처분 중 298,644,120원을 초과하는 부분, 2008 사업연도 2,744,018,860원의 부과처분 중 1,963,359,150원을 초과하는 부분과 2009 사업연도 278,231,420원의 부과처분 중 184,471,890원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

다. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.

2. 소송총비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

원고에게 한, ① 피고 서초세무서장의 2011. 4. 6.자 별지 1 부과처분 제1목록(이하 '제1목록'이라 한다. 이하 제2 내지 5목록 부과처분의 특정 방식도 같다) 기재 각 법인세 부과처분, 2012. 11. 19.자 제2목록 기재 각 법인세 가산세 부과처분, 제3목록 기재 각 부가가치세 가산세 부과처분, ② 피고 서초구청장의 2011. 7. 13.자 제4목록 기재 법인세할 주민세(가산세 포함) 부과처분, 2013. 4. 10.자 제5목록 기재 법인세할 주민세(가산세 포함) 부과처분을 각 취소한다(2014. 2. 6.자 최종 청구취지변경신청서 및 그 근거자료인 납세고지서에는 법인세할 주민세가 지방소득세로 각 기재되어 있으나, 2010. 1. 1. 법률 제9924호로 지방세법이 개정되면서 세목이 '법인세할 주민세'에서 '지방소득세'로 변경되었는바, 납세의무 성립 당시의 법령에 의한 세목을 착오한 것으로 보인다).

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.

원고에게 한, ① 피고 서초세무서장의 2011. 4. 6.자 제1목록 기재 각 법인세 부과처분 중 2007 내지 2009 사업연도 법인세 부분, 2012. 11. 19.자 제2목록 기재 각 법인세 가산세 부과처분 중 2007 내지 2009 사업연도 법인세 가산세 부분, 제3목록 기재 각 부가가치세 가산세 부과처분, ② 피고 서초구청장의 2011. 7. 13.자 제4목록 기재 법인세할 주민세(가산세 포함) 부과처분 중 2007 내지 2009 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함) 부분, 2013. 4. 10.자 제5목록 기재 법인세할 주민세(가산세 포함) 부과처분 중 2007 내지 2009 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함) 부분을 각 취소한다.

나. 피고들

제1심 판결 중 피고들 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 각 기각한다.

이 부분 판결 이유는 아래 내용과 같이 고치는 외에는 제1심 판결 중 해당 부분과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.

○ 3면 20행 "① 2006 사업연도에 관하여는"부터 4면 3행의 "각 법인세 가산세 부과처분" 부분을 아래와 같이 고친다.

① 2006, 2007 사업연도에 관하여는 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제1호 단서, 2008, 2009 사업연도에 관하여는 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제2항에 각 근거하여 제2목록 기재와 같은 각 법인세 가산세 부과처분

○ 4면 8, 10, 18, 21행의 "지방소득세"를 "법인세할 주민세"로 고친다.

2. 관계법령

별지 5 관계법령 기재와 같다.

3. 인정사실

이 부분 판결 이유는 아래의 내용을 추가・변경・삭제하는 외에는 제1심 판결 중 해당 부분(8면 2행부터 133면 밑에서 5행까지)과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.

○ 9면 3행의 "AAA Car Service Ltd., Bahamas"를 "'AAA Car Carrier Service Ltd., Bahamas 로 고친다.

○ 10면 6, 7행의 "2005. 12.경 홍콩에 원고를 설립하였다."를 아래와 같이 고친다.

" 2005. 12. 13. 홍콩에 주소지를 'FLAT/RM 2080, 28/F, COSCO TOWER OO QUEEN'S XX CENTRAL'로 하여 설립하고 그 등기를 마쳤다. ",○ 10면 10행의 "별지 1, 2 도면"을 "별지 3-①, ② 도면"으로, "(을가55)"를 "(을가49-1, 2)"로 각 고친다.

○ 13면 27행의 "6)" 다음에 "기획관리팀의 하AA 및 전BB, 김CC 등은 2006년 초경부터 시노트랜스의 송OO과 함께 BBB그룹과 XXX트랜스의 중국 내 합작회사 설립을 구체적으로 논의하였고,"를 추가하고, 13면 28행의 "을가216"을 "을가212 내지 216"으로 고친다.

○ 14면 16, 17, 18행을 아래와 같이 고친다.

8) 하AA은 2009. 5. 27. 박DD(참조: 마인, 정EE)에게 원고와 운송주선인인 CCC(CCC Ro Ro Shipping, 이하 'CCC'라 한다) 사이의 합작회사 설립에 대한 Proposal Review, 기본안 및 상호 Advantages를 보고하면서 선박 1척의 이관문제 및 송OO 사장과 관계 재정립 등의 문제가 남아있다는 내용의 메일을 보냈고, 2009. 5. 28. 마인(참조: 전BB)에게 원고가 CCC의 지분 49%를 인수하는 방식으로 중국 해운업에 합작 투자하는 방안을 검토하는 메일을 보냈다(을가88-71, 208).

○ 14면 20행 다음에 아래 내용을 추가한다.

10) 박DD는 2007. 10. 30. 조OO, 정EE, 안OO 등에게 '조직개편안'이라는 제목의 메일을 보냈는데, 그 중 기타 항목에는 '당분간 기획, 인사, 총무, 경리업무는 종전대로 서울서 총괄 관리'라고 기재되어 있다(을가88-4).

○ 14면 22행의 "(1) 보고서 등" 다음에 아래 내용을 추가하고, 14면부터 21면까지의 "(가)에서 (바)까지"를 순차로 "(나)에서 (사)"로 고친다.

" (가) 2003년경 BBB홍콩에서 작성된Pure Car Carrier Operation Scheme 및 'NEW(HMC/KIA) CAR CARRIER OPERATION-SCHEME '는 DDDD와 EEEE 바하마의 설립과 관련하여 투자구조 및 사업운영 등의 대략적인 구도를 나타내고",NEW(HMC/KIA) CAR CARRIER OPERATION-SCHEME

(가칭) EEEE 바하마

□ 투자

- BBB홀딩(케이만) : Share Holder 50%

- 글로비스 또는 그의 위임자(페이퍼 컴퍼니): Share Holder 50%

□ COA

- HMC

- KIA

□ T/C

- BBB홀딩 (Fleet Supply)

□ 대리점계약 (Entrust Agreement)

- 한국 지사: 운항, 영업, B/L발행, 기타 제반 업무

있는데, 그 내용은 아래와 같다(을가18, 20).

RE : Pure Car Carrier Operation-Scheme

J/V Operation Company DDDD (Panama)

□ 투자

- BBB홀딩(케이만): Share Holder 50%

- 한국 로지텍(한국): Share Holder 50%

□ COA

- 중고차 수송

- GM / 대우

□ T/C

- Owners (AAA Fleet)

□ 대리점계약 (Entrust Agreement)

- BBB 에이전트 (한국)

상기 운영회사는 파나마 대신에 한국에 설립될 수도 있을 것임

이와 같이 DDDD와 EEEE 바하마는 당초 국내 중고차나 현대, 기아차 등 국내기업 차량의 해상운송사업을 위해 설립된 수송선사이나 국내가 아닌 조세피난처 파나마와 바하마에 회사를 두고 포괄적 업무위탁계약을 통해 국내회사에서 위 업무를 수행하도록 계획되었다.

○ 23면 1행의 "발송하였다" 다음에 "(을가45)"를 추가한다.

○ 23면 6행의 "별지 3"을 "별지 4"로 고친다.

○ 25면 3, 4행을 아래와 같이 고친다.

(나) 원고의 임직원 현황과 그 수행 업무는 아래와 같고, BBB그룹의 기획관리팀이 2005. 12. 20.자로 마련한 원고의 기본운영안에 의하면, 원고는 2006. 1. 1. 업무개시일을 기준으로 ZZ과 박DD의 업무 지휘 아래 영업팀, 운항팀, 안전품질팀, 관리팀으로 조직되어 있는데, 그 중 관리팀(회계・관리 담당)을 제외한 나머지 부서들의 구성은 임시안이었다(을가9, 51-2, 91).

○ 27면 표 아래 6행 다음에 "(을가54)"를 추가한다.

○ 37면 10행부터 38면 6행까지 부분을 삭제하고, 38면 7행의 "(라)"를 "(다)로 고친다.

○ 42면 23행 다음에 아래 내용을 추가하고, 42면 24행의 "(가)" 및 43면 2행의 "(나)"를 "(나)" 및 "(다)"로 각 고친다.

(가) 정OO은 2009. 1. 23. 김OO에게 원고의 법인 신용카드와 관련하여, 김OO의지시에 따라 원고의 2008년 법인 신용카드 내역과 BBB홍콩과 원고의 전체 관리용(공동사용) 카드의 사용 방법 및 용도, 법인카드의 소지자 현황 등을 보고하는 메일을 보냈다(을가150).

○ 48면 25행 다음에 아래 내용을 추가한다.

또한, FFF의 양OO은 2007. 9. 11. 문OO에게 메일로 원고의 신규운임에 관하여 자동차선 선복형태를 고려하여 승용, 승합, 화물로 구분하여 적용 방법을 검토 요청하였고, 이에 문형주는 2007. 9. 13. 타 선사의 중국운임을 조사한 결과를 보고하였다(을가81-38).

○ 50면 3행 다음에 "(을가131 내지 141)"을 추가한다.

○ 52면 12행의 "(을가82)"를 삭제하고, 14행 다음에 "(을가82-1)"을, 17행 다음에 "(을가82-4, 6 내지 14)"을 각 추가한다.

○ 52면 18, 19, 20행을 아래와 같이 고친다.

3) 양OO은 2008. 8. 22. 전BB(참조: ZZ, 마인, 진OO, 서OO)에게 일본 3대 선사(MOL, NYK, K-LINE)의 하반기 순이익 감소 전망에 관한 내용의, 2008. 11. 27. 전BB(참조: ZZ, 마인, 이OO)에게 '한국 중고차 운임조정안'이라는 제목으로 한국 중고차 시장의 동향 및 한시적인 운임 인하 방안 등에 관한 내용의 각 메일을 보냈다(을가82-16, 17).

○ 54면 2행 다음에 아래 내용을 추가한다.

9) FFF의 마인은 2006. 4. 21. ZZ(참조: 김CC, 전BB)에게 원고의 자동차해상운송에 있어서 운송 물량의 확보 현황 및 예상되는 수준과 이에 따른 선박 조달 계획과 함께 종전과 다른 항로 변경 사항 및 항로별 선박 배정에 관한 결정 사항과 그 결정의 근거를 보고하였다(을가81-18).

10) FFF의 김영수는 2008. 5. 8. 이OO, 마인, 문OO, 송OO 등에게 남미서안 선적실적이유코에 비해 현저히 낮은 문제의 심각성을 지적하면서 그 대책으로 취해야 할 조치 및 지원 사항을 알려 줄 것을 메일로 요청하였다(을가87-22).

11) 문OO는 원고 소속으로 있는 동안 2008. 5. 20. FFF의 임원들인 전BB, 마인, 김OO에게 흑해 수송 및 아프리카 콘테이너 운반 등에 관한 선복계획과 운임을 검토한 메일을 보냈다(을가85-7).

○ 57면 9 내지 12행을 아래와 같이 고친다.

사) 쉽익스프레스의 스테판 쉬뢴더(Stephan Schruender)는 2007. 12. 18. FFF의 양OO(참조: 김OO)에게 월엑스포트(Walexport)와 계약을 체결하는 데 필요한 장기운송계약(COA) 초안에 대하여 승인 여부를 알려달라는 내용의 메일을 보냈고, 2008. 4. 15. FFF의 양OO과 진OO에게 노톤에 방문하여 협의한 내용을 메일로 보고하였다(을가81-43, 87-21).

○ 58면 2행 다음에 아래 내용을 추가한다.

차) FFF의 양OO은 2009. 2. 11. 전BB(참조: ZZ, 서OO)에게 영업협의 관련하여 쉽익스프레스 측 BMW를 방문할 예정으로 관련 협의지침 등을 전달하였고, 보다 구체적인 영업협의는 2009. 2.말경 또는 3.초경으로 예정된 FFF의 유럽 출장 시 BMW를 직접 방문하여 할 것임을 메일로 보고하였다(을가81-70).

○ 58면 3행 다음에 아래 내용을 추가하고, 4행의 "FFF의"를 "나) FFF의"로 고친다.

가) 노톤의 Steve Kingsmore는 2006. 6. 7. FFF의 박OO, 전OO에게 노톤이 원고한테 보낼 거래명세표를 메일로 먼저 보내어 작성의 적절성 여부 등에 관한 검토를 요청하였다.

○ 58면 마지막행의 "을가156"을 "을가156-3, 5"로 고친다.

○ 60면 20행 다음에 아래 내용을 추가한다.

7) 전BB는 2006. 11. 9. 영업팀 직원들에게 '① 모든 recap of fixture, ② 모든 fixture memo 및 계약서, ③ 모든 운임을 포함한 입금처리서 및 출금처리서'에 관하여는 전BB를 최종 결재자로 한 결재를 올리되 그 시기는 즉시이며, 영업지원팀의 협조 서명 또는 e-mail copy도 보내달라는 내용의 메일을 보냈다(을가271).

○ 66면 5행 다음에 아래 내용을 추가한다.

7) 마인은 2009. 6. 30. 서OO, 최OO 등을 비롯한 FFF의 직원들에게, 용선관련 CP 등과 관련하여 FFF에서 작성된 계약서 원본을 원고의 홍콩사무실로 보낼 때에는 홍콩에서 서류를 보관・관리하는 담당자의 부재를 이유로 유실되거나 다른 자료와 섞이는 경우를 방지하고자 하겠다면서 수신인을 'Megan'으로 단일화하고, 보내는 계약서가 어떤 내용인지에 관해 간략히 설명을 덧붙일 것을 메일로 요청하였다.

○ 89면 14행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

" 이에 대하여 로(Law)는 같은 날 하AA에게 한 답장에서, 홍콩 PWC가 컨설팅 수행 과정에서 당해 프로젝트가 누설된 점을 사과하고 재발 방지를 약속함과 동시에, 위 BBB그룹의 기획관련 프로젝트를 '람마(Lamma)' 프로젝트로 부르자고 제안하였다(을가50-1). ",○ 98면 12행 다음에 아래의 내용을 추가하고, 13행의 "(너)"를 "(더)"로 고친다.

(너) 김OO은 2010. 6. 28. 전BB에게 메일로 보낸 'FFF 2010. 3. 결산 세무조정 결과 보고'에는 '국세청 제출 세무조정명세서 중 특이사항'으로 FFF과 원고는 국제조세조정에 관한 법률 시행령에 따른 특수관계에 해당하여 국세거래명세서를 제출할 의무가 있다는 점 및 'FFF의 세무 RISK 사항'으로 법인세 조사 시 원고의 실질사업장에 대한 논란의 소지가 있고 FFF의 영업이익이 동종업계 평균이익률보다 밑도는 경우 특수관계로 인해 평균이익률만큼 법인세 부과소지가 있다는 점 등을 지적하고 있다(을가79).

○ 106면 16행의 "피고인의"를 "ZZ의"로 고친다.

○ 128면 16행의 "2006. 3. 39."를 "2006. 3. 28."로 고친다.

○ 133면 16 내지 23행의 "인정근거"에 "을가 제45, 54, 79, 131 내지 141, 150, 271, 282호증"을 추가한다.

4. 내국법인에 관하여

가. 법인세법 중 '실질적 관리장소' 부분의 위헌 여부

1) 원고의 주장 요지

법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법'이라 한다) 제1조 제1항 중 '실질적 관리장소'는 과세요건의 하나임에도 문언이 지나치게 추상적이고 불명확하여 납세자의 법적 안정성과 예측가능성을 현저히 침해하며, 과세관청의 자의적인 해석과 집행을 초래할 가능성이 있으므로 조세법률주의 등에 위배되어 위헌이다. 이처럼 위헌인 규정에 근거한 피고들의 법인세 및 법인세액을 과세표준으로 한 법인세할 주민세 등의 부과처분(이하 '법인세 등 부과처분'이라 한다)은 위법하다.

2) 판단

① 조세나 부담금의 부과요건과 징수절차를 법률로 규정하였다고 하더라도 그 규정 내용이 지나치게 추상적이고 불명확하면 부과관청의 자의적인 해석과 집행을 초래할 염려가 있으므로 법률의 규정은 일의적이고 명확해야 할 것이나, 법률규정은 일반성, 추상성을 가지는 것이어서 법관의 법보충작용으로서의 해석을 통하여 그 의미가 구체화・명확화될 수 있으므로, 조세나 부담금에 관한 규정이 관련 법령의 입법 취지와 전체적 체계 및 내용 등에 비추어 그 의미가 분명해질 수 있다면 이러한 경우에도 명확성을 결여하였다고 하여 위헌이라고 할 수는 없다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 참조).

② 법인세법 제1조 제1호는 "내국법인이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다"고 규정하고 있는바, 위 규정의 실질적 관리장소는 다소 불확정적인 개념으로 볼 수 있기는 하나, 다음 사정을 종합하여 보면, '실질적 관리장소'라는 문구는 법관의 해석을 통하여 그 의미가 분명해질 수 있다.

㉠ '실질적 관리장소'는 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 법인세법이 개정되면서 '국내에서 사업의 실질적 관리가 이루어지는 경우에도 외국에 본점 또는 주사무소를 두어 외국법인으로 취급됨에 따라 조세를 회피하는 행위가 가능하므로 이를 개선할 필요가 있고, 법인의 거주지 결정기준으로 관리장소를 적용하는 외국 대부분 국가들의 입법례와 조세조약을 체결할 때 위 관리기준을 채택하는 국제관행과 상충하는 문제점을 해결한다'는 것을 제안이유로 하고, OECD 모델조세조약의 '실질적 관리장소'라는 개념을 차용하여 내・외국법인의 판정기준으로 도입되었다.

㉡ 실질적 관리장소의 입법취지는 본점이나 주사무소의 위치라는 형식적인 기준으로는 외국법인으로 보이나 실질적으로는 국내에서 주된 업무를 수행하는 외국법인에 의한 조세회피를 방지하고, 거주지의 최종판정기준으로서 사업의 실질적인 관리장소를 고려하고 있는 우리나라의 조세조약과의 균형을 유지하고자 하는 데에 있다.

㉢ 법인세법의 체계상으로는 내국법인과 외국법인을 본점이나 주사무소의 위치라는 형식적 기준으로 구분하되, '실질적 관리장소'의 도입으로 형식상 외국법인이 조세의 부담을 회피하고자 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 내국법인으로 인정할 수 있는 실질적인 기준을 설정한 것이다.

㉣ 실질적 관리장소가 OECD 모델조세조약에서는 이중거주자의 판정기준으로 사용되어 법인세법의 규정과 취지가 다르기는 하나, 법인세법에서 위 조세조약의 용어를 수용한 이상 기본적으로 조세조약상 의미를 참고할 수 있다.

㉤ 위와 같은 입법취지나 입법목적, OECD 모델조세조약과의 규범 체계 등을 종합적으로 고려하여 실질적 관리장소의 의미내용이 구체화될 수 있고, 구체적인 사안에서 법원의 판단을 통하여 합리적으로 그 의미내용을 정할 수 있으므로, 법적 안정성과 예측가능성을 현저히 침해한다거나 자의적인 법해석이나 법집행 가능성이 있다고 하기 어렵다.

③ 법인세법이 실질적 관리장소에 관하여 하위법령에서 그 의미를 보충하도록 하는 위임규정을 두고 있지 않다는 사정도 과세요건 명확주의에 반하여 위헌이라는 근거가 되기에는 부족하다.

④ 위 규정은 실질적 관리장소가 국내로 인정되더라도 법인세법상 내국법인으로 취급한다는 것으로서 납세의무의 전제가 될 뿐이고, 해당 법인의 법인격을 부정한다거나 그에 의하여 민법상 주소개념이 달라지는 등 어떤 법률효과를 낳는 것은 아니므로, 위 개념이 우리 법체계에 부합하지 않는다고 볼 수도 없다.

⑤ 따라서 법인세법 제1조 제1항 중 '실질적 관리장소' 부분이 위헌이라고 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

나. '실질적 관리장소'의 적용 범위

1) 원고의 주장 요지

① 법인세법의 위 조항 중 '실질적 관리장소' 부분이 합헌이라고 하더라도, 그 적용은 외국에 설립된 법인이 실체가 전혀 없는 정도에 이르는 경우 등으로 엄격히 제한하여야 하고, 외국에 인적・물적 시설을 두고 업무를 수행하는 법인의 경우 국내에서 이루어지는 업무는 외국법인의 국내사업장 법리를 적용하여 과세를 하는 것이 법인세법의 체계에 부합하므로, 설립지인 홍콩에 사무실을 두고 그곳에 상주 직원들이 있는 원고에 대해서는 위 규정을 적용하여 과세할 수 없다.

② 피고 서초세무서장은 조세피난처에 설립된 페이퍼 컴퍼니로서 모든 업무가 국내에서 관리・수행되었음이 자명한 BBB그룹의 BBB홀딩 주식회사(AAA Holding Co.)와 BBB탱커홀딩 주식회사(AAA Tanker Holding Co., 이하 위 두 회사를 'BBB홀딩' 또는 'BBB탱커홀딩'이라 한다)에 대해서는 이들을 외국법인으로 보아 '국제조세조정에 관한 법률'의 배당간주 규정에 의하여 그 주주인 ZZ에게 종합소득세를 부과하였으면서도 BBB그룹 내 원고에게만 실질적 관리장소 규정에 의하여 내국법인으로 취급하여 법인세를 부과한 것은 모순된 처분으로 위법하다. 나아가 하나의 법인에 대해 입증편의에 따라 내국법인으로 보아 전세계 소득에 대하여 과세하거나 외국법인으로 보아 유보소득의 배당간주 규정에 따라 과세하는 것은 과세관청의 자의적인 법령 해석과 집행이어서 적법하다고 할 수 없다.

2) 판단

가) 국내사업장에 관한 법리 적용이 타당하다는 주장 부분

① 대한민국에 법인세법 제1조 제1항에 정한 '사업의 실질적 관리장소'를 둔 것으로 인정할 수 있는지 여부는 국내에서 해당 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는지 등의 기준에 의하여 판단하여야 하는 것이므로 외국에 인적・물적 시설을 두고 있다는 사정만으로 바로 국내에 실질적 관리장소를 둔 것으로 인정할 수 없는 것은 아니다.

② 또한 법인세법 제94조 제1항은 '외국법인이 국내에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소를 가지고 있는 경우에는 국내사업장이 있는 것으로 한다'고 규정하고 있는바, 이는 대상법인이 외국법인임을 전제로 하여 외국법인의 국내원천소득을 과세하는 데에 그 사업장의 존재를 전제로 한다는 것이다. 그렇다면 사업의 실질적 관리장소의 존부와 외국법인의 국내고정사업장의 존부는 서로 그 입법취지와 판단기준을 달리하고 있으므로, 외국법인의 국내 고정사업장으로 인정할 수 있다는 사정이 사업의 실질적 관리장소의 인정을 배척하는 것은 아니다. 더욱이 관련 규정에 의하면 당해 법인에 대한 내・외국법인의 판별에 따라 외국법인에 해당할 경우에 한하여 국내고정사업장의 존부를 판단하여야 하므로, 뒤에서 보는 바와 같이 원고에 대하여 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있다고 보아 내국법인으로 인정하는 이상 외국법인의 국내 고정사업장 규정은 적용될 여지가 없다.

③ 따라서 원고가 외국법인임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

나) BBB그룹 법인의 내・외국법인 인정에 관한 자의적 법해석 등의 주장 부분

① 구 국제조세 조정에 관한 법률(2013. 1. 1. 법률 제11606호로 개정되기 전의 것,이하 '국제조세조정법'이라 한다) 제17조 제1항은 "법인의 부담세액이 실제발생소득의 100분의 15 이하인 국가 또는 지역에 본점 또는 주사무소를 둔 외국법인에 대하여 내국인이 출자한 경우에는 그 외국법인 중 내국인과 특수관계가 있는 법인(이하 '특정외국법인'이라 한다)의 각 사업연도 말 현재 배당 가능한 유보소득 중 내국인에게 귀속될 금액은 내국인이 배당받은 것으로 본다"고 규정하고 있는바, 이는 조세피난처를 이용하여 조세를 회피하는 것을 방지하고자 하는 데에 입법취지가 있고, 그 적용대상자와 과세요건은 국제조세조정법에 규정된 내용에 따라야 하므로 법인세법상 내국법인의 판정기준 및 과세요건과는 다르다. 이처럼 내국법인에 대한 과세와 국제조세조정법의 배당간주 과세가 그 대상자와 과세요건을 달리하고 있는 이상 과세관청으로서는 법인 또는 납세의무자별로 관련 사실관계의 실질을 파악하여 어느 과세처분을 할 것인지 선택할 수 있다.

"② 따라서 피고 서초세무서장이 'BBB홀딩과 BBB탱커홀딩은 2002년경 케이먼제도에 각각의 선박을 보유한 특수목적법인(SPC, 이하 'SPC'라 한다)의 주식을 보유하는 지주회사로 설립된 서류상 회사이고, BBB재팬에게 BBB그룹 소유 선박 전체에 대한 포괄적인 관리・처분업무(선박금융, 선박신고, 용선제공, 선박정비의 위탁 등)를 위탁하였다'는 내용의 사실관계를 파악하여 ZZ에 대하여 종합소득세 부과처분을 할 수 있고, 별개의 법인격인 원고에 대하여 사업의 실질적 관리장소에 관한 사실관계를 파악하여 내국법인으로 과세할 수도 있다.",③ 이와 같이 과세관청이 그 실질을 파악한 바에 따라 같은 그룹 내에 있는 법인별로 달리 취급하여 과세처분을 하였다고 하여 그 처분이 서로 모순된다거나 과세관청의 자의적인 법령의 해석・집행이라고 보기도 어렵다.

④ 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

다. 원고의 실질적 관리장소의 소재지

1) 원고의 주장 요지

다음 사정을 고려하여 보면, 원고는 외국법인이므로 내국법인이라는 전제에서 한 이 사건 법인세 등 부과처분은 위법하다.

① 원고는 중국에서의 자동차해상운송사업을 위하여 홍콩에 설립되었고, 자동차해상운송사업과 용대선사업을 실질적으로 수행하였다.

② 회사 존립에 필수적인 핵심 업무는 ZZ과 원고의 임직원이 수행하였고, 현지화주 모집 업무, 항만 업무, 운임수금 업무 및 선복관리(Tonnage) 업무 등 지역적 특성이 있거나 기계적이고 반복적인 업무는 각국의 에이전트(Agent)에 위탁하여 처리하였다.

③ ZZ은 홍콩과 일본에서 선단확보 업무를 수행하였으며, 전세계에서 화주, 운송주선인 및 용선주 등을 상대로 자동차해상운송 계약조건을 교섭하였다.

④ 원고의 직원들은 홍콩과 일본에서 재무 관리, 선하증권 발행, 회계・세무, 자산 관리, 선단 확보, 운송계약 체결 및 유류대금 지급 등의 업무를 수행하였다.

⑤ 법인세법 제1조 제1호의 '실질적 관리장소'는 불확정 개념으로 엄격하게 해석되어야 하고, 실질적 관리장소를 판단하는 기준을 정립하는 데 있어서는 그 기능과 입법취지를 달리하는 OECD 모델조세조약을 고려할 수 없다.

⑥ FFF은 원고와 대리점계약을 체결하고 원고의 업무를 대행하는 독립한 대리인에 불과하므로 OECD 모델조세조약의 판단기준에 의하더라도 원고의 실질적 관리장소를 국내로 볼 수 없다.

2) 판단

가) 관련 법리

① 법인세법 제1조, 제2조 제1항 등의 규정에 의하면, 외국법인은 내국법인과 달리 원칙적으로 국내원천소득에 대하여만 법인세 납세의무를 지는데, 내국법인이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인이고(제1조 제1호), 외국법인이란 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이다(제1조 제3호).

내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 '실질적 관리장소'란 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리・처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말한다. 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록・보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 1. 14. 선고 2014두8896 판결 참조).

② 한편, 사업의 실질적 관리장소는 법인의 상업적인 결정이 법인의 이사회에 의하여 이루어지는 경우에는 이사회의 개최장소를 기준으로 판단하여야 할 것이나, 이사회가 개최되지 아니하였거나 개최되었더라도 법인의 상업적인 결정이 실질적으로 이루어졌다고 볼 수 없고, 법인의 대표이사 등 최고경영자 1인에 의하여 법인의 실질적인 의사결정이 단독으로 이루어졌다면 최고경영자의 거주지를 기준으로 판단하여야 한다. 또한, 내・외국법인의 구별기준인 '실질적 관리장소'의 도입은 본점이나 주사무소의 소재지라는 형식적인 기준이 아니라 사업수행상의 중요한 관리 및 상업적 결정 장소라는 실질적인 기준에 의하여 형식적 기준상의 외국법인에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 데에 그 입법취지가 있으므로 당해 법인이 외국에 설립된 경위와 조세 회피 의도 등 설립 목적도 실질적 관리장소에 관한 판단의 추가적인 고려요소가 될 수 있다.

③ 원고는, 최고경영자의 의사결정권한 행사 장소와 실제 생활의 근거지는 개념상 구별되고, 소득세법상 거주자의 판단기준이 되는 고려요소들은 개인의 생활・재산관계와 직접적인 관련이 있을 뿐 회사의 중요한 의사결정이 이루어지는 장소와는 무관하므로 최고경영자의 거주지는 실질적 관리장소의 고려요소가 될 수 없다고 주장한다. 그러나 다음과 같은 사정에 의하면, 이사회 등이유명무실하게 운영되고 실질적으로 최고경영자가 핵심적 의사결정을 할 경우에는 '이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소'를 대신하여 '최고경영자의 거주지'를 고려할 수 있다.

㉠ 대표이사 등 최고경영자 1인이 단독으로 법인의 실질적 의사결정을 한 경우에는 그 최고경영자가 의사결정을 한 장소가 실질적 관리장소의 판단기준이 될 것인데, 거주지 외의 국가에서 의사결정이 이루어졌다는 특별한 사정이 없는 한 최고경영자의 의사결정장소는 그의 거주지와 같을 것이다.

㉡ 세법상 거주지 판단에는 국내에 형성된 사업기반이나 국내에서 수행하는 경영활동 내용 등도 함께 고려하므로 최고경영자의 거주지가 법인의 경제활동과 관련성이 없는 것이 아니다.

㉢ 세법상 거주지는 국내에 생계를 같이하는 가족 유무, 국내의 직업과 소득현황 및 소재하는 자산 등을 종합적으로 고려하여 객관적 생활관계가 국내에 있는지를 기준으로 결정되는데, 이와 같은 거주지 판단의 고려요소들은 국내에서 사업의 지속적인 관리행위가 이루어졌다는 유력한 근거가 될 수 있다.

나) 원고의 실질적 관리장소

앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소가 어디인지에 관하여는 우선 원고의 사업 수행상의 중요한 관리와 상업적 결정의 내용을 특정한 데 이어 이를 수행하는 실질적인 주체 및 그 주체의 수행 장소 등을 확정한 다음 추가적인 고려요소들을 종합하여 판단하여야 한다.

(1) 관리 등의 내용

원고는 자동차해상운송사업과 용대선사업을 영위하고 있는 법인으로서 자동차해상운송업무가 매출의 대부분을 차지하고, 용대선업무에 의한 매출비중은 자동차해상운송업무에 비하여 적다{4. 다. (1) (라), 앞서 본 인정사실의 항목 표시로서 이하 같다}. 따라서 원고의 중요한 상업적 의사결정은 주로 자동차해상운송사업에 있어서 국내외 대리점의 개설 및 관리, 선복의 운용, 영업계획의 수립 등에 관한 것이고, 여기에는 운송 및 대선영업에 관한 결정과 계약의 체결, 운항, 정산, 신규사업의 발굴, 국내외 시장동향의 파악 등에 관한 것도 포함될 수 있다.

(2) 관리 등의 주체

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래 사실에 의하면, 원고의 이사회는 개최된 적이 없고 ZZ이 원고의 대표이사의 지위에서 그 운영에 관한 중요한 관리와 사업상 핵심적인 의사를 결정한 점, ZZ이 원고의 자금 관리, 대리점 관리, 선복 관리 및 인사 업무 등 고위수준의 일상적 관리를 수행하였고 원고의 주요사업인 자동차해상운송사업에 관하여 주요 업무를 보고받고 지시한 점, 원고의 마인 등 임원은 ZZ의 원고에 대한 상업적인 의사결정을 보좌・지원하거나 ZZ으로부터 자동차해상운송영업의 일부를 위임받아 처리한 점, ZZ은 원고의 용대선업무에 관하여도 BBB재팬 등의 협력을 받아 일방적인 의사결정을 내린 점 등을 알 수 있으므로, 원고의 실질적인 관리의 주체는 ZZ으로 봄이 타당하다.

(가) 이사회의 개최

원고의 등기임원은 ZZ, 그의 처 김OO, 동서 박DD로 구성되어 있는데, 김OO은 이름만 올렸을 뿐 실제 운영은 ZZ과 박DD가 하였다. 이사회가 홍콩에서 개최되었다는 회의록이 있으나(갑 제46호증의 1, 2), 개최일 당시 ZZ과 박DD가 당시 국내 체류한 점{4. 다. (1) (다)}, 박DD가 홍콩에서 이사회를 개최한 사실이 없다고 진술한 점{4. 아. (2) (다)} 등에 비추어 그대로 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이사회가 개최되었다고 인정할 수 없다.

(나) ZZ의 역할

① 원고 주식의 소유

ZZ은 케이만 군도 소재 Beo의 주식 100%를 소유하는 Reid에 대한 명의신탁을 통하여 원고의 주식을 사실상 100% 소유하고 있다{4. 다. (1) (마)}.

② 실질적 의사결정

다음과 같은 사실에 비추어 ZZ이 원고의 중요한 의사결정을 해 왔다고 볼 수 있다.

㉠ ZZ은 BBB그룹의 SPC이나 일본의 3대 선사로부터 선박을 조달하면서 용선계약의 주요조건을 결정하는 등 실질적 업무를 수행하였다.

㉡ ZZ은 화주 등 거래처를 확보하거나 일본 선사 등으로부터 자동차운송에 관한 하청(서브렛) 물량을 받아 자동차해상운송계약을 체결하는 업무를 수행하면서 영업망 및 화주를 직접 또는 세계 각지의 대리점을 통하여 확보하였고, 구체적인 계약조건과 계약의 유지 여부 등을 결정하였다.

㉢ BBB그룹 전반의 조직개편과 고위임원 인사는 ZZ의 승인 아래 이루어졌고, 원고의 경우에도 박DD가 한국인 직원을 추천하는 등 일부 관여를 하였으나 최종 결정은 ZZ이 하였다.

㉣ ZZ은 수시로 FFF의 임직원으로부터 원고의 주요 사업인 운송계약의 체결 협의, 운송계약 연장 협의, 화물 물량, 선복 및 운임 협의를 비롯한 제반 진행 상황 등 자동차해상운송영업에 관한 보고를 받았다.

㉤ ZZ은 FFF의 전BB, 마인, 하AA 등에게 배선계획, 항로별 선박 투입 여부 등 원고의 자동차해상운송영업에 관하여 업무지시를 하였다.

③ 임원의 역할

다음과 같은 사실에 비추어 원고의 임원들은 ZZ을 보좌하여 업무를 수행하는 역할을 하였을 뿐 이사 등 임원으로서 권한을 행사하였다고 볼 수 없다.

㉠ 마인은 ZZ을 보좌하여 원고의 화주 모집 등의 영업업무와 선복관리업무를 담당하였고, ZZ의 지시에 따라 일본 선사, 각국의 운송주선인과 적재할 자동차 물량, 운임 등을 협의하여 자동차해상운송계약의 체결을 추진하면서 수시로 ZZ에게 이러한 협의와 계약체결의 진행상황 등을 보고하였다.

㉡ FFF의 김OO는 ZZ으로부터 자금집행의 권한을 위임받아 회계업무를 수행하였고, 정OO은 김OO의 결재를 받아 원고의 경리업무를 수행하였다.

㉢ 박DD는 FFF의 이사, BBB홍콩의 이사, BBB상선의 감사를 겸직하면서 경영ㆍ전략 기획, 그룹 지배구조 관리, 법률ㆍ세무 검토, 인사업무 등을 총괄하는 BBB그룹 기획관리팀의 총 책임자의 지위에 있었는데, 원고 및 FFF의 자동차해상운송업무나 용대선업무에 실질적으로 관여하지 않고, 인사권이나 기획업무를 ZZ의 지시에 따라 수행하였다{4. 아. (2) (다)}.

㉣ BBB그룹 기획관리팀은 ZZ의 지시에 따라 원고를 비롯한 BBB그룹 계열사 전반에 관한 인사, 자금관리 등 관리 업무와 지배구조의 설계, 신규 계열사의 설립 등 기획업무를 수행하였다.

(3) 관리를 수행한 장소

(가) 대표이사 ZZ의 거주지

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 해당 부분(147면 9행부터 151면 4행까지) 중 일부 내용을 아래와 같이 변경하는 외에는 제1심 판결과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.

○ 147면 16행의 "생활환계"를 "생활관계"로, 149면 11행의 "원고와"를 "ZZ과"로, 151면 3행의 "원고는"을 "ZZ은"으로 각 고친다.

○ 150면 4행, 13행의 "고려할 때," 다음에 "ZZ이"를 각 추가한다.

(나) 대표이사 ZZ의 사무실

앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면 ZZ의 사무실은 FFF 내에 있었다고 볼 수 있다.

① FFF의 사무실 내에는 한쪽을 벽으로 막아서 만든 별도의 집무공간이 있고, 그 안의 전화기 및 컴퓨터에는 BBB그룹의 국내법인 및 BBB쉬핑 한국영업소의 주요 임직원 연락망이 기재되어 있다[다만, 국세청의 조사 이후 위 컴퓨터와 전화기는 철거되었는데, ZZ은 국세청 조사에서 "시빗거리가 될 것 같아서 치웠다"고 대답한 바 있다{4. 아. (1) (가)}.]

② ZZ은 한국에 올 경우 위 집무실로 출근하였고, 사내 메일을 이용하여 사업 전반에 걸친 업무를 보고받고 지시하면서 FFF 명의로 가입된 회장 전용 휴대전화를 이용하여 해외거래처 및 해외 관계회사들에게 수시로 연락하였다.

③ ZZ의 전담 운전기사가 BBB상선 명의의 승용차로 ZZ의 출퇴근을 보좌하였고, FFF 내의 위 집무실에 따로 푯말이 부착되지는 아니하였으나 직원들은 위 공간을 통상 '회장실'이라고 지칭하였다.

④ ZZ은 위 집무실에서 원고와 FFF의 인력배치와 운영방향 등을 논의하거나 대리점 등 다른 회사들과의 영업에 대한 간담회와 회의를 개최하였다. 또한 배선계획, 선박 투입일정 등 운항업무에 관하여 세부적으로 지시하고, 원고와 FFF 임직원들의 승진에 관한 품의를 승인하며 인사업무에 대한 방향을 제시하는 등 운영의 전반적인 사항도 관리하였다.

(다) FFF의 업무 수행상의 역할 및 지위

ZZ이 수행한 원고의 중요한 관리 및 상업적 의사결정 장소에 관한 판단에는 그러한 결정을 보좌하는 인력이 있는 곳이 중요한 기준이 된다고 보아야 한다. 앞서 든 증거와 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래의 사정들을 종합하여 보면, 원고는 외형상 FFF과 대리점계약을 체결하고 FFF으로 하여금 원고의 업무를 처리하도록 하였으나 사실상 1개의 회사처럼 FFF의 직원과 인사교류를 하였고, FFF이 원고의 핵심적 경영활동에 관한 모든 행위를 수행하였으므로, FFF은 원고의 중요한 관리 및 상업적 의사결정에 관하여 ZZ을 보조하거나 ZZ으로부터 위임받은 업무가 이루어진 곳이라고 봄이 타당하다.

① 형식적 대리점계약의 체결

아래의 사정을 고려하면 원고는 대리점계약을 체결함으로써 FFF이 원고의 자동차해상운송업무를 수행하는 법 형식을 취하였을 뿐이고, FFF이 실제 원고의 대리인으로서 원고의 지시에 따라 그 업무를 대리한 것이라고 보기는 어렵다.

㉠ 원고와 FFF 사이에 체결된 2005. 12. 30.자 대리점계약에 따르면, FFF은 선박 관련 인력의 채용 및 관리, 선박의 운항 및 수리 관련 제반 업무, 선박보험 관련 분쟁해결, 선하증권 발행, 운임 수금 및 원고 계좌로의 재송금, 선박의 정비 등을 위한 조정, 선박 관련 물품 수취 등의 통상적인 업무를 수행하거나 이를 다른 대리인에게 위임할 수 있을 뿐만 아니라, 원고의 영업 업무와 관련된 계약을 직접 수행할 수 있고, 원고의 사전승인 아래 원고를 대신하여 상대방의 선택이나 계약 내용도 결정할 수 있으며, 원고의 자금을 편의에 따라 운용할 수도 있다. 이와 같이 원고는 선박 운용에 관한 각종 권한을 FFF에게 포괄적으로 위임하였다.

㉡ ⓐ 원고의 임직원 현황 및 수행 업무 내역에 의하면 2008. 2. 17.경까지 원고 소속 직원으로는 BBB쉬핑 한국영업소에서 파견된 정재학 차장, FFF에서 파견된 서춘성 대리 및 홍콩 현지의 경리직원 2명 등 총 4명만이 관리팀에서 근무하였을 뿐 영업 및 운항 업무 담당직원이 없었다{4. 다. (1) (나)}. ⓑ 전BB 및 안OO의 형사재판 진술에 의하면, 원고가 설립된 후부터 2008. 2.경까지 원고의 영업은 ZZ이 담당하였고, 자동차해상운송사업과 관련된 원고의 영업 및 운항 업무 담당직원이 없었다{4. 아. (3) (나)}. ⓒ 진OO의 형사재판 진술에 의하면 원고가 설립된 후 진OO와 마인 부장 등이 홍콩에 있는 원고로 옮기기 전까지 FFF의 운항 및 영업 업무와 관련하여 원고 측으로부터 업무지시를 받거나 원고 측과 업무협의를 한 적은 없었다{4. 아. (10)}. ⓓ FFF 영업2팀 과장 문OO는 2008~2009년 중국 내 원고의 영업업무를 수행하였는데, 그의 형사재판 진술에 의하면, 문OO는 매주 FFF의 전BB에게 담당 업무에 관한 보고를 하였을 뿐 원고에게는 보고하지 않았다{4. 아. (8)}. 위와 같은 점을 종합하면 원고가 FFF의 업무수행에 관한 사전승인 권한을 행사하였다고 볼 수 없다.

㉢ FFF이 원고로부터 포괄적으로 자동차해상운송업무를 위임받아 수행하면서 업계 최하 수준인 3~5% 보다도 낮은 1.5%의 수수료만 받았는데, 이는 FFF에 대한 세금이 수익 규모에 비례하여 부과되므로 수익을 회사 운영에 필요한 비용에 맞추고자 낮게 책정한 것이다.

㉣ 원고와 FFF이 대리점 계약을 체결한 후인 2006. 1. 1.을 기준으로, FFF에는 임원으로 김OO 이사와 박DD 이사가 추가되고 영업지원팀과 안전품질팀이 신설되면서 임직원 수가 총 31명으로 증가하였는데, 업무분장은 영업1팀의 업무에 용・대선업무가 추가되고 영업지원팀에 PCC선 용선 이외의 영업・관리업무 및 영업계약서 관리업무, 항비정산 및 관리업무와 종래 영업팀이 담당하던 커미션 청구 업무가 분담된 것 외에는 2005. 1. 1.자 업무분장과 거의 같다. 그 후에도 FFF의 기본적인 조직구조와 업무분장은 임직원의 수 증감이나 부서의 이름 변동 외에는 거의 변동이 없었다.

㉤ FFF은 원고와의 대리점계약에 기한 수수료 수익이 매출의 100%를 구성하고 있고{4. 다. (3) (나)}, 원고가 운송하는 모든 화물에 대해서 수수료를 지급받았다. 또한 2006년부터 2009년까지 원고의 임직원은 6 내지 10명에 불과하였고, FFF의 임직원은 45 내지 47명에 달하였다{4. 다. (3) (가)}.

② 직원의 파견

아래의 사정에 비추어 보면, ZZ은 원고에게 FFF 직원을 파견하여 그들로 하여금 FFF에서 수행하던 업무를 계속 맡게 하는 등으로 원고와 FFF은 사실상 1개의 회사처럼 인사교류를 하였다.

㉠ 원고 소속 영업 및 운항 업무 담당직원은 2008. 2. 17.경까지 없었고, FFF이 그 기간 동안 자동차해상운송계약의 체결 협의 등 영업 업무, 쉽익스프레스, 샤라프 등 대리점과의 업무 협의, 선하증권, 운임청구서 등 주요서류의 작성・검토 등 관리 업무를 수행하여 오다가{4. 마. (2) (가)}, 원고의 사업이 성장하면서 수익이 크게 증가하였음에도 해운선사로서 경리직원만 두고 있다는 사정이 홍콩 과세당국의 주목을 받을 우려가 생기자 2008년경 FFF 소속 마인, 김OO, 문OO, 서OO, 최OO, 진OO가 원고의 홍콩사무소로 파견되었다.

㉡ 원고의 사정이 2008년 말경 미국발 금융위기로 어려워지자 원고에 파견된 FFF의 직원 6명은 2009. 3. 1. 모두 한국으로 복귀하였고, 원고 소속 직원은 다시 회계관리팀 직원만 남게 되었다.

㉢ 원고의 영업 및 운항 업무 담당직원들이 2009. 3. 1. 모두 한국으로 복귀하였음에도 원고의 자동차해상운송사업은 폐지되지 않고 계속 유지되었다.

㉣ 원고에 파견된 FFF 직원들 중 일부는 파견 이후에도 FFF에서 수행하던 업무를 계속하였고, FFF의 기존 팀장에게 원고의 영업사항을 계속하여 보고하기도 하였다.

③ FFF의 업무수행 내용

i) 원고의 업무계획

원고가 홍콩에 설립되자 FFF의 직원들은 2005~2008년 사이에 총 22회에 걸친 홍콩 출장을 통해 원고의 업무계획을 비롯하여 영업개시 준비 작업을 하였고, 원고 직원들의 직무분석 등 관리업무를 수행하였다.

ii) 원고의 영업업무

㉠ FFF 영업팀의 업무지침서에는 자동차해상운송영업과 계약체결절차 등이 상세히 설명되어 있는데, FFF은 원고가 체결한 계약에 관하여 기획, 계약서 작성, 법률적 자문 등을 포함하여 전반적으로 검토・관리하여 왔다. FFF의 내부문건에도 '원고 보유의 모든 계약서는 FFF이 협상・작성하였고, 계약 후 원고에게 송부한 것이며, 원고는 이에 대한 주요 사항들을 파악하지 못하고 있다'는 취지로 기재되어 있다.

㉡ FFF이 원고의 다른 대리점들과 사이에 별도로 계약을 체결한 사실이 없음에도 FFF의 직원들은 일본, 중국, 유럽 등에 있는 원고의 대리점이나 거래처에 직접 출장을 가서 선박에 적재할 물량 확보, 운임 협상 등 자동차해상운송계약 관련 업무를 수행하였고, ZZ과 전BB에게 출장 보고를 하였다. 관련 보고서에 적힌 구체적인 출장 목적은 "원고 통합선사 시스템 개발 관련 업무 협의", "Sinotrans, KRCN과의 합작법인 설립 관련 협의", "Russia 영업개발 관련, 유럽 아프리카향 영업확대를 위한 협의", "태국 대리점 관련 방문", "Atlas Shipping(일본 중고차)과의 업무협의(E.Africa biz)" 등으로 원고의 해외사업과 관련된 업무 내용이었다.

㉢ 또한, 원고의 해외 대리점이나 거래처들도 FFF의 직원들과 관련 업무를 협의하였고 필요한 항만비용이나 에이전시비용 등을 FFF에 청구하였다.

㉣ 원고의 매출과 수익을 좌우하는 영업상 운임은 FFF의 임직원들이 ZZ에게 다른 회사의 운임 자료 등을 검토하여 보고한 것을 토대로 결정되었다. FFF의 이OO는 문OO, 양OO, 마인 등에게 '중국 현지에서 운임 조정이 있을 경우 FFF에 사전에 알려주고, FFF이 협의하여 ZZ의 승인을 얻은 후 진행될 수 있도록 하라'는 내용의 메일을 보냈고, 전BB는 ZZ의 결정에 따라 구체적인 운임을 알려주기도 하였는바, 원고의 영업상 운임의 결정이 FFF에서 이루어졌다{4. 마. (1) (가) 4), 5)}.

㉤ ZZ은 세무조사에서 "원고의 용대선사업에 FFF 직원은 전혀 관여하지 않았다."고 진술하였다. 그러나 2006. 1. 9. FFF 회의실에서 NYK의 영업, 운항 및 선적에 관한 업무 협의가 진행되었고, FFF의 서민식은 2006. 3.경 NYK에게 원고 보유의 드림엔젤호에 관한 용선계약의 개요를 설명하였고, 마인, 전BB로부터 드림엔젤호에 관한 용선계약 검토결과서의 결재를 받았다. FFF의 대표이사 전BB는 원고와 NYK의 2006. 3. 30.자 용선계약서 중 '원고의 이사 박DD'란에 원고 명의로 서명하기도 하였다. 전BB, 문형주의 세무조사 시 진술에 의하면, 원고의 용대선업무의 계약체결이나 조건교섭은 마인부장과 FFF의 영업1팀이 담당하였다{4. 마. (1) (나) 6), 4. 아. (3) (가)・(8)}.

㉥ FFF의 영업팀은 대선브로커를 통한 대선계약의 경우 MTC, 헤즈네스 등대선브로커와 메일을 통해 대선계약조건을 협의하여 원고의 명의로 대선계약을 체결하였고, 일본과 유럽 선사에 원고 보유의 선단을 대선하면서 원고가 청구하는 선박 용선료에 관한 거래명세표를 송부하였으며, 선박용 대선계약관리대장과 용대선계약 검토결과서를 작성・보관하였다{4. 마. (1) (나) 7) 내지 9)}.

iii) 원고의 대리점과 자회사 설립・관리업무(운항 업무)

㉠ 원고는 2006. 4. 13. 유럽 지역의 운송 영업 등을 위하여 쉽익스프레스를 설립하였는데, 마인은 ZZ과 함께 쿠프만 등 2명에게 서초동 식당에서 저녁 식사를 대접하면서 유럽 대리점 설립에 관하여 논의하였고, 2006. 3. 28. ZZ의 특별지시에 따라 FFF 사무실에서 쿠프만 등 2명과 유럽 대리점 설립에 관한 회의를 갖는 등 쿠프만과 원고의 유럽대리점 설립을 추진하여 쉽익스프레스가 설립된 점, 쿠프만은 ZZ과 FFF의 전BB, 진OO와 유럽 대리점 설립에 필요한 사항을 메일로 논의하였고, 그 협의를 위하여 서울을 방문하기도 한 점 등에 비추어 보면, ZZ과 FFF은 쉽익스프레스의 설립에 관여하였다.

㉡ 나아가 쉽익스프레스는 운송계약 체결 등 구체적인 영업과 운영에 관하여도 FFF의 전BB, 양OO과 논의하였고, 전BB와 양OO은 2006. 9.경 독일 출장에서 쉽익스프레스와 영업 관련 회의를 가진 후 ZZ에게 보고한 점, 쉽익스프레스의 쿠프만이 2006. 7. 4. FFF의 전BB, 양OO에게 보낸 메일에 "쉽익스프레스는 FFF의 운영 부문의 중심으로 활동한다."고 기재되어 있는 점, FFF의 양OO이 2006. 9. 11. ZZ에게 보낸 출장보고서에 "당사 부킹 에이전트(Booking Agent)인 쉽익스프레스를 통하여 지속적인 협조 가능성 타진 협의함"이라고 기재되어 있는 점, FFF은 쉽익스프레스로부터 화주에 대한 영업진행상황을 보고받은 점 등에 비추어 보면, 원고가 쉽익스프레스와 대리점계약을 체결한 이후에도 FFF이 쉽익스프레스에 대한 운항업무 등의 관리를 실질적으로 수행하였다{4. 마. (2) (가) 1), 2)}.

㉢ 원고는 2006. 4. 10. 시노트랜스, 송OO과 공동출자하여 중국 북경에 자회사를 설립하는 내용의 합작투자계약을 체결하였는데, 하AA은 ZZ의 지시를 받고2006. 3. 15. 중국에서 FFF의 박OO 이사와 함께 북경 자회사 설립에 관하여 협의하였고, 2006. 4. 4. FFF 사무실에서 전BB, 마인, 박DD, 정EE 등과 함께 북경 자회사 설립에 관한 업무회의를 한 점, 북경 자회사의 문형주는 2007, 2008년경 여러 차례 김영수, 전BB, 마인 등에게 영업 진행현황, 화물 선적 결과와 일정, 거래처와의 주요 협의사항, 중국 내 경쟁선사 동향, 운임조정 요청 등에 관하여 메일로 보고한점 등에 비추어 보면, FFF의 임직원들은 ZZ의 지시에 따라 북경 자회사의 설립 및 관리에 관여하였다{4. 마. (1) (다)}.

㉣ 원고는 북・남미 지역의 운송 영업 등을 위하여 노톤 및 그 자회사 Agunsa Worldwide와 대리점계약을 체결하였는데, FFF의 직원들은 BBB그룹 측 직원들이 노톤을 방문하여 미국지역의 항로 서비스 및 대리점 업무 등에 관한 회의를 진행한 내용에 대하여 메일을 주고받았다{4. 마. (2) (가) 3)}.

㉤ 샤라프는 2004. 4. 29. EEEE 바하마와 대리점계약을 체결하였고, 원고의 설립에 따라 EEEE 바하마의 모든 업무가 원고로 이관되었는데, FFF은 샤라프와 운송계약서 초안의 승인, 대리점 수수료의 책정 등 자동차해상운송영업과 운항 업무에 관한 협의를 하였고, 샤라프의 박OO가 2007. 12. 7. ZZ에게 보낸 메일에는 "FFF의 배를 저희 회사 배처럼 운항을 해 왔다"고 기재되어 있다{4. 마. (2) (가) 1)}.

iv) 원고의 주요 영업에 관한 분석 및 검토・보고 업무

㉠ FFF의 운항팀은 2006년경부터 원고가 보유한 선박의 동정에 관한 주간보고서(Weekly Report)를 작성해 왔는데, 위 주간보고서는 한국지역 뿐만 아니라 유럽 등 전세계 거래처를 상대로 한 영업을 모두 포함하여 FFF의 영업실적으로 보고된 내용을 담고 있고, 원고의 다른 지역 대리점들은 이러한 주간보고서를 작성하지 않았다{4. 마. (2) (나), 4. 아. (7)}

㉡ FFF의 영업팀과 마인은 원고가 보유한 선박의 선복운영안을 수립하였고, FFF 영업1팀은 2008년 원고의 거래처별 자동차 운송실적에 관하여 원고 보유의 선박별, 항로별, 거래처별 수행 실적을 집계하였으며, FFF의 영업3팀은 2010. 1. 11. 원고의 총 항차수, 총 수송대수, 총 운임수입을 내용으로 한 '유럽 인바운드 영업실적보고'를 기안하였다. 이처럼 FFF의 임직원들은 FFF의 업무 및 채산에 관한 보고를 하면서 원고로부터 받는 용역수수료가 아닌 각국의 거래처들과 영업을 하는 원고의 사업에 대하여 상세히 검토하여 왔다.

㉢ FFF은 2006년경 브로커인 MTC, 헤즈네스를 통하여 일본과 유럽의 선사에 원고 보유의 선단을 대선하면서 선박용 대선계약관리대장과 용대선계약 검토결과서를 작성・보관하였다.

㉣ FFF의 신OO, 김OO, 윤OO 등의 직원들은 2008. 1. 4. 전BB에게 원고의 2008년 지역별과 업체별 정기용선계약의 요약 내용을 보고하였고, 2008. 10. 27. 원고와 글로비스의 해상운송 기본합의 이면 약관에 규정된 해상 운임 수수료율을 조정하는 내용의 보고서를 작성하였으며, ZZ에게 2008. 1. 4.부터 같은 해 2. 28.까지 원고 보유의 선박별, 항로별 주간 수익과 채산분석결과를 보고하는 등 원고의 선박과 운송영업에 대한 검토 및 보고 업무를 수행하여 왔다.

v) 원고의 경리・회계업무

FFF의 김OO는 원고의 송금요약서에 서명하는 등 ZZ으로부터 위임을 받아 원고의 자금관리권한을 행사한 점, 마인 등 FFF의 직원들이 원고 명의의 운임청구서, 선하증권 등을 작성・검토한 후 날인하였고 원고의 명의로 대리인에게 청구되는 입금청구서들에 직접 서명하면서 이를 내부적으로 결제해온 점, 원고 소속 서OO은 회계감사를 받으면서 감사인으로부터 영업업무 과정과 서명권자에 관한 질문을 받고, 답변사항을 FFF의 영업지원팀 윤OO, 박OO과 상의한 점, FFF의 안OO이 2008. 9. 19. 원고의 임직원에게 보낸 메일에는 "법인카드 사용내역 등 재무현황을 원고의 대표이사와 관리 임원에게 적시 보고하라"고 기재되어 있는 점{4. 마. (3) (나), 4. 사 (2) (하)} 등에 비추어 FFF은 원고의 경리 및 회계업무를 자체적으로 처리하였다.

vi) 원고의 인사 등 관리업무

FFF의 인사팀이 원고의 임직원 연봉을 조정하였고, FFF의 전산팀이 원고의 통합 선사 시스템을 구축하였으며, 원고의 이사인 박DD는 FFF의 이사를 겸직하면서 2006년경에는 FFF으로부터 급여를 받았다. FFF의 직원이 원고의 이사회회의록을 작성하였다{4. 마. (3) (다)・(라) 5), 4. 아. (2)}. 이처럼 FFF이 원고의 인사업무 등 관리업무도 수행하였다.

(4) 그 밖에 고려할 수 있는 사정들

(가) 원고의 임원이 통상적으로 활동을 수행하는 장소

앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 원고의 임원이 통상적인 활동을 수행하는 장소는 국내이다.

① 원고의 등기임원으로는 대표이사인 ZZ과 이사인 그의 처 김OO, 동서 박DD가 있었다.

② ZZ은 원고의 사업을 총괄적으로 경영하였으나, ZZ도 국내 거주자로서 국내에서 원고를 비롯한 BBB그룹의 실질적인 관리를 수행하였다.

③ 김OO은 원고의 처이자 등기 임원으로서 대한민국 거주자인데, 국내체류기간이 2006년부터 2007년까지는 매년 200일 이상이고, 2008년부터 2010년까지는 매년 150일 이상이다.

④ 박DD는 원고 외에도 FFF, BBB쉬핑 홍콩의 이사 및 BBB상선의 감사를 겸직하면서 경영・전략기획, BBB그룹 지배구조 관리, 법률・세무 검토, 인사업무 등을 총괄하는 그룹 기획관리팀의 총 책임자를 맡았고, 자신보다 직위가 높은 각 계열사 사장들이 아닌 ZZ의 직접적인 지시에 따라 업무를 수행하였다. 박DD는 원고의 이사이면서도 원고의 자동차해상운송사업과 용대선사업에 실질적으로 관여하지는 아니하였고, 원고 및 FFF, BBB상선, BBB쉬핑 홍콩, BBB쉬핑 한국영업소, BBB항공여행사 등 국내외 계열회사의 한국인 임직원들에 대한 인사권을 행사하거나 통합적인 관리, 기획업무를 담당하였다. 박DD는 대한민국 내에 주소를 두고 있는 대한민국 거주자로서 홍콩에 머무른 기간은 2006년 20일, 2007년 136일, 2008년 228일, 2009년 93일이다.

(나) 외국 설립 경위와 조세회피 의도 등 설립 목적

앞서 든 증거, 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정을 종합하여 보면, 원고는 BBB그룹의 사업구조 재편과 함께 조세의 부담을 회피하기 위하여 홍콩에 설립되었다.

① 원고 설립 전 상황

㉠ BBB그룹은 당초 국산차의 해상운송사업을 영위하고자 국내가 아닌 조세피난처에 DDDD 및 EEEE 바하마를 설립하고 포괄적 업무위탁계약을 통하여 국내회사에서 위 업무를 수행하도록 계획하였다.

㉡ BBB홍콩은 2004. 5.경 DDDD와 EEEE 바하마로부터 자동차해상운송사업을 각 위탁받아 수행하기 위하여 설립된 후, 위 자동차해상운송사업을 FFF에 재위탁하였다.

㉢ BBB그룹 내부문건인 '중고차수송선사 설립계획(2003. 4.)'에는 '국내에 선박회사 설립 시 인허가 및 세금문제 등 복잡한 사안이 발생하므로, 국내 Agent를 설립하고 이를 통해 운영하는 것이 시간과 비용 절감 측면에서 좋다'는 내용이 기재되어 있다{4. 나. (1) (가)}.

㉣ 아래 사정에 비추어 ZZ은 원고의 설립 이전부터 FFF에 대한 고정사업장 과세 위험을 인식하고 있었다.

ⓐ 홍콩 PWC는 원고의 설립 이전부터 "FFF이 계약상 BBB홍콩을 대신하여 깊이 관련되어 있으므로, BBB홍콩이 한국에서 고정사업장 과세 위험이 있다"는 내용의 BBB그룹 계열사 과세 위험에 관한 보고서를 제출하였다.

ⓑ 2005. 6. 10. 작성된 'FFF의 Work Process 재조정'에도 "FFF이 주요서류의 서명 주체가 될 경우 고정사업장으로 간주될 가능성이 높다"고 기재되어 있다.

ⓒ FFF의 내부문서인 'BBB-글로비스 거래에서 BBB 리스크 검토'와 '글로비스 대검수사 관련 BBB 리스크'에서 고정사업장 과세 등 과세 위험을 지적하고 있다.

② 원고의 외국 설립 경위

㉠ BBB그룹의 사업이유럽이나 중국 등 다른 나라로 점차 확장되고 규모가 확대되자, 과세위험을 최소화하기 위하여 BBB홍콩의 선주사업과 자동차해상운송사업을 분리하고 단순한 페이퍼컴퍼니가 아닌 실체를 갖춘 회사를 설립할 필요성이 대두되었다.

㉡ 이에 ZZ은 자동차해상운송사업 부문에서 BBB홍콩의 개입을 배제하는 대신 법인을 신설하여 그 신설법인으로 하여금 DDDD 및 EEEE 바하마로부터 업무를 위탁받아 이를 FFF에 재위탁하는 구조를 고안하였다.

㉢ 이에 따라 원고가 2005. 12.경 홍콩에 설립되었는데, 홍콩은 국외원천소득에 관하여는 과세하지 아니하고 대한민국과는 조세조약이 체결되어 있지 아니하여 세금절감 면에서 유리한 곳이다.

㉣ 원고는 DDDD 및 EEEE 바하마의 업무를 이관 받아 종전과 같이 포괄적 위탁관계에 의하여 FFF으로 하여금 이를 계속 수행하도록 하였다.

③ 원고의 실질 주주 은폐 의도

㉠ BBB그룹 기획관리팀은 당초 원고를 BBB홀딩의 100% 출자로써 설립하는 방안을 구상하였으나, ZZ과 박DD는 원고에 대하여 BBB홀딩 대신 신설 SPC를 주주로 하거나 변호사 이름만 드러나게끔 명의신탁하도록 지시하였고, 그 결과 원고의 주식은 처음부터 케이만 소재 신설 페이퍼컴퍼니인 Beo가 100% 보유하게 되었다.

㉡ ZZ은 Beo의 상위주주인 케이만 군도 소재 Huntlaw Lawfirm이 관리하는 Reid에 BBB홀딩과 BBB탱커홀딩의 주식을 명의신탁하였는데, 원고와 Reid 사이에 작성된 명의신탁계약서에는 수익의 이전이나 주식의 반환 등에 관한 내용만 있을 뿐 Reid가 금융위험을 부담하게 될 경우 해결방법에 관한 내용이 없다.

㉢ 위와 같은 점에다 아래 사정을 고려하면, ZZ은 위 고정사업장 과세의 위험 등 조세부담을 경감하고자 다단계 출자구조와 명의신탁을 통하여 자신이 원고의 실질 주주라는 사정이 외부적으로 드러나지 않도록 의도하였다.

ⓐ 2005. 6. 20. 작성된 'BBB 조직진단'에 "사장님 리스크: 홍콩법인의 주주에서 숨겨지셔야 함(1차 안전장치)"이라고 기재되어 있다.

ⓑ 기획관리팀의 하AA은 원고의 설립 추진 당시인 2005. 11.경 정OO에게 보낸 메일에서 "ZZ이 지시하기를 원고의 주주가 될 SPC의 소재지를 바하마가 아닌 케이만으로 변경하라고 한다."고 기재하였다.

"ⓒ BBB그룹의 내부문건인AAA'S SHARES RE-STRUCTURING'에는 "BBB 법인의 주주에서는 회장님 OPEN되지 않고 전문경영인으로 인식, BBB홍콩과 원고의 주주와 하부 에이전트의 주주 이원화로 법인간 관계성 단절, 회장님 주주에서 제외: 한국・일본의 개인소득세 IMPLICATION 제거, 고정사업장 ISSUE 제거: 하부 에이전트의 직함・주주명부에서 회장님 HIDDEN"이라고 기재되어 있다{4. 사. (1) (너)}.",④ 조세회피 의도

원고의 주요 사업인 자동차해상운송업무와 용대선업무에 대한 핵심적 의사결정은 실질적으로 FFF에서 이루어졌는데, 다음 사정을 고려하면 원고는 FFF에 대한 과세를 회피하고자 설립된 것으로 볼 수 있다.

㉠ 하AA, 정EE이 2005. 11. 10. 작성한 'AAA STRUCTURE 검토(안)'에는 "비지니스 사업부문의 과세 위험(TAX RISK) 이전: BBB홍콩 ⇒ 원고"라고 기재되어 있다.

㉡ 하AA이 2005. 10. 12. 멜보에 보낸 메일에는 "가장 중요한 관점은 세금 리스크 최소화를 포함한 위기관리를 고려하고 있다. 가까운 미래에 홍콩이나 다른 국가에 실제 운송회사를 설립해야만 하고, 이 회사에 해상운송사업에 관한 세금이 부과되어야 한다."고 기재되어 있다.

㉢ 조효현의 업무노트에 "홀딩→ EEEE 바하마→ 원고(홍콩) 조세피난처 과세부분 단절방법"이라고 기재되어 있고, 위 'AAA STRUCTURE 검토(안)'에는 "기존 EEEE 바하마→ 신설 원고 업무이관"이라고 기재되어 있다.

㉣ 삼일의 2007. 6. 15.자 자문보고서에 국내법인의 간주과세 가능성 최소화 방안으로 "ZZ이 원고에서 실질적인 경영활동 집행(거주지국 이전과 연계하여 홍콩에 실질 거주 요망), 이사회 개최장소는 반드시 홍콩으로 하고 정기적으로 이사회를 개최함, 사업의 중요한 관리기능을 홍콩법인(원고)이 실질적으로 수행함, 중요한 기능을 담당하는 직원(Manager) 등의 홍콩 재배치 고려, 업무수행범위(인원)를 확대하여 외관상 법인의 실체를 갖춤, 국내 법인이 계약체결권 및 계약의 세부내용을 교섭할 권한이 없음을 명백히 함, (국내 법인이) 통상적인 에이전트로서의 본래 의무 이상의 업무 수행자제"라고 기재되어 있다.

㉤ 안OO은 2006. 11. 8. 정OO에게 "고정사업장 리스크를 감안하여 FFF 임직원의 (원고) 시스템 사용자도 가능하면 영문명으로 갈 수 있도록 조치하겠다."는 취지로 메일을 보냈고, 정OO의 답장 메일에는 "전산개발 문제는 원고가 아닌 실제 업무진행자인 FFF 입장에서 만들어지는 것이 맞다고 보인다. 실제 운영자(Operator)인 FFF 입장에서는 영업, 운항 관련 전산화는 필요하다고 보인다. 고정사업장 위험(Risk) 때문에 BBB홍콩에 서버를 두고 원격 접근한다면, 원고 프로그램에 FFF에서 접근(Access)한다는 개념이 완전한 고정사업장임을 스스로 인정하는 것이죠."라고 기재되어 있다.

㉥ ZZ은 2010. 8. 18. FFF 임직원들과의 간담회에서 "영업담당 5명의 홍콩이전문제에 직원들 간에 불만을 가질 필요가 없고, 영업행위 자체가 서울에서 이루어진다면 세금문제가 발생할 소지가 있기에 취한 일이다. 영업의 의사결정은 홍콩에서 결정되지만, 모든 업무는 필히 FFF의 전BB 사장과 협의하여 결정하도록 하고, 원고를 포함한 BBB홍콩 브랜치 멤버들은 전BB 사장의 지시에 따를 것이며 전사장에게 모든 영업관리 업무의 책임과 권한을 부여한다."고 발언하였다.

㉦ 하AA이 2010. 10. 5. ZZ에게 보낸 메일에 "F