처분청은 청구법인이 1994.7.22. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 임야 907,340㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(1,000,000,000원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 180,000,000원, 농어촌특별세 16,500,000원, 합계 196,500,000원(가산세포함)을 1995.11.14. 부과고지하였고, 같은법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 28,683,210원, 교육세 5,258,580원, 합계 33,941,790원(가산세포함)을 1995.12.15. 부과고지하였으나, 청구법인이 이의신청을 제기하므로 이의신청결정기관인 ㅇㅇ도지사는 등록세 등에 대한 가산세를 부과고지한 흠이 있다고 판단하여 등록세 등 부과처분을 등록세 23,902,680원, 교육세 4,780,530원, 합계 28,683,210원으로 1996.2.16. 경정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 고등교육을 목적사업으로 하는 비영리 학교법인으로서 당초 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에 공과대학(제2캠퍼스)을 설치하고자 1992.8.14. 교육부로부터 대학설립계획승인을 받았으나, 연차적으로 각 대학별로 대학정원이 증원되고 있는 실정에 있고, 교육인구가 감소되는 교통상 오지지역인 ㅇㅇ시에 두개의 공과대학을 설치 운영한다는 것이 사학의 존립에 커다란 영향을 주므로 수도권과 근거리며, 교통이 원활한 지역으로 대학을 설치할 수 밖에 없게 되어 부지를 물색하던중 ㅇㅇ리 ㅇㅇ회에서 대학유치를 염원하여 마을회관 건립 및 묘지이장비용 등에 필요한 10억원을 청구법인이 부담하는 조건으로 ㅇㅇ시에 소재한 이건 토지를 증여받기로 하여 1994.6.17. 계약을 체결하고 같은해 7.27. 소유권 이전등기를 경료한 바, 청구법인의 경우 이건 토지 취득후 당초 대학설립계획변경(위치이전 등)과 관련하여 교육부와 협의(1994.6.3.～1994.7.30.)하고 1994.7.30. 교육부에 위치이전(ㅇㅇ시→ㅇㅇ시)신청서를 제출하였고, 1994.12.14. 이건 토지내에 대학지원시설(부지 23,636㎡, 현장실습관 1,800㎡, 기숙사 1,652㎡)설치승인을 받았으며, 1995.9.20. 대학진입로를 4차선 국도와 연결하기 위하여 ㅇㅇ지방국토관리청에 ㅇㅇ～ㅇㅇ간 도로 확·포장공사 준공예정일을 질의하였고, 또한 금성측량 설계공사와 대학부지입지승인 용역계약체결(1995.3.7.), 교육부장관에게 교육용 기본재산 증자보고(1995.12.20.) 및 대학설립지원시설(현장실습관 등) 변경승인신청(1996.4.12.), 인접토지에 대한 사용승낙서 징구(1995.1.27.～1996.1.3.) 등 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 계속적으로 해 왔으므로 고유업무에 직접 사용치 못한 정당한 사유가 있을 뿐만 아니라, 청구법인의 경우 교육법에 의한 각종 학교를 경영하는 비영리법인으로서 이건 토지를 학교사업에 사용하기 위하여 취득하였으므로 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호라목 및 동부칙 제4조의 규정에 의거 3년 이내에 고유업무에 직접 사용하면 되는데도 같은법시행령 제84조의4제3항제4호의 규정을 적용하여 1년 이내에 지목을 변경하지 아니하였다는 사유로 취득세 등을 중과세하고 비과세하였던 등록세 등을 부과고지한 처분은 법률적용을 잘못한 위법이 있다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 비영리 학교법인이 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부와 법인의 비업무용토지의 유예기간을 1년으로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구 지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정하고, 같은법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인”이라고 규정하고 있으며, 구지방세법제112조&public_ilja=&public_no=&dem_no=1996-0186&dem_ilja=19960501&chk2=1" target="_blank">구같은법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는 ... 법인의 비업무용토지 ... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다(이하생략)”라고 규정하고, 구같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(생략) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서는 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 내지 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고, 그 제4호에서 “농업·축산업 또는 산림업(이하 “산림업 등”이라 한다)을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 전·답·과수원·목장용지 및 임야(이하 “임야 등”이라 한다). 다만, 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하는 경우 ... 를 제외한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법제127조&public_ilja=&public_no=&dem_no=1996-0186&dem_ilja=19960501&chk2=1" target="_blank">구같은법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “제사, 종교, 자선, 학술, 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기(단서생략)”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

청구법인은 고등교육을 목적사업으로 하는 비영리학교법인으로서 1994.7.22. 이건 토지를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세하였던 등록세 등을 추징고지하였으나, 청구법인이 이의신청을 제기하므로 이의신청결정기관인 ㅇㅇ도지사는 등록세 등에 대한 가산세 부과처분에 흠이 있다고 판단하여 등록세 및 교육세를 경정하고, 나머지 부과처분을 기각한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구법인은 이건 토지를 취득한 후 대학설립 계획변경과 관련한 교육부와의 협의, 대학부지 입지승인에 따른 용역계약체결, 대학진입로를 국도와 연결시키기 위한 원주지방 국토관리청과의 협의, 인근토지사용승낙서 징구 등 고유업무에 직접 사용하기 위한 노력을 계속적으로 추진하여 왔으므로 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 있을 뿐만 아니라, 청구법인과 같은 비영리 학교법인의 경우 3년 이내에만 고유업무에 직접 사용하면 되는 것임에도 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다는 사유로 취득세 등을 중과세하고, 과세면제하였던 등록세 등을 추징고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 구 지방세법 제107조, 제127조제1항, 구 같은법시행령 제84조의4제1항 및 제3항에서의 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유와 그 법인의 내부적 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다고 할 것인 바, 먼저 청구법인의 경우 이건 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부를 살펴보면, 이건 토지는 국토이용계획법상 농림지역 및 준농림 지역으로 지정되어 있어 토지이용시 행위제한을 받으나, 국토이용관리법 제20조제1항의 규정에 의하면 공공시설(학교)의 설치나 이를 위한 형질변경은 아무런 지장이 없고, 다만, 입지를 선정하고 미리 구역을 정하여 건설교통부장관의 승인을 받도록 하고 있음에도 1994.7.22. 이건 토지를 취득한 후 1년 이내에 교육부에 학교설립인가연기 및 승인사항 일부변경(위치이전 등) 신청(1994.7.30.)을 하고, 교육부장관으로부터 이건 토지중 일부 면적(23,636㎡)에 대한 지원시설(현장실습관 1,800㎡, 기숙사 1,652㎡)설치승인(1994.12.14.)을 받은 후 청구외 ㅇㅇ공사와 대학부지 입지승인 신청에 따른 용역계약을 체결(1995.3.7.)하였을 뿐, 토지취득일로부터 1년 6월이 경과한 1996.2.5. 현재까지 지목변경(형질변경) 및 공공시설 입지지정 승인신청조차 하지 아니한 사실을 볼 때, 이건 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 계속적으로 추진하였다고 볼 수 없다 하겠고,

다음으로, 법인의 비업무용토지의 유예기간을 1년으로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부를 살펴보면, 지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호) 제84조의4제1항제1호라목에서 교육 등을 목적사업으로 하는 비영리 학교법인이 토지를 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고, 동부칙 제4조에서 제84조의4의 경과규정은 이영 시행일(1995.1.1.) 현재 비업무용토지의 유예기간(1년)이 경과되지 아니한 토지에 관한 취득세부터 적용하도록 규정하고 있다 하더라도 구 같은법시행령 제84조의4제3항제4호에서 산림업 등을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 임야 등은 제1항의 규정에 불구하고 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하는 경우에만 비업무용토지에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 청구법인의 경우 산림업 등을 주업으로 하고 있지 않는 사실이 제출된 법인등기부등본에서 확인되고 있는 이상, 토지취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 지목변경(형질변경)을 하지 아니하였으므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세하고, 비과세하였던 등록세 등을 추징고지한 처분은 적법하다고 하겠다.

따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1996. 5. 30.

내 무 부 장 관