2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑2호증의 1, 2, 3, 갑3, 4호증, 을1호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 '○○보석'이라는 상호로 지금⋅도매업을 영위하는 사업자이고, 주식회사 ○○쥬얼리(이하 '○○쥬얼리'라고 한다)는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○빌딩 000호에서 지금도매업 등을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 ○○쥬얼리로부터 2001. 제2기 부가가치세 과세기간 중에 공급가액 합계 45,500,000원(부가가치세 별도, 이하 같다)의 세금계산서를, 2002. 제1기 부가가치세 과세기간 중에 공급가액 합계 75,973,000원의 세금계산서를, 2002. 제2기 부가가치세 과세기간 중에 공급가액 합계 24,097,000원의 세금계산서를 각 교부받아, 위 각 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다) 상의 부가가치세액을 매입세액으로 각 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.

다. 피고는 2006. 6. 2. 원고에게 이 사건 세금계산서가 가공거래에 의한 것이라는 이유로 매입세액 공제를 부인하여 2001년 제2기분 부가가치세 8,973,000원(가산세 포함, 이하 같다), 2002년 제1기분 부가가치세 14,461,460원, 2002년 제2기분 부가가치세 4,365,170원을 각 경정⋅고지(이하 '이 사건 부과처분'이라고 한다)하였다.

라. 원고는 2006. 8. 18. 이 사건 부과처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2007. 6. 27. 기각되었다.

2. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 원고의 주장

원고는 ○○쥬얼리로부터 지금을 매입하고, 그 대금을 모두 지급한 후 이 사건 세금계산서를 교부받았으므로 이 사건 세금계산서는 정상거래에 의한 것임이 명백하고, 따라서 실물 거래 없이 가공거래에 의하여 이 사건 세금계산서를 수취하였음을 전제로 하는 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

○ 구 부가가치세법(2003. 5. 29. 법률 제6905호로 개정되기 전의 것) 제17조 납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 구 부가가치세법(2003. 5. 29. 법률 제6905호로 개정되기 전의 것) 제21조 경정

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

② 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서·장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

2. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모·종업원 수와 원자재·상품·제품 또는 각종요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때

3. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량·동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때

○ 구 부가가치세법(2003. 5. 29. 법률 제6905호로 개정되기 전의 것) 제22조 가산세

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조제1항 및 제2항 단서 또는 제19조제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액.

2. 제18조제4항 또는 제19조제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액.

납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) X 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 X금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

다. 판단

(1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것인데, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 살피건대 을2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ○○쥬얼리는 2001. 3. 5.부터 2003. 12. 31.까지 사이에 ○○시스템 주식회사 등으로부터 지금을 매입하였다는 내용의 세금계산서를 수취하였으나, 위 매입처들은 대부분 자료상으로 처벌받았거나 고발된 업체들이고, 나머지 거래들도 금융거래내역에 비추어 볼 때 모두 비정상적인 거래로 밝혀진 사실, ○○쥬얼리는 2001. 제1기분 과세기간부터 2003. 제2기분 과세기간까지 사이에 주식회사 ○○골드 등에게 지금을 매출하였다는 내용의 세금계산서를 교부하였으나, 위 매출처들은 대부분(매출액의 81.3%) 자료상 등의 범칙이력이 있는 업체로 밝혀졌고, 나머지 거래처들에 대하여도 가공의 거래임을 이유로 관련 세액을 경정한 사실, ○○쥬얼리는 2001. 제1기분 과세기간부터 2003. 제2기분 과세기간까지 사이에 실물의 지금거래가 없는 100% 자료상으로 밝혀져 그 대표자인 조○○가 관할 경찰서에 고발되었으나, 그 고발사건은 현재 주소불명으로 기소중지 상태에 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 발행된 것으로 봄이 상당하고, 원고가 실물거래임을 증빙하기 위한 자료로 제출한 갑6호증의 1 내지 72, 갑7호증의 1 내지 25, 갑8호증의 1 내지 14, 갑9호증의 1 내지 15, 갑10호증의 1 내지 13, 갑11호증의 1 내지 16, 갑12호증의 1 내지 7, 갑13호증의 1 내지 4의 각 기재만으로는 이 사건 세금계산서가 실물거래에 따른 것이라고 인정하기 어려우며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 따라서 이 사건 세금계산서를 가공의 세금계산서로 보고 한 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.