거래'라 한다].

나. 원고는 피고에게, 원고가 이 사건 과세기간 동안 이 사건 거래를 통해 총 108

억여 원의 원자재를 BB에게 공급하였는데, 이는 수출거래에 해당하므로 부가가치세

법상 영세율이 적용된다고 하며, 이를 전제로 부가가치세 신고를 하였다.

다. 그러나 국세청장은 이 사건 거래가 원고와 피고보조참가인 사이의 국

내거래에 해당한다고 보아 피고에게 과세자료 통보를 하였고, 피고는 원고에게, 2014.

6. 1. 2009년 제1기 부가가치세 207,356,414원 및 이에 대한 가산세 162,206,906원 합

계 369,563,320원의 부과처분을, 2014. 8. 1. 2009년 제2기분 내지 2012년 제2기분 부

가가치세 877,179,729원 및 이에 대한 가산세 534,428,271원 합계 1,411,608,000원의

부과처분을 각 하였다(이하 위 각 부과처분을 '이 사건 각 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2014. 9. 4. 감사원장에게 심사청구를 하였으나, 위 청구

는 2015. 4. 2. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 14, 15호증, 을 제1 내지 10호증(가지번호

있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 거래는 아래와 같은 이유로 변경 전 거래와 같이 수출거래에 해당

하는바, 부가가치세법상 영세율이 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 각 처분은 위법하

다.

가) 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기

전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항 제1호는 '내국물품을 외국으로 반출하는 것'을 수출

로 규정하고 있는데, 이 사건 거래는 수출면장상 구매자 및 대금지급 주체만 BB에서

피고보조참가인으로 변경된 것일 뿐, 원고가 원자재를 해외로 반출하였다는 점에 있어

서는 변경 전 거래와 동일하므로, 이 사건 거래 역시 '내국물품을 외국으로 반출하는

것'으로서 수출거래에 해당한다.

나) 설령 이 사건 거래를 원고와 피고보조참가인 사이의 국내거래로 보더라

도 ① 원고가 원자재를 직접 BB에게 공급하였음에 비추어 볼 때 원고와 피고보조참

가인 사이의 거래는 형식적으로는 수출의 직전 단계 거래에 해당하고, 실질적으로는

수출에 해당하는 점, ② 원고가 피고보조참가인에게 구 부가가치세법 시행령 제24조

제2항 제1호가 정하는 내국신용장이나 구매확인서에 의하여 원자재를 공급한 것은 아

니나, 이 사건 거래는 거래구조 상 수출거래 중 일부임이 명백한 점 등에 비추어 보면,

이 사건 거래는 실질과세의 원칙상 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개

정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제1호, 구 부가가치세법 시행령 제24조 제2

항 제1호가 정하는 '내국신용장 등에 의한 수출거래'와 동일하게 보아야 한다

.

2) 이 사건 거래에 영세율이 적용될 수 없다고 하더라도 원고의 거래구조가 변

경된 것은 오로지 거래상대방인 BB 및 피고보조참가인의 요청에 의한 것이고, 만약

피고보조참가인이 원고에게 변경 사유 등 변경 내역에 대한 상세한 설명을 하였더라면

원고로서는 이와 같은 문제가 발생하지 않도록 적법한 조치를 취해두었을 것이다. 따

라서 원고에게는 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는바, 이 사건 각 처분 중

가산세 부과부분은 재량권을 일탈‧남용하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 영세율 적용대상에 해당하는지 여부

가) 구 부가가치세법 제11조는 제1항 제1호는 영세율의 적용대상으로서 '수

출하는 재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 과세대상 거래로서의 재화의 공

급은 '계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하

는 것'이라고 규정하고 있다. 한편, 구 부가가치세법 시행령 제24조 제1항은 '법 제11

조 제1항 제1호에 따른 수출은 다음 각 호의 것으로 한다'고 규정하고 있고, 같은 항

제1호는 그 중 하나로 '내국물품을 외국으로 반출하는 것'을 규정하고 있다.

우선, 위와 같은 관계 법령에 비추어 원고의 주장과 같이 이 사건 거래

가 구 부가가치세법 시행령 제24조 제1항 제1호가 정하는 '내국물품을 외국으로 반출

하는 것'으로서 영세율의 적용대상인 수출하는 재화의 공급1)에 해당하는지에 관하여

보건대, 갑 제6 내지 9, 12, 13, 17호증, 을가 제11호증, 을나 제1호증의 각 기재, 증인

조영삼의 증언에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 변

경 전 거래에 있어서와 달리 원고는 이 사건 거래와 관련한 각 수출신고수리내역서를

작성함에 있어 BB이 아닌 피고보조참가인을 구매자로 기재하였고, BB이 아닌 피고

보조참가인으로부터 대금을 지급받아 온 점, ② 원고와 피고보조참가인 사이의 물품공

급계약서가 2013년경 사후적으로 작성된 것이라고 하더라도, 원고가 피고보조참가인의

요청에 따라 2009년 3월경 BB과의 거래구조를 이 사건 거래와 같이 변경하였음을

스스로 인정하고 있는 이상, 그 당시 원고와 피고보조참가인, BB 사이에 구매자 및

대금지급 주체를 BB에서 피고보조참가인으로 변경하기로 하는 의사 합치가 있었다고

볼 수 있는 점, ③ 피고보조참가인은 국내법인으로서 해외자회사인 BB과는 별개의

법인격을 가진 거래주체에 해당하고, 원고가 비록 원자재를 중국에 있는 BB에 직접

운송하였다고 하더라도 이는 구매자인 피고보조참가인의 공급 장소 지정에 따른 것에

불과한 점, ④ 원고 역시 부가가치세를 신고하면서 피고보조참가인을 재화의 공급을

받은 자로 명시한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 거래의 당사자는 원고와 피고보조

참가인이라고 봄이 상당하고, 그렇다면 이 사건 거래는 국내법인 간에 이루어진 국내

거래에 해당한다 할 것이고, 이를 구 부가가치세법 시행령 제24조 제1항 제1호가 정하

는 '내국물품을 외국으로 반출하는 것'으로서 영세율의 적용대상인 수출하는 재화의 공

급에 해당한다고 볼 수는 없다.

나) 다음으로, 이 사건 거래를 구 부가가치세법 제11조 제1항 제1호, 구 부

가가치세법 시행령 제24조 제2항 제1호가 정하는 '내국신용장 등에 의한 수출거래'와

동일하게 볼 수 있는지에 관하여 살펴본다.

구 부가가치세법 제11조 제1항 제1호, 구 부가가치세법 시행령 제24조

제2항, 구 부가가치세법 시행규칙 제9조의2 제2항은, 수출하는 재화의 공급에 대하여

는 영의 세율을 적용하고, 사업자가 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는

재화인 경우에도 위 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용하되, 여기서 '구매확인

서'는 외국환은행의 장이 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 발

급하는 확인서로서 수출용 재화에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호와 선적기

일 등이 기재된 것을 말한다고 규정하고 있다. 한편 부가가치세제에서 영세율 적용은

이중과세를 방지하기 위하여 원칙적으로 수출의 경우에만 인정되고, 국내의 공급소비

에 대하여는 수출에 준하는 경우로서 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하

지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 법

령이 정하는 바에 따라 예외적・제한적으로 인정되는 것이다. 따라서 구매확인서 등에

의하여 국내에 공급하는 재화를 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용하는 위 관계

법령은 엄격히 해석하여야 한다(대법원 1983. 12. 27. 선고 83누409 판결, 대법원

2009. 4. 9. 선고 2007두22863 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 거래는 원고와

피고보조참가인 사이에 이루어진 국내거래에 해당하고, 구매확인서 등에 의하여 국내

에 공급하는 재화를 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용하는 조항은 엄격히 해석

하여야 하는데, 앞서 본 각 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고가 피고보조

참가인과 사이에 이 사건 거래를 하면서 내국신용장 또는 구매확인서를 발급받지 않은

사실이 인정되므로, 이 사건 거래를 부가가치세법 제11조 제1항 제1호, 부가가치세법

시행령 제24조 제2항 제1호가 정하는 '내국신용장 등에 의한 수출거래'와 동일하다고

할 수는 없다. 따라서 이 사건 거래에 영세율을 적용하지 않은 이 사건 각 처분이 실

질과세원칙을 위반하였다고 할 수 없고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 가산세 부과부분의 위법 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하

여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에

개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고

려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가

아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당

사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없

는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것이며(대법원 1995. 11. 14.

선고 95누10181 판결 참조), 법령의 부지‧착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당

한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2009두3873 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 인정

되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고와 피고보조참가인 사이의 물품공급계약서가

2013년경 사후적으로 작성된 것이라고 하더라도, 원고는 BB과 사이에 변경 전 거래

를 하던 중인 2009년 3월경 피고보조참가인 및 BB의 요청에 의하여 거래당사자를

BB에서 피고보조참가인으로 변경하였고, 그에 따라 이 사건 과세기간 동안 피고보조

참가인을 구매자 및 대금지급 주체로 하는 이 사건 거래를 계속하였던 점, ② 원고 역

시 부가가치세를 신고하면서 스스로 피고보조참가인을 재화의 공급을 받은 자로 명시

하는 등 거래상대방이 BB에서 피고보조참가인으로 변경되었음을 충분히 인식하고 있

었던 점, ③ 부가가치세법 등은 영세율 적용대상 거래에 대하여 명시적으로 규정하고

있고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 거래를 원고의 주장과 같은 이유로 영세율 적용의

대상이 되는 수출거래에 해당한다고 해석할 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 원고에게

부가가치세 신고 등의 의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

제2심 판 결

국승

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 원고에게 한, 2014. 6. 1.자 2009년 제1기분 부가가치세 207,356,414원 및 이에 대한 가산세 162,206,906원 합계 369,563,320원의 부과처분, 2014. 8. 1.자 2009년 제2기분 내지 2012년 제2기분 부가가치세 877,179,729원 및 이에 대한 가산세 534,428,271원 합계 1,411,608,000원의 부과처분을 각 취소한다.

가. 원고는 2008년경부터 피고보조참가인의 중국자회사인 BB과 사이에 원고가 인쇄회로기판 원자재(이하 '원자재'라고 한다)를 BB에 공급하는 형태의 수출거래(이하 '변경 전 거래'라 한다)를 해 왔다. 그러던 중 원고는 BB 및 피고보조참가인의 요청에 따라 2009년 3월경부터 수출면장상 원자재의 구매자를 BB에서 피고보조참가인으로 변경하고, 대금도 피고보조참가인으로부터 직접 지급받는 형태로 거래구조를 변경하였 다[이하 변경된 거래구조에 따라 2009년 제1기 내지 2012년 제2기 부가가치세 과세기간(이하 '이 사건 과세기간'이라고 한다) 동안 이루어진 원고의 원자재 공급 거래를 '이