2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 5. 2.자로 원고에 대하여 한 별지1 목록 부가가치세 1,251,006,320원 및 법인세 110,212,426원의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 2011. 11. 30. 주식회사 ○○개발(이하 '○○개발'이라 한다)과 일반산업단지 조성공사(이하 '이 사건 공사'라 한다)에 관하여 다음과 같은 공사도급계약을 체결하였다(이하 '이 사건 도급계약'이라 한다).

건설공사표준(하)도급계약서

1. 공 사 명 : ○○일반산업단지 조성공사

2. 공사장소 : 경남 ○○군 ○○면 산 일원

3. 공사기간 : 착공 2011. 11. 30. 준공 2013. 11. 30.

4. 계약금액 : 000원(부가세 포함)

공사(하)도급계약조건

제14조(대금지급)

① 공사대금의 지급은 계획고 대로 토취 및 소할, 운반을 완료하고 부지가 정지된 때까지의공사금액은 사석 납품으로 대체하기로 하고, 수급인은 도급인에게 대금을 청구할 수 없다(단, 국도77호선 개설공사는 기성에 따라 월 마감하여 청구하면 기성검사 후 도급인의 정기지급 일자에 지불하기로 한다).

② 수급인의 대금청구는 부지가 정지된 후부터 부대공사 월 기성을 마감하여 청구하면 기성검사 후 도급인의 정기지급 일자에 지불하기로 한다.

특별약정서

제9조 산업단지 및 국도 개설공사의 실행 공사비 내역은 약 000억 원을 기준으로하되, 이 중 도급인의 부담 도급공사비 000억 원(부가세 별도)으로 확정하고, 나머지 공사비는 수급인이 사석채취 반출 납품대금으로 대체하기로 하되 수급인의 책임과 비용으로 ◎개발 주식회사 또는 수요처에 납품하여 그 대금으로 공사를 진행 완공하기로 한다.

제10조 수급인은 토석채취허가 물량(000만㎥)의 증가 및 물가변동 등의 어떠한 사유로도공사비 증액을 도급인에게 요구하지 않기로 하고 증가물량이 발생시는 수급인의 책임과 비용으로 반출하기로 한다.

제15조 공사대금의 기성은 계획고 대로 토취 및 소할, 운반을 완료하여 부지가 정지될 때까지 공사금액은 사석 납품으로 대체하기로 하고 수급인은 도급인에게 기성을 청구할 수 없다(단, 국도개설 공사는 기성에 따라 지불하기로 함). 기성의 청구는 부지가 정지된 후부터 부대공사 기성을 월 마감하여 청구하면 그 다음달 도급인의 정기지급 일자에 지불하기로 상호 합의한다.

나. 원고와 ○○개발은 여러 차례 이 사건 도급계약의 계약금액 및 공사기간을 변경해 오다가 2015. 9. 25. 이 사건 도급계약의 계약금액을 000,000원으로, 공사기간을 2011. 11. 30.부터 2015. 12. 31.까지로 변경하였다(이하 '이 사건 변경계약'이라한다).

다. 원고와 ○○개발은 2016. 4. 29. 이 사건 공사계약의 계약금액을 000,000원에서 000,000원을 감액한 000,000원으로 정하는 내용의 정산합의서를 작성하였다(이하 '이 사건 정산합의서'라 한다).

라. ○○지방국세청장은 2016. 12. 17.부터 2017. 3. 7.까지 원고에 대한 세무조사를실시한 결과, 원고가 2012년 제1기부터 2015년 제2기까지 부가가치세 과세기간에 이사건 공사를 도급받고 그 공사대금 중 부지정지 공사대금은 위 공사에서 채석한 사석을 제3자에게 판매한 금액 00억 원(공급가액)으로 대체하면서 매출을 누락한 것으로보는 한편, 위 금액을 2012년 내지 2015년 사업연도 공사원가로 추인함과 동시에 이사건 공사의 도급공사가액에 포함하여 작업진행률(이 사건 공사의 완료시점을 2015.12. 31.로 봄)을 적용하여 해당 과세기간의 공사수입금액을 재산정한 과세자료를 피고에게 통보하였다.

바. 원고는 2017. 7. 26. 위 부가가치세 및 법인세 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였다.

사. 피고는 2017. 8. 22. 직권으로 원고에 대한 법인세를 아래 표 4 기재와 같이 감액하는 경정처분을 하였다(이하 '이 사건 법인세 처분'이라 한다).

아. 조세심판원은 2017. 12. 28. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 4호증, 을 1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부가가치세 및 법인세 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 부가가치세 및 법인세 처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 공사 중 부지정지 용역은 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속공급하는 경우로서, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 '부가가치세법 시행령'이라 한다) 제22조 제3호에 따라 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 보아야 하는데, 원고는 부지가 정지될 때까지 공사대금을 청구할 수 없고, 2015. 12. 31.에도 부지정지 용역의 공급가액이 확정되지 않았으며, 원고는 2016. 2.경 이후에도 이 사건 공사를 계속 진행하고 2016. 4. 29. ○○개발과 이 사건 정산합의서를 작성함으로써 그 공사대금을 확정하였다. 따라서 이 사건 공사 중 부지정지 용역의 공급시기는 공사대금이 확정된 2016.4. 29.이고, 위 시점을 기준으로 부가가치세의 과세표준 및 세액을 산정해야 한다. 그럼에도 피고는 '사석의 판매시점'을 부지정지 용역의 공급시기로 보아 2012년 1기부터2015년 2기까지 공급시기를 나누어 이 사건 부가가치세 처분을 하였으므로, 위 처분은 위법하다.

2) ○○개발은 사석 교환거래로 인한 부지정지 용역제공을 부가가치세 과세대상의 거래로 보지 않고 원고에게 세금계산서를 요구하지 않아서 원고가 ○○개발에게 부지정지 용역공사비에 대한 매출세금계산서를 발행하지 않은 것으로, 이는 원고에게 책임을 물을 수 없는 정당한 사유가 있거나 그 발행에 관한 기대가능성이 없는 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 부가가치세 처분 중 매출세금계산서 미발행가산세 부분은 위법하다.

3) 원고가 부지정지 용역제공의 대가로 받은 사석의 판매와 관련하여, 매출누락으로 매출세금계산서 미발행가산세를 부과받았음에도 불구하고, 피고는 원고가 ○○개발로부터 취득한 사석에 대한 매입세금계산서를 수취하지 않았음을 이유로 원고에게 이 사건 법인세 중 적격증빙미수취 가산세를 부과하였는데, 이는 용역의 공급과 재화의 공급이라는 동일거래에 대하여 가산세를 중복으로 부과하는 것이어서 위법하다.

나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 공사 중 부지정지공사 부분의 성격

살피건대 이 사건 공사는 위 인정사실에서 알 수 있는 바와 같이 부지정지공사(공사 계획에 맞게 땅의 높낮이를 정리하는 공사), 국도 개설공사, 부대공사로 구분되어 이루어져 있고, 이에 관한 이 사건 도급계약서의 공사하도급계약조건 제14조, 특별약정서 제9조, 제10조, 제15조에 의하면, 원고는 이 사건 공사장에서 나오는 사석을 채취하여 그 판매대금으로 부지정지 공사대금을 충당하기로 ○○개발과 약정하였음을 알 수 있다. 이와 같은 약정내용 및 대금지급방법 등에 비추어 이 사건 도급계약중 부지정지공사에 관한 부분은 원고가 ○○개발에게 부지정지 용역을 제공하되 그 대가로 ○○개발로부터 사석을 제공받기로 하는 교환거래라고 봄이 타당하다.

2) 부지정지 용역의 공급시기

가) 앞서 든 각 증거, 갑 12호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고와 ○○개발은 사석판매대금을 부지정지공사에 따라 채석한 사석의 양과 상관없이 00억 원으로 약정한 점, ② 원고는 ○○개발과 공동 명의로 ○○은행 등에 계좌를 개설하였는데, 2012. 4.경부터 2015. 11.경까지 위 공동계좌로 사석 판매대금을 입금한 점, ③ 원고는 '월별 업체 토석대금 청구집계표'를작성하여 ○○개발에게 사석 반출 및 판매 내역을 보고하였고, ○○개발의 승인에 따라 매월 위 공동계좌로 입금된 금액을 원고의 개인 계좌로 이체한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 공사 중 부지정지공사 용역의 제공은 원고가 그 대가로 취득한 사석을 그때마다 제3자에게 판매한 것을 기성으로 봄이 상당하고, 이는 원고가 전체 공정에 대비한 용역의 완성도에 따라 피고에게 기성고를 청구하는 완성도기준지급 조건부계약에해당한다.

나) 그렇다면 이 사건 공사 중 부지정지 용역의 공급시기는 부가가치세법시행령 제22조 제2호에 따라 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때, 즉 '원고가 부지정지용역의 제공대가로 채석한 사석을 제3자에게 판매한 시점'이라고 할 것인데, 피고는 위 사석의 판매시점을 부지정지 용역의 공급시기로 보아 원고에게 이 사건 부가가치세 처분을 하였으므로, 위 처분에 원고 주장과 같은 위법사유가 있다고 할 수 없다.

다) 또한 이 사건 공사의 완공 시점에 관하여 보건대, 갑 3 내지 7, 10, 11호증, 을 3, 6, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 정산합의서에는 이 사건 공사의 공사기간을 변경한다는 내용이 기재되어 있지 않고, '부지정지 계획고 조정 및 토지이용계획 변경 등에 따른 토공사절, 성토 반출수량 증감에 따른 보전액 변경조정 등'을 이유로 공사대금을 최종적으로 정산한다는 내용만 기재되어 있는 점, ② 만일 이 사건 변경계약 이후 공사기간이 연장되어 원고가 이 사건 공사를 계속 수행하였다면 사회통념상 공사대금이 증액되어야 함에도 2016. 4. 29. 작성된 이 사건 정산합의서에는 공사대금이 오히려 7억 8,000만원이나 감액된 점, ③ 현장자금 집행내역서에 의하면, 원고는 2016. 2.경까지 공사를 진행한 것으로 되어 있으나, 이는 이 사건 공사를 완료한 이후 통상적으로 이루어지는 유지보수공사의 일종에 불과한 것으로 보이는 점, ④ 원고가 공정거래위원회 및 ○○군청에 ○○개발의 불공정행위에 대하여 고발한 문서에는 원고가 2015년 말경 이 사건 공사를 완공한 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 부지정지 용역을 포함한 이 사건 공사는 이 사건 변경계약에 명시된 공사기간 종료일인 2015. 12. 31. 완료되어 그 공급가액이 모두 확정되었고, 다만 원고와 ○○개발의 공사대금에 관한 분쟁으로 인하여 2016. 4. 29. 이 사건 정산합의서를 통해 그 금액만 정산되었다고 봄이 상당하다.

라) 따라서 이 사건 부지정지 용역의 공급시기가 이 사건 정산합의서의 작성일인 2016. 4. 29.임을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 부가가치세 처분 중 가산세 부분

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지・착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두7370 판결 등 참조).

나) 위 법리에 비추어 살피건대, 원고는 1998년부터 건설업을 영위해 오던 법인으로 매출세금계산서 미발행으로 인한 가산세 부과 여부에 대하여 잘 알고 있었을 것으로 보이는 점, 더구나 원고는 당초 부가가치세를 신고・납부함에 있어 세무대리인의 자문도 거친 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, ○○개발이 원고에게 부지정지 용역공사비에 대한 매출세금계산서의 발행을 요구하지 않았다는 등 원고가 주장하는 사유만으로 원고에게 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

다) 따라서 이 사건 부가가치세 처분 중 매출세금계산서 미발행가산세 부분에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

4) 이 사건 법인세 중 가산세 부분

가) 살피건대 이 사건 공사 중 부지정지공사 부분은 원고가 ○○개발에게 부지정지 용역을 제공하되 그 대가로 ○○개발로부터 사석을 제공받기로 하는 교환거래임은 앞서 본 바와 같은데, 이 사건 부가가치세 처분 중 가산세 부분은 원고가 ○○개발에게 제공한 부지정지 용역공사비에 대한 매출세금계산서를 발행하지 않은 부분에 대한 것이고, 이 사건 법인세 처분 중 가산세 부분은 원고가 ○○개발로부터 제공받은 재화인 사석에 대한 매입세금계산서를 수취하지 않은 부분에 대한 것이어서, 그 가산세의 대상, 목적, 적용법조 등을 달리 하는 별개의 처분에 해당하여, 원고 주장과 같이 동일거래에 대하여 가산세를 중복으로 부과한 것이라고 볼 수 없다.

나) 따라서 이 사건 법인세 처분 중 적격증빙미수취 가산세 부분에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 부가가치세 및 법인세 처분은 적법하므로, 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.