2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 6. 10. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인세 363,369,400원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2011 사업연도에 주식회사 JJJ(이하 '소외 회사'라 한다)의 발행주식 45,455주(37.5%)를 취득하여 보유하던 중, 원고와 소외 회사의 2014 사업연도 매출액 합계가 1,000억 원을 초과하게 되었다.

나. 원고는 2014 사업연도 법인세에 대하여 구 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21.대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항에 따른 중소기업 유예기간의 적용을 받는 것으로 보아 연구・인력개발비에 대한 세액공제 등 중소기업 관련 세액 공제율을 적용하여 법인세를 신고・납부하였다.

다. 피고는 원고가 중소기업의 범위에서 제외되는 '관계기업에 속하는 기업'에 해당하여 중소기업 유예기간이 적용되지 아니한다고 보아 2016. 6. 10. 2014 사업연도 법인세 363,369,400원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분이라 한다).

[인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 1 내지 4호증, 을 1호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 그 처분사유와 관계 법령의 규정을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다. 이에 대하여 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

1) 중소기업 유예제도는 중소기업으로서 부여받은 정부지원과 혜택이 일시에 중단되어 겪을 수 있는 부담을 완화하기 위해 도입된 점, 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 관계기업에도 중소기업 유예기간을 적용하기로 규정하고 있는 점 등을 감안하면, 2015. 2. 3. 개정 전의 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 평등원칙에 반하는 위헌의 규정이다.

2) 원고가 2011 사업연도에 소외 회사의 주식을 취득한 이후인 2012. 1. 1.부터 구 조세특례제한법 시행령 중 관계기업과 관련된 규정이 시행되었고, 2014 사업연도에 원고 법인과 소외 회사의 매출액 합계가 1,000억 원을 초과함에 따라 중소기업의 요건을 갖추지 못하게 되었다. 원고는 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호의 개정으로 중소기업에서 제외된 경우에 해당하므로 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따른 중소기업 유예기간의 적용 대상이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있고, 같은 항 제3호 전문에서 '실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 (가)목부터 (다)목까지의 규정에 적합할 것'을 규정하면서, 후문에서 '관계기업에 속하는 기업'들의 매출액 등의 합산규모가 일정 요건을 충족하는 경우에 한하여 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 (다)목의 규정에 적합한 중소기업에 해당하는 것으로 보고 있다. 한편 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 그 매출액이 1,000억 원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예기간에 대하여 규정하면서, 그 단서에서 그 유예기간을 적용하지 아니하는 제외사유 중 하나로 '제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우'(제3호)를 들고 있다.

2) 관계기업에 속하는 기업의 매출액 등의 합산 규모가 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 정하는 중소기업의 기준을 초과하게 된 경우에 유예기간의 적용을 배제하고 있는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서를 조세평등주의에 반하는 위헌의 규정으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분이 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항의 유예기간을 적용하지 아니하여 위법하다는 취지의 원고의 주장은 이유없다.

① 입법정책의 변경에 따라 조세법규가 개정된 경우라도 그 법령에서 정한 과세요건이 개정 전에 완성되었다면 법령에 특별한 규정이 없는 한 그에 대하여 개정 전의 법령을 적용하는 것이 당연하고, 동일한 조세법규가 과세요건 충족 당시의 납세의무자들을 차별 취급하는 것으로 규정하고 있다면 평등의 원칙 또는 조세공평의 원칙에 어긋날 여지가 있지만, 법규가 개정된 결과 그 개정 전후의 납세의무자 사이에 불균형한 결과가 초래된다고 하더라도 이를 평등의 원칙에 어긋난다고 할 수는 없다(헌법재판소 2007. 5. 31. 선고 2006헌바88 전원재판부 결정 등 참조).

② 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항이 중소기업 요건으로 관계기업 기준을 도입하면서 제2항 단서 제3호에서 관계기업에 속하는 기업에 대하여는 중소기업의 규모 확대 등의 경우에 부여하는 유예기간을 적용하지 않도록 특별히 규정하고 있는 것은 일정한 기준을 넘는 관계기업에 속하는 기업에 대하여는 그 실질이 중소기업에 해당하지 않는다고 보아 조세감면 혜택을 부여하지 않겠다는 취지로 보인다. 한편 2015. 2. 3. 개정된 조세특례제한법 시행령은 관계기업 기준 초과 시 유예기간 배제 규정을 삭제하였으나, 이를 구 조세특례제한법 시행령 규정의 위헌성 등에 대한 반성적 고려에서 나온 입법적 조치라고 단정하기는 어렵다.

③ 조세특례제한법 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 22583호로 개정되면서 관계기업 기준을 도입하면서 그 시행일을 2012. 1. 1.로 정함으로써 중소기업과 관계기업의 매출을 합산한 금액이 1,000억 원을 초과하는 경우에는 중소기업의 유예규정이 적용되지 않는다는 점을 미리 예고하였다고 볼 수 있다.

3) 관계기업에 속하는 기업의 매출액 등의 합산 규모가 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 정하는 중소기업의 기준을 초과하게 된 경우는 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에서 제외된 것이 아니라 조세특례제한법 시행령의 개정으로 2012. 1. 1.부터 관계기업의 기준이 연구・인력개발비 세액공제 대상인 중소기업 요건으로 추가되면서 중소기업에서 제외된 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 처분이 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항의 유예기간을 적용하지 아니하여 위법하다는 취지의 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분이 위법함을 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.