2. 소송비용은 원고가 부답한다.

가. 원고는 1952. 3. 29. 장학금의 보조 등을 목적으로 설립된 비영리 법인으로, 1971. 10. 15. 출연에 의하여 취득한 ○○시 ○○면 ◎◎리 산53-5 임야 271,171㎡, 같은 리 산53-68 임야 102,087㎡ 및 같은 리 산916-7 대지 230㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)를 2007. 12. 7. 대한예수교장로회 ○○공통체교회에 대금 3,900,000,000원에 양도하였다.

나. 원고는 2008. 3. 31. 피고에게 이 사건 토지의 처분으로 인하여 발생한 수입을 2007 사업연도 소득에 산입하여 산출된 법인세 143,549,350원과 법인세법 제55조의2 (토지 등 양도소득에 대한 과세특례)의 규정 에 따라 산출된 토지 등 양도소득에 대한 법인세 1,169,661,048원(이 사건 토지의 양도금액 3,900,000,000원에서 양도 당시 장부가액 1,129,838원을 뺀 양도차익 3,898,870,162원에 세율 30%를 곱하여 산출한 것이다) 합계 1,313,210,398원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고는 2008. 4. 16. 위 2007 사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고시 이 사건 토지의 양도차익을 양도금액에서 양도 당시 장부가액을 차감한 금액으로 하여 신고ㆍ납부하였으나, 양도금액에서 차감할 금액을 법인세법 부칙(법률 제5581호, 1998. 12. 28.) 제8조 제2항에 따라 '장부가액과 1991. 1. 1. 현재 상속세 및 증여세법의 규정에 의한 평가금액인 2,314,475,600원 중 큰 금액' 즉 2,314,475,600원으로 보아야 하므로 정당세액을 초과하여 납부한 토지 등 양도소득에 대한 법인세 694,003,728원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고는 2008. 8. 23. 법인세법 부칙(법률 제5581호, 1998. 12. 28.) 제8조의 규정은 비영리내국법언의 수익사업소득의 계산에만 적용되는 것이어서 이를 법인세법 제55조의2의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정에 적용하는 것은 부당 하다는 사유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 을 1~4호증(각 가지변호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 비영리내국법인의 비사업용 토지의 양도에 있어 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) 제6항에서 규정하고 있는 토지 등의 양도금액에서 차감할 '양도 당시의 장부가액'은 법인세법 부칙(법률 제5581호, 1998. 12. 28.) 제8조 제2항의 규정에 따라 '장부가액과 1991. 1. 1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액'으로 할 수 있다고 해석함이 타당하다.

(2) 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제55조의2 제1항 제3호에서 법인의 비사업용 토지에 대한 토지 등 양도소득 과세조항을 신설하면서, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 20618호로 개정되기 전의 것) 제168조의14 제3항 제2호와 같이 20년 이상 보유한 임야 등 장기보유 비사업용 토지의 양도에 대한 중과적용배제 또는 과세유예의 규정을 두지 아니한 것은 개인이 양도한 경우에 비하여 법인을 불리하게 차별하는 결과를 초래하여 헌법상 평등의 원칙, 비례의 원칙에 위배된다.

(3) 종래법인세법의특별부가세제도 하에서는1985. 1. 1. 이전에취득한부동산에대하여그취득일을1985. 1. 1.로의제하도록하고있었는데,이사건거부처분당시법인세법은의제취득일에관한규정을두지않아결과적으로이사건토지의1971. 10. 15.의장부가액이소급적용되었다.

나. 관계법령

별지기재와같다.

다.판단

(1) 비영리내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우 1양도 당시의 장부가액을 법인세법 부칙(법률 제5581호, 1998. 12. 28,) 제8조 제2항에 따라 정할 수 있는지 여부

(가) 내국법인이 토지 등을 양도하는 경우, 법인세법은 그 양도가액을 익금으로 하고 양도 당시 장부가액(비영리법인의 경우 장부가액과 상속세 및 증여세법 상의 평가액 중 큰 금액)을 손금으로 하여 '각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부하도록 규정하고 있고, 이와 별도로 법인세법 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)는 '토지 등 양도소득에 대한 법인세'를 산출하여 이를 '각 사업연도소득에 대한 법인세'에 추가하여 납부하도록 규정하고 있다 한편, 비영리내국법인이 토지 등을 양도하는 경우에는, ① 고정자산의 처분으로 인한 수입{양도금액 취득가액(장부가액과 상속세 및 증여세법상 평가액 중 큰 금액)}을 '각 사업연도 소득에 대한 법인세'로 신고하면서 이와 별도로 토지 등 양도소득(양도금액 - 장부가액)에 대하여 '토지 등 양도소득에 대한 법인세'를 산출하여 추가 납부하는 방법과 ② 법인세법 제62조의2(비영리내국법 인의 자산양도소득에 대한 과세특례)에 따라 소득세법을 준용하여 계산한 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하고, 이와 별도로 토지 등 양도소득(양도금액 - 장부가액)에 대하여 '토지 등 양도소득에 대한 법인세'를 산출하여 추가 납부하는 방법 중 어느 하나를 선택하여 법인세를 신고ㆍ납부하도록 하고 있다.

(나) 한편, 종래 법인세법 제99조 내지 제108조에서는 법인의 토지 등 양도소득에 대 하여 '특별부가세'를 부과하도록 규정하고 있었으나, 2001. 12. 31 법률 제6558호로 법인세법이 개정되면서 위 특별부가세를 폐지하고 법인세법 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)의 규정을 신설하여 향후 투기우려가 있는 경우 지가급등지역의 토지 등에 대하여 1토지 등 양도소득에 대한 법인세'를 추가 과세할 수 있는 장치를 마련하였고, 2003. 12. 30. 법률 제7005호로 법인세법이 개정되면서 특정 주택을 과세대상에 포함시켰으며, 이후 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 법인세법이 개정되면서 비사업용 토지(2007. 1. 1. 이후 양도 분부터)를 과세대상에 추가하였다.

(다) 위와 같은 법인세법의 규정 형식과 입법취지 등에 비추어 보면, 법인세법 부칙 (법률 제5581호, 1998. 12. 28.) 제8조(수익사업소득계산에 관한 특례) 제2항은 비영리 법인의 각 사업연도소득 계산시 익금(양도가액)에서 차감하는 손비(장부가액)의 계산에 적용되는 규정이라고 봄이 상당하므로, 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정에 의 한 양도소득을 계산함에 있어 양도 당시의 장부가액을 법인세법 부칙(법률 제5581호, 1998. 12. 28.) 제8조 제2항에 따라 정할 수는 없다.

(2) 법인세법 제52조의2 제1항 제3호의 위헌성 여부

위에서 살펴본 바와 같이 2001. 12. 31. 법인의 토지 등 양도소득에 대한 특별부가세를 폐지하고 법인세법 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)의 규정을 신설함으로써 투기재발 등 부동산시장 변화에 탄력적으로 대처할 수 있도록 한 점, 2005. 12. 31. 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에 비사업용 토지를 과세 대상에 추가하여 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 법인세를 중과함으로써 부동산투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하도록 한 점, 법인세법은 비사업용 토지의 판정기준에 대해 소득세법을 준용하지 아니하고 별도로 규정하고 있고, 법인과 개인은 그 성격이 달라 비사업용 토지의 양도에 대하여 동일한 기준으로 과세하는 것이 합리적이라고 보기 어려운 점, 법인이 장기보유 하고 있던 비사업용 토지의 양도에 대한 중과적용의 배제 또는 과세유예의 규정을 둘 것인지 여부는 입법 당시 국가의 경제사정이나 부동산정책 및 기엽정책 등 여러 가지 경제상황을 고려하여 결정하여야 할 입법정책의 문제라고 볼 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 위 규정이 구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 20618호로 개정되기 전의 것) 제168조의14 제3항 제2호와 같이 20년 이상 보유한 임야 등 장기보유 비사업용 토지의 양도에 대한 중과적용의 배제 또는 과세유예를 규정하고 있지 않다고 하더라도 이러한 접만으로 개인에 비하여 법인을 불합리하게 차별하여 헌법상 평등의 원칙 및 비례의 원칙에 위배된다고 볼 수는 없다.

(3) 소급적용의위법성여부

원고 주장과 같이 이 사건 거부처분 당시의 법인세법이 의제취득일에 관한 규정을 두지 않아 결과적으로 이 사건 토지의 1971. 10. 15.의 장부가액이 적용되게 되었다고 하더라도 그 법률의 시행 전에 완결된 사실에 대하여 새로 제정된 신법을 적용한 것이 아니므로 이를 법률의 소급 적용 내지 소급 입법이라고 볼 수는 없고, 달리 의제취득일과 관련하여 원고에게 보호할 만한 신뢰가 형성되었다고 보기도 어렵다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.