2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 비영리 의료법인으로서, 2011 사업연도부터 2013 사업연도까지 원고가 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제6항 제3호, 구 법인세법 시행규칙(2014. 3. 13. 기획재정부령 제409호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조의2에서 정하는 ‘의료기기 등’ 고정자산을 취득하기 위하여 지출한 다음 아래 [표] 기재 금액을 구 법인세법 시행령 제56조 제10항에 따라 ‘의료발전회계’상 고유목적사업준비금 지출액으로서 의료발전준비금으로 대체하는 것으로 구분경리하였고, 피고에 대하여 같은 내용의 고유목적사업준비금 조정명세서를 첨부하여 과세표준 신고를 마쳤으며, 이에 피고는 해당 과세표준에 따라 원고에 대하여 2011 사업연도부터 2013 사업연도까지 법인세를 부과하였다.

[표] 2011 사업연도 2012 사업연도 2013 사업연도 건물 2,991,279,806원 - - 의료기기 2,266,449,980원 3,430,410,000원 2,412,180,000원 합계 5,257,729,786원 3,430,410,000원 2,412,180,000원

나. 한편 원고는 2012. 11. 8.경 인천 계양구 작전동 909 토지 등(이하 '이 사건 토지‘라고 한다)을 매매대금 19,536,000,000원에 취득하면서 그 대금 및 취득세 등 부대비용의 지급을 위하여 2012 사업연도에 19,123,000,000원을, 2013 사업연도에 412,702,580원을 각 지출하였는데(이하 위 각 지출 금액을 ’이 사건 지출 금액‘이라고 한다), 이 사건 지출 금액을 ‘의료발전회계’상의 고유목적사업준비금 지출액으로 구분경리하지는 아니하였다.

다. 이후 원고는 2015. 7. 23. 피고에 대하여 "이 사건 지출 금액은 실질적으로 고유목적사업준비금 지출액에 해당하는데, 원고 측의 단순한 착오로 이 사건 지출 금액을 일반 지출 금액으로 잘못...

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