2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 이○○과 함께 1992. 12. 17.부터 2004. 12. 31.까지 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 '○○'이라는 상호로 귀금속⋅지금의 도⋅소매업을 영위하였던 사업자로서 아래와 같이 2001. 4. 26. 및 2003. 4. 7. 주식회사 ○○쥬얼리(이하 '○○쥬얼리'라 한다)로부터 매입세금계산서 2매(이하 거래 일자에 따라 '2001년 세금계산서'와 같은 방식으로 특정하여 표시하고, 합하여 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받아 2001년 제1기 및 2003년 제1기 부가가치세 신고 시 이를 매입세액에서 공제하여 신고하였다.

(단위 원)

순번

구분

거래일자

매수

공급가액

세액

합계금액

1

2001년 제1기

2001. 4.26.

1

5,454,579

545,457

6,000,036

2

2003년 제1기

2003. 4. 7.

1

25,115,150

2,511,515

27,626,665

나. 피고는 ○○세무서장으로부터 ○○쥬얼리가 실물거래 없이 세금계산서를 발행한 자료상이라는 과세자료를 통보받고, 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 발행된 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 2007. 11. 1. 원고에게 부가가치세 2001년 제1기분 1,179,410원 및 2003년 제1기분 3,914,170원을 각 증액경정⋅고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 1. 24. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2007. 8. 3. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1-1, 1-2, 2-1호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 지금을 귀금속으로 가공하거나 절단하여 판매하는 영세 도⋅소매업자로서 ○○쥬얼리로부터 이 사건 세금계산서에 상당하는 지금을 매입하고 그 대금을 모두 ○○쥬얼리의 계좌로 입금하는 등 정상적인 거래를 하였음에도, ○○쥬얼리가 자료상으로 고발된 업체라는 이유만으로 원고가 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취하였다고 단정하고 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 판단.

부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나 과세표준인 공급가액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결 등 참조). 다만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지는 경우에 한하여, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하도록 할 수 있을 뿐이다.

이 사건에 관하여 보건대, 을 제4, 6 내지 10호증의 각 기재에 의하면, ○○세무서장은 ○○쥬얼리 및 그 매입⋅매출처에 대하여 2001. 3. 5.~2003. 12. 31. 기간 동안의 자료상혐의조사를 실시하여 ○○쥬얼리를 자료상으로 판정하고 그 대표자를 고발한 사실은 인정되나, 한편 위 인정증거들과 갑 제2-2 내지 7-4호증, 을 제12호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ①원고는 자료상인 ○○쥬얼리로부터 교부받은 이 사건 세금계산서에 대하여 해명자료를 제출할 것을 통보받자, 2003년 세금계산서의 거래일자에 ○○쥬얼리의 계좌로 거래대금을 입금한 통장사본과 무통장입금증을 피고에게 제출하였고, 다만 2001년 세금계산서와 관련한 거래자료에 대하여는 일반적인 국세 제척기간인 5년이 지나 회계사무소에서 자료를 폐기하였다는 이유로 제출하지 못하였던 점, ② ○○쥬얼리가 ○○세무서장으로부터 자료상으로 조사받을 당시 ○○쥬얼리가 원고에게 실물거래 없이 허위의 이 사건 세금계산서를 발행하였다는 사실이 직접 조사되어 확인된 것은 아니고, 이 사건 변론에 현출된 모든 자료를 종합하여도 ○○쥬얼리를 피고의 주장과 같이 '100% 자료상'이라고 인정하기엔 부족한 점, ③ 원고는 2001년 상반기부터 지금을 매입하여 이를 직접 절단 가공하거나 금세공업체에 세공작업을 외주주어 제작된 금제품을 소비자에게 판매하는 사업을 실제로 영위하여 온 것으로 보이는 점, ④ 원고는 이 사건 세금계산서 외에 또 다른 업체로부터 수취한 2003년 제1기 거래분 76,799,364원 및 2003년 제2기 거래분 합계 110,698,637원 상당의 매입세금계산서에 관하여도 피고로부터 허위세금계산서라는 이유로 매입세액 공제를 부인당하여 부가가치세 2003년 제1기분 12,070,380원 및 2003년 제2기분 16,133,110원을 각 부과 받은바 있었으나, 이 법원에 취소소송을 제기하여(2007구합2265호) 2007. 9. 13. 승소판결을 받고 위 판결이 그 무렵 확정된 점, ⑤ 위와 같은 원고의 사업 형태⋅규모 등에 비추어 볼 때 원고가 ○○쥬얼리로부터 매수하였다는 지금도 그 거래 시기나 분량이 가공을 거쳐 금제품으로 판매되었다고 볼 수 없는 정도의 이례적인 것이라고 보기 어려운 점, ⑥ 기타 원고가 ○○쥬얼리에 지급한 지금대금이 다시 원고에게 반환되었다고 볼 만한 사정 등 원고가 ○○쥬얼리의 조세포탈행위에 가담하였다거나 이를 알았다고 볼 만한 사정도 달리 발견되지 않는 점 등을 종합하면, 앞서 인정한 바와 같이 이 사건 세금계산서를 발행한 ○○쥬얼리가 자료상으로 고발되었다는 사정만으로는 이 사건 세금계산서를 실물거래를 동반하지 않은 사실과 다른 세금계산서라고 추정하기에는 부족하고, 그 밖에 달리 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라고 보기에 충분한 입증이 없다.

3. 결 론

그렇다면, 피고의 이 사건 처분은 위법하므로, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.