1. 원심판결은 그 거시의 증거에 의하여, 원고는 한국과학기술연구소가 기술을 개발한 성과를 처음으로 기업화한 사업체로서 구 조세감면규제법시행령 제20조 소정의 신기술을 기업화한 사업으로 농약용 원제의 제조판매를 목적으로 설립일인 1977.3.15부터 1978.4.30까지 그 사업에 금 700,683,406원을 투자하고 그 중 제품생산에 필요한 주된 국산기계에 금 446,425,494원을 투자하였으므로 구 조세감면규제법 제4조의8 , 제4항 , 제1항 제2호 에 의하여 위국산기계에 대한 투자액 중 100분의 10의 감면세액인 금 44,642,549원을 투자완료한 1978.사업년도에는 당해 사업년도의 법인세 산출세액 금 6,182,692원만을 공제하고 나머지 미공제액 금 38,459,857원(원판결의 금 38,459,875원은 오기인 듯하다)은 다음 사업년도에 이월하여 1979.사업년도의 법인세 산출세액에서 공제하고 자진신고 납부하였으나 피고는 1979.사업년도의 법인세 과세표준 및 세액을 결정함에 있어서 신기술기업화 사업에 대한 투자세액 공제는 이월공제가 되지 않는다는 이유로 위 1978. 사업년도의 미공제세액 상당액을 1979.사업년도 과세소득으로 인정하고 이에 대한 과소신고 및 납부가산세를 가산하여 1981.9.15 원고에게 1981년도 수시분법인세 금 42,305,843원을 부과한 사실을 인정한 후 구 조세감면규제법상 신기술기업화 사업에 대하여는 투자세액공제에 있어서 이월공제를 허용하고 있지 않다고 판단한 뒤 피고의 이 사건 부과처분이 정당하다고 하여 원고의 청구를 기각하고 있다.

2. 이 사건 과세처분 당시 시행하던 구 조세감면규제법 제4조의 8, 제1항 에 내국인으로서 중요사업을 영위하는 자는 제2항 에게기하는 사업별로 다음 각 호의 방법 중 하나만을 선택하여 그 적용을 받을 수 있다고 한 후 그 제2호 로서 대통령령이 정하는 투자를 한 금액의100분의 8(대통령령이 정하는 바에 의하여 국내에서 생산 또는 제조되는 자재와 기계를 사용하여 투자한 경우에는 그 투자금액의 100분의10)에 상당하는 세액을 그 투자 또는 공장이전을 완료한 날이 속하는 사업년도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다......라고 규정하고 같은조 제4항 에서 제1항 및 제3항 의 규정을 적용받지 아니하는 자가 대통령령이 정하는 신기술을 기업화한 사업을 영위하기 위하여 그 사업의 고유목적에 직접 사용되는 주된 기계(이에 부수되는 기계를 포함한다)......에 투자하는 경우에는 제1항 제2호 의 규정을 준용한다. 또 그 제8항 에서 제1항제2호 의 규정에 의하여 공제할 금액이 당해 사업년도의 소득세액 또는 법인세액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분의 금액은 당해 사업년도의 다음 사업년도 개시일로부터 4년내에 종료하는 각 사업년도에 이월하여 그 이월된 각 사업년도의 소득세 또는 법인세에서 이를 공제한다라고 규정하고 같은법 시행령 제20조 에서 법 제4조의8 제4항 에서 " 대통령령이 정하는 신기술을 기업화한 사업" 이라 함은 다음 각호의 사업으로 재무부장관과 협의하여 과학기술처장관이 인정하는 사업을 말한다. 1......또는 한국과학기술연구소가 기술을 개발한 성과를 처음으로 기업화한 것, 이라고 각 규정하고 있으며, 조세감면규제법상의 이월투자세액공제제도의 취지는 대규모의 투자가 이루어진 경우 그 액수가 투자 당해년도의 세액을 초과할 것이므로 이를 다음 년도에 순차이월하여 세액에서 공제할 수 있도록 함으로써 투자세액공제 제도의 타당한 적용과 대규모 투자를 장려하고자 하려는데 있다고 보아야 할 것이고, 기록에 의하면 과학기술처에서 1979.8.에 발간한 산업기술 개발지원 안내서(갑 제4호증)에 신기술기업화 사업에 대한 지원으로서 한국과학기술연구소가 기술을 개발한 성과를 처음으로 기업화한 것으로서 과학기술처장관이 재무부장관과 협의하여 인정한 것은 조세감면규제법 제4조의8, 제4항 및 제8항 에 의하여 세액의 공제 및 이월공제를 한다고 홍보하고 있는 점 등을 종합하면, 위 조세감면규제법 제4조의8 제8항 에서 말하는 " 제1항 제2호 의 규정에 의하여 공제할 금액......" 이란 제1항 제2호 의 규정에 따라 바로 공제되는 경우 뿐만 아니라 제1항 제2호 의 규정을 준용함으로써 공제되는 경우까지도 포함한다고 해석하여야 할 것이므로 신기술기업화 사업의 경우도 위 제4조의8 제8항 에 따라 세액공제의 이월제도가 적용된다고 할 것이다. 그러므로 이와 다른 견해에서 피고의 이 사건 부과처분을 정당하다고 판단한 원심의 조처는 구 조세감면규제법의 법리를 오해하였거나 법률을 잘못 적용하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다고 아니할 수 없고 이 점을 지적하는 상고논지는 이유있다.

따라서 나머지 상고이유를 판단할 것도 없이 사건을 다시 심리하게 하기 위하여 원심인 서울고등법원으로 환송하기로 관여법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.