부가가치세법 제17조 제2항 제1호 에서 법 제16조 제1항 및 제3항 의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 법 제20조 제1항 및 제2항 의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우에는 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한다고 하고, 법 제20조 제1항 에서 사업자는 법 제16조 제1항 및 제3항 에 의하여 교부받은 세금계산서를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 정부에 제출하여야 한다고 규정한 취지는 과세사업자로 하여금 매입세액을 공제받게 하기 위하여는 당해 예정신고 또는 확정신고와 매입세금계산서의 제출을 다함께 강행시켜 거래를 양성화하고자 하려는데 있다고 보여지고( 당원 1983.12.13. 선고 83누198 판결 참조), 원심이 확정한 바와 같이 원고가 본건 1981년도 제1, 2기분 및 1982년도 제1기분의 각 과세기간중 임대목적물인 교통회관 건립에 소요된 재화와 용역을 공급받음에 있어 세금계산서를 교부받을 당시에는 원고가 사업자등록번호가 존재하지 아니하고 부동산임대업이 법률 제3273호로 개정되어 1981.1.1부터 시행된 부가가치 세법에 의하여 과세사업으로 전환되기 이전인 1979.3.19에 부여받은 면세사업자로서의 고유번호만을 가지고 있었다면 이는 위 개정된 부가가치세법 부칙 제6조 제2항, 동법시행령 부칙 제4조의 규정에 비추어 소관 세무서장으로부터 새로이 등록번호가 부여된 사업자등록증을 교부받게 될 때까지는(기록에 의하면 원고는 소관 강동세무서장으로부터 1983.5.6 부여받은 것으로 보인다) 등록번호에 갈음하는 구실을 하게 된다 할 것이므로 위 고유번호가 기재된 세금계산서를 첨부하여 위 각 과세기간에 상응한 예정신고 및 확정신고를 하면 그로써 위 법 제17조 제2항 제1호 에 따라 매입세액 공제혜택을 보게 된다할 것인 바, 원심이 인정한 바와 같이 원고가 위 각과세기간에 상응한 예정신고 및 확정신고 없이 위와 같은 매입세금계산서만을 제출하여 왔다면 이는 위법 제20조 제3항 및 위 법시행령 제67조 제1항 에 따라 과세자료를 효율적으로 활용하기 위하여 부과된 세금계산서 제출의무를 다한 것으로는 될지언정 위 법 제17조 제2항 제1호 에 따른 매입세액 공제요건에 해당하는 적법한 예정신고 및 확정신고로 볼 수는 없는 노릇이고 , 가사 원고의 위와 같은 소위가 고유번호만을 부여받은 원고로서는 신고서를 제출할 필요가 없다는 피고소속 직원의 말을 듣고서 이를 믿고 따른 때문이라 할지라도 위 직원의 그와 같은 개인적 의견이 과세표준예정 또는 확정신고서 제출의무를 면제케 할 정도의 법적효력이 있을리 없을 뿐더러 세법상의 신의성실의 원칙은 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서도 적용되는 법리이므로 위와 같은 원고의 신고불이행으로 인한 매입세액 공제배제의 불이익을 피고측의 탓만으로 돌릴 수는 없다 할 것이다. 그런데 원심판결 이유에 의하면 원심은 원고는 신의성실의 원칙상 면세사업자로서의 세금계산서 제출의무를 다하였으니 불신고의 책임을 물을 수 없으므로 피고는 국세기본법 제21조 에 의하여 위 각과세기간 종료일에 환급세액의 환급의무를 부담한다고 전제한 다음 원고가 같은법 제45조 에 따른 각 과세기간별 환급세액을 수정 신고한 것은 위 각 과세기간 경과로 성립한 환급세액의 환급신청을 한 것으로 볼 것이라 하여 피고가 원고주장의 본건 환급세액의 환급을 거부한 처분을 위법하다고 판단하고 있다.

그러나 국세기본법 제21조 는 납세의무의 성립시기에 관한 규정일 뿐이라 할 것이고 부가가치세법상의 과세사업자에게 매출세액을 초과하는 매입세액이 있을 경우 이를 공제하여 초과액을 환급 받을 수 있는 지의 여부는 오로지 부가가치세법의 관계규정에 따른 요건을 갖추었는지의 여부 판단이 선행되어야 할 것인데 원심은 원고가 본건 각 소정기간내에 예정신고 및 확정신고를 하지 아니하고 기간이 도과한 1983.1.25에 일괄하여 수정신고를 한 것으로 적법히 확정한 다음 원고가 한 위 수정신고는 그 전제가 되는 확정신고절차를 거친 바 없어 부가가치세법상의 수정신고로서의 효력을 인정할 수 없다고 판시하면서도(이 부분 원심판시는 정당하다) 위 각 과세기간의 종료일에 피고의 원고에 대한 매입세액 상당의(본건의 경우 매출세액은 없었던 것으로 보여진다)환급세액 환급의무가 성립하였고 이는 국세채권의 소멸시효기간내에는 언제든지 환급신청할 수 있다는 전제하에 위 수정신고를 환급신청으로 볼 것이라 한 다음 위에서 본 과세사업자에 대한 매입세액 공제요건의 구비여부에 관한 판단을 매듭지지 아니한 채 피고의 본건 환급신청 거부처분을 위법하다고 한 판단조처에는 앞서본 세법상의 신의성실의 원칙에 관한 법리 및 부가가치세법상의 매입세액 공제요건과 이로 인한 환급에 관한 법리를 오해하거나 심리를 다하지 아니한 위법이 있어 이점을 지적하는 것으로 보여지는 논지 이유있다.

그러므로 원심판결을 파기하여 원심으로 하여금 다시 심리판단케 하기 위하여 사건을 서울고등법원에 환송하기로 관여법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.