부가가치세의 과세표준과 세액을 부득이 추계조사결정할 수밖에 없는 경우라 하더라도 부가가치세법 제21조 제2항에 의해 같은법시행령 제69조 제1항 각호의 방법 중 하나에 따라야 하고, 피고는 이 사건 과세처분이 그 제4호 (나)목 소정의 추계방법에 따랐으므로 적법하다고 주장하는 것인바, 그에 의하면 “국세청장 또는 소관지방국세청장이 업종별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법”이라고 하고서 “나. 비용의 관계비율”을 들고 있다.

그런데 원심이 설시한 사실관계 및 기록과 관계증거를 살펴보아도 이 사건 원고의 업종에 대하여 그와 같은 비용의 관계비율이 국세청장 또는 소관지방국세청장에 의해 정해진 바가 있는지를 알아볼 수 없으며, 원심은 피고가 원고의 총비용을 조사하여서 거기에 소득세법상의 관계규정에 따라 국세청장이 조사 결정한 소득표준률(1992.12.31. 대통령령 제13802호에 의한 개정 후에는 표준소득율)을 기준으로 매출을 추산한 것이 비용의 관계비율에 해당한다는 것이나, 그와 같이 과세관청 임의로 산출, 적용한 비율이 부가가치세법시행령 소정의 업종별 비용의 관계비율이 아님은 물론이고, 또 소득표준율을 원고의 총비용에 적용하여서 매출액을 추산하는 것이 합리적이라고 보기도 어렵다.

그럼에도 원심이 위와 같은 피고의 과세방법이 부가가치세법시행령 제69조 제1항 제4호 나목 소정의 추계방법에 해당한다고 판단한 것은 위법하여 도저히 유지될 수가 없고, 이 점을 지적하는 취지의 논지는 이유가 있다.

그러므로 원심판결 중 원고 패소부분을 파기하여 이 부분 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.