소송비용은 원고가 부담한다.

원고는 2015. 3. 9. 비철금속 소매업을 주된 업종으로 하여 시흥시 B에서 ‘C’이라는 상호로 사업자등록을 하고, 2015년 제1기부터 2016년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 대하여 아래 표 기재와 같이 부가가치세 신고를 하였다.

(단위 : 원) 구분 2015년 1기 2015년 2기 2016년 1기 2016년 2기 매출세액 0 42,000,000 1,319,000,000 4,498,000,000 매입세액 0 43,000,000 1,292,000,000 4,733,000,000 납부(환급)세액 0 100,000 18,000,000 63,000,000 중부지방국세청장은 원고에 대한 2015년 제2기분부터 2016년 제2기분까지의 거래에 대한 조사를 실시한 결과, 아래 표 기재와 같이 위 기간 동안 원고가 수수한 세금계산서의 상당 부분이 가공거래에 의한 허위세금계산서에 해당한다고 판단하였다.

구 분 (단위: 백만원) 가공세금계산서 재활용폐자원 매출 금액 가공 비율 매입 금액 가공 비율 매입 금액 가공 비율 합 계 5,859 100% 3,766 97% 2,197 100% 2015년 2기 42 100% 41 97% 0 100% 2016년 1기 1,319 100% 442 97% 835 100% 2016년 2기 4,498 100% 3,283 97% 1,362 100% 이에 따라 피고는 원고에 대하여 2016년 제1기 부가가치세를 매출세액 0원, 매입세액 1,525,426원으로 경정하고 기납부한 세액에서 가산세를 공제하여 아래 표 기재와 같이 세액 합계 34,934,136원을 환급하는 경정결의(이하 ‘이 사건 경정결의’라 한다)를 하였다.

(단위 : 원) 매출 세액 ① 매입 세액 ② 기납부세액 가산세 ④ 차감납부 (환급)세액 ①-②-③ ④ 계 ③ 확정신고 매입자 납부특례 0 1,525,426 68,631,246 △17,952,494 86,583,740 35,222,536 △34,934,136 국세청 감사관실은 피고에 대한 ‘매입자 납부제도 업무처리 기획감사’를 실시한 결과 공급받은 자(매입자)가 납부한 부가가치세를 자료상인 원고에게 환급한 것은 잘못이라는 전제에서, 이 사건...