청구인은 전라북도 익산시 OO동 OOOOO에서 1991.12.19 “OO상사”라는 상호로 식잡·미강(벼의 도정과정에서 생산되는 쌀겨)·쇄미·마대 소매업으로 과세특례사업자 등록을, 1995.2.2 미강 도매업(이하 “쟁점사업”이라 한다)으로 면세사업자등록을 하고, 정미소나 정부 도정공장으로부터 미강을 수집하여 주식회사 OO사료 OO공장에 아래와 같이 1994년 제1기 과세기간부터 1998년 제1기 과세기간까지 합계 2,948,130,200원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 공급하고 부가가치세가 면세되는 사업으로 하여 그 공급가액에 대한 부가가치세를 납부한 사실이 없다

(단위 : 백만원)

이에 대하여 처분청은 도매업자가 미강을 구입하여 공급하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 사업으로 보아 1994년 제1기～1998년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 353,775,620원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.7.8 이의신청 및 1999.11.3 심사청구를 거쳐 2000.3.16 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

탈곡·정미 등 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용에 공하는 것과 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물 또는 원생산물의 본래의 성상이 변하지 아니하는 정도의 원시가공을 거친 농산물은 부가가치세가 면세되는 재화로 보아야 하고, 또한, 처분청이 1995.2.2 직권으로 면세사업자등록증을 교부하였을 뿐 아니라, 청구인에게 과세사업자라는 사실을 알려주지도 아니하다가 소급하여 과세한 처분은 신의성실원칙에 위배되는 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

사업자가 도정과정에서 생산된 미강을 도정업자 등으로부터 매입하여 사료공장에 판매하는 경우에는 부가가치세법 제6조의 규정에 의하여 부가가치세 과세대상 사업자에 해당되므로 부가가치세를 과세한 처분은 정당하며, 청구인의 신청에 따라 면세사업자등록증을 교부한 것은 단순히 등록사실을 증명하는 것에 불과할 뿐 더러 부가가치세 면세사업자등록증이 교부되었다하여 그것이 곧 부가가치세가 면세되는 사업이라는 공적인 견해를 표명한 것으로 아닐 뿐 아니라 과세대상이라는 것을 알고 있으면서 과세하지 않는다는 의사표시라 할 수 없으므로, 신의성실원칙을 위배되었다고 볼 수 없다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

미강도매업을 부가가치세 과세대상사업으로 보아 소급하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데에 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제1조【과세대상】 제4항에서 『주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다』고 규정하고,

같은 법 제12조【면세】 제1항에서 『다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물·축산물·수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물·축산물·수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것』이라고 규정하고, 제3항에서는 『제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다』고 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제28조【미가공식료품의 범위】 제1항에서는 『법 제 12조 제1항 제1호에 규정하는 가공되지 아니한 식료품은 다음 각호에 규정하는 것으로서 가공되지 아니하거나 탈곡·정미·정맥·제분·정육·건조·냉동·염장·포장 기타 원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 일차가공을 거쳐 식용에 공하는 것으로 한다.

1. 곡류』라고 규정하고 있다.

한편, 국세기본법 제15조에서 『납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의를 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다』라고 규정하고, 같은 법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 제3항에서 『세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 정미소, 도정업자 등으로부터 1994년 제1기～1998년 제1기 부가가치세 과세기간중 미강을 구매하여 청구외 (주)OO사료 OO공장에 공급하고 부가가치세 면세로 신고한 것에 대하여 중간수집상인 청구인이 미강을 구입하여 공급한 것은 부가가치세 과세대상사업에 해당한다하여 부가가치세를 부과하였다.

(2) 청구인은 미강이 벼의 도정과정에서 필수적으로 부수되는 재화로써, 부가가치세가 면제되는 곡류인 벼를 원료로 하는 것이므로 쟁점사업은 면세사업에 해당되고, 사업자등록당시 처분청의 담당자가 과세대상이 아니므로 직권으로 면세사업자로 사업자등록증을 교부하고 그 후에도 부가가치세 과세사업임을 알려주거나 정정 교부하지 않고 있다가 납품처로부터 일반사업자로 정정되어야 납품할 수 있다는 통보에 따라 재차 처분청에 갱신요구를 하여 처리되었음에도 소급하여 과세한 처분은 신의성실에 어긋난 부당한 처분이라는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

(3) 전시 부가가치세법 제12조 제1항 제1호, 제3항과 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호의 규정에서, 탈곡·정미 등 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용에 공하는 것과 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물 등 또는 원생산물 본래의 성상이 변하지 아니하는 정도의 원시가공을 거친 것은 물론, 위의 모든 것에 필수적으로 부수되는 재화에 대하여는 부가가치세를 면세하도록 규정하고 있다.

미강은 부가가치세가 면제되는 곡류인 벼를 원료로 사용하여 제조 또는 가공한 것으로서 벼에 필수적으로 부수되는 재화로서 부가가치세를 면세함이 타당(대법원85누954, 1986.10.28 같은 뜻임)하다.

또한, 국세청에서도 면세로 인정(대구지방국세청 94-285, 1995.1.6 및 광주지방국세청95-134, 1995.6.23)한 바 있으므로, 처분청이 미강이 부가가치세 과세대상인 것으로 보아 청구인에게 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다(신의성실에 위배된다는 청구주장은 미강이 과세재화라는 것을 전제로 하는 주장으로서 앞서본 바와 같이 미강이 면세재화에 해당하므로 심리실익이 없으므로 생략한다).

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.