가. 청구법인이 2009.10.30. 주식회사 OOO으로부터 받은 공급가액 OOO원의 세금계산서는 용역을 제공받고 교부받은 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 공제하고 법인세 손금으로 산입하며,

나. 청구법인이 2009.12.18. OOO 주식회사에 발행한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 3매는 용역을 제공하고 발행한 세금계산서로 보아 세금계산서 불성실가산세를 부과하지 아니하고,

다. 청구법인이 2009년 1월경 유한회사 OOO으로부터 교부받은 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 3매는 공급시기가 사실과 다르지 아니한 것으로 보아 관련 매입세액을 공제하며,

라. 청구법인이 2009.8.27. OOO 주식회사로부터 OOO’ 명목으로 공급가액 OOO원의 세금계산서를 받고 지급한 OOO원은 법인의 업무와 관련하여 통상적으로 지출한 손해배상금으로 보아 손금산입하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

가. 청구법인은 2005년 5월에 개업하여 레미콘 용도의 골재를 판매하는 사업(도매업)을 영위하는 법인이다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.7.2.부터 2013.8.9.까지 청구법인의 2008사업연도부터 2012사업연도까지에 대한 법인세 정기조사를 실시하여, (1) 청구법인이 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점1세금계산서”라 한다)를 수취하고 법인세 신고시 도급비(이하 “쟁점도급비”라 한다)로 처리한 것은 재화나 용역을 공급받거나 제공받지 아니하고 대가없이 자금을 지원한 것으로서 접대비에 해당하는 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 쟁점도급비를 손금불산입하며, (2) 청구법인이 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에게 공급가액 합계 OOO원 상당의 세금계산서 3매(이하 “쟁점2세금계산서”라 한다)를 교부하고 법인세 신고시 매출액으로 처리한 것(이하 “쟁점매출액”이라 한다)은 재화나 용역을 공급하거나 제공하지 아니하고 대가없이 자금을 지원받은 것으로 보아 부가가치세 매출과세표준에서 차감하고 세금계산서 불성실가산세를, 법인세는 OOO원을 수입금액에서 차감하고 OOO원을 잡이익으로 보아 익금산입하며, (3) 청구법인이 2009.10.30. OOO에 대한 미수채권액 OOO원(이라 “쟁점채권액”이라 한다)을 합의로 포기한 것에 대하여 이를 채권의 임의포기로서 접대비에 해당한다고 보아 접대비한도초과액을 손금불산입하며, (4) 청구법인이 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 유한회사 OOO(이하 OOO”이라 한다)으로부터 수취한 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점3세금계산서”라 한다)를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하며, (5) 청구법인이 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 OOO로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점4세금계산서”라 한다)를 수취하고 지급수수료로 계상한 것(이하 “쟁점지급수수료“라 한다)은 지급의무가 없음에도 임의로 지급한 손실보상비로 판단하여 관련 매입세액을 불공제하고 법인세 손금불산입하며, (6) 청구법인이 OOO(이하 OOO”이라 한다)에게 임대하고 있는 전라남도 OOO 잡종지 10,029㎡(이하 “쟁점임대토지”라 한다)는 업무무관부동산으로 보아 관련 지급이자 및 유지비용 OOO원을 손금불산입하여야 한다는 내용 등의 과세자료를 처분청에게 통보하였다.

다. 이에 따라 OOO세무서장은 2013.10.17. 청구법인에게 법인세 OOO원(2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원)을, OOO세무서장은 2013.10.10. 청구법인(영암지점)에게 부가가치세 OOO원(2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원)을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점도급비는 청구법인과 어떠한 특수관계도 없는 OOO에 용역단가를 조정하여 지급한 용역대가이지 단순한 자금지원이 아니므로 쟁점도급비를 접대비로 보고 손금산입 및 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.

(가) 청구법인과 OOO은 어떠한 특수관계도 없고, 과거 한차례도 거래를 한 사실이 없는 법인으로서 청구법인이 OOO에 운용자금을 지원하거나 경영상태를 고려하여 자금을 지원할 이유가 전혀 없다.

(나) 그럼에도 불구하고 청구법인이 OOO에게 합의서를 작성하고 쟁점도급비를 지원하게 된 것은, OOO의 OOO 제2도크건설공사가 예상보다 지연되자 갈마산 암반 발파공사도 약 3개월간 지연되었고, OOO이 당초 계약내용과 다르게 원석의 집토에 비협조적이었으며, 원석 일부를 자체 매립지에 매립하여 당초 예상한 원석량에 미지치 못하였는바, 이로 인한 유휴차량대수가 증가하고, 시설 및 장비 등 유지비용과 인건비 등이 예상보다 과다하게 증가함에 따라 원가부담으로 OOO의 수익성이 악화되자, 이미 수행된 용역의 단가를 재조정하는 방식으로 운송비를 보조한 것이지 단순한 자금지원이 아니다.

(다) 물품공급계약서(수량·단가·공급기간 등 명시)를 작성한 후 당초 계약내용 중 단가를 인상 또는 인하하기 위하여 작성한 단가변경합의서는 새로운 계약서를 작성한 것으로 보는 것(소비22641-1437, 1986.7.19.)인바, 청구법인이 2009.10.30. OOO과 작성한 합의서는 당초 OOO이 제공한 용역의 단가를 여러 가지 사유로 인해 재조정한 것으로서 단가변경합의에 해당하는 새로운 계약서를 작성한 것으로 보아야 한다. 그러므로 쟁점도급비 지원을 단가재협의계약에 해당하는 것으로 보는 이상 용역에 대한 대가가 확정된 시점을 공급시기로 보아 세금계산서를 수취한 것은 정당하다(심사부가2011-143, 2012.2.13. 외 다수).

(라) 채권포기에 이른 경위와 금액 등 제반사정에 비추어 객관적으로 정당한 사유가 있고 포기 내용이 상당하다고 인정되는 경우에는 쉽게 접대비로 인정할 것은 아니며(대법원 2010.10.28. 선고 2010두8614 판결), 청구법인이 프로젝트를 수행하는 과정에서 OOO 또는 청구법인의 귀책사유로 인하여 타인에게 피해를 끼친 사실이 있고, 이에 대해 단가를 재조정하여 피해액을 보상한 것은 계속사업을 전제로 하는 영리법인에게 통상 발생할 수 있는 사회통념상 타당한 것이므로, 청구법인이 OOO에 대한 운송단가를 청구법인의 귀책사유에 상당하는 부분만큼 재조정한 것에 해당하므로 이는 「법인세법 시행령」 제19조(손비의 범위) 제1호의 매출원가를 구성하는 것이지 접대비가 아니다.

(2) 청구법인은 당초 OOO과 대금을 수수하지 아니하는 것으로 계약하였으나, 계약된 공사기간을 초과하여 원가가 과다하게 발생하였고, 상차를 위한 집토부실과 정확한 일일생산량을 통보하지 않음으로 인한 유휴차량증가로 원가상승, OOO이 자체 매립지에 원석을 매입하여 예측된 생산량에 미달하는 원석반출 등 OOO의 귀책사유사유로 인하여 청구법인의 하도급자인 OOO의 수익성이 악화되었고, OOO도 이러한 책임을 인정하여 청구법인에 대한 운송단가를 일부 지급하는 것으로 조정하였고, 그에 따라 청구법인은 OOO로부터 운송비를 지급받은 것이므로 쟁점매출액은 청구법인이 OOO에 용역을 제공하고 지급받은 정당한 매출액이다.

(가) OOO은 갈마산 발파 원석을 자체 공사현장 매립지에 매립하면서 이를 운송하는 업체에 ㎥당 OOO원 내지 OOO원의 운송료를 지급하고 있었으므로, OOO 입장에서는 자체 매립하는 원석 이외의 나머지 원석은 운송료를 지급하고 처리하여야 하는 것이다. 이러한 상황에서 OOO과 청구법인의 이해관계에 따라 당초 운송료가 없는 것으로 계약하였으나, 청구법인 하도급자의 수익성 악화로 청구법인과의 운송단가를 재조정한 것이고, 청구법인은 실제 OOO에게 갈마산 현장의 발파 원석에 대한 운송용역을 제공하였다.

(나) OOO과 청구법인의 단가조정공문서와 내부품의서류 등에 나타나는 바와 같이 쟁점매출액은 청구법인이 OOO로부터 단순히 자금지원을 받은 것이 아니라 청구법인의 수익성이 악화되자 계약당사자 간 협의에 의하여 계약된 단가를 재조정하는 측면에서 운송비를 보조받은 것일 뿐 임의로 자금을 지원받을 하등의 이유가 없음에도 처분청이 쟁점2세금계산서를 가공세금계산서로 보는 것은 부당하다.

(3) 청구법인은 당해 프로젝트와 관련하여 OOO이 원활히 용역을 수행할 수 있도록 협조하여야 함에도 불구하고 OOO 또는 청구법인의 귀책사유로 인하여 OOO의 사업이 원활히 수행되지 못하도록 하였고, 그로 인하여 OOO이 원가상승에 따른 수익성악화와 하청업체에 대한 대금결제불능 상황에 처하게 되었던 점을 일부 인정하고 있었던바, 청구법인은 쟁점채권액을 접대비 명목으로 임의 탕감한 것이 아니며 이는 청구법인의 귀책에 대한 손실보전적인 의사와 더불어 향후 원활한 사업진행을 위한 불가피한 채무탕감에 해당하는 것으로서 그 포기에 이르기까지의 이유가 사회통념상 적정하다고 판단하였다. 그러므로 쟁점채권액은 채권을 임의로 포기한 접대비가 아니라 법인의 경상비용에 해당하는 것이므로 이를 접대비로 보는 것은 부당하다.

(4) 「부가가치세법 시행령」제22조에 의하면 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료된 때를 공급시기로 하나, 이를 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정된 때를 공급시기로 하고 있다. 청구법인은 2008.10.23.부터 2009.1.9.까지 OOO으로부터 용역을 제공받은 것이 사실이고, 구두계약시 용역의 공급대가를 추후에 확정하는 것으로 약정하였으므로, 용역의 제공이 완료되고, 공급가액이 확정된 2009년 1월을 공급시기로 하여 쟁점3세금계산서를 교부받은 것은 적법하다.

(5) OOO의 갈마산 공사현장에서 반출된 토석의 야적장에서 야적토의 중량을 이기지 못해 도로가 붕괴된 사고가 발생하였는바, 야적한 토석은 청구법인이 수주받은 갈마산 현장의 원석이고, 목적물운반과 관련하여 민원이 발생할 경우 서로 협의한다는 청구법인과 OOO의 계약에 따라 청구법인이 응당 부담해야할 복구공사를 OOO로 하여금 시공하게 하고 OOO에 그 복구공사비를쟁점지급수수료 명목으로 지급한 것이므로 쟁점지급수수료는 용역을 제공받고 그 대가를 지급한 것이므로 이를 관련매입세액을 불공제하고 손금불산입한 처분은 부당하다.청구법인이 (유)OOO에 이미 판매한 원석과 관련하여 발생한 사고이지만 OOO이 (유)OOO에 복구비용을 청구할 이유가 없고, 청구법인은 OOO과의 계약내용을 이행하여야 하는 것이며, 청구법인이 (유)OOO에 구상권을 행사하지 않은 부분에 대하여 그 과세여부를 판단하는 것은 별개의 문제이다.

(6) OOO이 쟁점임대토지를 레미콘 공장의 부속토지로 사용하다가 청구법인에게 현물출자하였고, 청구법인은 OOO에 쟁점임대토지를 임대하고 있는바, OOO이 레미콘 제조활동의 효율성 및 재고관리 등을 위하여 원자재의 야적장으로 사용하고 있고, 사업장 구역내에 위치하고 있으므로, 쟁점임대토지는 건축물의 부속토지 또는 하치장용 토지로서 업무무관부동산이 아니다. 「법인세법 시행규칙」 제26조 제4항은 공장, 건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우는 업무무관부동산에 해당하지 않는다고 규정하고 있고, 내국법인이 토지를 임대한 경우 당해 토지가 하치장용 등의 토지로 이용되는 경우에는 비사업용토지에 해당되지 아니하며(법인-664, 2009.6.4.), 토지와 건축물의 소유자가 다른 부속토지 임대는 나대지 임대가 아니나, 나대지 상태로 임대하고 임차인이 건축물을 신축하는 경우 그 신축 전까지는 업무무관자산으로 보는 것이며(법인 46012-1152, 1999.12.15.), 건축물을 양도하고 건축물 소유자에게 토지를 임대하는 경우라도 당해 토지는 업무와 관련없는 부동산에 해당하지 아니한다(법인 46012-4315, 1999.12.15.)고 해석한 사례가 있다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 OOO으로부터 재화나 용역을 공급받으면서 그 대가로 쟁점도급비를 지급한 것이 아니라 단순히 자금을 지원하고 그 증빙으로 쟁점1세금계산서를 수취한 것이므로 손금부인하고 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인이 OOO과 체결한 계약은 OOO 공사현장에서 나오는 원석을 청구법인이 제공한 후 OOO이 운반, 조쇄, 선별과정을 거쳐 제품을 생산하여 청구법인에게 공급하는 도급계약으로, 원석의 반출량 변동은 청구법인이 책임지지 않는 것으로 계약되어 있고, 원석이 반출됨에 따라 운송 및 생산 원가가 소요되므로 당초 예상 반출량보다 적게 나오거나 공사가 지연된다고 하여 추가비용은 발생될 여지가 적은 것으로 판단되며, 2008.12.11. 도급계약 체결 이후부터 2009.10.30. 합의서 체결까지의 진행상황을 살펴보면, 청구법인은 OOO에게 도급계약에 따른 정상적인 도급비 및 선급금을 지급하여 오다가 OOO이 개별 하도급업체인 OOO(운반), (유)OOO(OOO생산), (주)OOO(유류공급), OOO(운송), OOO(살수차) 등에게 운반비 및 유류대금을 지불하지 않아 하도급업체들이 민원을 제기하자 이를 해결하기 위해 하도급업체들로부터 채권을 양수하고 2009.9.24.∼2009.10.13. 기간 동안 OOO원을 지급하고 미수금계정에 계상하였으며, 2009.10.30. 합의서를 작성하면서 OOO에 쟁점도급비를 운반비로 보조하기로 하고 미수금 등 채권과 상계하였다.

(나) 청구법인의 재무팀장은 세무조사시 OOO의 실질적인 사업주관자는 김OOO 이사(도급계약서 상 연대보증인)이며, 김OOO 이사가 자금을 횡령하고 하도급업체에 대금을 결제하지 않아 하도급업체가 OOO, 자방자치단체 등에 민원을 제기, 이를 해결하기 위하여 하도급업체의 채권을 양수하고 대납한 것이라고 설명한 사실이 있는 점, OOO은 2009년 6월까지만 골재를 생산·납품하고 그 이후로는 전혀 납품한 사실이 없는 점 등도 이를 뒷받침하고 있다.

(다) 세무조사 기간 중에 작성한 청구법인의 전말서(진술인 재무팀장)를 보면 쟁점도급비는 “사업정상화를 위하여 선급금을 지불했고 세금계산서 수취대상으로 판단하여 수취한 후 비용처리하였다. 재화나 용역을 공급받은 것이 장부상에 기재된 것은 없다”라고 진술한 사실은 있으나, 당초 운송단가를 재조정하였다는 주장은 이 건 심판청구에서 처음 주장하는 것으로 상기 합의서상에도 OOO원의 운반비를 보조한다”라는 내용 외에 단가를 재조정한다는 내용이 기재되어 있지 않으며, 도급계약서, 도급비 계정 등에 의하면 청구법인이 OOO에 지원한 쟁점도급비 OOO원은 ㎥당 OOO원(2009년 2월∼2009년 6월 중 납품수량 332,500㎥)에 해당(당초 납품단가는 ㎥당 OOO원, 골재 생산비 OOO원, 운반비 OOO원)하며 이는 납품단가를 56.7% 인상한 것에 상당하나 구체적인 인상근거나 증빙서류를 제시하지 못하고 있으므로 청구법인의 주장에 신빙성이 없다.

(2) 청구법인은 OOO로부터 재화나 용역의 제공없이 쟁점매출액을 자금지원받은 것에 불과하므로 쟁점매출액은 세금계산서 교부대상이 아니다.

(가) 청구법인이 OOO에 보낸 문서를 보면 “OOO에 2차례에 걸쳐 OOO원의 자금을 지원하였으나 체불된 운반비를 해결하지 못하고 현재 미불된 운반비가 OOO원인 상태로 운반비 보조를 요청한다”는 내용이고, 단가조정과 관련된 부분은 기재된 것이 없으며, 그 외 단가 조정임을 확인할 수 있는 증빙서류는 없다. 또한 세무조사시 청구법인의 전말서 진술(진술인 재무팀장)내용을 보면 “청구법인의 원석처리비용이 과다하게 발생하여 OOO에 비용보전을 요청한 것으로서 운송용역을 제공하고 받은 것이다”라고 진술하고 있는 반면 단가조정에 대한 진술은 없다.

(나) 청구법인은 OOO과 OOO 갈마산 절개공사에서 나오는 원석을 대가없이 운반·처리하는 계약을 체결하였고, 청구법인은 원석을 가공하여 판매하는 사업을 영위하고 있으므로, 운반비용 이상의 수익을 창출할 수 있는 것으로 판단되며, 청구법인은 OOO에게 원석가공(운반, 조쇄, 선별 등)을 하도급을 주었으나 OOO의 재하도급업체에 대한 채무불이행 등으로 생산에 차질에 생기자 채권을 양도받아 처리함에 따라 청구법인의 비용이 증가하여 이를 보전받고자 모법인인 OOO로부터 재화나 용역의 제공없이 자금을 지원받은 것에 불과한 것으로 단가 조정 귀책사유가 청구법인과 OOO에 있어 단가를 조정하고 정상적으로 쟁점2세금계산서를 발행하였다는 주장은 신빙성이 없다.

(다) 청구법인은 OOO이 자체매립을 위하여 운송업체에 ㎥당 OOO원∼OOO원의 운송료를 지급한 사실이 있으므로 대가가 없다가 ㎥당 OOO원으로 단가를 조정한 것은 정당하다는 주장이나, 이를 입증하는 증빙서류는 제출된 것이 없을 뿐만 아니라 OOO의 공사현장 매립목적으로 반출하는 운송비와 청구법인의 수익창출 목적으로 반출되는 원석의 운송비를 비교하는 것은 신빙성이 없다.

(3) 청구법인은 청구법인의 귀책에 대한 손실보전적인 의사와 향후 원할한 사업진행을 위하여 불가피하게 쟁점채권액을 채무탕감한 것으로서 사회통념상 적정하다는 주장이나, OOO의 손실에 청구법인의 귀책이 있음을 확인할 수 있는 증빙서류가 없으며, 채무탕감 이후에도 OOO에 선급금 형태로 추가로 운영비를 지급하는 등 채권을 조기 회수하기 위하여 그 채권의 일부를 불가피하게 포기한 정당한 사유가 없으므로 당초 처분은 정당하다.

(4) 청구법인은 2008.10.23.부터 2009.1.9.까지 운송용역을 제공받았고 역무제공 완료일 및 공급가액 확정일이 2009.1.9.이므로 공급시기를 2009년 1월로 한 것은 정당하다고 주장하나, 대부분의 운송용역은 2008년 제2기 과세기간 중에 이루어졌으며 운송임 지불도 지속적으로 요구한 점, 통상적인 운반용역은 매회 마다 운송거리, 운송량에 따라 역무의 제공이 현실적으로 완료되고 공급가액이 확정되며, 거래가 반복적일 경우 1월간 합산하여 세금계산서를 발행하는 것이 일반적인 점에 비추어 2009년 1월 이후에 대금을 지급하였다는 사유로 2009년 제1기 과세기간에 세금계산서를 수취한 것은 공급시기가 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것에 해당한다.

(5) 청구법인은 쟁점지급수수료는 청구법인과 OOO 간에 체결한 OOO 갈마산 사토처리공사(운반)” 계약에 따라 청구법인과 OOO이 부담할 복구비용이므로 정상적인 지급수수료라고 주장하나, 야적장 붕괴의 원인은 청구법인이 판매한 원석의 소유권이 (유)OOO에 이전된 후 발생된 것으로 도로 복구비용의 부담의무는 (유)OOO에게 있을 뿐만 아니라 피해에 대한 손해배상금은 세금계산서 수수 대상이 아니므로 OOO에게 보상비용으로 OOO원을 지급한 후 쟁점4세금계산서를 수취하여 미수금으로 계상한 것은 사업과 관련없는 지출로서 매입세액 불공제하고, 손금불산입한 처분은 정당하다.

(6) 청구법인은 쟁점임대토지가 모회사인 OOO의 레미콘 공장의 부속토지에 해당하며 레미콘 제조활동을 위한 원재료의 야적장으로 사용하고 있어 업무무관부동산이 아니라는 주장이나, 청구법인의 레미콘 제조 활동과 무관한 OOO의 야적장 용도로 사용하고 있는 건축물 없는 나대지로, 공장건물과는 도로(도로명 제월길)로 확연히 구분되는 별도의 토지이므로 업무무관부동산에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점도급비가 재화나 용역을 제공받고 지급한 대가인지 아니면 단순히 실물거래 없이 지원한 자금인 접대비인지 여부

② 쟁점매출액이 재화나 용역을 제공하고 지급받은 대가인지 아니면 단순히 실물거래 없이 지원받은 자금인지 여부

③ 쟁점채권액의 포기가 채권의 임의포기로서 접대비인지 여부

④ 쟁점3세금계산서가 공급시기가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

⑤ 쟁점지급수수료가 재화나 용역을 제공받고 지급한 대가인지 여부

⑥ 쟁점임대토지가 업무무관부동산인지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점 ①·②·③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 OOO 계열사인 OOO이 100% 출자한 법인으로서, 청구법인은 2008년 5월경 OOO과 OOO 갈마산 절개공사 중 사토처리공사(운반작업)’ 용역계약(이하 “갈마산사토처리계약”이라 한다)을 체결하여 OOO로부터 OOO 제2도크공사 중 갈마산 절개공사에서 나오는 원석과 사토처리에 관한 용역을 수주받았는바, OOO은 갈마산을 절개하는 과정에서 암반(원석)이 발견되어 이를 폭파 후 처리하여야 하는 문제가 발생하였고, 청구법인은 위 암반(원석)을 쇄석과정을 거쳐 골재로 판매할 경우 경제성이 있을 것으로 판단하여 서로 대가를 수수하지 아니하는 내용으로 용역계약을 체결하였다.

(나) 갈마산사토처리계약서에 의하면, OOO은 청구법인이 이적물을 상차할 수 있게 발파하여 집토하고, 청구법인이 반출시 OOO은 OOO과 협의하여 작업에 어려움이 없도록 하며, 목적물 운반시 민원이 발생할 경우 OOO과 청구법인이 협의하도록 약정하였으며, 공사기간은 2008.5.1.부터 2009.4.30.까지로 기재되어 있다.

(다) 청구법인은 갈마산 현장에서 채취된 원석을 운송하고 가공하기 위하여 원석가공업체인 OOO과 도급계약을 체결하였는바, 청구법인이 2008.12.11. OOO과 체결한 도급계약서(OOO의 연대보증인은 김OOO, 이하 “도급계약서”라 한다)를 보면, 제1조(목적)에 OOO은 청구법인으로부터 제공받은 갈마산 원석량 1,000,000㎥ 및 OOO 원석량 400,000㎥ 상당(원석량은 변동할 수 있음)을 운반 및 골재 생산하여 청구법인에게 납품하기 위하여 골재 생산에 따른 원석의 운반, 원석의 조쇄, 선별, 제품의 생산과 해당 시설물 및 부속 시설의 유지 및 보수를 하는 것을 목적으로 한다(단 원석량 변동에 대해 청구법인은 책임지지 않는다)는 내용, 제4조(원석)에 OOO의 소유권은 청구법인에게 있다는 내용, 제6조(계약단가)에 OOO(발파암의 반입처)에 납품하는 OOO의 납품단가는 청구법인이 OOO에 납품하는 공급가액에서 OOO원/㎥을 차감하고 기성금/㎥으로 OOO에 지급한다는 내용, 제7조(대금지급)에 OOO은 청구법인이 판매한 물량에 대하여 청구법인을 공급받는자로 하여 세금계산서를 발행하며, 청구법인은 판매한 물량의 수금 후 바로 OOO에게 기성금을 지급하여야 한다는 내용 등이 기재되어 있다.

(라) 청구법인은 OOO과의 갈마산사토처리계약, OOO과의 도급계약에 따라 채석·운송·조쇄·선별 등 업무를 수행할 운송업체 등 약 60여개 업체를 재하청업체로 선정하고 갈마산 현장내 원석을 운반 및 파쇄하기 위한 기반시설과 식당 등을 설치하여 공사용역을 수행하였으나, 원석량이 당초 예상에 미치지 못하여 수익성이 악화되고, 이에 따라 OOO이 재하청한 운송업체, 쇄석업체 등에게 용역대금을 제대로 지급하지 못하여 민원이 발생하게 되자, 청구법인은 2009.10.30. OOO과 합의서(이하 “합의서”라 한다)를 작성하여, 청구법인이 OOO에 OOO원의 운반비를 보조하고, OOO원의 선급금을 지급하며, OOO원의 채무를 탕감하고, 채무상환기간을 1년 유예하는 등의 지원을 하였다.

(마) 청구법인은 2009.10.30. OOO으로부터 OOO”의 품목으로 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취하고 2009.10.31. 도급비 계정과목에 “OOO 운송비지원”으로 계상하였으며, 이를 외상매출금, 미수금 등 채권과 상계처리한 것으로 나타난다.

(바) 조사청 세무조사시 청구법인측이 제시한 2009.10.30. 당시 “채권현황 및 합의사항” 정산내역은 다음과 같은 것으로 나타난다.

(단위 : 원)

(사) OOO의 하수급자 건하중기와 청구법인이 2009.9.17. 체결한 채권양도계약서 외 수 건의 채권양도계약서에 의하면, 청구법인은 위 하수급자들에게 OOO의 운송용역대금을 직접 지불하고, 하수급자들이 OOO에 대하여 보유한 운송료채권을 양도받은 것으로 나타난다.

(아) 청구법인은 OOO의 운송손실을 보전하기 위하여 OOO과 협의를 하였는바, 청구법인 영암사업소장은 2009.9.4. OOO 갈마산소장에게 ‘갈마산 토석암 운반비 처리에 관한 건’의 문서를 송부하여, 대가없이 운반하였던 토석암에 대하여, 토석암 단가하락 및 운반비 폭등으로 인하여 청구법인 및 하도급업체가 자금상황이 심각하여 하도급업체 운반비를 지급하지 못하고 있는 실정이고, 청구법인이 OOO원을 하도급업체에 지급하였으나, 미지급한 운반비가 OOO원인 상태로 청구법인이 감당하기 어려운 상황이니 운반비 보조(운반비 보조금액 OOO원/㎥)를 요청한 것으로 나타난다.

(자) 청구법인은 2009.12.18. OOO로부터 OOO원을 수령하고, OOO에게 공급가액을 OOO원, 품목을 운반비로 하여 세금계산서 3매(공급가액 OOO원 1매, OOO원 1매, OOO원 1매)를 교부하였으며, 이를 제품매출액으로 계상하였다.

(차) 청구법인이 세무조사시 조사청에 제시한 “채권현황 및 합의사항” 정산내역과 청구법인이 2012.11.20. OOO을 상대로 서울동부지방법원에 제출한 “물품대금청구의 소”를 보면 2009.10.30. 합의전 채권잔액 OOO원에서 합의서에 나타나는 운반비 보조 OOO원과 신항만 판매분 OOO원을 차감하여 채권잔액을 OOO원으로 합의하였으며, 2012.4.12. 임의경매로 OOO원의 선급금을 회수한 것으로 나타난다.

(카) 청구법인이 쟁점채권액을 탕감한 이후 OOO에 지급한 선급금 내역은 다음과 같다.

<쟁점채권액 탕감 후 추가 운영비 지급내역>

(단위 : 원)

(타) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①과 ②에 대하여 살피건대, 청구법인과 OOO은 서로 특수관계에 있지 아니하고 특별히 청구법인이 OOO에게 무상으로 자금을 지원할 이유가 없어 보이는 점, 청구법인은 당초 OOO에게 대가없이 갈마산 사토처리 용역을 제공하기로 계약하고 하도급자를 선정하여 갈마산 사토처리 운반용역을 이행하였으나 갈마산 현장에서 채석되는 원석량이 당초 예상에 미치지 못하고, 토석암의 단가하락, 운반비 상승 등의 사유로 청구법인 및 하도급자의 자금사정이 어려움에 처하여 민원이 발생한 것으로 나타나는 점, 이에 따라 청구법인 OOO이 2009.9.4. OOO OOO에게 1㎥당 OOO원의 운반비 보조가 가능한지 공문으로 요청하였고, OOO은 2009.12.18. 청구법인에게 OOO원을 지급하고 청구법인은 운반비 품목으로 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 3매를 발행한 점, 청구법인과 OOO은 2009.10.30. 청구법인이 OOO에게 OOO원의 운반비를 보조하기로 합의서를 작성하고, OOO은 청구법인에게 원석대 운반비 보조금 품목으로 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발행한 점 등에 비추어 OOO과 청구법인, 청구법인과 OOO은 각각 갈마산 사토처리 운반용역의 용역대가를 조정하고 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서를 수수한 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서를 용역을 제공하거나 제공받지 아니하고 수수된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 관련 매입세액을 불공제하고 세금계산서 불성실가산세를 부과하며 쟁점도급비를 접대비에 해당하는 것으로 보고 접대비한도초과액을 손금불산입한 것은 잘못이라고 판단된다.

(파) 쟁점③에 대하여 살피건대, 비록 청구법인이 OOO의 수익성 악화에 대하여 일부 책임 있다고 보고 OOO을 지원하기 위하여 쟁점채권액을 포기한 것으로는 보이나, 용역대가를 조정하고 세금계산서를 수수한 것과는 달리 이미 청구법인이 적법하게 보유한 채권을 대가없이 임의로 포기하였다고 보아야 할 것이므로 포기한 쟁점채권액을 접대비로 보아 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

(2) 다음으로 쟁점④에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2008.5.1. OOO과 갈마산사토처리계약을 체결하였으나 하도급자 선정이 늦어져 2008.12.11.에서야 OOO과 도급계약을 체결하였으며, 위 기간 사이에 갈마산 현장의 발파암이 쌓여 OOO의 공사진행이 어렵게 되자, 청구법인은 인근 전라남도 목포시에 사업장을 둔 OOO과 용역대금은 추후에 확정하는 것으로 하여 원석운반에 대한 구두계약을 체결하였고, 이에 따라 OOO은 2008.10.23.부터 2009.1.9.까지 청구법인에게 갈마산 원석 운송용역을 제공한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인과 OOO은 용역수행완료이후 공급가액을 확정하였고, 청구법인은 2009년 1월(작성일은 미기재) OOO으로부터 ‘운송료’ 품목으로 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서 3매(쟁점3세금계산서)를 수취하였으며, 대금은 2009.1.14. OOO원, 2009.1.22. OOO원, 2009.2.27. OOO원을 각각 지급한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인과 OOO이 서로 주고받은 내용증명 우편의 주요내용을 보면, 청구법인은 2009.4.27. OOO에게 OOO은 청구법인과 거래가 없음에도 불구하고 2009년 1월 운송료 세금계산서를 청구법인에 발급하였으나 청구법인은 발급받을 사유가 없음으로 발행처를 확인하시고 거래 사실이 있는 거래처로 세금계산서를 발행하시기 바랍니다”는 내용으로 내용증명우편을 발송하였고, OOO은 2009.4.30. 청구법인에게 “청구법인은 OOO과 거래관계가 있어서 운송 계약서를 수차례 요구하였으나 청구법인의 현장 소장인 김OOO 차장이 차일피일 미루면서 2009년 1월에 이르러 OOO의 통장에 운송임을 입금하였으므로 OOO은 정당하게 세금계산서를 발행하고 신고하였다”는 내용, 2009.6.19. 청구법인에게 OOO은 OOO 갈마산 절개지 공사 중 발생되는 암석을 2008.10.23.부터 운송하였는데 청구법인 OOO 김OOO 운송계약도 처음 약속과는 달리 미루면서 운송임도 약속대로 지급하지 않고 있어 스스로 2009.1.9.까지만 운송을 하고 그만두었다”는 내용으로 내용증명우편을 발송한 것으로 나타난다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO과 구두로 계약하였다고 주장하고, 처분청도 계약기간, 거래대금 등 계약내용을 확인할 수 있는 매매계약서 등을 제시한 바 없으며, 청구법인과 OOO이 서로 주고 받은 내용증명우편에 의하면 계약기간, 거래대금 등을 명확히 하여 매매계약을 체결하지 아니하여 분쟁이 발생한 것으로 보이는 점, 청구법인이 2008.10.23.부터 2009.1.9.까지 OOO으로부터 운송용역을 제공받은 사실이 있는 것으로 보이는 점, OOO이 2009년 1월 청구법인에게 쟁점3세금계산서를 교부한 점 등에 비추어 쟁점3세금계산서 관련 운송용역은 2009년 1월경 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되었다고 보이므로 「부가가치세법 시행령」 제22조 제3호의 규정에 따라 용역의 제공이 완료되고 공급가액이 확정된 2009년 1월경을 공급시기로 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점3세금계산서를 공급시기가 사실과 다르다고 하여 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이라고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인의 상품매출액 계정, OOO이 2009.6.5. 청구법인에 보낸 ‘신항만 해빙사고 복구비용 관련 건’ 공문, 당시 사고발생현황 조사내용 등에 의하면, 청구법인은 2009.1.31.부터 2009.4.30.사이에 (유)OOO에 갈마산 공사현장의 원석 215,396㎥(단가 OOO원)를 판매하였고, 위 원석은 OOO의 건설현장인 신항만 택지개발현장에 야적되어 있었는바, 2009.4.25. 원석의 야적으로 인하여 OOO이 시공한 도로에 침하현상(이하 “쟁점사고”라 한다)이 발생하여 약OOO원(부가가치세 제외)의 복구비용이 발생하였고, OOO은 쟁점사고와 관련하여 복구주체가 청구법인과 OOO(시공을 OOO이 시행)이고, 복구비용은 청구법인과 OOO이 각각 50%를 부담(복구기간은 2009.5.25.～2009.7.3.)하자고 2009.6.5. 청구법인에 의견을 조회(문서번호 : OOO 제2009-35호)하였고, 청구법인은 2009.6.10. OOO의 요구(문서번호 : OOO 500A-‘공란’)를 수용한 것으로 나타나며,복구비용 중 OOO원은 보험을 통해 회수하고, 나머지 OOO원은 청구법인과 OOO이 각각 50%(OOO원)씩 부담하기로 한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 2009.8.27. OOO로부터 “신항만 배후 부지조성공사”의 품목으로 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취하였고, 장부상 동일자에 보상비로 계상하였다가 미수금(구상권) 계정으로 대체한 후 2011.11.31. 지급수수료(OOO 야적장 융기 관련 공사비)로 비용처리하였다.

(다) 청구법인과 OOO이 2008년 5월 체결한 갈마산사토처리계약서 제5조 제3호에는, 목적물 운반시 민원이 발생할 경우 OOO과 청구법인이 협의하도록 한다는 내용이 기재되어 있다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO과 갈마산사토처리계약을 체결하여 갈마산 절개공사현장에서 발생하는 원석을 운반하여 처리할 의무가 있으므로 청구법인이 하도급자인 (유)OOO에 원석을 판매한 후 발생한 손해라 하더라도 청구법인이 OOO의 원수급자이고 OOO 공사현장에서 발생한 사고이므로 청구법인에 일부 책임이 있다고 볼 수 있는 점, 청구법인과 OOO이 체결한 계약서에 목적물 운반시 민원이 발생할 경우 서로 협의한다고 되어 있는 점, 청구법인과 OOO이 서로 협의하여OOO원의 복구비용을 각각 50%(OOO원)씩 부담하기로 합의한 점 등에 비추어 쟁점지급수수료는 법인의 통상적인 업무과 관련하여 지급한 손해배상금으로서 손금으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

한편, 청구법인은 쟁점지급수수료와 관련하여 당초 ‘신항만 배후부지 조성공사’ 품목으로 세금계산서를 수취하였으나 복구공사는 OOO이 시공하고 청구법인은 복구비를 지급하였고, 당초 청구법인이 장부상 보상비로 계상한 점 등에 비추어 청구법인이 용역을 제공받고 그 대가를 지급한 것은 아니라고 할 것이므로 쟁점4세금계산서 관련 매입세액은 공제하지 아니하는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 끝으로, 쟁점⑥에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2008.11.10. 모법인인 OOO으로부터 쟁점임대토지 등 인근 토지 3필지를 다음과 같이 현물출자 받았으며, OOO에 이를 다시 임대하였다.

(나) 처분청이 지적도 및 항공촬영사진을 확인한바, 위 토지 중 쟁점임대토지 이외의 토지에는 건축물이 존재하여 건축물 부속토지에 해당하나, 쟁점임대토지는 공장건물과는 도로로 확연히 구분된 별도의 잡종지이므로 건축물이 없는 나대지이고, OOO이 야적장으로 사용 중에 있는 것으로 나타난다.

(다) 청구법인 대표이사 김OOO가 2013.8.2. 세무공무원에게 제출한 확인서에 의하면, 쟁점임대토지는 건축물이 없는 나대지로서 임차인 OOO이 야적장으로 사용하고 있으며, 청구법인의 골재도소매 사업용으로 사용하고 있지 않다고 확인한 내용이 나타난다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점임대토지는 그 지상에 건축물이 없는 나대지로 조사되었고, 청구법인도 스스로 세무조사 당시 건축물이 없는 나대지로서 임차인 OOO이 야적장으로 사용하고 있다고 확인하였으므로 쟁점임대토지는 청구법인의 업무와는 관련이 없는 부동산에 해당한다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 법인세법

제25조【접대비의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액은 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 “접대비”란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산

나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것

(2) 법인세법 시행령

제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

제53조【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.

(3) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제9조【거래 시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

(4) 부가가치세법 시행령 제22조(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

(5) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.