청구법인에 2005.12.26. 흡수 합병된 OOOOO주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)는 2003사업연도 법인세 신고시 각 사업연도 소득금액을 △191,988,472원으로, 2004사업연도분 법인세 신고시 각 사업연도 소득금액을 263,013,312원으로계산한 후 이를 이월결손금(263,013,312원)으로 충당하여 과세표준을 “0”으로 각각 신고하였다.

피합병법인의 납세지 관할인 OOO세무서장은 OO지방국세청장으로부터 통보받은 과세자료에 의하여, 피합병법인이 한국정보통신 서비스주식회사와 합의하여 2003.12.4. 차입금 및 미지급이자 27억원에 상당하는 유상증자를 실시하여 OOOOOOOOO주식회사로부터 주금납입대금 27억원을 받아 OOOOOOOOO주식회사에게 차입금 등 27억원을 상환한데 대하여, 그 거래의 실질내용에 따라 위 유상증자와 채무상환 거래를 개별거래가 아닌 일련의 거래로 보아, 채권자인 OOOOOOOOO주식회사에게는 부실채권을 대손처리하는 과정에서의 가지급금등 손금불산입 규정을 회피하고자 가치가 없는 주식을 고가로 대체 취득하여 투자주식처분손실로 인식할 목적이 있었다고 할 것이므로 채권금액 전부를 포기한 것으로 인정하여 부당행위계산의 부인 규정을 적용하였고, 피합병법인에게는 2,673,000천원을 채무 면제익(익금산입 및 기타처분, 이하 “쟁점채무면제익”이라 한다)으로 보아 2006.3.6. 2003사업연도의 세무상 결손금 191,988,472원과 세무상 이월결손금 2,481,011,528원을 감액 결정하였다.

이에 따라 합병법인인 청구법인은 피합병법인 명의로 2006.3.31. 최종 사업연도인 2005.1.1.～2005.12.26.사업연도분 (이하 “2005사업연도분”이라 한다) 법인세 신고시 이월결손금은 “0”으로 하고 과세표준은 2,425,523,137원으로 신고하였고, 이에 더하여 2006.6.3. 위의 쟁점 채무면제익에 대한 처분이 부당하다는 심판청구를 제기하였다가 기각결정(국심 OOOOOOOOO, 2007.4.23)이 되자, 2007.5.14. 소재지 관할인 처분청에게 쟁점채무면제익에 상당하는 이월결손금이 있음을 전제로 2005사업연도분 법인세 593,600,300원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고,

처분청은2007.7.12. 청구법인이 주장하는이월결손금은 2003사업연도분법인세 경정결정시 소멸되었다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부처분하고, 이와 별도로 2004사업연도분 법인세 신고시 이월결손금 19,918,836원이 과다 공제되었다 하여 2004사업연도분 법인세 4,331,150원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.10.10. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

먼저, 청구법인이 종전의 심판청구에 대한 기각결정(국심 OOOOOOOOO, 2007.4.23) 이 후 이건 법인세 경정청구를 다시 제기한 이유는, 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니라는 기존의 대법원판례(OOO OOOOOOOOOO, 1996.9.24)의 취지에 따라 불가피하게 행정소송을 제기하지 아니하고 다시 2005 사업연도분 법인세 경정청구를 제기하게 되었으며, 대법원판례(대법원2001두2652, 2002.11.26)에 의하면, 이월결손금이 공제되지 아니한 채로과세표준이 결정되고 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세 표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다 하더라도 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계규정에 따라 소득에서 공제될 수 있다는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다는 판시를 하고 있다.

따라서, 청구법인은 2005사업연도에 공제할 이월결손금이 있음을 전제로 2005사업연도분 법인세 경정청구를 하였으나 처분청에서는 이월결손금이 없다는 이유로 이 건 경정청구를 거부하였으므로, 동 경정청구의 거부처분 및 2004사업연도분 법인세 부과처분에 대하여 취소처분을 구하는 것과는 별개로 선행처분인 2003사업연도의 쟁점채무면제익 익금처분을 취소하여 달라는 결정을 청구하는 것은 적법하다고 사료된다.

이에 따라 이건 2005사업연도분 법인세 경정청구에 대한 거부처분과 2004사업연도분 법인세 부과처분은 피합병법인의 유상증자의 결과로 발생한 주식발행초과금을 채무면제이익으로 과세함에 따라 발생한 것으로 채무면제이익이 아니라는 결론이 나면 연관적으로 취소되는 것이므로 이하에서는 주식발행초과금 상당의 채무면제이익 과세가 부당하다는 취지로 주장하는 바,

당초 청구법인의 피합병법인은 재무구조개선을 위하여 2003.12.4. 유상증자를 실시하였고, 이때 피합병법인의 100%지분과 대여금채권을 보유하고 있던 OOOOOOOOO주식회사는 주당 발행가액을 500,000원으로 하여 총 27억원을 납입하고 5,400주의 주식(출자전환 주식)을 취득하였고, 피합병법인은 동 증자대금 중 주당 액면가액 5,000원에 상당하는 27백만원은 자본금으로 처리하고 나머지 2,673백만원은 주식발행초과금으로 회계처리한 후 동 재원으로 한국정보통신서비스주식회사에 대한 차입금 27억원을 2003.12.5. 상환하였는데, 위의피합병법인의 2003년 주식발행 및 채무의 상환은 유상증자와 채무의 상환이라는 두가지 행위가 순차로 발생한 것이지 채무의 출자전환이 아니므로 그 주식발행초과금이 채무면제익으로 과세될 수 없다. 설령, 이 건 거래를 그 실질에 따라 채무의 출자전환으로 봄이 타당하다고 할지라도, 종전의 예규(OOO OOOOOOOOO,1999.12.6. 등)는 출자전환시 채무법인이 발행하는 주식의 발행가액(출자전환가액)이 주식의 시가보다 크다 하더라도 발행주식의 시가와 발행가액의 차액 전액을 익금불산입대상인 주식발행액면초과금으로 한다고 해석하여 왔고, 그 후 2003.3.5. 재정경제부는 기존 예규를 변경하여 채무법인의 경우 종전에 주식발행액면초과금으로 보았던 가액 중 주식의 시가를 초과하는 발행가액 상당액은 “채무면제익”으로, 시가와 액면가액의 차액은 “주식발행초과액”으로 하되 2003.3.5. 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용하도록 유권해석(OOO OOOOOOOO, 2003.3.5)을 변경하였다가, 변경된 예규의 시행일 이후 최초로 개시하는 사업연도에 출자전환하는 분(12월말 법인의 경우는 2004.1.1. 이후 출자전환분 해당)부터적용하도록 재차 변경하였다(OOO OOOOOOOOO, 2003.9.5). 따라서, 2003.12.4.이루어진 출자전환에 따른 주식발행액면초과금에 대하여 기존의 예규에 반하게 채무면제익으로 보아 과세하는 것은 신의성실원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.

이에 따라 처분청이 2003사업연도 법인소득금액 계산시 익금 산입한 쟁점채무면제익 2,673백만원을 익금불산입하는 한편, 동 사업연도의 결손금을 191,988,472원으로 경정하고, 2004사업연도분 법인세 부과처분을 취소하고, 2005사업연도분 법인세 경정청구는 받아들여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 2003사업연도의 쟁점채무면제익 2,673백만원을 익금불산입하여 당해 연도 결손금을 191,988,472원으로 경정하여야 한다는 청구주장은, 청구법인이 이미 심판청구를 제기하여기각결정(국심 OOOOOOOOO, 2007.4.23)된 사항을 다시 주장하는 내용일 뿐이므로 받아들이기 어렵다.

또한, 2004사업연도분 법인세 4,331,150원을 취소하여야 한다는 주장은, 청구법인이 이월결손금 19,918,836천원을 과다하게 공제신고하여 이를 바로 잡아 경정한 것이고, 청구법인이 2005사업연도분 과세 표준 계산시 이월결손금을 공제받지 아니하였다는 법인세 경정청구는 OO지방국세청장의 조사당시 쟁점채무면제익 상당의 익금이 이월결손금에 충당되어 더 이상 공제할 이월결손금이 없음에 따라 거부한 것으로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 청구법인이 피합병법인의 세무상 소멸된 1999～2001사업연도 및 2003사업연도분 이월결손금이 있는 것을 전제로 하여 2005사업연도분 법인세 594,380천원을 환급하여 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부

(2) 피합병법인의 2004사업연도분 법인소득금액 계산시 이월결손금을 243,094천원(신고 263,013천원)으로 하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 쟁점(1) 관련

법인세법 제4조 【실질과세】① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

법인세법 제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

법인세법(2005.12.31, 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제17조 【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 주식발행액면초과액 (1998. 12. 28 개정)

법인세법(2005.12.31, 법률 제7838호로 개정된 것) 제17조 【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】 ① 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

1.주식발행액면초과액.다만, 채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우에는 당해 주식 등의 시가를 초과하여 발행된 금액을 제외한다.(2005. 12. 31. 단서신설)

② 제1항 제1호 단서의 규정에 따른 초과금액 중 제18조 제8호의 규정을 적용받지 아니한 대통령령이 정하는 금액은 이를 당해 사업연도의 익금에 산입하지 아니하고 그 이후의 각 사업연도에 발생한 결손금의 보전에 충당할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설)

법인세법시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(법 제17조제1항 제1호 단서의 규정에 따른 금액을 포함한다) (2006. 2. 9. 개정)

법인세법시행령 제15조 【주식발행액면초과액 등】④ 법 제17조 제2항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음 각 호의 규정에 따른 금액을 말한다. (2006. 2. 9. 신설)

1. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 회생계획인가의 결정을 받은 법인이 채무를 출자전환하는 경우로서 당해 주식 등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하여 발행된 금액 (2006. 2. 9. 신설)

2. 「기업구조조정촉진법」에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 경영정상화계획의 이행을 위한 약정을 체결한 부실징후기업이 채무를 출자전환하는 경우로서 당해 주식 등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하는 금액 (2006. 2. 9. 신설)

3. 당해 법인에 대하여 채권을 보유하고 있는 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조 제1호의 규정에 의한 금융기관과 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결한 법인이 채무를 출자로 전환하는 경우로서 당해 주식 등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하는 금액 (2006. 2. 9. 신설)

(2) 쟁점(2) 관련

법인세법 제13조 【과세표준】 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

법인세법시행령 제10조 【결손금공제】① 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 공제에 있어서는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 처분경위를 보면, 처분청은 청구법인의 피합병법인이 2003.12.4. 유상증자를 실시하면서 계상한 주식발행초과금 2,673,000천원을 사실상 부당행위 부인에 의한 채무면제이익으로 보아 2003사업연도분 법인소득금액 계산시 당해 사업연도 결손금 및 이월결손금에 충당하였고, 2004사업연도분 법인세 과세표준 계산시 청구법인이 과다공제한 이월결손금 19,918천원을 부인하여 동 법인세 4,331천원을 부과처분하는 한편, 청구법인의 이 건 2005사업연도분 법인세 경정청구에 대하여는 쟁점채무면제익에 상당하는 이월결손금이 이미 2003사업연도에 충당되었다는 이유로 거부처분하였음이 심리자료에 의하여 확인되며,피합병법인의 2003～2005사업연도분 법인세 정기 신고·이 건 경정청구 및 처분청의 경정처분 내역은 아래 표와 같다.

(단위 : 천원)

* (#1) : 쟁점채무면제익으로 2003년 결손금 191,988천원 및 1999～2002년분 이월결손금 2,724,106천원 중 2,481,011천원 충당

* (#2) : 실제 2004년 계상될 이월결손금(1999～2002년분 이월결손금 2,724,106천원 - 2003년 충당액 2,481,011천원)

(2) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 전술한 바와 같이, 처분청이 피합병법인의 2003.12.4.자 유상증자시 계상한 주식발행초과금 2,673,000천원을 부당행위 부인에 의한 채무면제이익으로 보아 2003사업연도분 법인소득금액 계산시 당해 사업연도 결손금 및 이월결손금에 충당한데 대하여, 피합병법인의 2003년 주식발행 및 채무의 상환은 유상증자와 채무의 상환이라는 두가지 행위가 순차로 발생한 것이지 채무의 출자전환이 아니므로 그 주식발행초과금이 채무면제익으로 볼 수 없고, 설령, 채무의 출자전환으로 보더라도 2003.3.5. 이전 거래인데도 익금산입한 처분은 부당하다고 주장하면서 쟁점채무면제익에 상당하는 이월결손금등이 있는 것을 전제로 하여 이 건 2005사업연도분 법인세에 대하여 불복을 제기하고 있다.

(나) 청구법인의 쟁점채무면제익과 관련된 선결정(국심 OOOOOOOOO, 2007.4.23)에 의하면, 피합병법인과 OOOOOOOOO주식 회사간에 이루어진 이 건 유상증자와 채무상환의 일련의 거래는 액면가액 5천원짜리의 발행가격을 결정함에 있어 발행회사의 자산가치 등이반영됨이 없이 채권자의 대여채권금액에 맞춰 모회사가 자산가치가 없는 결손법인인 자회사의 주식을 1주당 500천원의 고가로 매입하여 1개월 이내 타인에게 불과 1주당 25원에 매각하고 그 손실을 모회사의 투자주식처분손실로 계상하고, 자회사인 OOOOO주식회사도 이 건 거래 이후 회사 회생을 위한 노력이 전혀 없는 사실 등에 비추어 보면, 이는 채권자인 OOOOOOOOO주식회사에게는 부실채권을 대손처리하는 과정에서의 가지급금 등의 손금불산입 규정을 회피하고자 가치가 없는 주식을 고가로 대체 취득하여 투자주식처분손실로 인식할 목적이 있었다고 할 것이므로 채권금액 전부를 포기한 것으로 인정하여 부당행위계산의 부인규정을 적용하고, OOOOO주식회사 에게는 2,673,000천원을 채무면제익으로 보아 익금산입한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단되고,한편 청구법인은 설령, 채무의 출자전환으로보더라도 2003.3.5.이전에 발생한 거래인데도 동 채무액을 익금산입하는 것은 부당하다고 주장하나, 부당행위가 있는 경우 과세관청은 법인세법의 규정에 의하여 그 행위의 존재 자체를 부인하고 실질적인 거래에 대하여 과세할 수 있는 것(대법원94누1913, 1995.2.10. 같은 뜻임)이므로 처분청이 이 건 거래를 재무상태의 개선 및 회사를 회생하여 차후 출자주식의 가치를 증대시켜 장래에 채권의 일부를 회수하는 회사정리절차·화의절차 등과 같이 엄격한 요건하에서 이루어지는 채권·채무 재조정에 의한 출자전환이라고 할 수 없는 것으로 보았기에 이 또한 이유가 없는 것으로 판단하고 있다.

(다) 살피건대, 청구법인은 1999～2001사업연도분 이월결손금 2,481백만원 및 2003사업연도분 이월결손금 192백만원 등이 있는 것을 전제로 이 건 2005사업연도분 법인세를 경정청구하였으나, 동 이월결손금은 익금산입된 쟁점채무면제익으로 이미 충당되었고, 이 건 청구법인의 주장도 기왕 기각결정(국심 OOOOOOOOO, 2007.4.23)된 내용을 다시 제기한 것일 뿐이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 기각한 당초 처분은 잘못이 없다 하겠다.

(3) 다음, 쟁점(2)에 대하여는 피합병법인이 2004사업연도 법인세 정기신고시 이월결손금을 263,013천원으로 하여 신고하였으나, 전술한 바와 같이 실제 차감하여야할 이월결손금은 243,074천원(1999～2002년분 이월결손금 2,724,106천원 - 2003년 충당액 2,481,011천원)으로 확인되고 있고, 이에 따라 이 건 2004사업연도분 법인세 부과처분은 동 이월결손금 과다공제액 19,918천원을 부인하여 과세한 것이므로 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유가 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008. 2. 14.

주심국세심판관 이 영 우

배석국세심판관 이 광 호

남 궁 훈

이 전 오