2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2012. 6. 14. 원고에게 한 2008 사업연도 법인세 OOOO원, 2009 사업연도 법인세 OOOO원, 2010 사업연도 법인세 OOOO원의 각 경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 설시할 이유는, 피고가 이 법원에서 특히 강조하거나 되풀이하는 주장에 관한 판단을 다음 항에서 추가하는 외에는 제1심 판결서의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 피고의 주장에 관한 판단

피고는, 퇴직급여충당금은 해당 사업연도에 비용계상만 될 뿐 실제로 지급되지 아니하고 연구개발활동에 직접 투입되지도 아니한 점, 세액공제 대상인 연구개발비는 과세연도별로 경상적으로 지출되어 기간별 비교가 가능한 비용으로 한정된다고 하여야 하는 점 등을 고려하면, 이 사건 연구원들에 대한 퇴직급여충당금은 세액공제의 대상이 될 수 없다고 주장한다.

살피건대, ① 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항에 의하면, 내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 이를 손금에 산입한다 라고 규정하고 있으므로, 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 당해 사업연도의 소득금액계산에서 손금에 산입되는 점, ② 인건비는 그 명칭 여하에 불문하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지 출한 일체의 것(대법원 1999. 6. 25. 선고 97누14194 판결 참조)을 말하는데, 퇴직급여 충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것으로서 이 충당금으로 퇴직금이 지급 되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하더라도 그 입 법 취지에 반하지 않는 점, ③ 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표6]에 퇴직급여충당금을 제외한다 라는 규정이 비로소 신설된 점, ④ 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1은 동 시행령에서 규정하는 인건비에 퇴직급여충당금전입액이 포함되지 않는다 라고 규정하고 있으나 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아닌 점 등을 종합하면, 이 사건 과세 특례규정은 퇴직급여충당금에도 적용된다고 봄이 타당하다.

따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 판단되므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.